# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.43603 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.472 0.247 0.037 0.088 0.052 0.033 0.032 0.018 0.010 0.007 0.004 2 T 0.241 0.117 0.029 0.085 0.084 0.083 0.112 0.083 0.077 0.054 0.034 3 E 0.455 0.256 0.040 0.113 0.056 0.032 0.024 0.012 0.007 0.004 0.002 4 L 0.034 0.029 0.020 0.062 0.073 0.104 0.144 0.141 0.170 0.122 0.102 5 G 0.138 0.193 0.071 0.213 0.160 0.079 0.069 0.041 0.020 0.010 0.006 6 L 0.014 0.012 0.017 0.051 0.067 0.083 0.132 0.142 0.177 0.164 0.139 7 Y 0.020 0.024 0.037 0.067 0.084 0.121 0.155 0.127 0.147 0.135 0.083 8 K 0.025 0.077 0.081 0.212 0.178 0.123 0.130 0.075 0.052 0.030 0.015 9 V 0.023 0.026 0.033 0.058 0.072 0.086 0.158 0.152 0.155 0.136 0.101 10 N 0.115 0.109 0.082 0.170 0.125 0.106 0.118 0.068 0.055 0.037 0.016 11 E 0.080 0.080 0.080 0.148 0.107 0.119 0.156 0.097 0.071 0.043 0.018 12 Y 0.034 0.045 0.046 0.109 0.114 0.134 0.166 0.126 0.104 0.077 0.046 13 V 0.013 0.014 0.016 0.022 0.031 0.059 0.126 0.138 0.224 0.209 0.148 14 D 0.025 0.051 0.062 0.154 0.161 0.115 0.142 0.112 0.084 0.060 0.035 15 A 0.005 0.005 0.011 0.015 0.025 0.047 0.099 0.142 0.220 0.249 0.182 16 R 0.072 0.082 0.079 0.187 0.161 0.116 0.124 0.076 0.056 0.030 0.017 17 D 0.014 0.026 0.032 0.055 0.067 0.081 0.169 0.164 0.158 0.132 0.101 18 T 0.034 0.047 0.046 0.109 0.121 0.132 0.164 0.112 0.108 0.075 0.052 19 N 0.369 0.170 0.085 0.121 0.063 0.051 0.065 0.030 0.025 0.014 0.008 20 M 0.025 0.024 0.030 0.074 0.085 0.107 0.179 0.154 0.144 0.101 0.077 21 G 0.050 0.074 0.052 0.099 0.098 0.105 0.155 0.112 0.116 0.083 0.056 22 A 0.008 0.011 0.021 0.038 0.053 0.070 0.141 0.162 0.195 0.154 0.147 23 W 0.015 0.019 0.036 0.063 0.096 0.097 0.157 0.167 0.150 0.112 0.087 24 F 0.005 0.010 0.019 0.031 0.045 0.042 0.106 0.157 0.211 0.197 0.177 25 E 0.005 0.007 0.017 0.038 0.074 0.075 0.149 0.180 0.186 0.149 0.121 26 A 0.016 0.010 0.029 0.041 0.061 0.077 0.163 0.170 0.179 0.160 0.095 27 Q 0.014 0.055 0.103 0.197 0.208 0.120 0.143 0.084 0.044 0.020 0.011 28 V 0.006 0.007 0.019 0.022 0.037 0.037 0.104 0.148 0.216 0.223 0.182 29 V 0.024 0.025 0.054 0.099 0.112 0.156 0.237 0.113 0.096 0.059 0.025 30 R 0.063 0.187 0.351 0.259 0.083 0.028 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 31 V 0.005 0.004 0.009 0.010 0.022 0.050 0.108 0.118 0.204 0.230 0.240 32 T 0.057 0.114 0.084 0.162 0.141 0.104 0.130 0.082 0.062 0.045 0.020 33 R 0.068 0.086 0.170 0.178 0.129 0.124 0.121 0.058 0.037 0.021 0.009 34 K 0.186 0.187 0.148 0.183 0.101 0.078 0.062 0.029 0.014 0.008 0.004 35 A 0.140 0.117 0.050 0.109 0.086 0.105 0.162 0.101 0.068 0.044 0.019 36 P 0.428 0.179 0.065 0.125 0.074 0.043 0.038 0.025 0.012 0.007 0.004 37 S 0.216 0.163 0.079 0.132 0.093 0.093 0.089 0.056 0.038 0.028 0.013 38 R 0.152 0.144 0.058 0.146 0.118 0.102 0.111 0.077 0.046 0.031 