# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1442 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.831 0.121 0.041 0.006 0.001 0.001 0.001 2 M 0.645 0.213 0.106 0.030 0.005 0.001 0.001 3 Q 0.839 0.123 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 4 E 0.810 0.148 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 5 E 0.694 0.233 0.056 0.015 0.002 0.001 0.001 6 D 0.640 0.236 0.089 0.029 0.005 0.001 0.001 7 T 0.622 0.284 0.072 0.018 0.004 0.001 0.001 8 F 0.181 0.213 0.260 0.244 0.092 0.009 0.001 9 R 0.518 0.286 0.134 0.051 0.010 0.001 0.001 10 E 0.362 0.361 0.193 0.061 0.019 0.004 0.001 11 L 0.046 0.088 0.151 0.274 0.305 0.130 0.006 12 R 0.049 0.158 0.269 0.311 0.159 0.050 0.004 13 I 0.150 0.347 0.257 0.152 0.068 0.023 0.002 14 F 0.022 0.074 0.192 0.300 0.278 0.119 0.015 15 L 0.006 0.013 0.029 0.094 0.273 0.500 0.086 16 R 0.036 0.168 0.335 0.267 0.140 0.046 0.007 17 N 0.050 0.254 0.320 0.235 0.098 0.037 0.007 18 V 0.006 0.016 0.037 0.118 0.363 0.401 0.060 19 T 0.010 0.034 0.097 0.258 0.338 0.226 0.038 20 H 0.148 0.397 0.298 0.111 0.034 0.010 0.001 21 R 0.044 0.223 0.310 0.285 0.116 0.021 0.002 22 L 0.014 0.021 0.043 0.159 0.443 0.302 0.018 23 A 0.101 0.269 0.299 0.222 0.086 0.021 0.002 24 I 0.347 0.378 0.160 0.081 0.028 0.006 0.001 25 D 0.248 0.258 0.225 0.183 0.070 0.015 0.001 26 K 0.484 0.286 0.141 0.061 0.019 0.008 0.001 27 R 0.202 0.265 0.219 0.166 0.100 0.042 0.005 28 F 0.084 0.123 0.179 0.264 0.228 0.111 0.011 29 R 0.144 0.273 0.248 0.190 0.093 0.046 0.007 30 V 0.070 0.100 0.174 0.226 0.245 0.159 0.025 31 F 0.038 0.052 0.082 0.161 0.286 0.315 0.065 32 T 0.070 0.140 0.219 0.278 0.196 0.085 0.013 33 K 0.179 0.303 0.239 0.167 0.074 0.034 0.003 34 P 0.130 0.245 0.257 0.190 0.123 0.051 0.003 35 V 0.070 0.087 0.159 0.353 0.245 0.082 0.005 36 D 0.396 0.311 0.187 0.078 0.024 0.004 0.001 37 P 0.579 0.242 0.121 0.047 0.010 0.001 0.001 38 D 0.870 0.096 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 39 E 0.592 0.284 0.094 0.022 0.006 0.001 0.001 40 V 0.162 0.212 0.221 0.248 0.124 0.032 0.001 41 P 0.396 0.296 0.186 0.092 0.025 0.005 0.001 42 D 0.291 0.396 0.179 0.095 0.031 0.007 0.001 43 Y 0.037 0.066 0.133 0.238 0.323 0.190 0.013 44 V 0.025 0.064 0.168 0.314 0.298 0.116 0.016 45 T 0.133 0.374 0.277 0.147 0.047 0.018 0.004 46 V 0.032 0.074 0.175 0.285 0.286 0.133 0.015 47 I 0.024 0.034 0.058 0.144 0.319 0.348 0.073 48 K 0.096 0.220 0.285 0.224 0.116 0.049 0.010 49 Q 0.184 0.276 0.201 0.182 0.100 0.048 0.008 50 P 0.105 0.156 0.177 0.215 0.188 0.139 0.020 51 M 0.155 0.192 0.206 0.209 0.136 0.086 0.015 52 D 0.182 0.224 0.215 0.176 0.132 0.062 0.009 53 L 0.113 0.111 0.166 0.257 0.214 0.127 0.012 54 S 0.425 0.311 0.169 0.067 0.019 0.007 0.001 55 S 0.251 0.305 0.275 0.112 0.042 0.013 0.001 56 V 0.052 0.055 0.089 0.217 0.379 0.199 0.009 57 I 0.094 0.220 0.306 0.274 0.086 0.020 0.001 58 S 0.456 0.383 0.123 0.030 0.006 0.002 0.001 59 K 0.123 0.301 0.321 0.184 0.064 0.007 0.001 60 I 0.037 0.045 0.114 0.410 0.331 0.062 0.001 61 D 0.627 0.254 0.104 0.013 0.002 0.001 0.001 62 L 0.748 0.205 0.038 0.008 0.001 0.001 0.001 63 H 0.719 0.180 0.085 0.013 0.003 0.001 0.001 64 K 0.461 0.382 0.122 0.029 0.005 0.001 0.001 65 