# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.43603 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.209 0.147 0.101 0.020 0.372 0.010 0.010 0.037 0.025 0.041 0.028 2 T 0.033 0.103 0.058 0.023 0.066 0.041 0.074 0.292 0.244 0.043 0.021 3 E 0.082 0.057 0.043 0.033 0.091 0.027 0.060 0.138 0.090 0.279 0.099 4 L 0.117 0.247 0.074 0.015 0.226 0.019 0.027 0.095 0.059 0.068 0.053 5 G 0.077 0.191 0.098 0.041 0.166 0.042 0.043 0.138 0.058 0.076 0.069 6 L 0.239 0.132 0.020 0.004 0.374 0.006 0.016 0.090 0.038 0.048 0.033 7 Y 0.134 0.236 0.064 0.008 0.427 0.011 0.018 0.058 0.013 0.014 0.018 8 K 0.209 0.162 0.069 0.014 0.314 0.016 0.016 0.096 0.022 0.026 0.055 9 V 0.069 0.278 0.044 0.020 0.118 0.036 0.107 0.158 0.096 0.034 0.040 10 N 0.031 0.032 0.028 0.125 0.032 0.076 0.048 0.119 0.099 0.310 0.100 11 E 0.065 0.270 0.087 0.013 0.194 0.012 0.024 0.136 0.079 0.091 0.029 12 Y 0.233 0.087 0.020 0.005 0.305 0.008 0.046 0.116 0.061 0.070 0.048 13 V 0.095 0.335 0.087 0.020 0.247 0.027 0.029 0.054 0.030 0.043 0.032 14 D 0.162 0.238 0.067 0.010 0.349 0.009 0.013 0.056 0.029 0.022 0.047 15 A 0.086 0.032 0.011 0.003 0.084 0.008 0.045 0.400 0.230 0.065 0.035 16 R 0.043 0.140 0.047 0.026 0.113 0.050 0.121 0.241 0.089 0.104 0.027 17 D 0.229 0.074 0.041 0.011 0.256 0.010 0.014 0.125 0.056 0.128 0.055 18 T 0.024 0.077 0.045 0.014 0.052 0.024 0.052 0.418 0.235 0.040 0.018 19 N 0.071 0.036 0.030 0.025 0.065 0.029 0.109 0.278 0.101 0.200 0.057 20 M 0.055 0.248 0.075 0.021 0.105 0.022 0.037 0.204 0.086 0.105 0.041 21 G 0.050 0.042 0.042 0.123 0.048 0.083 0.056 0.233 0.084 0.144 0.094 22 A 0.102 0.220 0.062 0.006 0.230 0.008 0.014 0.238 0.055 0.046 0.018 23 W 0.278 0.040 0.003 0.002 0.305 0.005 0.018 0.243 0.040 0.024 0.043 24 F 0.243 0.068 0.009 0.002 0.252 0.014 0.048 0.200 0.096 0.013 0.054 25 E 0.163 0.054 0.006 0.007 0.199 0.030 0.052 0.351 0.030 0.032 0.075 26 A 0.308 0.090 0.012 0.003 0.384 0.006 0.021 0.111 0.035 0.008 0.023 27 Q 0.168 0.127 0.006 0.002 0.388 0.010 0.030 0.177 0.016 0.039 0.037 28 V 0.483 0.040 0.003 0.003 0.276 0.004 0.015 0.070 0.023 0.017 0.065 29 V 0.062 0.114 0.037 0.054 0.201 0.156 0.166 0.133 0.034 0.016 0.025 30 R 0.268 0.091 0.027 0.008 0.429 0.006 0.011 0.054 0.014 0.047 0.045 31 V 0.218 0.098 0.018 0.003 0.359 0.006 0.025 0.077 0.083 0.052 0.061 32 T 0.127 0.153 0.053 0.026 0.279 0.045 0.072 0.085 0.052 0.048 0.060 33 R 0.161 0.151 0.054 0.018 0.247 0.017 0.038 0.112 0.055 0.085 0.061 34 K 0.099 0.135 0.102 0.045 0.164 0.035 0.060 0.057 0.051 0.180 0.070 35 A 0.060 0.396 0.258 0.021 0.165 0.008 0.011 0.022 0.016 0.024 0.018 36 P 0.057 0.156 0.084 0.033 0.093 0.028 0.062 0.176 0.184 0.085 0.041 37 S 0.077 0.154 0.110 0.036 0.140 0.025 0.040 0.127 0.116 0.138 0.038 38 R 0.058 0.135 0.064 0.030 0.113 0.030 0.063 0.188 0.155 0.123 0.041 39 D 