# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.43603 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.150 0.026 0.006 0.027 0.022 0.029 0.103 0.008 0.001 0.079 0.549 2 T 0.085 0.083 0.003 0.027 0.027 0.038 0.121 0.005 0.001 0.051 0.561 3 E 0.053 0.149 0.003 0.038 0.030 0.068 0.090 0.005 0.001 0.051 0.513 4 L 0.022 0.072 0.003 0.038 0.073 0.112 0.110 0.003 0.001 0.083 0.484 5 G 0.051 0.136 0.002 0.104 0.117 0.261 0.055 0.007 0.001 0.061 0.204 6 L 0.022 0.029 0.003 0.056 0.110 0.190 0.073 0.002 0.001 0.131 0.383 7 Y 0.008 0.020 0.004 0.145 0.237 0.219 0.074 0.001 0.001 0.044 0.248 8 K 0.156 0.096 0.006 0.052 0.097 0.175 0.049 0.009 0.001 0.083 0.276 9 V 0.286 0.081 0.004 0.047 0.036 0.038 0.085 0.017 0.002 0.050 0.354 10 N 0.105 0.066 0.008 0.022 0.036 0.053 0.105 0.007 0.001 0.076 0.522 11 E 0.047 0.039 0.001 0.056 0.032 0.090 0.123 0.004 0.001 0.048 0.558 12 Y 0.027 0.027 0.003 0.051 0.025 0.034 0.126 0.002 0.001 0.106 0.597 13 V 0.017 0.046 0.003 0.041 0.075 0.081 0.137 0.008 0.001 0.045 0.546 14 D 0.246 0.053 0.003 0.027 0.014 0.025 0.074 0.011 0.002 0.239 0.305 15 A 0.094 0.037 0.009 0.027 0.018 0.019 0.127 0.007 0.004 0.096 0.562 16 R 0.112 0.112 0.005 0.029 0.008 0.018 0.122 0.012 0.002 0.051 0.530 17 D 0.304 0.052 0.017 0.024 0.005 0.010 0.082 0.027 0.008 0.112 0.358 18 T 0.118 0.121 0.006 0.026 0.009 0.010 0.131 0.005 0.001 0.033 0.540 19 N 0.057 0.288 0.003 0.015 0.009 0.021 0.060 0.006 0.001 0.025 0.515 20 M 0.038 0.400 0.003 0.015 0.014 0.029 0.099 0.005 0.001 0.032 0.364 21 G 0.038 0.563 0.003 0.019 0.025 0.050 0.050 0.004 0.001 0.050 0.197 22 A 0.034 0.492 0.004 0.024 0.063 0.129 0.040 0.005 0.001 0.042 0.167 23 W 0.053 0.357 0.004 0.037 0.066 0.191 0.047 0.006 0.001 0.103 0.136 24 F 0.041 0.262 0.007 0.044 0.145 0.257 0.034 0.004 0.001 0.059 0.146 25 E 0.020 0.190 0.004 0.066 0.136 0.381 0.028 0.003 0.001 0.055 0.118 26 A 0.025 0.109 0.005 0.080 0.192 0.311 0.036 0.004 0.001 0.060 0.176 27 Q 0.018 0.052 0.002 0.078 0.321 0.380 0.025 0.003 0.001 0.038 0.083 28 V 0.015 0.022 0.004 0.064 0.233 0.310 0.040 0.002 0.001 0.104 0.204 29 V 0.008 0.015 0.002 0.110 0.415 0.247 0.037 0.001 0.001 0.041 0.125 30 R 0.043 0.042 0.005 0.097 0.186 0.236 0.048 0.006 0.001 0.055 0.282 31 V 0.044 0.011 0.002 0.061 0.155 0.166 0.091 0.008 0.001 0.050 0.410 32 T 0.073 0.009 0.003 0.049 0.095 0.124 0.081 0.003 0.001 0.076 0.486 33 R 0.011 0.003 0.001 0.025 0.069 0.084 0.113 0.001 0.001 0.038 0.655 34 K 0.037 0.009 0.002 0.017 0.023 0.025 0.114 0.003 0.001 0.037 0.732 35 A 0.289 0.016 0.005 0.012 0.019 0.017 0.088 0.013 0.002 0.049 0.489 36 P 0.146 0.011 0.002 0.010 0.007 0.011 0.100 0.008 0.002 0.033 0.670 37 S 0.125 0.004 0.002 0.010 0.008 0.015 0.083 0.002 0.001 0.028 0.722 38 R 0.019 0.004 0.001 0.016 0.013 0.021 0.120 0.001 0.001 0.018 0.787 