# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.43603 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.026 0.008 0.001 0.018 0.023 0.036 0.090 0.001 0.001 0.005 0.792 2 T 0.025 0.007 0.002 0.012 0.010 0.019 0.023 0.001 0.001 0.004 0.898 3 E 0.097 0.011 0.003 0.026 0.019 0.037 0.254 0.002 0.001 0.011 0.541 4 L 0.276 0.014 0.025 0.038 0.033 0.039 0.128 0.002 0.001 0.020 0.425 5 G 0.096 0.021 0.005 0.118 0.110 0.159 0.099 0.002 0.001 0.010 0.379 6 L 0.029 0.013 0.018 0.068 0.072 0.117 0.070 0.001 0.001 0.004 0.608 7 Y 0.013 0.011 0.001 0.189 0.290 0.291 0.052 0.001 0.001 0.003 0.150 8 K 0.017 0.012 0.001 0.095 0.118 0.158 0.112 0.002 0.001 0.006 0.479 9 V 0.043 0.023 0.001 0.169 0.142 0.272 0.040 0.001 0.001 0.001 0.308 10 N 0.011 0.030 0.002 0.152 0.165 0.294 0.061 0.001 0.001 0.015 0.269 11 E 0.132 0.023 0.012 0.116 0.069 0.077 0.154 0.003 0.001 0.016 0.397 12 Y 0.109 0.043 0.005 0.096 0.037 0.093 0.185 0.002 0.001 0.007 0.422 13 V 0.053 0.034 0.014 0.166 0.139 0.258 0.075 0.002 0.001 0.016 0.244 14 D 0.024 0.042 0.003 0.067 0.119 0.156 0.086 0.003 0.001 0.005 0.496 15 A 0.054 0.071 0.024 0.130 0.073 0.172 0.067 0.002 0.001 0.004 0.405 16 R 0.020 0.045 0.001 0.041 0.037 0.059 0.578 0.004 0.001 0.005 0.209 17 D 0.205 0.065 0.005 0.029 0.028 0.046 0.176 0.006 0.001 0.028 0.413 18 T 0.133 0.234 0.004 0.033 0.018 0.030 0.083 0.005 0.001 0.006 0.456 19 N 0.064 0.065 0.006 0.012 0.010 0.016 0.387 0.008 0.001 0.011 0.422 20 M 0.227 0.105 0.020 0.033 0.012 0.024 0.174 0.008 0.001 0.017 0.379 21 G 0.124 0.096 0.015 0.026 0.047 0.089 0.135 0.009 0.001 0.012 0.446 22 A 0.085 0.065 0.059 0.040 0.099 0.138 0.118 0.002 0.001 0.009 0.384 23 W 0.026 0.086 0.005 0.036 0.110 0.200 0.069 0.002 0.001 0.004 0.463 24 F 0.024 0.097 0.003 0.033 0.309 0.335 0.024 0.001 0.001 0.002 0.172 25 E 0.010 0.183 0.001 0.026 0.221 0.316 0.036 0.002 0.001 0.001 0.203 26 A 0.030 0.076 0.001 0.020 0.344 0.394 0.011 0.001 0.001 0.001 0.123 27 Q 0.020 0.111 0.001 0.019 0.341 0.379 0.010 0.001 0.001 0.001 0.117 28 V 0.009 0.124 0.003 0.013 0.382 0.346 0.007 0.001 0.001 0.001 0.115 29 V 0.010 0.090 0.002 0.027 0.341 0.447 0.006 0.001 0.001 0.001 0.076 30 R 0.012 0.117 0.004 0.023 0.253 0.400 0.020 0.003 0.001 0.002 0.167 31 V 0.060 0.127 0.005 0.031 0.229 0.315 0.019 0.002 0.001 0.002 0.211 32 T 0.039 0.141 0.005 0.035 0.221 0.275 0.030 0.008 0.001 0.005 0.241 33 R 0.081 0.073 0.017 0.026 0.068 0.090 0.028 0.007 0.001 0.004 0.605 34 K 0.078 0.056 0.013 0.035 0.041 0.079 0.138 0.014 0.001 0.005 0.540 35 A 0.158 0.020 0.008 0.016 0.042 0.062 0.113 0.007 0.001 0.009 0.565 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 37 S 0.020 0.008 0.002 0.011 0.027 0.048 0.225 0.002 0.001 0.005 0.652 38 R 0.362 0.011 0.004 0.012 0.007 0.014 0.050 0.002 