# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1442 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.664 0.163 0.072 0.043 0.025 0.016 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 M 0.408 0.176 0.140 0.108 0.079 0.046 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.611 0.154 0.109 0.058 0.036 0.015 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.667 0.155 0.076 0.044 0.026 0.014 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.622 0.149 0.103 0.049 0.036 0.019 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.615 0.144 0.111 0.058 0.039 0.017 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 T 0.625 0.162 0.091 0.051 0.035 0.018 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.274 0.142 0.138 0.143 0.146 0.078 0.051 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.648 0.146 0.100 0.043 0.029 0.015 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.602 0.216 0.072 0.041 0.025 0.025 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.059 0.049 0.064 0.153 0.225 0.247 0.112 0.044 0.030 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 12 R 0.134 0.129 0.225 0.182 0.157 0.092 0.042 0.017 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.569 0.204 0.108 0.056 0.029 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.054 0.094 0.111 0.203 0.207 0.167 0.084 0.048 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 15 L 0.008 0.009 0.016 0.055 0.117 0.189 0.246 0.213 0.092 0.027 0.020 0.005 0.003 0.001 16 R 0.153 0.252 0.250 0.178 0.088 0.051 0.015 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 N 0.386 0.280 0.206 0.072 0.029 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.013 0.024 0.034 0.125 0.185 0.247 0.188 0.118 0.045 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 19 T 0.012 0.032 0.054 0.154 0.217 0.227 0.167 0.093 0.033 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 20 H 0.524 0.235 0.162 0.045 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.157 0.183 0.245 0.195 0.115 0.074 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.044 0.043 0.056 0.146 0.208 0.210 0.160 0.090 0.028 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 23 A 0.200 0.207 0.188 0.179 0.118 0.067 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.544 0.159 0.121 0.075 0.050 0.028 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 D 0.267 0.154 0.193 0.151 0.111 0.065 0.034 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.430 0.181 0.161 0.093 0.055 0.041 0.024 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.212 0.164 0.103 0.149 0.146 0.112 0.062 0.029 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 28 F 0.049 0.038 0.040 0.087 0.148 0.169 0.161 0.140 0.072 0.045 0.026 0.016 0.008 0.002 29 R 0.167 0.106 0.134 0.119 0.124 0.114 0.077 0.060 0.050 0.022 0.018 0.006 0.002 0.001 30 V 0.066 0.038 0.051 0.080 0.114 0.110 0.126 0.129 0.095 0.075 0.058 0.036 0.017 0.006 31 F 0.032 0.029 0.035 0.068 0.112 0.137 0.142 0.140 0.111 0.075 0.061 0.034 0.016 0.009 32 T 0.071 0.067 0.087 0.110 0.130 0.127 0.115 0.096 0.084 0.057 0.034 0.013 0.006 0.004 33 K 0.114 0.098 0.104 0.119 0.144 0.118 0.102 0.089 0.052 0.027 0.023 0.005 0.002 0.002 34 P 0.093 0.089 0.102 0.151 0.148 0.144 0.101 0.071 0.051 0.028 0.013 0.005 0.003 0.001 35 V 0.113 0.103 0.096 0.185 0.179 0.133 0.084 0.057 0.027 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 36 D 0.385 0.198 0.162 0.096 0.072 0.039 0.023 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 37 P 0.394 0.196 0.184 0.102 0.052 0.034 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 D 0.748 0.122 0.049 0.036 0.020 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.598 0.165 0.146 0.038 0.021 0.016 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 V 0.181 0.122 0.145 0.155 0.163 0.119 0.062 0.026 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 41 P 0.367 0.193 0.162 0.123 0.078 0.036 0.024 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 42 D 0.383 0.229 0.207 0.087 0.043 0.030 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 Y 0.037 0.040 0.059 0.149 0.205 0.184 0.140 0.092 0.061 0.020 0.007 0.005 0.002 0.001 44 V 0.043 0.060 0.082 0.175 0.222 0.165 