39 D 0.041 0.006 0.001 0.007 0.008 0.013 0.107 0.002 0.001 0.033 0.782 40 E 0.063 0.006 0.001 0.016 0.033 0.038 0.157 0.002 0.001 0.060 0.624 41 P 0.031 0.005 0.001 0.019 0.012 0.020 0.131 0.002 0.001 0.054 0.725 42 C 0.048 0.004 0.002 0.034 0.032 0.043 0.143 0.002 0.001 0.052 0.639 43 S 0.122 0.010 0.001 0.028 0.015 0.025 0.105 0.004 0.001 0.036 0.653 44 S 0.113 0.006 0.001 0.015 0.012 0.016 0.103 0.002 0.001 0.033 0.699 45 T 0.012 0.009 0.001 0.017 0.017 0.028 0.146 0.001 0.001 0.021 0.748 46 S 0.029 0.033 0.001 0.013 0.012 0.022 0.109 0.002 0.001 0.020 0.759 47 R 0.130 0.042 0.002 0.013 0.027 0.038 0.126 0.005 0.001 0.055 0.563 48 P 0.050 0.052 0.003 0.016 0.020 0.036 0.125 0.003 0.001 0.055 0.641 49 A 0.088 0.045 0.006 0.021 0.023 0.048 0.100 0.004 0.001 0.078 0.585 50 L 0.257 0.091 0.003 0.016 0.025 0.047 0.087 0.005 0.001 0.039 0.429 51 E 0.138 0.080 0.002 0.010 0.019 0.038 0.080 0.005 0.001 0.045 0.583 52 E 0.022 0.035 0.004 0.022 0.078 0.175 0.109 0.002 0.001 0.075 0.478 53 D 0.019 0.024 0.004 0.056 0.090 0.254 0.085 0.002 0.001 0.139 0.326 54 V 0.007 0.009 0.001 0.115 0.325 0.346 0.040 0.001 0.001 0.041 0.117 55 I 0.003 0.005 0.001 0.090 0.174 0.488 0.032 0.001 0.001 0.034 0.173 56 Y 0.001 0.002 0.001 0.107 0.310 0.456 0.024 0.001 0.001 0.012 0.089 57 H 0.003 0.002 0.001 0.199 0.263 0.412 0.016 0.001 0.001 0.029 0.076 58 V 0.001 0.001 0.001 0.132 0.477 0.265 0.024 0.001 0.001 0.015 0.085 59 K 0.030 0.004 0.002 0.167 0.287 0.264 0.031 0.003 0.001 0.032 0.179 60 Y 0.376 0.003 0.001 0.063 0.072 0.061 0.054 0.004 0.001 0.076 0.290 61 D 0.015 0.002 0.001 0.028 0.024 0.037 0.119 0.001 0.001 0.020 0.753 62 D 0.010 0.002 0.002 0.017 0.015 0.027 0.092 0.001 0.001 0.025 0.809 63 Y 0.202 0.008 0.013 0.026 0.050 0.030 0.092 0.010 0.001 0.103 0.464 64 P 0.504 0.028 0.001 0.005 0.012 0.012 0.069 0.012 0.001 0.032 0.324 65 E 0.076 0.022 0.002 0.008 0.019 0.037 0.074 0.003 0.001 0.042 0.717 66 N 0.010 0.023 0.002 0.020 0.035 0.074 0.097 0.001 0.001 0.040 0.699 67 G 0.026 0.028 0.002 0.050 0.157 0.316 0.075 0.003 0.001 0.069 0.273 68 V 0.012 0.008 0.001 0.032 0.203 0.247 0.083 0.002 0.001 0.088 0.325 69 V 0.008 0.007 0.001 0.064 0.280 0.334 0.047 0.001 0.001 0.042 0.217 70 Q 0.014 0.006 0.001 0.056 0.163 0.306 0.060 0.001 0.001 0.060 0.332 71 M 0.019 0.005 0.002 0.093 0.156 0.146 0.102 0.002 0.001 0.063 0.412 72 N 0.136 0.028 0.003 0.065 0.088 0.094 0.084 0.006 0.001 0.051 0.444 73 S 0.103 0.031 0.001 0.026 0.023 0.029 0.090 0.005 0.001 0.041 0.650 74 R 0.027 0.038 0.001 0.021 0.036 0.043 0.120 0.002 0.001 0.035 0.677 75 D 0.008 0.082 0.001 0.042 0.035 0.097 0.123 0.001 0.001 0.070 0.541 76 V 0.013 0.332 0.001 0.026 0.025 0.034 0.065 0.003 0.001 0.051 0.449 77 R 0.083 0.664 0.002 0.007 0.024 0.024 0.020 0.012 0.001 0.067 0.098 78 A 0.051 0.289 0.005 0.009 