# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.43603 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.086 0.158 0.359 0.088 0.043 0.100 0.042 0.003 0.111 0.008 0.002 2 T 0.569 0.044 0.182 0.140 0.020 0.011 0.012 0.002 0.008 0.007 0.005 3 E 0.254 0.057 0.116 0.246 0.050 0.058 0.106 0.064 0.021 0.026 0.001 4 L 0.123 0.239 0.288 0.249 0.036 0.010 0.029 0.005 0.016 0.002 0.002 5 G 0.045 0.069 0.162 0.030 0.118 0.026 0.109 0.282 0.007 0.153 0.001 6 L 0.095 0.609 0.200 0.034 0.033 0.016 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 7 Y 0.063 0.613 0.128 0.025 0.130 0.014 0.002 0.001 0.021 0.002 0.001 8 K 0.032 0.559 0.237 0.017 0.061 0.066 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 9 V 0.086 0.374 0.368 0.037 0.026 0.085 0.005 0.001 0.015 0.001 0.002 10 N 0.167 0.208 0.208 0.109 0.115 0.054 0.051 0.016 0.051 0.020 0.001 11 E 0.294 0.172 0.145 0.160 0.107 0.024 0.056 0.010 0.025 0.007 0.001 12 Y 0.185 0.261 0.175 0.221 0.060 0.045 0.026 0.004 0.019 0.002 0.001 13 V 0.087 0.549 0.206 0.055 0.035 0.034 0.006 0.002 0.022 0.002 0.001 14 D 0.026 0.111 0.544 0.016 0.023 0.184 0.020 0.001 0.072 0.003 0.002 15 A 0.849 0.007 0.076 0.043 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 16 R 0.691 0.032 0.040 0.191 0.010 0.013 0.012 0.003 0.006 0.001 0.001 17 D 0.188 0.077 0.146 0.408 0.021 0.051 0.049 0.004 0.052 0.003 0.002 18 T 0.506 0.079 0.229 0.109 0.012 0.011 0.031 0.005 0.011 0.006 0.002 19 N 0.358 0.074 0.127 0.169 0.038 0.068 0.103 0.015 0.018 0.028 0.002 20 M 0.242 0.042 0.134 0.496 0.013 0.011 0.043 0.004 0.009 0.003 0.002 21 G 0.071 0.019 0.057 0.031 0.048 0.007 0.092 0.547 0.003 0.125 0.001 22 A 0.172 0.279 0.370 0.034 0.080 0.034 0.015 0.004 0.008 0.003 0.001 23 W 0.188 0.593 0.147 0.020 0.021 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 24 F 0.190 0.465 0.190 0.021 0.096 0.021 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 25 E 0.225 0.516 0.123 0.028 0.063 0.019 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 26 A 0.136 0.380 0.130 0.029 0.288 0.016 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 27 Q 0.081 0.740 0.075 0.017 0.047 0.020 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 28 V 0.162 0.419 0.289 0.017 0.021 0.081 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 29 V 0.332 0.420 0.099 0.047 0.045 0.025 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 30 R 0.162 0.321 0.212 0.055 0.126 0.058 0.028 0.001 0.034 0.001 0.001 31 V 0.248 0.427 0.156 0.076 0.036 0.024 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 32 T 0.176 0.322 0.258 0.087 0.072 0.030 0.013 0.001 0.036 0.003 0.001 33 R 0.254 0.231 0.265 0.092 0.076 0.030 0.018 0.001 0.025 0.003 0.004 34 K 0.179 0.253 0.327 0.110 0.039 0.052 0.015 0.003 0.018 0.002 0.002 35 A 0.030 0.238 0.485 0.007 0.027 0.020 0.004 0.001 0.183 0.003 0.001 36 P 0.296 0.006 0.599 0.020 0.003 0.018 0.001 0.001 0.003 0.001 0.053 37 S 0.215 0.163 0.246 0.207 0.037 0.062 0.027 0.015 0.023 0.004 0.001 38 R 0.384 0.105 0.248 0.161 0.028 0.023 0.026 0.004 0.012 0.006 0.003 39 D 0.167 0.072 0.143 0.414 0.041 0.042 0.078 0.015 0.019 