# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.43603 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.740 0.194 0.044 0.016 0.005 0.001 0.001 2 T 0.676 0.214 0.068 0.031 0.008 0.001 0.001 3 E 0.559 0.283 0.109 0.039 0.008 0.002 0.001 4 L 0.310 0.267 0.231 0.144 0.039 0.008 0.001 5 G 0.301 0.348 0.189 0.106 0.045 0.011 0.001 6 L 0.065 0.105 0.169 0.239 0.237 0.165 0.021 7 Y 0.059 0.077 0.121 0.216 0.281 0.209 0.037 8 K 0.083 0.203 0.283 0.247 0.120 0.055 0.009 9 V 0.042 0.069 0.108 0.193 0.276 0.253 0.059 10 N 0.102 0.212 0.229 0.215 0.150 0.077 0.015 11 E 0.067 0.153 0.162 0.226 0.218 0.143 0.030 12 Y 0.041 0.086 0.149 0.231 0.249 0.192 0.052 13 V 0.047 0.055 0.073 0.139 0.250 0.333 0.104 14 D 0.094 0.172 0.191 0.205 0.161 0.126 0.053 15 A 0.060 0.051 0.067 0.127 0.209 0.323 0.163 16 R 0.122 0.180 0.201 0.217 0.152 0.098 0.030 17 D 0.133 0.148 0.156 0.183 0.180 0.152 0.049 18 T 0.152 0.143 0.153 0.210 0.172 0.125 0.046 19 N 0.248 0.260 0.178 0.135 0.092 0.064 0.023 20 M 0.063 0.076 0.106 0.167 0.227 0.250 0.112 21 G 0.098 0.110 0.117 0.152 0.195 0.205 0.122 22 A 0.016 0.020 0.029 0.058 0.123 0.372 0.382 23 W 0.019 0.026 0.053 0.100 0.165 0.274 0.363 24 F 0.005 0.007 0.011 0.023 0.077 0.337 0.541 25 E 0.012 0.030 0.058 0.111 0.177 0.301 0.310 26 A 0.009 0.018 0.037 0.093 0.185 0.389 0.268 27 Q 0.024 0.089 0.157 0.225 0.257 0.188 0.060 28 V 0.011 0.028 0.048 0.113 0.262 0.427 0.110 29 V 0.027 0.095 0.186 0.257 0.299 0.125 0.011 30 R 0.101 0.326 0.277 0.187 0.080 0.027 0.002 31 V 0.026 0.049 0.123 0.278 0.379 0.139 0.006 32 T 0.103 0.213 0.278 0.241 0.136 0.028 0.001 33 R 0.275 0.329 0.244 0.114 0.033 0.005 0.001 34 K 0.503 0.322 0.118 0.048 0.009 0.001 0.001 35 A 0.537 0.268 0.121 0.057 0.014 0.001 0.001 36 P 0.666 0.243 0.065 0.021 0.004 0.001 0.001 37 S 0.706 0.225 0.052 0.014 0.002 0.001 0.001 38 R 0.615 0.249 0.094 0.034 0.006 0.001 0.001 39 D 0.694 0.219 0.063 0.019 0.004 0.001 0.001 40 E 0.585 0.260 0.103 0.041 0.009 0.001 0.001 41 P 0.506 0.301 0.119 0.054 0.017 0.003 0.001 42 C 0.235 0.220 0.240 0.198 0.086 0.020 0.001 43 S 0.366 0.283 0.190 0.108 0.042 0.011 0.001 44 S 0.406 0.239 0.181 0.113 0.046 0.014 0.001 45 T 0.470 0.227 0.155 0.097 0.040 0.011 0.001 46 S 0.568 0.233 0.104 0.059 0.026 0.009 0.001 47 R 0.386 0.241 0.184 0.119 0.051 0.017 0.001 48 P 0.411 0.284 0.161 0.091 0.040 0.013 0.001 49 A 0.290 0.266 0.203 0.147 0.068 0.024 0.001 50 L 0.210 0.194 0.238 0.209 0.105 0.041 0.003 51 E 0.324 0.257 0.202 0.128 0.062 0.025 