0.016 0.031 0.027 0.005 0.001 0.460 0.107 79 R 0.034 0.567 0.008 0.017 0.020 0.044 0.036 0.006 0.002 0.106 0.159 80 A 0.046 0.688 0.008 0.016 0.027 0.043 0.023 0.011 0.001 0.037 0.100 81 R 0.089 0.432 0.015 0.012 0.025 0.058 0.037 0.019 0.008 0.083 0.222 82 T 0.124 0.440 0.005 0.013 0.045 0.080 0.033 0.007 0.001 0.031 0.221 83 I 0.067 0.118 0.013 0.020 0.040 0.072 0.067 0.006 0.003 0.082 0.512 84 I 0.021 0.038 0.014 0.037 0.175 0.151 0.151 0.003 0.002 0.048 0.358 85 K 0.255 0.165 0.004 0.013 0.036 0.063 0.050 0.010 0.002 0.030 0.372 86 W 0.500 0.060 0.002 0.005 0.010 0.014 0.051 0.009 0.002 0.024 0.322 87 Q 0.039 0.043 0.003 0.010 0.037 0.065 0.120 0.002 0.001 0.026 0.653 88 D 0.042 0.013 0.014 0.030 0.038 0.117 0.088 0.003 0.003 0.065 0.589 89 L 0.066 0.003 0.006 0.029 0.109 0.101 0.139 0.002 0.001 0.075 0.469 90 E 0.228 0.008 0.004 0.033 0.056 0.077 0.074 0.005 0.001 0.096 0.420 91 V 0.018 0.004 0.001 0.039 0.038 0.085 0.158 0.001 0.001 0.044 0.612 92 G 0.003 0.002 0.001 0.105 0.059 0.152 0.137 0.001 0.001 0.044 0.497 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.239 0.228 0.334 0.049 0.001 0.001 0.037 0.110 94 V 0.001 0.001 0.001 0.451 0.170 0.222 0.018 0.001 0.001 0.067 0.068 95 V 0.001 0.001 0.001 0.558 0.208 0.126 0.014 0.001 0.001 0.030 0.060 96 M 0.004 0.002 0.001 0.493 0.139 0.205 0.019 0.001 0.001 0.058 0.078 97 L 0.008 0.001 0.001 0.485 0.119 0.134 0.046 0.001 0.001 0.053 0.152 98 N 0.004 0.002 0.002 0.336 0.094 0.150 0.088 0.001 0.001 0.062 0.262 99 Y 0.012 0.004 0.002 0.128 0.064 0.086 0.141 0.004 0.001 0.047 0.513 100 N 0.480 0.009 0.003 0.035 0.025 0.028 0.074 0.018 0.002 0.089 0.238 101 P 0.020 0.003 0.001 0.011 0.016 0.022 0.168 0.001 0.001 0.051 0.704 102 D 0.015 0.009 0.002 0.009 0.006 0.021 0.098 0.001 0.001 0.020 0.819 103 N 0.376 0.017 0.004 0.009 0.008 0.013 0.092 0.010 0.001 0.047 0.422 104 P 0.180 0.011 0.009 0.009 0.007 0.011 0.130 0.012 0.005 0.072 0.552 105 K 0.158 0.011 0.003 0.008 0.013 0.022 0.080 0.002 0.001 0.025 0.677 106 E 0.066 0.010 0.001 0.013 0.012 0.022 0.090 0.002 0.001 0.024 0.761 107 R 0.011 0.012 0.001 0.021 0.035 0.057 0.155 0.001 0.001 0.029 0.678 108 G 0.021 0.029 0.001 0.050 0.089 0.163 0.102 0.002 0.001 0.081 0.460 109 F 0.015 0.029 0.001 0.078 0.155 0.186 0.093 0.001 0.001 0.059 0.382 110 W 0.006 0.057 0.001 0.088 0.166 0.277 0.055 0.001 0.001 0.066 0.282 111 Y 0.025 0.201 0.001 0.062 0.120 0.179 0.052 0.006 0.001 0.068 0.286 112 D 0.042 0.145 0.003 0.053 0.090 0.143 0.048 0.004 0.001 0.326 0.145 113 A 0.013 0.283 0.005 0.059 0.089 0.104 0.057 0.003 0.001 0.149 0.238 114 E 0.031 0.560 0.005 0.037 0.058 0.101 0.026 0.010 0.001 0.075 0.095 115 I 0.085 0.472 0.009 0.024 0.032 0.054 0.037 0.018 0.003 0.090 0.176 116 S 0.074 0.353 0.010 0.015 0.053 0.074 0.043 0.008 0.003 0.089 0.278 117 R 0.047 