0.081 0.071 0.063 0.049 0.103 0.033 0.051 0.097 0.093 0.279 0.080 40 E 0.071 0.286 0.174 0.031 0.191 0.018 0.021 0.065 0.046 0.066 0.030 41 P 0.107 0.145 0.079 0.028 0.177 0.023 0.043 0.135 0.099 0.106 0.058 42 C 0.102 0.204 0.107 0.028 0.186 0.023 0.033 0.101 0.069 0.103 0.044 43 S 0.070 0.182 0.113 0.041 0.138 0.030 0.039 0.152 0.096 0.095 0.044 44 S 0.087 0.108 0.066 0.027 0.142 0.023 0.039 0.203 0.145 0.117 0.042 45 T 0.051 0.124 0.065 0.026 0.105 0.027 0.057 0.237 0.157 0.118 0.034 46 S 0.076 0.111 0.069 0.031 0.121 0.028 0.046 0.130 0.090 0.231 0.068 47 R 0.086 0.300 0.151 0.018 0.213 0.013 0.016 0.065 0.045 0.061 0.031 48 P 0.084 0.196 0.096 0.025 0.157 0.022 0.037 0.151 0.113 0.075 0.044 49 A 0.093 0.227 0.109 0.019 0.180 0.018 0.035 0.132 0.072 0.080 0.035 50 L 0.087 0.170 0.069 0.014 0.156 0.018 0.039 0.175 0.124 0.104 0.045 51 E 0.130 0.060 0.030 0.020 0.142 0.020 0.036 0.242 0.163 0.103 0.054 52 E 0.055 0.134 0.072 0.030 0.126 0.056 0.084 0.226 0.137 0.059 0.022 53 D 0.196 0.102 0.027 0.009 0.241 0.013 0.036 0.079 0.035 0.176 0.086 54 V 0.255 0.130 0.009 0.001 0.550 0.002 0.009 0.008 0.009 0.005 0.023 55 I 0.304 0.051 0.004 0.004 0.552 0.019 0.023 0.008 0.003 0.006 0.027 56 Y 0.185 0.144 0.013 0.003 0.627 0.004 0.004 0.003 0.002 0.003 0.013 57 H 0.348 0.020 0.001 0.001 0.612 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 58 V 0.173 0.194 0.030 0.003 0.561 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.024 59 K 0.297 0.116 0.021 0.006 0.394 0.008 0.009 0.012 0.007 0.025 0.106 60 Y 0.162 0.178 0.059 0.027 0.260 0.022 0.016 0.060 0.052 0.084 0.082 61 D 0.083 0.134 0.062 0.037 0.160 0.038 0.083 0.166 0.093 0.095 0.048 62 D 0.087 0.148 0.077 0.029 0.154 0.023 0.041 0.118 0.072 0.202 0.049 63 Y 0.124 0.266 0.143 0.011 0.272 0.011 0.016 0.058 0.026 0.047 0.026 64 P 0.069 0.140 0.210 0.032 0.085 0.030 0.038 0.209 0.126 0.031 0.032 65 E 0.034 0.086 0.060 0.064 0.043 0.084 0.178 0.261 0.116 0.057 0.018 66 N 0.025 0.249 0.114 0.143 0.044 0.076 0.075 0.047 0.031 0.157 0.040 67 G 0.035 0.105 0.093 0.093 0.058 0.027 0.012 0.024 0.027 0.336 0.191 68 V 0.233 0.188 0.019 0.003 0.505 0.003 0.005 0.008 0.007 0.011 0.017 69 V 0.164 0.182 0.020 0.004 0.597 0.006 0.006 0.005 0.003 0.003 0.010 70 Q 0.329 0.055 0.008 0.002 0.557 0.003 0.003 0.003 0.002 0.006 0.033 71 M 0.182 0.268 0.068 0.012 0.372 0.016 0.011 0.008 0.005 0.013 0.044 72 N 0.108 0.334 0.163 0.031 0.209 0.018 0.021 0.015 0.012 0.028 0.061 73 S 0.156 0.128 0.046 0.019 0.164 0.015 0.021 0.109 0.162 0.105 0.074 74 R 0.014 0.078 0.043 0.058 0.040 0.103 0.131 0.217 0.215 0.083 0.017 75 D 0.119 0.135 0.065 0.013 0.221 0.010 0.033 0.125 0.057 0.167 0.056 76 V 0.174 0.160 0.025 0.004 0.296 0.011 0.025 0.098 0.072 0.091 0.044 77 R 0.086 0.353 0.113 0.020 0.268 0.014 0.013 0.070 0.022 0.015 0.027 78 