0.001 0.009 0.530 39 D 0.155 0.023 0.005 0.013 0.021 0.029 0.131 0.003 0.001 0.008 0.613 40 E 0.209 0.012 0.022 0.016 0.027 0.026 0.181 0.001 0.001 0.012 0.494 41 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.988 42 C 0.031 0.009 0.003 0.027 0.057 0.128 0.168 0.001 0.001 0.007 0.568 43 S 0.105 0.020 0.002 0.025 0.046 0.054 0.125 0.002 0.001 0.009 0.613 44 S 0.131 0.027 0.005 0.018 0.032 0.036 0.094 0.001 0.001 0.007 0.649 45 T 0.070 0.022 0.004 0.016 0.016 0.022 0.292 0.002 0.001 0.010 0.545 46 S 0.210 0.016 0.010 0.020 0.017 0.027 0.245 0.004 0.001 0.031 0.421 47 R 0.203 0.032 0.016 0.023 0.030 0.038 0.203 0.002 0.001 0.012 0.441 48 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.990 49 A 0.025 0.014 0.002 0.024 0.060 0.132 0.173 0.001 0.001 0.008 0.562 50 L 0.128 0.043 0.003 0.021 0.032 0.078 0.111 0.002 0.001 0.006 0.576 51 E 0.134 0.076 0.002 0.021 0.048 0.084 0.111 0.004 0.001 0.005 0.515 52 E 0.179 0.066 0.006 0.023 0.061 0.081 0.085 0.004 0.001 0.011 0.484 53 D 0.178 0.049 0.005 0.034 0.075 0.098 0.081 0.006 0.001 0.012 0.461 54 V 0.125 0.023 0.011 0.061 0.230 0.318 0.036 0.002 0.001 0.004 0.191 55 I 0.009 0.011 0.005 0.094 0.318 0.439 0.019 0.001 0.001 0.004 0.100 56 Y 0.004 0.004 0.002 0.053 0.410 0.453 0.008 0.001 0.001 0.001 0.066 57 H 0.004 0.003 0.001 0.122 0.236 0.543 0.007 0.001 0.001 0.001 0.084 58 V 0.005 0.002 0.001 0.061 0.393 0.432 0.008 0.001 0.001 0.001 0.097 59 K 0.003 0.002 0.001 0.085 0.297 0.472 0.019 0.001 0.001 0.001 0.121 60 Y 0.007 0.002 0.001 0.062 0.215 0.398 0.019 0.001 0.001 0.001 0.295 61 D 0.008 0.004 0.001 0.055 0.150 0.313 0.075 0.001 0.001 0.004 0.389 62 D 0.034 0.002 0.003 0.016 0.034 0.073 0.168 0.002 0.001 0.015 0.654 63 Y 0.149 0.010 0.004 0.021 0.056 0.083 0.246 0.002 0.001 0.012 0.417 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 65 E 0.008 0.006 0.001 0.007 0.011 0.033 0.174 0.001 0.001 0.004 0.756 66 N 0.307 0.015 0.002 0.013 0.021 0.031 0.079 0.004 0.001 0.019 0.508 67 G 0.729 0.012 0.005 0.013 0.017 0.027 0.028 0.002 0.001 0.006 0.161 68 V 0.070 0.024 0.096 0.062 0.079 0.104 0.106 0.001 0.001 0.007 0.451 69 V 0.008 0.006 0.003 0.094 0.447 0.296 0.027 0.001 0.001 0.003 0.117 70 Q 0.025 0.009 0.001 0.084 0.136 0.233 0.033 0.002 0.001 0.002 0.477 71 M 0.042 0.006 0.001 0.184 0.245 0.335 0.022 0.001 0.001 0.001 0.164 72 N 0.008 0.007 0.001 0.075 0.234 0.345 0.098 0.001 0.001 0.007 0.224 73 S 0.011 0.006 0.006 0.061 0.057 0.118 0.030 0.001 0.001 0.004 0.707 74 R 0.010 0.005 0.001 0.038 0.031 0.060 0.448 0.001 0.001 0.004 0.403 75 D 0.104 0.003 0.002 0.018 0.011 0.031 0.356 0.001 0.001 0.044 0.428 76 V 0.245 0.059 0.007 0.043 0.041 0.078 0.120 0.002 0.001 0.010 0.396 77 R 0.052 0.079 0.011 0.042 0.063 0.091 0.196 0.002 0.001 0.007 0.458 78 A 0.010 0.024 