# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.43603 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.078 0.021 0.020 0.032 0.043 0.088 0.008 0.709 2 T 0.017 0.008 0.009 0.011 0.016 0.028 0.003 0.908 3 E 0.059 0.017 0.022 0.021 0.035 0.246 0.012 0.589 4 L 0.362 0.024 0.045 0.034 0.042 0.087 0.030 0.377 5 G 0.155 0.035 0.121 0.099 0.113 0.149 0.013 0.314 6 L 0.028 0.019 0.116 0.136 0.159 0.119 0.005 0.418 7 Y 0.009 0.012 0.161 0.247 0.401 0.026 0.002 0.141 8 K 0.020 0.030 0.071 0.135 0.182 0.096 0.005 0.461 9 V 0.018 0.035 0.197 0.135 0.322 0.059 0.004 0.230 10 N 0.012 0.081 0.162 0.149 0.270 0.066 0.007 0.253 11 E 0.093 0.053 0.070 0.059 0.081 0.139 0.043 0.463 12 Y 0.218 0.035 0.129 0.050 0.084 0.102 0.052 0.332 13 V 0.092 0.036 0.287 0.114 0.103 0.145 0.016 0.208 14 D 0.021 0.017 0.092 0.053 0.087 0.255 0.008 0.467 15 A 0.038 0.013 0.137 0.044 0.169 0.060 0.006 0.534 16 R 0.015 0.008 0.113 0.055 0.076 0.430 0.007 0.296 17 D 0.144 0.008 0.055 0.048 0.050 0.216 0.031 0.448 18 T 0.105 0.066 0.086 0.049 0.061 0.157 0.011 0.465 19 N 0.037 0.026 0.050 0.037 0.063 0.359 0.012 0.417 20 M 0.177 0.023 0.050 0.044 0.080 0.151 0.036 0.440 21 G 0.101 0.025 0.065 0.131 0.173 0.131 0.020 0.354 22 A 0.040 0.012 0.049 0.312 0.253 0.121 0.007 0.205 23 W 0.013 0.017 0.069 0.260 0.377 0.040 0.003 0.221 24 F 0.004 0.009 0.029 0.371 0.527 0.007 0.001 0.051 25 E 0.006 0.015 0.046 0.300 0.530 0.019 0.002 0.081 26 A 0.004 0.013 0.037 0.377 0.513 0.004 0.002 0.051 27 Q 0.005 0.006 0.032 0.430 0.489 0.005 0.002 0.030 28 V 0.006 0.010 0.035 0.337 0.445 0.013 0.003 0.151 29 V 0.001 0.003 0.040 0.360 0.573 0.003 0.001 0.017 30 R 0.009 0.017 0.031 0.163 0.377 0.037 0.005 0.361 31 V 0.015 0.010 0.102 0.167 0.521 0.031 0.004 0.151 32 T 0.010 0.015 0.091 0.206 0.408 0.056 0.004 0.211 33 R 0.018 0.016 0.034 0.088 0.191 0.046 0.007 0.599 34 K 0.030 0.015 0.043 0.056 0.122 0.161 0.012 0.560 35 A 0.084 0.015 0.030 0.045 0.074 0.105 0.010 0.637 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 37 S 0.024 0.006 0.010 0.024 0.043 0.290 0.007 0.596 38 R 0.401 0.011 0.015 0.013 0.024 0.059 0.022 0.456 39 D 0.135 0.023 0.014 0.018 0.027 0.203 0.022 0.559 40 E 0.351 0.010 0.028 0.035 0.036 0.147 0.018 0.376 41 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.985 42 C 0.032 0.005 0.037 0.062 0.165 0.130 0.005 0.563 43 S 0.098 0.014 0.029 0.049 0.066 0.159 0.011 0.574 44 S 0.094 0.020 0.028 0.035 0.069 0.102 0.010 0.642 45 T 0.071 0.014 0.021 0.018 0.029 0.295 0.015 0.536 46 S 0.252 0.009 0.014 0.009 0.012 0.257 0.058 0.388 47 R 0.317 0.024 0.027 0.023 0.029 0.249 0.017 0.315 48 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.982 49 A 0.022 0.014 0.012 0.022 0.066 0.238 0.004 0.623 50 L 0.182 0.040 0.018 0.033 0.063 0.121 0.013 0.530 51 E 0.114 0.085 0.019 0.051 0.077 