0.002 52 E 0.395 0.297 0.157 0.092 0.042 0.014 0.001 53 D 0.123 0.292 0.266 0.187 0.092 0.036 0.005 54 V 0.008 0.029 0.066 0.181 0.351 0.326 0.040 55 I 0.008 0.057 0.166 0.311 0.250 0.187 0.020 56 Y 0.004 0.019 0.036 0.095 0.290 0.489 0.066 57 H 0.010 0.067 0.214 0.352 0.242 0.106 0.010 58 V 0.005 0.016 0.037 0.103 0.282 0.491 0.067 59 K 0.046 0.240 0.311 0.237 0.131 0.033 0.002 60 Y 0.028 0.073 0.167 0.331 0.293 0.105 0.004 61 D 0.323 0.444 0.151 0.055 0.024 0.003 0.001 62 D 0.438 0.357 0.137 0.056 0.011 0.002 0.001 63 Y 0.241 0.179 0.273 0.217 0.081 0.009 0.001 64 P 0.687 0.255 0.043 0.012 0.003 0.001 0.001 65 E 0.586 0.266 0.089 0.043 0.013 0.002 0.001 66 N 0.576 0.303 0.086 0.028 0.007 0.001 0.001 67 G 0.190 0.274 0.240 0.191 0.082 0.020 0.001 68 V 0.106 0.135 0.207 0.235 0.222 0.088 0.008 69 V 0.071 0.145 0.226 0.266 0.205 0.081 0.005 70 Q 0.151 0.312 0.278 0.163 0.071 0.023 0.002 71 M 0.050 0.065 0.136 0.294 0.291 0.150 0.014 72 N 0.271 0.352 0.185 0.109 0.064 0.019 0.001 73 S 0.218 0.254 0.217 0.196 0.080 0.032 0.003 74 R 0.389 0.298 0.177 0.092 0.034 0.009 0.001 75 D 0.174 0.296 0.256 0.185 0.062 0.024 0.003 76 V 0.049 0.040 0.068 0.152 0.339 0.286 0.066 77 R 0.057 0.145 0.196 0.228 0.200 0.153 0.022 78 A 0.069 0.102 0.127 0.179 0.237 0.224 0.062 79 R 0.040 0.074 0.152 0.204 0.250 0.193 0.087 80 A 0.014 0.027 0.034 0.057 0.166 0.422 0.280 81 R 0.048 0.115 0.255 0.276 0.181 0.093 0.031 82 T 0.067 0.221 0.249 0.253 0.133 0.069 0.009 83 I 0.022 0.062 0.140 0.278 0.305 0.178 0.015 84 I 0.030 0.043 0.082 0.215 0.352 0.252 0.027 85 K 0.098 0.365 0.281 0.165 0.068 0.022 0.001 86 W 0.065 0.132 0.245 0.331 0.170 0.054 0.003 87 Q 0.260 0.363 0.217 0.118 0.034 0.007 0.001 88 D 0.191 0.313 0.242 0.169 0.065 0.020 0.001 89 L 0.079 0.062 0.136 0.298 0.317 0.099 0.008 90 E 0.337 0.435 0.152 0.053 0.018 0.004 0.001 91 V 0.185 0.240 0.203 0.208 0.113 0.045 0.005 92 G 0.145 0.227 0.226 0.208 0.136 0.051 0.006 93 Q 0.102 0.191 0.211 0.237 0.169 0.079 0.012 94 V 0.033 0.062 0.114 0.183 0.301 0.237 0.069 95 V 0.019 0.026 0.040 0.088 0.184 0.395 0.247 96 M 0.010 0.011 0.021 0.048 0.094 0.330 0.487 97 L 0.010 0.016 0.026 0.049 0.127 0.347 0.425 98 N 0.020 0.038 0.060 0.097 0.198 0.313 0.273 99 Y 0.026 0.044 0.065 0.124 0.210 0.355 0.177 100 N 0.082 0.154 0.187 0.211 0.202 0.134 0.029 101 P 0.152 0.158 0.174 0.220 0.185 0.098 0.012 102 D 0.409 0.346 0.131 0.067 0.035 0.011 0.001 103 N 0.387 0.287 0.164 0.107 0.039 0.014 0.001 104 P 0.369 0.187 0.186 0.152 