0.154 0.011 0.015 0.042 0.075 0.053 0.004 0.001 0.277 0.320 118 K 0.094 0.230 0.006 0.013 0.022 0.027 0.101 0.011 0.003 0.128 0.365 119 R 0.075 0.168 0.008 0.011 0.031 0.025 0.090 0.007 0.002 0.232 0.353 120 E 0.018 0.251 0.004 0.010 0.012 0.026 0.073 0.006 0.002 0.096 0.502 121 T 0.046 0.603 0.003 0.004 0.010 0.011 0.035 0.004 0.001 0.066 0.218 122 R 0.026 0.616 0.006 0.005 0.014 0.016 0.033 0.007 0.001 0.052 0.224 123 T 0.033 0.795 0.003 0.003 0.005 0.012 0.017 0.003 0.001 0.033 0.094 124 A 0.058 0.751 0.004 0.003 0.004 0.008 0.016 0.007 0.001 0.020 0.128 125 R 0.098 0.611 0.008 0.007 0.013 0.026 0.031 0.005 0.001 0.060 0.142 126 E 0.078 0.258 0.015 0.015 0.016 0.048 0.063 0.005 0.003 0.186 0.313 127 L 0.055 0.213 0.015 0.061 0.070 0.121 0.082 0.006 0.002 0.101 0.274 128 Y 0.081 0.132 0.008 0.052 0.058 0.178 0.074 0.010 0.003 0.070 0.334 129 A 0.022 0.039 0.002 0.071 0.167 0.207 0.069 0.002 0.001 0.029 0.392 130 N 0.024 0.031 0.004 0.146 0.126 0.267 0.038 0.002 0.001 0.064 0.296 131 V 0.016 0.009 0.003 0.211 0.219 0.157 0.065 0.002 0.001 0.049 0.270 132 V 0.057 0.011 0.003 0.179 0.141 0.111 0.082 0.003 0.001 0.059 0.354 133 L 0.065 0.010 0.002 0.105 0.065 0.062 0.112 0.003 0.001 0.055 0.521 134 G 0.108 0.051 0.001 0.030 0.010 0.018 0.108 0.008 0.001 0.027 0.638 135 D 0.109 0.029 0.003 0.012 0.012 0.016 0.131 0.003 0.001 0.112 0.572 136 D 0.020 0.043 0.007 0.032 0.033 0.046 0.144 0.003 0.001 0.058 0.612 137 S 0.124 0.088 0.011 0.029 0.032 0.081 0.101 0.012 0.002 0.096 0.425 138 L 0.297 0.036 0.007 0.024 0.026 0.052 0.089 0.015 0.004 0.087 0.362 139 N 0.094 0.054 0.003 0.027 0.053 0.112 0.089 0.003 0.001 0.042 0.522 140 D 0.007 0.023 0.001 0.033 0.034 0.126 0.094 0.001 0.001 0.028 0.653 141 C 0.007 0.022 0.001 0.080 0.212 0.232 0.105 0.001 0.001 0.048 0.293 142 R 0.012 0.065 0.001 0.150 0.185 0.352 0.041 0.003 0.001 0.037 0.154 143 I 0.012 0.039 0.001 0.161 0.163 0.164 0.059 0.001 0.001 0.067 0.332 144 I 0.004 0.045 0.002 0.165 0.300 0.317 0.028 0.001 0.001 0.029 0.109 145 F 0.084 0.324 0.003 0.064 0.085 0.144 0.029 0.007 0.001 0.054 0.207 146 V 0.160 0.410 0.004 0.033 0.076 0.069 0.036 0.011 0.001 0.045 0.154 147 D 0.040 0.295 0.009 0.013 0.061 0.127 0.053 0.005 0.001 0.073 0.323 148 E 0.078 0.152 0.008 0.029 0.104 0.288 0.049 0.007 0.002 0.080 0.203 149 V 0.070 0.066 0.008 0.022 0.105 0.186 0.076 0.007 0.004 0.084 0.372 150 F 0.026 0.015 0.005 0.023 0.297 0.256 0.044 0.003 0.001 0.034 0.295 151 K 0.043 0.006 0.003 0.025 0.153 0.284 0.047 0.002 0.001 0.060 0.376 152 I 0.022 0.001 0.001 0.017 0.123 0.097 0.090 0.001 0.001 0.033 0.615 153 E 0.010 0.001 0.001 0.026 0.119 0.115 0.095 0.001 0.001 0.018 0.615 154 R 0.048 0.002 0.001 0.015 0.019 0.025 0.090 0.001 0.001 0.022 0.777 155 P 0.024 0.002 0.001 0.018 0.019 0.016 0.126 0.001 0.001 0.015 0.778