A 0.112 0.078 0.017 0.003 0.148 0.008 0.024 0.423 0.146 0.017 0.023 79 R 0.032 0.062 0.017 0.004 0.048 0.010 0.034 0.544 0.138 0.084 0.027 80 A 0.075 0.046 0.004 0.001 0.064 0.003 0.019 0.554 0.150 0.048 0.038 81 R 0.029 0.024 0.006 0.007 0.046 0.026 0.065 0.623 0.138 0.022 0.013 82 T 0.070 0.088 0.015 0.003 0.134 0.008 0.022 0.514 0.088 0.047 0.011 83 I 0.147 0.080 0.009 0.002 0.226 0.004 0.029 0.348 0.051 0.072 0.030 84 I 0.115 0.236 0.072 0.014 0.260 0.021 0.042 0.153 0.031 0.029 0.028 85 K 0.107 0.209 0.070 0.019 0.189 0.018 0.033 0.161 0.052 0.067 0.075 86 W 0.099 0.069 0.029 0.013 0.116 0.014 0.048 0.303 0.210 0.054 0.046 87 Q 0.013 0.035 0.030 0.044 0.027 0.094 0.154 0.320 0.196 0.069 0.018 88 D 0.133 0.125 0.044 0.007 0.218 0.007 0.028 0.149 0.053 0.186 0.049 89 L 0.219 0.176 0.041 0.004 0.397 0.008 0.020 0.061 0.031 0.019 0.024 90 E 0.177 0.113 0.071 0.038 0.226 0.049 0.046 0.090 0.037 0.059 0.094 91 V 0.101 0.210 0.058 0.080 0.142 0.062 0.121 0.074 0.050 0.052 0.051 92 G 0.028 0.025 0.049 0.282 0.030 0.126 0.062 0.026 0.020 0.277 0.074 93 Q 0.097 0.373 0.115 0.015 0.303 0.006 0.011 0.013 0.012 0.031 0.024 94 V 0.349 0.044 0.002 0.001 0.587 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.005 95 V 0.218 0.079 0.007 0.002 0.661 0.005 0.005 0.004 0.002 0.002 0.015 96 M 0.411 0.036 0.004 0.002 0.454 0.003 0.003 0.005 0.003 0.009 0.069 97 L 0.217 0.104 0.022 0.017 0.401 0.022 0.022 0.026 0.018 0.043 0.109 98 N 0.345 0.050 0.019 0.007 0.373 0.007 0.013 0.025 0.011 0.072 0.078 99 Y 0.060 0.243 0.078 0.069 0.163 0.067 0.059 0.072 0.060 0.102 0.029 100 N 0.216 0.126 0.051 0.006 0.531 0.004 0.005 0.018 0.012 0.017 0.014 101 P 0.030 0.029 0.009 0.002 0.044 0.007 0.023 0.329 0.485 0.020 0.021 102 D 0.037 0.052 0.026 0.014 0.055 0.041 0.254 0.251 0.082 0.161 0.027 103 N 0.124 0.308 0.084 0.006 0.281 0.005 0.005 0.044 0.020 0.089 0.032 104 P 0.055 0.104 0.045 0.009 0.122 0.011 0.018 0.352 0.208 0.049 0.025 105 K 0.026 0.023 0.024 0.009 0.031 0.012 0.062 0.475 0.286 0.040 0.011 106 E 0.056 0.045 0.032 0.010 0.062 0.019 0.091 0.379 0.120 0.157 0.028 107 R 0.038 0.397 0.127 0.039 0.091 0.047 0.070 0.078 0.033 0.052 0.027 108 G 0.063 0.058 0.053 0.089 0.058 0.038 0.016 0.044 0.036 0.369 0.176 109 F 0.110 0.304 0.057 0.006 0.423 0.004 0.007 0.030 0.014 0.027 0.017 110 W 0.328 0.061 0.012 0.006 0.434 0.009 0.019 0.043 0.016 0.028 0.044 111 Y 0.079 0.314 0.103 0.037 0.241 0.049 0.043 0.046 0.022 0.034 0.031 112 D 0.300 0.082 0.016 0.004 0.524 0.003 0.003 0.026 0.008 0.009 0.024 113 A 0.106 0.137 0.024 0.003 0.254 0.008 0.020 0.269 0.144 0.014 0.021 114 E 0.130 0.161 0.010 0.002 0.228 0.007 0.022 0.295 0.035 0.063 0.047 115 I 0.218 0.043 0.003 0.001 0.124 0.003 0.012 0.359 0.141 0.034 0.062 116 S 0.011 0.020 0.005 0.007 0.023 0.029 0.064 0.731 0.084 0.018 0.007 