0.016 39 D 0.240 0.164 0.058 0.139 0.104 0.086 0.086 0.060 0.032 0.021 0.010 40 E 0.184 0.125 0.076 0.166 0.127 0.102 0.091 0.063 0.035 0.020 0.011 41 P 0.179 0.110 0.052 0.142 0.117 0.095 0.115 0.083 0.052 0.035 0.020 42 C 0.027 0.025 0.016 0.045 0.059 0.101 0.151 0.135 0.176 0.148 0.118 43 S 0.170 0.155 0.072 0.166 0.146 0.081 0.089 0.059 0.033 0.019 0.011 44 S 0.220 0.128 0.062 0.159 0.117 0.083 0.091 0.062 0.039 0.025 0.015 45 T 0.259 0.113 0.039 0.121 0.108 0.076 0.100 0.075 0.050 0.034 0.024 46 S 0.236 0.185 0.049 0.155 0.109 0.070 0.077 0.056 0.032 0.021 0.011 47 R 0.120 0.117 0.046 0.143 0.138 0.123 0.122 0.082 0.054 0.035 0.021 48 P 0.378 0.130 0.054 0.118 0.095 0.058 0.070 0.046 0.026 0.015 0.009 49 A 0.219 0.141 0.065 0.155 0.116 0.081 0.094 0.055 0.036 0.025 0.013 50 L 0.040 0.111 0.041 0.105 0.106 0.125 0.155 0.105 0.096 0.077 0.042 51 E 0.236 0.210 0.065 0.167 0.125 0.068 0.059 0.035 0.018 0.011 0.005 52 E 0.368 0.141 0.082 0.153 0.084 0.060 0.056 0.031 0.014 0.007 0.003 53 D 0.140 0.145 0.088 0.236 0.148 0.084 0.078 0.042 0.022 0.012 0.006 54 V 0.004 0.006 0.007 0.015 0.028 0.069 0.144 0.136 0.225 0.215 0.150 55 I 0.020 0.049 0.094 0.189 0.205 0.159 0.112 0.073 0.048 0.035 0.016 56 Y 0.007 0.010 0.042 0.036 0.046 0.135 0.224 0.151 0.168 0.135 0.046 57 H 0.017 0.045 0.067 0.225 0.204 0.131 0.140 0.085 0.047 0.024 0.014 58 V 0.004 0.002 0.004 0.005 0.009 0.020 0.064 0.108 0.219 0.291 0.275 59 K 0.033 0.114 0.139 0.336 0.221 0.073 0.045 0.022 0.010 0.005 0.003 60 Y 0.006 0.009 0.014 0.019 0.032 0.068 0.160 0.163 0.194 0.200 0.134 61 D 0.172 0.160 0.102 0.206 0.152 0.080 0.064 0.032 0.018 0.009 0.005 62 D 0.495 0.205 0.077 0.104 0.043 0.024 0.028 0.013 0.006 0.004 0.002 63 Y 0.046 0.051 0.023 0.064 0.069 0.123 0.154 0.107 0.141 0.133 0.088 64 P 0.336 0.338 0.043 0.108 0.063 0.035 0.037 0.021 0.011 0.006 0.003 65 E 0.318 0.166 0.079 0.160 0.090 0.072 0.053 0.031 0.016 0.010 0.005 66 N 0.316 0.167 0.074 0.139 0.099 0.068 0.062 0.038 0.019 0.011 0.006 67 G 0.110 0.113 0.032 0.146 0.130 0.120 0.154 0.101 0.054 0.029 0.012 68 V 0.028 0.023 0.022 0.052 0.069 0.097 0.131 0.137 0.170 0.161 0.109 69 V 0.041 0.045 0.064 0.124 0.128 0.147 0.186 0.116 0.078 0.051 0.021 70 Q 0.040 0.115 0.138 0.302 0.181 0.090 0.069 0.035 0.017 0.009 0.004 71 M 0.008 0.005 0.006 0.008 0.017 0.033 0.086 0.116 0.200 0.239 0.282 72 N 0.115 0.278 0.084 0.247 0.147 0.049 0.038 0.022 0.011 0.006 0.003 73 S 0.135 0.139 0.067 0.115 0.099 0.104 0.134 0.079 0.060 0.044 0.024 74 R 0.462 0.229 0.063 0.120 0.058 0.029 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 75 D 0.591 0.203 0.033 0.087 0.035 0.018 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 76 V 0.035 0.033 0.020 0.036 0.045 0.067 0.112 0.119 0.193 0.179 0.161 77 R 0.038 0.082 0.065 0.186 0.196 0.162 0.135 0.071 0.038 0.018 0.009 