0.083 0.022 0.002 105 K 0.613 0.263 0.079 0.032 0.010 0.003 0.001 106 E 0.476 0.275 0.125 0.077 0.035 0.011 0.001 107 R 0.149 0.219 0.241 0.227 0.108 0.050 0.006 108 G 0.101 0.123 0.149 0.197 0.228 0.170 0.033 109 F 0.035 0.062 0.105 0.171 0.232 0.287 0.109 110 W 0.028 0.040 0.080 0.145 0.230 0.295 0.183 111 Y 0.011 0.027 0.047 0.083 0.201 0.391 0.240 112 D 0.023 0.061 0.105 0.172 0.233 0.259 0.147 113 A 0.010 0.021 0.041 0.102 0.216 0.428 0.182 114 E 0.043 0.170 0.215 0.251 0.204 0.102 0.015 115 I 0.013 0.032 0.069 0.166 0.352 0.334 0.033 116 S 0.085 0.229 0.281 0.232 0.138 0.033 0.001 117 R 0.260 0.343 0.217 0.127 0.043 0.010 0.001 118 K 0.238 0.237 0.261 0.183 0.070 0.011 0.001 119 R 0.452 0.286 0.153 0.082 0.024 0.004 0.001 120 E 0.594 0.278 0.082 0.033 0.010 0.002 0.001 121 T 0.509 0.265 0.136 0.069 0.019 0.003 0.001 122 R 0.522 0.276 0.132 0.053 0.015 0.002 0.001 123 T 0.449 0.317 0.150 0.064 0.018 0.004 0.001 124 A 0.189 0.179 0.242 0.225 0.129 0.033 0.002 125 R 0.239 0.276 0.243 0.155 0.067 0.020 0.001 126 E 0.291 0.346 0.193 0.104 0.048 0.017 0.002 127 L 0.056 0.114 0.178 0.280 0.244 0.113 0.015 128 Y 0.028 0.090 0.158 0.257 0.252 0.188 0.028 129 A 0.019 0.039 0.063 0.138 0.282 0.376 0.083 130 N 0.031 0.103 0.196 0.282 0.227 0.136 0.025 131 V 0.013 0.024 0.040 0.086 0.230 0.484 0.122 132 V 0.026 0.091 0.200 0.308 0.228 0.128 0.018 133 L 0.048 0.103 0.203 0.297 0.243 0.098 0.008 134 G 0.249 0.345 0.203 0.124 0.061 0.017 0.001 135 D 0.565 0.300 0.088 0.035 0.011 0.002 0.001 136 D 0.546 0.305 0.096 0.041 0.010 0.002 0.001 137 S 0.262 0.341 0.234 0.122 0.032 0.008 0.001 138 L 0.089 0.090 0.209 0.326 0.219 0.063 0.003 139 N 0.436 0.405 0.107 0.036 0.013 0.003 0.001 140 D 0.286 0.360 0.191 0.113 0.038 0.011 0.001 141 C 0.056 0.075 0.133 0.257 0.314 0.148 0.017 142 R 0.068 0.230 0.266 0.248 0.127 0.057 0.005 143 I 0.049 0.075 0.154 0.238 0.260 0.191 0.032 144 I 0.079 0.167 0.226 0.250 0.188 0.080 0.011 145 F 0.046 0.071 0.119 0.201 0.263 0.245 0.055 146 V 0.079 0.129 0.187 0.240 0.208 0.132 0.025 147 D 0.366 0.355 0.152 0.075 0.036 0.014 0.002 148 E 0.100 0.184 0.198 0.246 0.168 0.088 0.015 149 V 0.059 0.081 0.117 0.190 0.278 0.238 0.037 150 F 0.054 0.091 0.174 0.287 0.257 0.127 0.010 151 K 0.288 0.403 0.198 0.071 0.030 0.009 0.001 152 I 0.076 0.082 0.165 0.343 0.227 0.100 0.006 153 E 0.421 0.278 0.155 0.090 0.045 0.010 0.001 154 R 0.671 0.227 0.066 0.028 0.006 0.001 0.001 155 P 0.856 0.123 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001