# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.43603 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.342 0.016 0.012 0.028 0.026 0.084 0.113 0.378 2 T 0.049 0.020 0.012 0.019 0.023 0.152 0.034 0.691 3 E 0.039 0.024 0.013 0.021 0.058 0.102 0.076 0.667 4 L 0.029 0.034 0.033 0.078 0.117 0.135 0.057 0.516 5 G 0.015 0.035 0.090 0.167 0.298 0.064 0.065 0.266 6 L 0.024 0.018 0.080 0.145 0.166 0.068 0.113 0.386 7 Y 0.022 0.021 0.163 0.192 0.289 0.055 0.035 0.223 8 K 0.046 0.028 0.116 0.111 0.177 0.067 0.084 0.372 9 V 0.104 0.035 0.062 0.060 0.091 0.095 0.097 0.455 10 N 0.095 0.033 0.058 0.043 0.057 0.122 0.101 0.491 11 E 0.022 0.053 0.090 0.070 0.105 0.117 0.047 0.496 12 Y 0.024 0.044 0.082 0.051 0.096 0.119 0.078 0.506 13 V 0.025 0.038 0.116 0.103 0.102 0.112 0.086 0.419 14 D 0.164 0.072 0.076 0.033 0.050 0.087 0.241 0.277 15 A 0.061 0.030 0.097 0.035 0.051 0.131 0.159 0.436 16 R 0.031 0.028 0.099 0.030 0.049 0.141 0.054 0.569 17 D 0.145 0.051 0.052 0.014 0.020 0.100 0.205 0.413 18 T 0.102 0.063 0.037 0.028 0.031 0.158 0.058 0.524 19 N 0.095 0.135 0.013 0.018 0.024 0.145 0.074 0.496 20 M 0.035 0.143 0.028 0.029 0.078 0.174 0.111 0.401 21 G 0.012 0.246 0.034 0.055 0.219 0.074 0.072 0.290 22 A 0.009 0.189 0.028 0.184 0.364 0.033 0.062 0.130 23 W 0.009 0.111 0.067 0.202 0.274 0.025 0.196 0.115 24 F 0.007 0.110 0.038 0.252 0.422 0.016 0.085 0.070 25 E 0.009 0.090 0.047 0.232 0.423 0.017 0.081 0.102 26 A 0.008 0.032 0.058 0.314 0.446 0.015 0.042 0.086 27 Q 0.012 0.034 0.055 0.384 0.338 0.021 0.049 0.106 28 V 0.032 0.020 0.079 0.169 0.264 0.049 0.119 0.267 29 V 0.023 0.030 0.083 0.230 0.182 0.074 0.068 0.310 30 R 0.027 0.030 0.075 0.097 0.235 0.075 0.047 0.414 31 V 0.067 0.021 0.043 0.123 0.097 0.082 0.058 0.509 32 T 0.149 0.023 0.040 0.054 0.085 0.095 0.086 0.467 33 R 0.023 0.010 0.019 0.028 0.051 0.114 0.039 0.717 34 K 0.020 0.012 0.021 0.018 0.031 0.104 0.037 0.758 35 A 0.213 0.030 0.018 0.018 0.018 0.081 0.092 0.529 36 P 0.164 0.015 0.014 0.009 0.013 0.074 0.040 0.672 37 S 0.191 0.013 0.007 0.007 0.009 0.067 0.053 0.653 38 R 0.059 0.010 0.006 0.006 0.009 0.107 0.028 0.775 39 D 0.045 0.010 0.008 0.011 0.014 0.109 0.041 0.762 40 E 0.057 0.012 0.018 0.048 0.050 0.115 0.082 0.618 41 P 0.055 0.008 0.029 0.034 0.043 0.120 0.078 0.633 42 C 0.061 0.006 0.039 0.038 0.045 0.131 0.066 0.614 43 S 0.105 0.011 0.036 0.021 0.038 0.108 0.049 0.632 44 S 0.164 0.015 0.016 0.013 0.018 0.095 0.055 0.624 45 T 0.035 0.018 0.015 0.022 0.032 0.126 0.029 0.724 46 S 0.033 0.040 0.011 0.018 0.034 0.113 0.037 0.714 47 R 0.133 0.087 0.016 0.034 0.040 0.099 0.107 0.484 48 P 0.091 0.058 0.015 0.043 0.050 0.102 0.066 0.574 49 A 0.060 0.026 0.014 0.030 0.049 0.105 0.057 0.659 50 L 0.116 0.045 0.017 0.027 0.042 0.117 0.080 0.558 51 E 0.164 0.055 0.010 0.014 0.022 0.120 