0.007 0.001 40 E 0.031 0.245 0.430 0.012 0.031 0.011 0.010 0.001 0.222 0.005 0.001 41 P 0.166 0.008 0.724 0.016 0.002 0.028 0.001 0.001 0.003 0.001 0.051 42 C 0.153 0.270 0.302 0.135 0.047 0.042 0.010 0.011 0.026 0.002 0.001 43 S 0.276 0.160 0.318 0.104 0.063 0.032 0.012 0.004 0.022 0.007 0.002 44 S 0.288 0.134 0.172 0.230 0.060 0.044 0.031 0.006 0.028 0.006 0.001 45 T 0.295 0.165 0.173 0.236 0.040 0.029 0.033 0.005 0.019 0.004 0.002 46 S 0.192 0.122 0.190 0.304 0.047 0.041 0.060 0.014 0.018 0.009 0.003 47 R 0.049 0.287 0.414 0.017 0.052 0.013 0.014 0.002 0.146 0.005 0.001 48 P 0.210 0.014 0.700 0.015 0.003 0.022 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 49 A 0.130 0.162 0.527 0.068 0.025 0.058 0.005 0.002 0.020 0.001 0.002 50 L 0.139 0.222 0.469 0.053 0.032 0.034 0.005 0.001 0.040 0.003 0.002 51 E 0.378 0.102 0.325 0.069 0.041 0.032 0.020 0.002 0.021 0.006 0.005 52 E 0.438 0.073 0.177 0.200 0.034 0.023 0.030 0.005 0.014 0.003 0.003 53 D 0.101 0.253 0.190 0.225 0.105 0.038 0.042 0.011 0.029 0.004 0.001 54 V 0.023 0.662 0.221 0.023 0.032 0.018 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 55 I 0.016 0.785 0.142 0.011 0.018 0.022 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 56 Y 0.010 0.717 0.109 0.015 0.112 0.018 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 57 H 0.005 0.771 0.120 0.005 0.055 0.028 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 58 V 0.002 0.824 0.108 0.002 0.024 0.032 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 59 K 0.007 0.586 0.259 0.004 0.013 0.121 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 60 Y 0.035 0.506 0.218 0.021 0.070 0.079 0.010 0.001 0.058 0.002 0.001 61 D 0.328 0.164 0.206 0.098 0.066 0.050 0.045 0.003 0.029 0.008 0.004 62 D 0.158 0.085 0.119 0.358 0.072 0.049 0.086 0.028 0.020 0.023 0.002 63 Y 0.039 0.178 0.440 0.017 0.030 0.020 0.019 0.002 0.239 0.016 0.001 64 P 0.571 0.004 0.340 0.020 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.004 0.049 65 E 0.582 0.031 0.088 0.231 0.011 0.021 0.017 0.007 0.008 0.003 0.002 66 N 0.106 0.048 0.166 0.524 0.023 0.012 0.090 0.015 0.008 0.006 0.001 67 G 0.043 0.055 0.128 0.045 0.088 0.016 0.199 0.332 0.010 0.084 0.001 68 V 0.062 0.463 0.377 0.028 0.029 0.024 0.003 0.001 0.011 0.001 0.002 69 V 0.037 0.689 0.191 0.014 0.028 0.021 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 70 Q 0.023 0.436 0.369 0.014 0.045 0.089 0.003 0.001 0.019 0.001 0.002 71 M 0.040 0.648 0.183 0.027 0.047 0.026 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 72 N 0.018 0.275 0.369 0.017 0.105 0.077 0.018 0.001 0.111 0.008 0.001 73 S 0.600 0.031 0.232 0.053 0.025 0.014 0.005 0.001 0.012 0.006 0.022 74 R 0.718 0.027 0.067 0.141 0.014 0.009 0.013 0.004 0.004 0.002 0.001 75 D 0.255 0.075 0.167 0.348 0.033 0.044 0.049 0.007 0.018 0.003 0.002 76 V 0.211 0.207 0.401 0.109 0.013 0.028 0.014 0.002 0.012 0.001 0.002 77 R 0.072 0.318 0.424 0.010 0.022 0.031 0.008 0.001 0.110 0.004 0.001 78 A 0.694 0.004 0.249 0.017 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 79 R 0.526 0.043 0.072 0.261 0.032 0.021 0.018 0.015 0.009 0.003 0.001 