117 R 0.051 0.034 0.009 0.003 0.059 0.005 0.022 0.654 0.077 0.074 0.011 118 K 0.022 0.036 0.010 0.002 0.042 0.004 0.024 0.630 0.161 0.057 0.013 119 R 0.017 0.032 0.014 0.007 0.028 0.011 0.030 0.671 0.148 0.030 0.011 120 E 0.036 0.030 0.008 0.002 0.038 0.004 0.029 0.608 0.109 0.118 0.017 121 T 0.043 0.080 0.022 0.005 0.068 0.006 0.019 0.558 0.105 0.073 0.021 122 R 0.028 0.047 0.018 0.011 0.044 0.019 0.039 0.635 0.102 0.042 0.015 123 T 0.043 0.074 0.026 0.006 0.060 0.007 0.021 0.542 0.112 0.087 0.023 124 A 0.036 0.020 0.004 0.002 0.033 0.003 0.018 0.644 0.165 0.056 0.017 125 R 0.023 0.033 0.012 0.007 0.041 0.016 0.048 0.617 0.151 0.037 0.013 126 E 0.130 0.047 0.011 0.004 0.118 0.007 0.041 0.440 0.106 0.064 0.031 127 L 0.120 0.125 0.014 0.002 0.175 0.008 0.064 0.315 0.100 0.040 0.038 128 Y 0.241 0.066 0.012 0.009 0.226 0.028 0.095 0.162 0.044 0.045 0.073 129 A 0.232 0.130 0.019 0.004 0.427 0.012 0.023 0.077 0.025 0.016 0.034 130 N 0.235 0.078 0.014 0.003 0.522 0.007 0.020 0.039 0.012 0.021 0.048 131 V 0.244 0.120 0.021 0.003 0.490 0.004 0.009 0.025 0.008 0.022 0.053 132 V 0.197 0.150 0.049 0.022 0.317 0.021 0.028 0.036 0.013 0.055 0.112 133 L 0.075 0.176 0.158 0.165 0.106 0.071 0.065 0.067 0.026 0.053 0.039 134 G 0.036 0.090 0.162 0.248 0.057 0.080 0.057 0.084 0.061 0.097 0.029 135 D 0.049 0.119 0.095 0.064 0.086 0.034 0.057 0.144 0.208 0.116 0.029 136 D 0.038 0.109 0.085 0.047 0.068 0.039 0.079 0.152 0.192 0.146 0.044 137 S 0.118 0.092 0.056 0.014 0.129 0.016 0.055 0.121 0.108 0.213 0.077 138 L 0.117 0.115 0.073 0.055 0.144 0.040 0.048 0.161 0.107 0.083 0.058 139 N 0.030 0.058 0.068 0.121 0.045 0.161 0.150 0.168 0.085 0.089 0.024 140 D 0.095 0.113 0.074 0.037 0.141 0.016 0.022 0.091 0.043 0.265 0.104 141 C 0.254 0.109 0.013 0.002 0.549 0.004 0.010 0.023 0.014 0.006 0.016 142 R 0.221 0.112 0.010 0.003 0.556 0.012 0.012 0.027 0.008 0.011 0.029 143 I 0.374 0.062 0.005 0.001 0.495 0.002 0.004 0.017 0.005 0.005 0.030 144 I 0.210 0.116 0.018 0.005 0.543 0.017 0.020 0.031 0.006 0.009 0.024 145 F 0.210 0.230 0.028 0.004 0.354 0.005 0.007 0.044 0.014 0.038 0.067 146 V 0.208 0.052 0.008 0.007 0.177 0.012 0.036 0.206 0.151 0.046 0.098 147 D 0.025 0.044 0.036 0.078 0.048 0.145 0.151 0.275 0.152 0.033 0.014 148 E 0.130 0.172 0.028 0.004 0.219 0.006 0.024 0.194 0.040 0.152 0.031 149 V 0.321 0.073 0.007 0.002 0.299 0.006 0.037 0.085 0.100 0.024 0.046 150 F 0.112 0.155 0.030 0.014 0.320 0.057 0.081 0.123 0.059 0.018 0.030 151 K 0.276 0.074 0.011 0.003 0.442 0.007 0.016 0.060 0.023 0.041 0.047 152 I 0.191 0.121 0.043 0.006 0.412 0.010 0.031 0.030 0.023 0.060 0.072 153 E 0.123 0.258 0.147 0.028 0.277 0.018 0.023 0.014 0.011 0.044 0.059 154 R 0.071 0.408 0.222 0.027 0.176 0.011 0.012 0.015 0.014 0.024 0.020 155 P 0.048 0.379 0.213 0.023 0.155 0.012 0.029 0.047 0.056 0.023 0.015