# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.43603 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.002 0.011 0.687 0.003 0.017 0.014 0.001 0.001 0.007 0.152 0.063 0.026 0.017 2 T 0.002 0.005 0.241 0.010 0.060 0.037 0.001 0.001 0.008 0.132 0.472 0.006 0.026 3 E 0.004 0.007 0.143 0.022 0.038 0.026 0.002 0.001 0.010 0.145 0.569 0.021 0.012 4 L 0.038 0.018 0.373 0.021 0.055 0.019 0.009 0.004 0.040 0.155 0.083 0.042 0.141 5 G 0.119 0.020 0.217 0.055 0.012 0.013 0.042 0.011 0.080 0.057 0.055 0.224 0.093 6 L 0.254 0.013 0.056 0.014 0.010 0.012 0.051 0.035 0.070 0.015 0.012 0.072 0.386 7 Y 0.334 0.014 0.048 0.048 0.002 0.006 0.051 0.021 0.034 0.011 0.005 0.331 0.094 8 K 0.235 0.008 0.065 0.016 0.003 0.006 0.034 0.009 0.032 0.011 0.006 0.172 0.402 9 V 0.115 0.011 0.178 0.034 0.012 0.013 0.014 0.006 0.038 0.042 0.042 0.131 0.365 10 N 0.028 0.007 0.421 0.124 0.018 0.017 0.007 0.002 0.027 0.131 0.095 0.069 0.056 11 E 0.029 0.007 0.189 0.019 0.099 0.045 0.007 0.001 0.025 0.205 0.167 0.110 0.096 12 Y 0.069 0.030 0.166 0.007 0.107 0.043 0.021 0.006 0.047 0.070 0.096 0.043 0.294 13 V 0.065 0.093 0.182 0.035 0.016 0.019 0.014 0.009 0.021 0.092 0.019 0.379 0.056 14 D 0.020 0.018 0.539 0.006 0.017 0.022 0.006 0.002 0.028 0.053 0.022 0.031 0.236 15 A 0.010 0.019 0.268 0.008 0.177 0.176 0.004 0.005 0.015 0.061 0.141 0.046 0.070 16 R 0.005 0.014 0.172 0.016 0.156 0.181 0.001 0.001 0.012 0.081 0.329 0.013 0.020 17 D 0.003 0.012 0.241 0.003 0.127 0.179 0.001 0.001 0.007 0.237 0.153 0.014 0.021 18 T 0.001 0.011 0.110 0.005 0.104 0.305 0.001 0.001 0.005 0.124 0.318 0.006 0.010 19 N 0.004 0.020 0.141 0.004 0.093 0.249 0.001 0.001 0.007 0.105 0.349 0.010 0.016 20 M 0.008 0.014 0.201 0.009 0.060 0.251 0.001 0.002 0.009 0.179 0.226 0.017 0.024 21 G 0.021 0.013 0.224 0.028 0.028 0.219 0.002 0.003 0.010 0.166 0.190 0.050 0.047 22 A 0.079 0.014 0.124 0.019 0.062 0.318 0.008 0.004 0.018 0.058 0.079 0.042 0.174 23 W 0.256 0.010 0.063 0.057 0.052 0.217 0.016 0.011 0.027 0.030 0.038 0.094 0.130 24 F 0.502 0.002 0.018 0.044 0.019 0.096 0.025 0.012 0.021 0.012 0.031 0.094 0.124 25 E 0.564 0.002 0.016 0.034 0.005 0.035 0.041 0.021 0.030 0.008 0.017 0.088 0.137 26 A 0.667 0.002 0.021 0.022 0.002 0.018 0.042 0.014 0.018 0.006 0.006 0.053 0.129 27 Q 0.517 0.001 0.021 0.023 0.001 0.009 0.024 0.007 0.018 0.005 0.005 0.297 0.073 28 V 0.325 0.001 0.031 0.005 0.004 0.032 0.030 0.011 0.035 0.005 0.012 0.014 0.495 29 V 0.357 0.004 0.037 0.158 0.004 0.038 0.037 0.018 0.029 0.023 0.013 0.254 0.028 30 R 0.238 0.005 0.063 0.013 0.019 0.074 0.050 0.014 0.054 0.020 0.020 0.085 0.347 31 V 0.133 0.010 0.141 0.014 0.028 0.141 0.047 0.022 