78 A 0.083 0.065 0.159 0.141 0.113 0.120 0.124 0.086 0.056 0.034 0.019 79 R 0.026 0.037 0.062 0.130 0.172 0.127 0.186 0.141 0.067 0.033 0.021 80 A 0.010 0.011 0.019 0.039 0.051 0.048 0.152 0.216 0.195 0.174 0.084 81 R 0.025 0.040 0.147 0.194 0.175 0.144 0.124 0.068 0.045 0.028 0.011 82 T 0.052 0.095 0.312 0.222 0.131 0.071 0.064 0.031 0.013 0.006 0.003 83 I 0.023 0.027 0.064 0.095 0.121 0.108 0.187 0.154 0.102 0.073 0.044 84 I 0.015 0.010 0.019 0.020 0.033 0.064 0.152 0.139 0.210 0.203 0.134 85 K 0.054 0.216 0.308 0.260 0.099 0.030 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 86 W 0.029 0.019 0.047 0.063 0.099 0.163 0.225 0.135 0.103 0.078 0.040 87 Q 0.388 0.206 0.108 0.134 0.063 0.036 0.035 0.018 0.008 0.004 0.001 88 D 0.058 0.117 0.081 0.204 0.145 0.119 0.141 0.072 0.037 0.019 0.010 89 L 0.011 0.007 0.011 0.012 0.021 0.040 0.084 0.097 0.188 0.222 0.306 90 E 0.180 0.359 0.157 0.187 0.073 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 91 V 0.051 0.042 0.055 0.097 0.115 0.112 0.170 0.131 0.104 0.070 0.053 92 G 0.228 0.136 0.059 0.125 0.094 0.076 0.104 0.066 0.054 0.037 0.020 93 Q 0.045 0.071 0.064 0.167 0.121 0.141 0.158 0.096 0.076 0.043 0.020 94 V 0.017 0.029 0.048 0.080 0.093 0.138 0.177 0.149 0.121 0.095 0.052 95 V 0.002 0.007 0.012 0.025 0.038 0.061 0.140 0.172 0.222 0.191 0.131 96 M 0.003 0.005 0.012 0.021 0.036 0.039 0.091 0.166 0.218 0.231 0.179 97 L 0.004 0.007 0.017 0.030 0.040 0.054 0.105 0.137 0.216 0.232 0.158 98 N 0.006 0.008 0.017 0.041 0.073 0.084 0.160 0.185 0.181 0.143 0.103 99 Y 0.010 0.009 0.016 0.026 0.042 0.057 0.122 0.167 0.210 0.198 0.143 100 N 0.030 0.082 0.067 0.145 0.147 0.104 0.156 0.115 0.078 0.047 0.030 101 P 0.140 0.074 0.042 0.096 0.099 0.103 0.160 0.097 0.091 0.060 0.038 102 D 0.531 0.168 0.052 0.094 0.050 0.033 0.036 0.017 0.010 0.005 0.003 103 N 0.239 0.261 0.066 0.165 0.093 0.059 0.056 0.028 0.018 0.010 0.006 104 P 0.113 0.125 0.028 0.070 0.067 0.070 0.110 0.097 0.112 0.107 0.100 105 K 0.346 0.243 0.070 0.154 0.086 0.041 0.028 0.015 0.009 0.005 0.003 106 E 0.318 0.206 0.108 0.156 0.069 0.052 0.041 0.023 0.014 0.009 0.004 107 R 0.035 0.051 0.031 0.119 0.116 0.169 0.181 0.118 0.094 0.057 0.028 108 G 0.163 0.112 0.051 0.106 0.083 0.088 0.126 0.103 0.084 0.055 0.028 109 F 0.020 0.024 0.039 0.085 0.092 0.138 0.190 0.142 0.130 0.091 0.049 110 W 0.022 0.027 0.044 0.075 0.087 0.101 0.149 0.141 0.143 0.125 0.085 111 Y 0.009 0.013 0.017 0.038 0.068 0.091 0.179 0.195 0.180 0.133 0.077 112 D 0.018 0.029 0.046 0.093 0.122 0.104 0.173 0.160 0.123 0.084 0.048 113 A 0.026 0.012 0.028 0.046 0.064 0.095 0.193 0.167 0.172 0.122 0.074 114 E 0.093 0.124 0.130 0.239 0.164 0.086 0.092 0.038 0.021 0.009 0.005 115 I 0.008 0.007 0.019 0.020 0.035 0.039 0.125 0.159 0.210 0.197 0.181 116 S 0.040 0.059 0.114 0.172 0.171 0.134 0.149 0.070 0.047 