0.001 0.016 0.009 0.015 0.017 0.001 0.001 0.001 0.906 79 R 0.041 0.160 0.002 0.032 0.043 0.119 0.163 0.003 0.001 0.005 0.431 80 A 0.153 0.292 0.007 0.035 0.032 0.058 0.092 0.006 0.001 0.005 0.320 81 R 0.117 0.433 0.004 0.053 0.075 0.100 0.034 0.005 0.001 0.003 0.175 82 T 0.072 0.393 0.019 0.071 0.079 0.073 0.042 0.005 0.001 0.004 0.243 83 I 0.062 0.405 0.006 0.071 0.067 0.094 0.027 0.003 0.001 0.002 0.263 84 I 0.027 0.307 0.016 0.154 0.140 0.198 0.023 0.003 0.001 0.005 0.127 85 K 0.023 0.228 0.009 0.074 0.054 0.135 0.061 0.009 0.001 0.003 0.405 86 W 0.052 0.145 0.011 0.104 0.074 0.193 0.048 0.005 0.001 0.004 0.363 87 Q 0.047 0.148 0.006 0.054 0.077 0.079 0.123 0.007 0.001 0.010 0.450 88 D 0.140 0.074 0.015 0.033 0.025 0.051 0.161 0.010 0.001 0.016 0.475 89 L 0.317 0.124 0.008 0.080 0.088 0.114 0.039 0.004 0.001 0.004 0.222 90 E 0.098 0.083 0.007 0.061 0.127 0.142 0.105 0.010 0.001 0.013 0.355 91 V 0.055 0.066 0.037 0.096 0.069 0.100 0.046 0.004 0.001 0.004 0.524 92 G 0.031 0.017 0.002 0.116 0.238 0.293 0.064 0.005 0.001 0.007 0.227 93 Q 0.165 0.009 0.031 0.168 0.139 0.143 0.100 0.002 0.001 0.017 0.225 94 V 0.008 0.008 0.002 0.335 0.175 0.173 0.081 0.001 0.001 0.002 0.214 95 V 0.004 0.002 0.001 0.351 0.219 0.373 0.012 0.001 0.001 0.004 0.035 96 M 0.003 0.007 0.001 0.454 0.181 0.282 0.011 0.001 0.001 0.001 0.060 97 L 0.002 0.002 0.001 0.350 0.189 0.395 0.009 0.001 0.001 0.001 0.052 98 N 0.003 0.002 0.001 0.246 0.196 0.370 0.024 0.001 0.001 0.003 0.155 99 Y 0.011 0.002 0.004 0.195 0.132 0.246 0.069 0.001 0.001 0.005 0.335 100 N 0.011 0.001 0.001 0.083 0.100 0.129 0.349 0.001 0.001 0.005 0.319 101 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 102 D 0.012 0.001 0.001 0.014 0.010 0.025 0.412 0.001 0.001 0.007 0.517 103 N 0.509 0.002 0.005 0.006 0.005 0.006 0.154 0.001 0.001 0.018 0.295 104 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 105 K 0.011 0.011 0.002 0.013 0.035 0.085 0.301 0.001 0.001 0.007 0.535 106 E 0.361 0.021 0.001 0.013 0.009 0.015 0.212 0.002 0.001 0.009 0.356 107 R 0.363 0.107 0.003 0.020 0.027 0.038 0.053 0.004 0.001 0.006 0.380 108 G 0.253 0.057 0.017 0.041 0.066 0.081 0.083 0.006 0.001 0.019 0.376 109 F 0.137 0.038 0.042 0.073 0.095 0.104 0.103 0.003 0.001 0.007 0.398 110 W 0.028 0.021 0.007 0.074 0.103 0.174 0.065 0.002 0.001 0.005 0.521 111 Y 0.021 0.015 0.004 0.057 0.147 0.330 0.061 0.001 0.001 0.004 0.360 112 D 0.012 0.024 0.002 0.044 0.110 0.213 0.064 0.001 0.001 0.003 0.527 113 A 0.028 0.026 0.003 0.048 0.232 0.248 0.062 0.001 0.001 0.002 0.351 114 E 0.018 0.061 0.001 0.036 0.115 0.203 0.217 0.001 0.001 0.004 0.344 115 I 0.077 0.105 0.001 0.028 0.250 0.277 0.033 0.001 0.001 0.002 0.226 116 S 0.016 0.426 0.001 0.014 0.144 0.173 0.027 0.001 0.001 0.002 0.195 117 R 0.036 0.422 0.004 