0.064 0.032 0.066 0.088 0.216 32 T 0.083 0.022 0.190 0.080 0.050 0.108 0.015 0.008 0.069 0.065 0.081 0.125 0.106 33 R 0.016 0.012 0.232 0.004 0.101 0.145 0.005 0.003 0.046 0.090 0.163 0.076 0.106 34 K 0.006 0.037 0.290 0.005 0.062 0.072 0.002 0.002 0.024 0.168 0.237 0.015 0.080 35 A 0.001 0.019 0.534 0.003 0.028 0.025 0.001 0.001 0.005 0.262 0.072 0.041 0.008 36 P 0.001 0.009 0.216 0.001 0.107 0.048 0.001 0.001 0.002 0.136 0.468 0.001 0.010 37 S 0.001 0.010 0.193 0.001 0.080 0.021 0.001 0.001 0.001 0.170 0.518 0.003 0.002 38 R 0.001 0.011 0.268 0.001 0.091 0.022 0.001 0.001 0.002 0.312 0.287 0.003 0.003 39 D 0.001 0.015 0.387 0.001 0.033 0.014 0.001 0.001 0.003 0.294 0.246 0.002 0.004 40 E 0.001 0.027 0.404 0.002 0.041 0.015 0.001 0.001 0.004 0.361 0.128 0.011 0.005 41 P 0.001 0.033 0.477 0.002 0.068 0.020 0.001 0.001 0.008 0.212 0.155 0.006 0.018 42 C 0.001 0.067 0.506 0.003 0.059 0.018 0.001 0.001 0.008 0.196 0.107 0.019 0.013 43 S 0.001 0.028 0.518 0.003 0.060 0.019 0.001 0.001 0.007 0.205 0.136 0.007 0.013 44 S 0.001 0.017 0.408 0.003 0.095 0.027 0.001 0.001 0.004 0.235 0.192 0.009 0.010 45 T 0.001 0.015 0.339 0.003 0.095 0.028 0.001 0.001 0.004 0.232 0.264 0.012 0.008 46 S 0.001 0.021 0.405 0.002 0.049 0.019 0.001 0.001 0.004 0.294 0.180 0.006 0.019 47 R 0.001 0.023 0.581 0.002 0.029 0.014 0.001 0.001 0.004 0.248 0.042 0.044 0.011 48 P 0.002 0.045 0.566 0.002 0.066 0.042 0.001 0.001 0.009 0.107 0.084 0.009 0.067 49 A 0.003 0.056 0.491 0.005 0.064 0.056 0.001 0.001 0.007 0.145 0.077 0.065 0.031 50 L 0.003 0.020 0.398 0.005 0.138 0.097 0.001 0.001 0.008 0.101 0.140 0.024 0.066 51 E 0.004 0.010 0.242 0.012 0.132 0.146 0.001 0.001 0.008 0.111 0.263 0.025 0.046 52 E 0.010 0.012 0.146 0.043 0.082 0.127 0.001 0.001 0.007 0.184 0.301 0.047 0.040 53 D 0.074 0.013 0.217 0.027 0.056 0.050 0.006 0.001 0.016 0.120 0.146 0.086 0.188 54 V 0.268 0.011 0.130 0.039 0.021 0.017 0.021 0.004 0.034 0.034 0.031 0.153 0.237 55 I 0.520 0.004 0.031 0.042 0.004 0.003 0.030 0.007 0.031 0.011 0.006 0.103 0.207 56 Y 0.668 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 0.050 0.007 0.012 0.003 0.002 0.149 0.069 57 H 0.702 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.056 0.009 0.014 0.001 0.001 0.089 0.113 58 V 0.681 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.060 0.008 0.012 0.001 0.001 0.083 0.144 59 K 0.417 0.002 0.020 0.015 0.001 0.001 0.029 0.006 0.018 0.003 0.001 0.365 0.123 60 Y 0.146 0.004 0.069 0.016 0.006 0.002 0.017 0.003 0.034 0.015 0.010 0.067 0.611 61 D 0.049 0.008 0.223 0.026 0.015 0.005 0.010 0.002 0.064 0.093 0.099 0.316 0.089 62 D 0.026 0.057 0.233 0.008 0.022 0.004 0.003 0.001 