0.118 0.071 0.042 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 45 T 0.545 0.231 0.120 0.040 0.020 0.027 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 V 0.065 0.063 0.089 0.172 0.196 0.169 0.109 0.068 0.037 0.017 0.006 0.006 0.003 0.001 47 I 0.034 0.028 0.035 0.080 0.144 0.178 0.204 0.154 0.070 0.028 0.026 0.010 0.005 0.002 48 K 0.245 0.189 0.199 0.136 0.088 0.067 0.034 0.019 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.221 0.112 0.098 0.137 0.155 0.110 0.073 0.045 0.025 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 50 P 0.083 0.073 0.083 0.144 0.177 0.164 0.115 0.079 0.041 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 51 M 0.171 0.105 0.117 0.130 0.158 0.113 0.088 0.064 0.027 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 52 D 0.132 0.119 0.106 0.148 0.165 0.132 0.087 0.053 0.038 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 53 L 0.035 0.031 0.044 0.090 0.151 0.179 0.177 0.143 0.075 0.036 0.024 0.009 0.005 0.002 54 S 0.359 0.225 0.187 0.097 0.056 0.040 0.017 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.184 0.173 0.201 0.175 0.125 0.073 0.032 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.021 0.019 0.020 0.070 0.132 0.181 0.250 0.174 0.085 0.025 0.016 0.004 0.002 0.001 57 I 0.058 0.117 0.192 0.240 0.186 0.119 0.046 0.021 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 58 S 0.663 0.197 0.077 0.029 0.013 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.054 0.113 0.165 0.259 0.209 0.130 0.043 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 I 0.060 0.057 0.059 0.148 0.233 0.192 0.125 0.088 0.026 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 61 D 0.495 0.220 0.189 0.050 0.022 0.014 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.498 0.153 0.148 0.088 0.054 0.031 0.018 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 H 0.343 0.168 0.236 0.111 0.073 0.036 0.023 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 K 0.382 0.223 0.172 0.086 0.057 0.052 0.016 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.163 0.117 0.079 0.166 0.187 0.130 0.091 0.042 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 66 L 0.331 0.170 0.133 0.138 0.118 0.053 0.030 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 67 T 0.301 0.186 0.152 0.123 0.094 0.078 0.030 0.015 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 68 V 0.059 0.058 0.073 0.162 0.214 0.179 0.122 0.072 0.040 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 69 K 0.461 0.227 0.148 0.070 0.043 0.028 0.014 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.427 0.272 0.166 0.062 0.030 0.029 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.032 0.031 0.035 0.112 0.206 0.235 0.174 0.098 0.050 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 72 L 0.063 0.109 0.172 0.232 0.194 0.123 0.057 0.028 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 R 0.591 0.208 0.105 0.049 0.023 0.015 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.057 0.101 0.114 0.206 0.201 0.170 0.083 0.038 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 75 I 0.014 0.014 0.023 0.062 0.132 0.212 0.239 0.180 0.066 0.025 0.021 0.006 0.004 0.001 76 D 0.222 0.261 0.218 0.131 0.071 0.057 0.021 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.182 0.127 0.125 0.169 0.150 0.097 0.070 0.043 0.019 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 78 I 0.014 0.018 0.024 0.070 0.122 0.209 0.220 0.167 0.086 0.034 0.023 0.008 0.005 0.002 79 C 0.024 0.034 0.057 0.107 0.160 0.187 0.172 0.142 0.057 0.031 0.016 0.007 0.005 0.003 80 S 0.259 0.251 0.136 0.131 0.093 0.060 0.034 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 81 N 0.031 0.047 0.080 0.156 0.211 0.178 0.128 0.087 0.042 0.021 0.009 0.006 0.003 0.001 82 A 0.011 0.014 0.025 0.052 0.104 0.169 0.213 0.197 0.102 0.048 0.042 0.011 0.008 0.004 83 L 0.082 0.115 0.136 0.159 0.180 0.130 0.092 0.053 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 84 E 0.229 0.192 0.162 0.152 0.097 0.081 0.039 0.025 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.048 0.047 0.070 0.153 0.190 0.187 0.132 0.092 0.046 0.019 0.008 0.005 0.003 0.001 86 N 0.109 0.123 0.143 0.194 0.185 0.118 0.067 0.036 