Y 0.089 0.160 0.231 0.304 0.191 0.025 0.001 66 L 0.203 0.349 0.217 0.176 0.046 0.009 0.001 67 T 0.284 0.326 0.208 0.112 0.058 0.012 0.001 68 V 0.067 0.112 0.234 0.318 0.209 0.056 0.002 69 K 0.269 0.355 0.223 0.117 0.027 0.008 0.001 70 D 0.086 0.246 0.348 0.197 0.101 0.021 0.002 71 Y 0.012 0.024 0.045 0.155 0.328 0.402 0.033 72 L 0.032 0.141 0.318 0.328 0.143 0.035 0.003 73 R 0.128 0.395 0.279 0.133 0.046 0.015 0.002 74 D 0.014 0.055 0.133 0.264 0.303 0.199 0.033 75 I 0.003 0.009 0.023 0.097 0.275 0.486 0.107 76 D 0.040 0.203 0.353 0.248 0.107 0.040 0.008 77 L 0.013 0.056 0.098 0.189 0.279 0.273 0.093 78 I 0.003 0.012 0.022 0.057 0.151 0.474 0.282 79 C 0.005 0.019 0.051 0.149 0.271 0.339 0.166 80 S 0.039 0.168 0.256 0.248 0.166 0.086 0.037 81 N 0.009 0.040 0.094 0.180 0.274 0.298 0.106 82 A 0.004 0.010 0.020 0.060 0.204 0.500 0.202 83 L 0.016 0.076 0.176 0.292 0.264 0.149 0.027 84 E 0.059 0.267 0.306 0.203 0.104 0.053 0.008 85 Y 0.014 0.039 0.127 0.308 0.319 0.183 0.010 86 N 0.030 0.060 0.114 0.245 0.388 0.155 0.009 87 P 0.222 0.325 0.286 0.130 0.032 0.005 0.001 88 D 0.749 0.179 0.059 0.011 0.002 0.001 0.001 89 R 0.667 0.228 0.081 0.019 0.004 0.001 0.001 90 D 0.615 0.200 0.131 0.042 0.010 0.002 0.001 91 P 0.648 0.251 0.080 0.017 0.004 0.001 0.001 92 G 0.433 0.340 0.118 0.075 0.027 0.006 0.001 93 D 0.245 0.246 0.197 0.193 0.094 0.023 0.002 94 R 0.253 0.303 0.215 0.139 0.064 0.023 0.002 95 L 0.024 0.060 0.159 0.269 0.299 0.166 0.023 96 I 0.009 0.022 0.037 0.084 0.209 0.434 0.204 97 R 0.013 0.053 0.135 0.225 0.289 0.199 0.086 98 H 0.027 0.133 0.198 0.251 0.205 0.133 0.053 99 R 0.004 0.017 0.057 0.142 0.315 0.342 0.122 100 A 0.002 0.004 0.014 0.041 0.211 0.528 0.202 101 C 0.015 0.133 0.245 0.290 0.205 0.094 0.019 102 A 0.015 0.141 0.289 0.335 0.160 0.051 0.009 103 L 0.004 0.008 0.017 0.071 0.303 0.523 0.074 104 R 0.018 0.094 0.239 0.359 0.209 0.073 0.009 105 D 0.186 0.480 0.212 0.088 0.025 0.008 0.001 106 T 0.039 0.135 0.290 0.332 0.164 0.039 0.002 107 A 0.022 0.035 0.057 0.157 0.387 0.314 0.029 108 Y 0.104 0.261 0.335 0.218 0.069 0.014 0.001 109 A 0.416 0.404 0.135 0.035 0.008 0.002 0.001 110 I 0.062 0.179 0.302 0.290 0.135 0.031 0.001 111 I 0.051 0.068 0.126 0.266 0.364 0.119 0.005 112 K 0.262 0.410 0.207 0.096 0.022 0.003 0.001 113 E 0.510 0.360 0.091 0.031 0.007 0.001 0.001 114 E 0.250 0.239 0.252 0.177 0.070 0.012 0.001 115 L 0.279 0.246 0.238 0.182 0.048 0.007 0.001 116 D 0.697 0.213 0.071 0.016 0.003 0.001 0.001 117 E 0.758 0.170 0.055 0.015 0.003 0.001 0.001 118 D 0.708 0.211 0.066 0.012 0.002 0.001 0.001 119 F 0.296 0.255 0.221 0.158 0.062 0.009 0.001 120 E 0.528 0.287 0.120 0.054 0.010 0.002 0.001 121 Q 0.545 0.305 0.104 0.035 0.010 0.001 0.001 122 L 0.242 0.219 0.243 0.190 0.091 0.014 0.001 123 C 0.190 0.239 0.267 0.223 0.072 0.010 0.001 124 E 0.705 0.223 0.058 0.012 0.002 0.001 0.001 125 E 0.505 0.368 0.091 0.029 0.007 0.001 0.001 126 I 0.245 0.282 0.239 0.180 0.049 0.005 0.001 127 Q 0.651 0.259 0.070 0.018 0.002 0.001 0.001 128 E 0.796 0.159 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 129 S 0.827 0.132 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001 130 R 0.792 0.156 0.044 0.007 0.001 0.001 0.001