0.015 0.232 0.111 0.035 0.251 63 Y 0.001 0.016 0.592 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.258 0.015 0.096 0.013 64 P 0.001 0.011 0.346 0.003 0.071 0.013 0.001 0.001 0.002 0.081 0.413 0.003 0.054 65 E 0.001 0.004 0.036 0.012 0.096 0.028 0.001 0.001 0.001 0.085 0.722 0.011 0.005 66 N 0.008 0.009 0.115 0.023 0.092 0.015 0.001 0.001 0.003 0.238 0.437 0.022 0.037 67 G 0.030 0.014 0.359 0.028 0.020 0.015 0.004 0.001 0.015 0.134 0.193 0.109 0.077 68 V 0.121 0.036 0.184 0.015 0.013 0.012 0.011 0.003 0.034 0.028 0.016 0.065 0.461 69 V 0.259 0.011 0.036 0.031 0.004 0.004 0.026 0.004 0.019 0.014 0.004 0.470 0.120 70 Q 0.362 0.007 0.029 0.015 0.003 0.004 0.030 0.005 0.026 0.007 0.004 0.119 0.390 71 M 0.222 0.018 0.098 0.014 0.002 0.003 0.028 0.007 0.018 0.015 0.005 0.340 0.229 72 N 0.040 0.011 0.535 0.019 0.005 0.006 0.009 0.001 0.030 0.038 0.016 0.110 0.179 73 S 0.015 0.008 0.354 0.015 0.091 0.058 0.002 0.001 0.008 0.106 0.136 0.034 0.173 74 R 0.005 0.006 0.155 0.031 0.164 0.077 0.001 0.001 0.005 0.176 0.317 0.039 0.024 75 D 0.004 0.012 0.279 0.002 0.133 0.071 0.001 0.001 0.010 0.198 0.227 0.029 0.035 76 V 0.007 0.035 0.421 0.004 0.042 0.117 0.002 0.001 0.012 0.174 0.064 0.019 0.102 77 R 0.006 0.022 0.498 0.005 0.021 0.104 0.001 0.001 0.009 0.082 0.014 0.212 0.027 78 A 0.003 0.005 0.124 0.002 0.077 0.551 0.001 0.001 0.009 0.022 0.085 0.003 0.117 79 R 0.006 0.006 0.144 0.026 0.071 0.494 0.002 0.001 0.008 0.043 0.082 0.103 0.013 80 A 0.003 0.002 0.058 0.002 0.141 0.675 0.001 0.001 0.014 0.013 0.038 0.004 0.050 81 R 0.006 0.003 0.080 0.011 0.074 0.661 0.002 0.003 0.023 0.028 0.071 0.023 0.016 82 T 0.028 0.006 0.067 0.009 0.070 0.570 0.007 0.005 0.032 0.028 0.069 0.056 0.053 83 I 0.056 0.006 0.119 0.005 0.030 0.441 0.017 0.012 0.063 0.026 0.083 0.035 0.109 84 I 0.125 0.035 0.133 0.036 0.020 0.208 0.024 0.022 0.040 0.043 0.051 0.183 0.078 85 K 0.038 0.010 0.351 0.013 0.027 0.157 0.006 0.003 0.028 0.054 0.063 0.078 0.172 86 W 0.017 0.007 0.306 0.015 0.128 0.168 0.002 0.002 0.013 0.064 0.109 0.036 0.134 87 Q 0.009 0.004 0.164 0.031 0.140 0.138 0.001 0.001 0.013 0.110 0.310 0.056 0.024 88 D 0.017 0.012 0.197 0.004 0.125 0.080 0.002 0.001 0.015 0.158 0.245 0.030 0.111 89 L 0.014 0.048 0.539 0.006 0.035 0.029 0.002 0.002 0.014 0.132 0.040 0.083 0.056 90 E 0.007 0.019 0.707 0.004 0.019 0.013 0.003 0.001 0.016 0.071 0.041 0.033 0.067 91 V 0.004 0.007 0.262 0.031 0.064 0.020 0.002 0.002 0.028 0.145 0.365 0.020 0.051 92 G 0.004 0.003 0.253 0.067 0.021 0.003 0.002 0.001 0.034 0.267 0.301 0.024 0.020 93 Q 0.017 0.004 0.368 0.025 0.010 0.001 0.010 0.014 0.169 0.226 0.022 0.067 0.067 94 V 0.080 0.005 0.064 0.012 