0.031 0.012 117 R 0.060 0.162 0.393 0.205 0.081 0.043 0.033 0.012 0.006 0.003 0.001 118 K 0.069 0.072 0.147 0.167 0.150 0.133 0.143 0.069 0.029 0.015 0.007 119 R 0.198 0.144 0.154 0.139 0.087 0.077 0.101 0.052 0.026 0.016 0.005 120 E 0.103 0.176 0.266 0.216 0.107 0.054 0.043 0.020 0.008 0.004 0.001 121 T 0.097 0.077 0.169 0.118 0.111 0.115 0.154 0.081 0.042 0.027 0.010 122 R 0.154 0.139 0.270 0.170 0.097 0.065 0.060 0.026 0.011 0.006 0.002 123 T 0.108 0.174 0.273 0.213 0.106 0.057 0.041 0.019 0.007 0.003 0.001 124 A 0.050 0.040 0.065 0.077 0.086 0.103 0.179 0.154 0.113 0.093 0.042 125 R 0.060 0.094 0.146 0.183 0.143 0.122 0.132 0.067 0.031 0.017 0.005 126 E 0.049 0.091 0.348 0.249 0.127 0.064 0.037 0.020 0.008 0.005 0.002 127 L 0.013 0.016 0.043 0.048 0.067 0.161 0.244 0.157 0.122 0.092 0.037 128 Y 0.014 0.025 0.032 0.076 0.094 0.130 0.198 0.153 0.138 0.092 0.049 129 A 0.017 0.013 0.035 0.037 0.047 0.073 0.147 0.153 0.194 0.170 0.115 130 N 0.036 0.065 0.093 0.206 0.191 0.133 0.135 0.064 0.041 0.023 0.014 131 V 0.006 0.004 0.007 0.010 0.018 0.026 0.070 0.112 0.207 0.230 0.310 132 V 0.045 0.057 0.046 0.146 0.182 0.128 0.144 0.103 0.071 0.047 0.032 133 L 0.025 0.040 0.030 0.059 0.073 0.101 0.169 0.139 0.156 0.124 0.085 134 G 0.219 0.236 0.063 0.172 0.114 0.061 0.064 0.034 0.020 0.011 0.007 135 D 0.519 0.173 0.037 0.099 0.051 0.038 0.040 0.020 0.012 0.007 0.003 136 D 0.511 0.169 0.044 0.108 0.060 0.037 0.031 0.019 0.010 0.006 0.003 137 S 0.168 0.272 0.045 0.168 0.114 0.079 0.077 0.041 0.020 0.010 0.006 138 L 0.030 0.031 0.017 0.036 0.053 0.080 0.125 0.128 0.170 0.168 0.163 139 N 0.248 0.228 0.125 0.184 0.107 0.048 0.033 0.015 0.006 0.003 0.001 140 D 0.194 0.140 0.113 0.250 0.128 0.063 0.055 0.030 0.015 0.008 0.004 141 C 0.014 0.013 0.010 0.020 0.029 0.069 0.140 0.133 0.223 0.217 0.130 142 R 0.076 0.188 0.091 0.306 0.173 0.072 0.047 0.026 0.013 0.006 0.003 143 I 0.020 0.012 0.039 0.039 0.053 0.090 0.148 0.164 0.159 0.167 0.110 144 I 0.027 0.064 0.078 0.176 0.187 0.169 0.145 0.077 0.044 0.022 0.011 145 F 0.013 0.029 0.031 0.042 0.052 0.054 0.136 0.173 0.184 0.169 0.117 146 V 0.023 0.028 0.048 0.112 0.149 0.160 0.189 0.115 0.089 0.054 0.033 147 D 0.472 0.139 0.143 0.120 0.049 0.027 0.028 0.012 0.007 0.003 0.002 148 E 0.028 0.039 0.055 0.142 0.162 0.155 0.210 0.111 0.055 0.027 0.015 149 V 0.014 0.016 0.028 0.034 0.043 0.045 0.106 0.138 0.199 0.210 0.167 150 F 0.018 0.020 0.057 0.082 0.101 0.161 0.227 0.132 0.101 0.074 0.026 151 K 0.020 0.120 0.383 0.256 0.116 0.050 0.027 0.015 0.008 0.004 0.002 152 I 0.029 0.014 0.026 0.038 0.065 0.061 0.162 0.211 0.156 0.128 0.111 153 E 0.088 0.091 0.077 0.126 0.114 0.111 0.160 0.105 0.068 0.042 0.018 154 R 0.175 0.259 0.202 0.180 0.083 0.039 0.032 0.015 0.008 0.004 0.002 155 P 0.437 0.123 0.065 0.102 0.085 0.052 0.066 0.037 0.018 0.010 0.006