80 A 0.467 0.116 0.221 0.096 0.032 0.023 0.020 0.004 0.019 0.002 0.001 81 R 0.507 0.205 0.167 0.071 0.017 0.013 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 82 T 0.361 0.278 0.169 0.078 0.054 0.032 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 83 I 0.273 0.472 0.136 0.036 0.037 0.022 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 84 I 0.160 0.514 0.186 0.032 0.050 0.036 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 85 K 0.104 0.381 0.330 0.025 0.024 0.103 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 86 W 0.505 0.124 0.230 0.048 0.027 0.027 0.009 0.001 0.026 0.002 0.001 87 Q 0.725 0.032 0.049 0.127 0.018 0.010 0.027 0.002 0.006 0.003 0.001 88 D 0.245 0.043 0.060 0.436 0.031 0.022 0.133 0.013 0.014 0.004 0.001 89 L 0.160 0.381 0.281 0.084 0.023 0.014 0.027 0.004 0.024 0.002 0.001 90 E 0.062 0.314 0.391 0.045 0.037 0.086 0.022 0.001 0.033 0.004 0.004 91 V 0.096 0.312 0.352 0.142 0.033 0.016 0.018 0.002 0.022 0.001 0.004 92 G 0.024 0.073 0.073 0.033 0.322 0.008 0.041 0.262 0.006 0.158 0.001 93 Q 0.022 0.553 0.227 0.025 0.130 0.021 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 94 V 0.007 0.717 0.207 0.005 0.025 0.033 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 95 V 0.006 0.872 0.065 0.002 0.028 0.020 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 96 M 0.005 0.695 0.186 0.003 0.018 0.081 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 97 L 0.028 0.712 0.120 0.016 0.038 0.034 0.003 0.001 0.048 0.001 0.001 98 N 0.024 0.310 0.230 0.048 0.180 0.106 0.047 0.004 0.045 0.005 0.001 99 Y 0.053 0.518 0.169 0.096 0.072 0.049 0.011 0.004 0.019 0.005 0.003 100 N 0.018 0.152 0.371 0.017 0.064 0.098 0.030 0.001 0.219 0.030 0.001 101 P 0.891 0.001 0.040 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 102 D 0.329 0.010 0.026 0.583 0.006 0.014 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 103 N 0.042 0.138 0.331 0.046 0.030 0.021 0.031 0.003 0.348 0.008 0.001 104 P 0.336 0.004 0.566 0.016 0.001 0.013 0.002 0.001 0.003 0.001 0.056 105 K 0.646 0.028 0.170 0.110 0.009 0.018 0.005 0.003 0.006 0.003 0.002 106 E 0.592 0.050 0.151 0.142 0.012 0.023 0.011 0.002 0.013 0.002 0.003 107 R 0.113 0.071 0.254 0.434 0.016 0.013 0.073 0.004 0.018 0.002 0.001 108 G 0.017 0.021 0.047 0.013 0.064 0.007 0.083 0.565 0.003 0.179 0.001 109 F 0.053 0.418 0.359 0.039 0.066 0.044 0.006 0.002 0.011 0.002 0.001 110 W 0.084 0.503 0.245 0.059 0.036 0.053 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 111 Y 0.093 0.537 0.144 0.052 0.097 0.036 0.006 0.001 0.031 0.002 0.001 112 D 0.100 0.179 0.390 0.041 0.064 0.160 0.025 0.001 0.038 0.001 0.002 113 A 0.674 0.125 0.098 0.045 0.031 0.013 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 114 E 0.690 0.160 0.066 0.031 0.023 0.018 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 115 I 0.673 0.159 0.074 0.044 0.017 0.017 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 116 S 0.742 0.084 0.055 0.055 0.032 0.010 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 117 R 0.614 0.080 0.103 0.097 0.043 0.022 0.016 0.001 0.023 0.002 0.001 118 K 0.724 0.044 0.091 