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 87 P 0.472 0.223 0.114 0.086 0.045 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.640 0.149 0.092 0.054 0.032 0.015 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 R 0.582 0.157 0.145 0.055 0.030 0.015 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 D 0.663 0.148 0.073 0.049 0.034 0.013 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 P 0.595 0.179 0.112 0.049 0.026 0.017 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 G 0.489 0.164 0.114 0.086 0.062 0.038 0.032 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 93 D 0.234 0.161 0.181 0.147 0.106 0.084 0.048 0.017 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 94 R 0.171 0.150 0.163 0.170 0.145 0.102 0.040 0.029 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 95 L 0.064 0.051 0.068 0.107 0.147 0.136 0.148 0.121 0.076 0.045 0.017 0.012 0.005 0.001 96 I 0.026 0.016 0.026 0.056 0.103 0.137 0.177 0.170 0.126 0.073 0.056 0.022 0.009 0.004 97 R 0.056 0.062 0.083 0.134 0.145 0.135 0.108 0.107 0.072 0.046 0.025 0.016 0.008 0.004 98 H 0.239 0.167 0.118 0.121 0.103 0.074 0.058 0.046 0.032 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 99 R 0.026 0.043 0.058 0.121 0.183 0.187 0.153 0.106 0.070 0.032 0.012 0.005 0.002 0.002 100 A 0.009 0.013 0.021 0.048 0.099 0.153 0.220 0.229 0.106 0.046 0.040 0.008 0.007 0.003 101 C 0.228 0.255 0.156 0.147 0.102 0.060 0.026 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.159 0.253 0.230 0.161 0.085 0.070 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.012 0.012 0.019 0.071 0.145 0.222 0.250 0.155 0.078 0.019 0.011 0.003 0.002 0.001 104 R 0.044 0.123 0.220 0.231 0.186 0.130 0.041 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.758 0.155 0.062 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 T 0.056 0.109 0.131 0.269 0.237 0.123 0.045 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.018 0.017 0.030 0.076 0.151 0.195 0.248 0.164 0.070 0.016 0.011 0.002 0.002 0.001 108 Y 0.156 0.214 0.216 0.179 0.130 0.060 0.026 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.690 0.193 0.068 0.024 0.010 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 I 0.061 0.096 0.134 0.260 0.223 0.145 0.053 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 I 0.043 0.052 0.077 0.179 0.263 0.179 0.111 0.063 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 112 K 0.526 0.230 0.136 0.052 0.028 0.017 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 E 0.734 0.135 0.077 0.025 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.393 0.170 0.189 0.113 0.071 0.036 0.021 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 L 0.332 0.166 0.136 0.146 0.133 0.047 0.029 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 D 0.745 0.146 0.065 0.019 0.011 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 E 0.794 0.100 0.044 0.027 0.018 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 D 0.649 0.158 0.074 0.044 0.033 0.019 0.017 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 F 0.228 0.138 0.123 0.145 0.171 0.109 0.055 0.017 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.659 0.129 0.096 0.043 0.032 0.018 0.015 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 121 Q 0.618 0.152 0.089 0.056 0.039 0.025 0.013 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 L 0.111 0.099 0.113 0.182 0.215 0.143 0.073 0.032 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 123 C 0.138 0.111 0.139 0.180 0.194 0.106 0.067 0.029 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 124 E 0.670 0.156 0.075 0.038 0.023 0.020 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.485 0.188 0.119 0.081 0.056 0.040 0.021 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.221 0.146 0.120 0.171 0.188 0.084 0.043 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 127 Q 0.696 0.153 0.070 0.034 0.022 0.012 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 E 0.779 0.111 0.042 0.028 0.017 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 S 0.692 0.122 0.072 0.039 0.031 0.018 0.019 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 130 R 0.546 0.146 0.176 0.052 0.037 0.022 0.012 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001