0.001 0.001 0.096 0.142 0.414 0.017 0.002 0.044 0.123 95 V 0.134 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.243 0.412 0.138 0.001 0.001 0.042 0.017 96 M 0.079 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.174 0.687 0.039 0.001 0.001 0.006 0.008 97 L 0.086 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.185 0.528 0.154 0.001 0.001 0.017 0.011 98 N 0.098 0.003 0.079 0.008 0.003 0.002 0.139 0.159 0.371 0.010 0.008 0.040 0.081 99 Y 0.024 0.021 0.433 0.013 0.009 0.005 0.015 0.022 0.125 0.171 0.050 0.045 0.066 100 N 0.001 0.008 0.705 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 0.011 0.203 0.034 0.010 0.011 101 P 0.001 0.009 0.127 0.002 0.226 0.031 0.001 0.001 0.003 0.214 0.374 0.004 0.009 102 D 0.001 0.016 0.127 0.002 0.114 0.039 0.001 0.001 0.002 0.312 0.375 0.005 0.007 103 N 0.001 0.027 0.474 0.001 0.041 0.025 0.001 0.001 0.002 0.352 0.040 0.028 0.009 104 P 0.001 0.025 0.349 0.003 0.112 0.115 0.001 0.001 0.006 0.150 0.188 0.004 0.045 105 K 0.002 0.020 0.148 0.011 0.148 0.147 0.001 0.001 0.005 0.119 0.357 0.030 0.012 106 E 0.012 0.019 0.155 0.011 0.287 0.073 0.002 0.001 0.011 0.111 0.183 0.017 0.118 107 R 0.020 0.018 0.345 0.032 0.038 0.030 0.003 0.001 0.029 0.173 0.209 0.063 0.038 108 G 0.029 0.014 0.398 0.030 0.009 0.018 0.007 0.003 0.023 0.161 0.199 0.044 0.065 109 F 0.147 0.018 0.254 0.017 0.007 0.023 0.024 0.004 0.027 0.074 0.034 0.145 0.225 110 W 0.361 0.022 0.038 0.015 0.007 0.014 0.026 0.007 0.020 0.016 0.009 0.126 0.339 111 Y 0.350 0.015 0.043 0.052 0.004 0.020 0.025 0.010 0.017 0.017 0.013 0.270 0.162 112 D 0.115 0.005 0.238 0.026 0.009 0.043 0.013 0.006 0.040 0.029 0.014 0.108 0.354 113 A 0.099 0.005 0.084 0.056 0.053 0.353 0.008 0.004 0.019 0.031 0.058 0.066 0.164 114 E 0.190 0.006 0.024 0.039 0.054 0.338 0.006 0.001 0.009 0.020 0.057 0.152 0.105 115 I 0.194 0.007 0.031 0.004 0.045 0.332 0.008 0.002 0.007 0.018 0.030 0.072 0.249 116 S 0.123 0.010 0.087 0.033 0.023 0.423 0.005 0.003 0.015 0.026 0.044 0.102 0.106 117 R 0.064 0.005 0.046 0.008 0.033 0.600 0.003 0.001 0.005 0.015 0.053 0.070 0.098 118 K 0.034 0.003 0.043 0.007 0.037 0.658 0.001 0.001 0.003 0.016 0.078 0.019 0.099 119 R 0.023 0.005 0.085 0.009 0.035 0.575 0.001 0.001 0.003 0.048 0.081 0.093 0.039 120 E 0.008 0.004 0.117 0.002 0.050 0.595 0.001 0.001 0.004 0.039 0.102 0.017 0.061 121 T 0.005 0.006 0.122 0.003 0.043 0.644 0.001 0.001 0.004 0.041 0.084 0.018 0.028 122 R 0.005 0.007 0.115 0.004 0.035 0.665 0.001 0.001 0.004 0.054 0.061 0.023 0.027 123 T 0.005 0.007 0.126 0.002 0.040 0.638 0.001 0.001 0.003 0.042 0.070 0.023 0.044 124 A 0.002 0.004 0.104 0.003 0.049 0.705 0.001 0.001 0.004 0.022 