0.010 0.075 0.097 0.088 0.004 0.001 0.003 0.261 118 K 0.062 0.594 0.002 0.008 0.026 0.057 0.040 0.005 0.001 0.002 0.204 119 R 0.096 0.547 0.006 0.006 0.034 0.056 0.053 0.014 0.001 0.004 0.183 120 E 0.104 0.550 0.017 0.004 0.011 0.015 0.045 0.011 0.001 0.003 0.240 121 T 0.090 0.559 0.014 0.005 0.014 0.023 0.031 0.010 0.001 0.002 0.251 122 R 0.109 0.399 0.017 0.007 0.015 0.019 0.058 0.010 0.001 0.004 0.363 123 T 0.043 0.355 0.015 0.005 0.010 0.015 0.091 0.006 0.001 0.003 0.457 124 A 0.072 0.409 0.013 0.010 0.017 0.029 0.064 0.006 0.001 0.003 0.376 125 R 0.051 0.526 0.005 0.009 0.019 0.025 0.071 0.007 0.001 0.004 0.284 126 E 0.142 0.461 0.012 0.011 0.019 0.022 0.082 0.008 0.001 0.004 0.240 127 L 0.104 0.674 0.008 0.014 0.034 0.035 0.018 0.004 0.001 0.003 0.106 128 Y 0.074 0.560 0.017 0.035 0.060 0.082 0.015 0.010 0.001 0.004 0.142 129 A 0.052 0.386 0.040 0.083 0.123 0.152 0.016 0.008 0.001 0.002 0.138 130 N 0.043 0.239 0.011 0.108 0.148 0.227 0.020 0.009 0.001 0.003 0.191 131 V 0.086 0.125 0.008 0.136 0.175 0.222 0.023 0.008 0.001 0.002 0.215 132 V 0.044 0.070 0.006 0.156 0.155 0.272 0.032 0.007 0.001 0.004 0.254 133 L 0.036 0.050 0.030 0.188 0.135 0.225 0.059 0.005 0.001 0.006 0.266 134 G 0.020 0.017 0.005 0.091 0.056 0.139 0.121 0.005 0.001 0.004 0.543 135 D 0.017 0.003 0.004 0.026 0.011 0.031 0.026 0.001 0.001 0.006 0.874 136 D 0.046 0.006 0.003 0.026 0.022 0.021 0.198 0.001 0.001 0.013 0.663 137 S 0.135 0.008 0.006 0.026 0.015 0.026 0.339 0.001 0.001 0.019 0.425 138 L 0.169 0.065 0.006 0.100 0.062 0.119 0.118 0.002 0.001 0.011 0.347 139 N 0.049 0.070 0.003 0.056 0.092 0.124 0.201 0.002 0.001 0.008 0.395 140 D 0.113 0.038 0.005 0.061 0.025 0.037 0.154 0.004 0.001 0.009 0.555 141 C 0.261 0.063 0.005 0.074 0.084 0.089 0.075 0.004 0.001 0.008 0.336 142 R 0.035 0.032 0.009 0.317 0.167 0.164 0.095 0.002 0.001 0.010 0.169 143 I 0.006 0.019 0.010 0.135 0.072 0.098 0.060 0.001 0.001 0.002 0.598 144 I 0.003 0.008 0.001 0.587 0.097 0.221 0.018 0.001 0.001 0.003 0.062 145 F 0.006 0.027 0.002 0.152 0.053 0.125 0.126 0.001 0.001 0.003 0.506 146 V 0.011 0.020 0.001 0.347 0.087 0.234 0.052 0.001 0.001 0.002 0.246 147 D 0.007 0.047 0.001 0.093 0.084 0.127 0.085 0.001 0.001 0.005 0.551 148 E 0.050 0.063 0.003 0.088 0.059 0.109 0.195 0.003 0.001 0.008 0.423 149 V 0.189 0.118 0.002 0.045 0.076 0.102 0.047 0.002 0.001 0.004 0.415 150 F 0.060 0.211 0.011 0.055 0.220 0.235 0.026 0.003 0.001 0.008 0.171 151 K 0.042 0.195 0.010 0.034 0.134 0.132 0.038 0.006 0.001 0.002 0.406 152 I 0.119 0.121 0.006 0.059 0.159 0.256 0.016 0.003 0.001 0.001 0.260 153 E 0.073 0.144 0.014 0.044 0.087 0.156 0.053 0.026 0.001 0.013 0.391 154 R 0.116 0.049 0.022 0.030 0.094 0.113 0.076 0.006 0.001 0.003 0.491 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999