0.082 0.532 52 E 0.027 0.034 0.026 0.065 0.100 0.135 0.050 0.563 53 D 0.006 0.016 0.064 0.070 0.264 0.097 0.063 0.420 54 V 0.004 0.005 0.079 0.270 0.390 0.045 0.068 0.139 55 I 0.004 0.006 0.137 0.265 0.335 0.028 0.080 0.145 56 Y 0.002 0.002 0.118 0.388 0.396 0.010 0.033 0.051 57 H 0.004 0.002 0.168 0.241 0.350 0.025 0.056 0.154 58 V 0.008 0.001 0.119 0.433 0.329 0.023 0.015 0.072 59 K 0.014 0.002 0.132 0.182 0.346 0.046 0.043 0.235 60 Y 0.079 0.004 0.039 0.107 0.172 0.097 0.053 0.448 61 D 0.025 0.003 0.042 0.100 0.131 0.108 0.033 0.557 62 D 0.013 0.003 0.021 0.042 0.072 0.099 0.031 0.720 63 Y 0.138 0.010 0.016 0.037 0.037 0.109 0.104 0.550 64 P 0.304 0.018 0.005 0.015 0.013 0.098 0.059 0.487 65 E 0.056 0.010 0.006 0.013 0.040 0.106 0.049 0.719 66 N 0.013 0.007 0.015 0.043 0.116 0.121 0.039 0.645 67 G 0.007 0.005 0.036 0.226 0.428 0.054 0.035 0.209 68 V 0.008 0.005 0.037 0.259 0.283 0.049 0.070 0.288 69 V 0.006 0.002 0.092 0.434 0.265 0.028 0.049 0.123 70 Q 0.004 0.001 0.067 0.184 0.460 0.043 0.030 0.211 71 M 0.014 0.002 0.101 0.248 0.186 0.071 0.023 0.355 72 N 0.295 0.038 0.058 0.053 0.050 0.059 0.185 0.264 73 S 0.195 0.033 0.016 0.008 0.020 0.081 0.048 0.598 74 R 0.043 0.031 0.027 0.049 0.038 0.120 0.027 0.665 75 D 0.028 0.073 0.035 0.032 0.083 0.116 0.051 0.582 76 V 0.032 0.155 0.018 0.056 0.047 0.117 0.048 0.527 77 R 0.144 0.383 0.013 0.045 0.047 0.061 0.094 0.212 78 A 0.077 0.136 0.017 0.022 0.039 0.093 0.268 0.347 79 R 0.056 0.241 0.029 0.036 0.074 0.090 0.141 0.334 80 A 0.060 0.208 0.032 0.053 0.102 0.078 0.106 0.361 81 R 0.035 0.138 0.066 0.067 0.128 0.074 0.101 0.390 82 T 0.024 0.058 0.097 0.159 0.237 0.057 0.096 0.273 83 I 0.029 0.031 0.096 0.110 0.155 0.087 0.070 0.421 84 I 0.050 0.025 0.135 0.150 0.144 0.087 0.042 0.365 85 K 0.125 0.065 0.035 0.029 0.053 0.066 0.117 0.511 86 W 0.231 0.030 0.018 0.015 0.022 0.094 0.065 0.525 87 Q 0.066 0.034 0.035 0.067 0.051 0.100 0.067 0.579 88 D 0.042 0.018 0.029 0.017 0.055 0.100 0.083 0.657 89 L 0.104 0.011 0.024 0.058 0.051 0.144 0.048 0.560 90 E 0.096 0.023 0.038 0.067 0.101 0.120 0.075 0.480 91 V 0.020 0.013 0.021 0.021 0.066 0.132 0.057 0.672 92 G 0.010 0.014 0.091 0.069 0.188 0.134 0.048 0.447 93 Q 0.002 0.009 0.260 0.135 0.314 0.048 0.072 0.158 94 V 0.002 0.004 0.484 0.092 0.139 0.028 0.094 0.156 95 V 0.005 0.005 0.374 0.242 0.220 0.026 0.049 0.078 96 M 0.016 0.002 0.437 0.108 0.243 0.023 0.072 0.098 97 L 0.013 0.003 0.246 0.205 0.155 0.054 0.064 0.261 98 N 0.004 0.002 0.165 0.156 0.266 0.133 0.028 0.245 99 Y 0.003 0.002 0.121 0.074 0.089 0.154 0.020 0.536 100 N 0.676 0.028 0.006 0.004 0.004 0.016 0.221 0.044 101 P 0.074 0.028 0.015 0.014 0.021 0.136 0.073 0.639 102 D 0.004 0.005 0.004 0.007 0.012 0.104 0.009 0.854 103 N 0.218 0.039 0.010 0.017 0.026 0.076 0.249 0.365 104 P 0.160 0.019 