0.070 0.011 0.026 125 R 0.003 0.002 0.066 0.006 0.057 0.735 0.001 0.001 0.004 0.030 0.065 0.012 0.018 126 E 0.015 0.004 0.061 0.008 0.070 0.663 0.002 0.001 0.005 0.043 0.062 0.025 0.042 127 L 0.059 0.004 0.069 0.012 0.070 0.525 0.009 0.006 0.016 0.032 0.055 0.060 0.083 128 Y 0.127 0.005 0.088 0.035 0.036 0.363 0.017 0.017 0.071 0.023 0.054 0.055 0.108 129 A 0.264 0.005 0.065 0.048 0.022 0.196 0.041 0.029 0.048 0.027 0.044 0.120 0.092 130 N 0.248 0.004 0.064 0.023 0.017 0.138 0.076 0.068 0.082 0.019 0.039 0.085 0.137 131 V 0.205 0.009 0.084 0.017 0.014 0.081 0.095 0.078 0.134 0.019 0.045 0.092 0.126 132 V 0.136 0.028 0.175 0.027 0.016 0.043 0.045 0.042 0.130 0.051 0.090 0.111 0.105 133 L 0.021 0.028 0.448 0.008 0.020 0.024 0.013 0.009 0.050 0.119 0.140 0.039 0.081 134 G 0.003 0.012 0.457 0.011 0.029 0.014 0.001 0.002 0.016 0.216 0.204 0.013 0.023 135 D 0.001 0.009 0.298 0.010 0.073 0.024 0.001 0.001 0.003 0.302 0.266 0.006 0.008 136 D 0.001 0.015 0.223 0.003 0.123 0.043 0.001 0.001 0.003 0.300 0.269 0.011 0.008 137 S 0.003 0.051 0.322 0.003 0.179 0.051 0.001 0.001 0.007 0.149 0.193 0.007 0.032 138 L 0.006 0.034 0.447 0.007 0.115 0.073 0.002 0.003 0.013 0.170 0.067 0.033 0.031 139 N 0.007 0.011 0.151 0.081 0.094 0.073 0.004 0.002 0.012 0.194 0.317 0.020 0.034 140 D 0.008 0.006 0.128 0.020 0.055 0.051 0.003 0.002 0.017 0.140 0.523 0.025 0.024 141 C 0.031 0.009 0.493 0.015 0.036 0.059 0.009 0.008 0.068 0.086 0.043 0.036 0.107 142 R 0.073 0.020 0.152 0.023 0.014 0.060 0.026 0.029 0.175 0.061 0.024 0.262 0.083 143 I 0.087 0.014 0.083 0.009 0.009 0.073 0.073 0.072 0.221 0.016 0.017 0.026 0.299 144 I 0.104 0.024 0.114 0.056 0.005 0.075 0.060 0.071 0.094 0.031 0.012 0.296 0.057 145 F 0.056 0.008 0.240 0.014 0.024 0.133 0.022 0.024 0.126 0.028 0.033 0.046 0.246 146 V 0.021 0.003 0.143 0.027 0.050 0.468 0.004 0.006 0.039 0.050 0.098 0.026 0.064 147 D 0.027 0.003 0.072 0.041 0.119 0.527 0.003 0.002 0.012 0.067 0.066 0.026 0.035 148 E 0.047 0.003 0.045 0.009 0.088 0.558 0.005 0.002 0.012 0.030 0.060 0.080 0.060 149 V 0.101 0.005 0.041 0.010 0.043 0.369 0.012 0.005 0.031 0.012 0.053 0.034 0.283 150 F 0.229 0.009 0.048 0.040 0.021 0.208 0.013 0.006 0.019 0.017 0.030 0.292 0.068 151 K 0.121 0.005 0.112 0.013 0.026 0.193 0.012 0.004 0.031 0.026 0.057 0.092 0.307 152 I 0.096 0.007 0.186 0.009 0.025 0.131 0.015 0.004 0.030 0.054 0.094 0.104 0.245 153 E 0.059 0.021 0.298 0.023 0.018 0.076 0.011 0.002 0.028 0.128 0.160 0.105 0.072 154 R 0.005 0.015 0.576 0.002 0.008 0.016 0.002 0.001 0.012 0.209 0.063 0.040 0.053 155 P 0.001 0.006 0.863 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.006 0.060 0.032 0.004 0.012