This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA S A 2 2 NATAA M A 3 3 NATAA Q A 4 4 NATAA E A 5 5 NATAA E A 6 6 NATAA D A 7 7 NATAA T A 8 8 NATAA F A 9 9 NATAA R A 10 10 NATAA E A 11 11 NATAA L A 12 12 NATAA R A 13 13 NATAA I A 14 14 NATAA F A 15 15 NATAA L A 16 16 NATAA R A 17 17 NATAA N A 18 18 NATAA V A 19 19 NATAA T A 20 20 NATAA H A 21 21 NATAA R A 22 22 NATAA L A 23 23 NATAA A A 24 24 NATAA I A 25 25 NATAA D A 26 26 NATAA K A 27 27 NATAA R A 28 28 NATAA F A 29 29 NATAA R A 30 30 NATAA V A 31 31 NATAA F A 32 32 NATAA T A 33 33 NATAA K A 34 34 NATRO P A 35 35 NATAA V A 36 36 NATAA D A 37 37 NATRO P A 38 38 NATAA D A 39 39 NATAA E A 40 40 NATAA V A 41 41 NATRO P A 42 42 NATAA D A 43 43 NATAA Y A 44 44 NATAA V A 45 45 NATAA T A 46 46 NATAA V A 47 47 NATAA I A 48 48 NATAA K A 49 49 NATAA Q A 50 50 NATRO P A 51 51 NATAA M A 52 52 NATAA D A 53 53 NATAA L A 54 54 NATAA S A 55 55 NATAA S A 56 56 NATAA V A 57 57 NATAA I A 58 58 NATAA S A 59 59 NATAA K A 60 60 NATAA I A 61 61 NATAA D A 62 62 NATAA L A 63 63 NATAA H A 64 64 NATAA K A 65 65 NATAA Y A 66 66 NATAA L A 67 67 NATAA T A 68 68 NATAA V A 69 69 NATAA K A 70 70 NATAA D A 71 71 NATAA Y A 72 72 NATAA L A 73 73 NATAA R A 74 74 NATAA D A 75 75 NATAA I A 76 76 NATAA D A 77 77 NATAA L A 78 78 NATAA I A 79 79 NATRO C A 80 80 NATAA S A 81 81 NATAA N A 82 82 NATAA A A 83 83 NATAA L A 84 84 NATAA E A 85 85 NATAA Y A 86 86 NATAA N A 87 87 NATRO P A 88 88 NATAA D A 89 89 NATAA R A 90 90 NATAA D A 91 91 NATRO P A 92 92 NATAA G A 93 93 NATAA D A 94 94 NATAA R A 95 95 NATAA L A 96 96 NATAA I A 97 97 NATAA R A 98 98 NATAA H A 99 99 NATAA R A 100 100 NATAA A A 101 101 NATRO C A 102 102 NATAA A A 103 103 NATAA L A 104 104 NATAA R A 105 105 NATAA D A 106 106 NATAA T A 107 107 NATAA A A 108 108 NATAA Y A 109 109 NATAA A A 110 110 NATAA I A 111 111 NATAA I A 112 112 NATAA K A 113 113 NATAA E A 114 114 NATAA E A 115 115 NATAA L A 116 116 NATAA D A 117 117 NATAA E A 118 118 NATAA D A 119 119 NATAA F A 120 120 NATAA E A 121 121 NATAA Q A 122 122 NATAA L A 123 123 NATRO C A 124 124 NATAA E A 125 125 NATAA E A 126 126 NATAA I A 127 127 NATAA Q A 128 128 NATAA E A 129 129 NATAA S A 130 130 NATAA R