0.013 0.024 0.020 0.117 0.165 0.482 105 K 0.186 0.009 0.008 0.032 0.027 0.077 0.045 0.616 106 E 0.101 0.012 0.014 0.016 0.027 0.124 0.040 0.666 107 R 0.025 0.012 0.039 0.035 0.100 0.159 0.039 0.590 108 G 0.010 0.013 0.043 0.106 0.284 0.079 0.043 0.423 109 F 0.005 0.019 0.059 0.285 0.366 0.040 0.050 0.176 110 W 0.008 0.044 0.085 0.245 0.282 0.045 0.069 0.222 111 Y 0.009 0.127 0.049 0.269 0.312 0.029 0.072 0.133 112 D 0.010 0.073 0.033 0.135 0.335 0.019 0.284 0.111 113 A 0.008 0.136 0.039 0.269 0.335 0.023 0.089 0.101 114 E 0.015 0.207 0.055 0.263 0.266 0.022 0.070 0.101 115 I 0.033 0.276 0.049 0.133 0.149 0.033 0.076 0.250 116 S 0.054 0.318 0.030 0.087 0.183 0.037 0.052 0.239 117 R 0.075 0.094 0.049 0.071 0.093 0.056 0.238 0.324 118 K 0.130 0.140 0.016 0.027 0.029 0.066 0.165 0.426 119 R 0.082 0.127 0.020 0.023 0.020 0.079 0.157 0.493 120 E 0.020 0.312 0.015 0.008 0.020 0.054 0.051 0.520 121 T 0.081 0.458 0.009 0.011 0.013 0.042 0.083 0.303 122 R 0.020 0.619 0.014 0.019 0.023 0.031 0.039 0.235 123 T 0.023 0.762 0.006 0.007 0.013 0.020 0.026 0.143 124 A 0.041 0.701 0.014 0.009 0.013 0.022 0.071 0.129 125 R 0.077 0.535 0.013 0.020 0.033 0.042 0.090 0.190 126 E 0.048 0.145 0.041 0.024 0.051 0.069 0.304 0.320 127 L 0.030 0.130 0.096 0.057 0.100 0.090 0.213 0.284 128 Y 0.027 0.087 0.111 0.071 0.116 0.090 0.105 0.392 129 A 0.020 0.053 0.152 0.131 0.203 0.062 0.059 0.322 130 N 0.020 0.020 0.249 0.096 0.179 0.059 0.104 0.274 131 V 0.022 0.006 0.217 0.170 0.171 0.066 0.059 0.287 132 V 0.037 0.006 0.187 0.081 0.145 0.093 0.047 0.404 133 L 0.070 0.007 0.108 0.037 0.047 0.121 0.081 0.529 134 G 0.099 0.032 0.032 0.012 0.023 0.099 0.118 0.585 135 D 0.122 0.015 0.018 0.012 0.016 0.134 0.048 0.635 136 D 0.025 0.011 0.042 0.086 0.070 0.115 0.047 0.606 137 S 0.137 0.015 0.026 0.021 0.047 0.114 0.115 0.525 138 L 0.156 0.007 0.018 0.020 0.025 0.151 0.070 0.553 139 N 0.027 0.014 0.051 0.057 0.089 0.152 0.048 0.561 140 D 0.012 0.014 0.034 0.017 0.074 0.109 0.064 0.675 141 C 0.006 0.018 0.127 0.181 0.203 0.095 0.065 0.305 142 R 0.004 0.022 0.299 0.157 0.223 0.038 0.093 0.164 143 I 0.007 0.016 0.232 0.192 0.209 0.042 0.077 0.226 144 I 0.011 0.016 0.314 0.230 0.221 0.035 0.034 0.140 145 F 0.055 0.058 0.172 0.111 0.187 0.063 0.100 0.253 146 V 0.055 0.043 0.075 0.074 0.142 0.098 0.150 0.363 147 D 0.035 0.042 0.065 0.084 0.118 0.133 0.088 0.436 148 E 0.009 0.021 0.088 0.160 0.400 0.061 0.073 0.189 149 V 0.021 0.018 0.070 0.128 0.241 0.067 0.091 0.365 150 F 0.008 0.006 0.066 0.374 0.393 0.023 0.024 0.105 151 K 0.020 0.005 0.066 0.154 0.249 0.047 0.101 0.359 152 I 0.028 0.002 0.050 0.272 0.244 0.076 0.032 0.297 153 E 0.023 0.002 0.068 0.100 0.178 0.081 0.027 0.521 154 R 0.046 0.002 0.030 0.065 0.098 0.096 0.061 0.600 155 P 0.031 0.003 0.029 0.024 0.032 0.114 0.045 0.721