0.088 0.011 0.556 52 E 0.103 0.055 0.031 0.049 0.052 0.104 0.016 0.590 53 D 0.215 0.056 0.040 0.064 0.075 0.090 0.028 0.433 54 V 0.114 0.028 0.120 0.188 0.192 0.057 0.015 0.285 55 I 0.011 0.005 0.201 0.307 0.309 0.030 0.003 0.134 56 Y 0.004 0.002 0.163 0.368 0.338 0.013 0.002 0.111 57 H 0.003 0.001 0.157 0.292 0.418 0.015 0.001 0.113 58 V 0.002 0.001 0.188 0.295 0.366 0.016 0.001 0.131 59 K 0.001 0.001 0.156 0.247 0.423 0.029 0.001 0.140 60 Y 0.006 0.002 0.095 0.175 0.348 0.060 0.003 0.310 61 D 0.006 0.004 0.050 0.088 0.189 0.246 0.004 0.413 62 D 0.036 0.004 0.013 0.022 0.053 0.187 0.019 0.666 63 Y 0.202 0.018 0.027 0.039 0.062 0.240 0.013 0.401 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.991 65 E 0.011 0.010 0.004 0.011 0.026 0.136 0.003 0.799 66 N 0.350 0.049 0.012 0.020 0.067 0.060 0.023 0.420 67 G 0.547 0.020 0.039 0.049 0.057 0.081 0.022 0.185 68 V 0.046 0.012 0.125 0.189 0.154 0.073 0.007 0.393 69 V 0.005 0.002 0.099 0.456 0.367 0.013 0.002 0.057 70 Q 0.006 0.006 0.075 0.167 0.268 0.038 0.003 0.437 71 M 0.007 0.004 0.332 0.175 0.307 0.030 0.002 0.142 72 N 0.005 0.006 0.088 0.221 0.236 0.155 0.004 0.287 73 S 0.026 0.009 0.108 0.067 0.209 0.054 0.011 0.516 74 R 0.019 0.008 0.025 0.021 0.030 0.409 0.011 0.478 75 D 0.161 0.006 0.020 0.012 0.018 0.405 0.038 0.340 76 V 0.157 0.101 0.047 0.020 0.046 0.138 0.012 0.480 77 R 0.041 0.073 0.047 0.062 0.114 0.265 0.004 0.395 78 A 0.002 0.013 0.003 0.004 0.008 0.030 0.001 0.939 79 R 0.032 0.217 0.020 0.032 0.116 0.098 0.006 0.479 80 A 0.107 0.511 0.018 0.028 0.068 0.055 0.008 0.204 81 R 0.045 0.674 0.039 0.039 0.046 0.031 0.009 0.117 82 T 0.094 0.593 0.022 0.042 0.051 0.023 0.024 0.151 83 I 0.101 0.528 0.029 0.048 0.094 0.011 0.017 0.172 84 I 0.054 0.356 0.100 0.155 0.129 0.035 0.017 0.154 85 K 0.030 0.147 0.070 0.106 0.108 0.104 0.020 0.416 86 W 0.064 0.121 0.132 0.089 0.220 0.042 0.016 0.317 87 Q 0.023 0.057 0.028 0.034 0.036 0.257 0.019 0.545 88 D 0.258 0.028 0.032 0.020 0.032 0.102 0.085 0.443 89 L 0.335 0.131 0.086 0.043 0.051 0.071 0.022 0.260 90 E 0.072 0.034 0.059 0.082 0.092 0.276 0.013 0.372 91 V 0.035 0.019 0.054 0.051 0.112 0.076 0.009 0.645 92 G 0.064 0.012 0.166 0.126 0.200 0.116 0.012 0.305 93 Q 0.105 0.008 0.134 0.121 0.086 0.112 0.015 0.419 94 V 0.021 0.007 0.451 0.080 0.122 0.062 0.004 0.252 95 V 0.008 0.002 0.637 0.121 0.116 0.030 0.001 0.084 96 M 0.002 0.001 0.658 0.084 0.146 0.023 0.001 0.085 97 L 0.001 0.001 0.647 0.129 0.166 0.015 0.001 0.041 98 N 0.002 0.002 0.385 0.107 0.254 0.031 0.002 0.216 99 Y 0.011 0.002 0.252 0.097 0.197 0.132 0.005 0.305 100 N 0.006 0.002 0.032 0.056 0.053 0.537 0.003 0.311 101 P 0.003 0.001 0.004 0.003 0.010 0.014 0.001 0.964 102 D 0.009 0.002 0.001 0.003 0.005 0.802 0.007 0.171 103 N 0.858 0.001 0.001 0.003 0.002 0.055 0.029 0.051 104 