0.103 0.008 0.011 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 119 R 0.643 0.065 0.110 0.112 0.021 0.015 0.017 0.003 0.012 0.002 0.001 120 E 0.542 0.076 0.156 0.132 0.023 0.033 0.023 0.002 0.012 0.001 0.001 121 T 0.604 0.128 0.112 0.093 0.018 0.020 0.010 0.001 0.013 0.001 0.001 122 R 0.719 0.076 0.101 0.050 0.021 0.015 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 123 T 0.663 0.096 0.085 0.092 0.025 0.017 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 124 A 0.700 0.076 0.094 0.076 0.019 0.015 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 125 R 0.734 0.085 0.071 0.065 0.017 0.009 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 126 E 0.590 0.105 0.135 0.079 0.035 0.020 0.016 0.001 0.018 0.001 0.001 127 L 0.523 0.180 0.142 0.096 0.021 0.019 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 128 Y 0.301 0.376 0.124 0.089 0.056 0.020 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 129 A 0.153 0.485 0.156 0.070 0.080 0.023 0.013 0.001 0.018 0.001 0.001 130 N 0.074 0.484 0.246 0.035 0.070 0.047 0.013 0.001 0.029 0.001 0.001 131 V 0.066 0.577 0.232 0.025 0.039 0.035 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 132 V 0.044 0.618 0.196 0.021 0.045 0.037 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 133 L 0.050 0.429 0.344 0.046 0.047 0.043 0.014 0.001 0.024 0.001 0.001 134 G 0.050 0.053 0.117 0.048 0.208 0.042 0.095 0.145 0.017 0.225 0.001 135 D 0.253 0.135 0.191 0.223 0.086 0.030 0.033 0.010 0.023 0.014 0.002 136 D 0.222 0.136 0.158 0.250 0.084 0.028 0.058 0.019 0.021 0.022 0.001 137 S 0.193 0.247 0.221 0.151 0.073 0.041 0.028 0.009 0.027 0.009 0.002 138 L 0.285 0.299 0.224 0.102 0.025 0.028 0.009 0.002 0.021 0.002 0.003 139 N 0.258 0.138 0.221 0.176 0.059 0.035 0.069 0.012 0.017 0.015 0.002 140 D 0.144 0.083 0.123 0.237 0.094 0.047 0.183 0.051 0.022 0.016 0.001 141 C 0.104 0.456 0.241 0.089 0.060 0.013 0.015 0.003 0.017 0.001 0.001 142 R 0.073 0.569 0.234 0.019 0.048 0.032 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 143 I 0.031 0.622 0.255 0.009 0.023 0.050 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 144 I 0.044 0.757 0.112 0.010 0.037 0.021 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 145 F 0.059 0.359 0.343 0.013 0.077 0.109 0.006 0.001 0.033 0.001 0.001 146 V 0.667 0.105 0.123 0.036 0.026 0.019 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 147 D 0.718 0.054 0.064 0.062 0.061 0.013 0.015 0.003 0.007 0.003 0.001 148 E 0.627 0.128 0.054 0.110 0.039 0.015 0.013 0.002 0.011 0.001 0.001 149 V 0.707 0.188 0.055 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 150 F 0.621 0.236 0.054 0.039 0.030 0.009 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 151 K 0.383 0.284 0.134 0.067 0.077 0.022 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 152 I 0.290 0.336 0.210 0.079 0.029 0.024 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 153 E 0.314 0.227 0.274 0.087 0.030 0.032 0.011 0.001 0.021 0.001 0.002 154 R 0.024 0.295 0.444 0.008 0.033 0.023 0.007 0.001 0.164 0.001 0.001 155 P 0.117 0.005 0.789 0.012 0.003 0.038 0.002 0.001 0.004 0.001 0.030