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.989 105 K 0.008 0.011 0.004 0.024 0.041 0.595 0.002 0.314 106 E 0.390 0.023 0.010 0.026 0.042 0.114 0.023 0.372 107 R 0.260 0.098 0.023 0.060 0.131 0.080 0.017 0.332 108 G 0.151 0.022 0.071 0.140 0.207 0.069 0.014 0.325 109 F 0.041 0.006 0.121 0.288 0.241 0.070 0.010 0.223 110 W 0.007 0.002 0.118 0.229 0.275 0.028 0.002 0.338 111 Y 0.002 0.001 0.102 0.378 0.438 0.015 0.001 0.064 112 D 0.004 0.003 0.143 0.155 0.282 0.076 0.002 0.334 113 A 0.006 0.004 0.132 0.195 0.421 0.027 0.002 0.212 114 E 0.009 0.005 0.118 0.235 0.365 0.091 0.004 0.174 115 I 0.021 0.013 0.073 0.194 0.284 0.072 0.006 0.337 116 S 0.011 0.032 0.064 0.240 0.456 0.049 0.003 0.145 117 R 0.017 0.079 0.019 0.074 0.150 0.139 0.007 0.516 118 K 0.050 0.142 0.039 0.072 0.205 0.134 0.014 0.345 119 R 0.059 0.200 0.020 0.051 0.091 0.147 0.018 0.413 120 E 0.099 0.219 0.013 0.031 0.049 0.164 0.025 0.400 121 T 0.104 0.377 0.019 0.028 0.064 0.073 0.019 0.316 122 R 0.061 0.400 0.028 0.034 0.065 0.059 0.011 0.343 123 T 0.032 0.246 0.017 0.034 0.052 0.200 0.015 0.405 124 A 0.093 0.324 0.032 0.045 0.094 0.073 0.020 0.319 125 R 0.044 0.403 0.019 0.043 0.065 0.087 0.012 0.327 126 E 0.067 0.299 0.033 0.051 0.059 0.128 0.024 0.340 127 L 0.098 0.426 0.044 0.076 0.106 0.030 0.018 0.201 128 Y 0.054 0.315 0.060 0.141 0.239 0.022 0.012 0.158 129 A 0.022 0.141 0.086 0.302 0.282 0.022 0.010 0.135 130 N 0.027 0.082 0.131 0.237 0.332 0.015 0.010 0.165 131 V 0.031 0.052 0.114 0.291 0.335 0.015 0.008 0.153 132 V 0.010 0.016 0.204 0.213 0.387 0.023 0.005 0.141 133 L 0.017 0.016 0.149 0.204 0.290 0.044 0.008 0.274 134 G 0.019 0.010 0.058 0.069 0.138 0.099 0.010 0.597 135 D 0.038 0.008 0.044 0.034 0.087 0.091 0.012 0.686 136 D 0.055 0.006 0.021 0.013 0.019 0.202 0.011 0.673 137 S 0.120 0.007 0.017 0.021 0.026 0.282 0.021 0.505 138 L 0.170 0.030 0.063 0.046 0.086 0.179 0.010 0.415 139 N 0.026 0.012 0.015 0.030 0.029 0.359 0.007 0.522 140 D 0.200 0.015 0.017 0.014 0.027 0.151 0.020 0.555 141 C 0.251 0.082 0.064 0.051 0.075 0.095 0.015 0.367 142 R 0.079 0.017 0.147 0.144 0.141 0.242 0.009 0.220 143 I 0.014 0.017 0.106 0.162 0.227 0.074 0.004 0.396 144 I 0.007 0.005 0.179 0.304 0.428 0.013 0.002 0.062 145 F 0.015 0.036 0.072 0.117 0.133 0.090 0.005 0.531 146 V 0.008 0.022 0.332 0.126 0.343 0.036 0.003 0.130 147 D 0.007 0.038 0.059 0.104 0.169 0.083 0.006 0.536 148 E 0.084 0.039 0.051 0.061 0.101 0.151 0.024 0.489 149 V 0.125 0.128 0.073 0.068 0.117 0.108 0.019 0.363 150 F 0.052 0.185 0.130 0.138 0.202 0.082 0.010 0.202 151 K 0.069 0.149 0.063 0.117 0.167 0.076 0.016 0.344 152 I 0.084 0.116 0.109 0.119 0.223 0.026 0.013 0.309 153 E 0.048 0.089 0.080 0.105 0.195 0.052 0.018 0.412 154 R 0.045 0.027 0.065 0.067 0.085 0.074 0.008 0.629 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999