# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.43603 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.549 0.232 0.091 0.053 0.033 0.018 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 T 0.282 0.161 0.160 0.146 0.104 0.068 0.039 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 E 0.352 0.210 0.125 0.107 0.085 0.047 0.039 0.015 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 4 L 0.077 0.052 0.081 0.116 0.165 0.171 0.136 0.097 0.053 0.025 0.014 0.008 0.004 0.001 5 G 0.107 0.114 0.124 0.149 0.143 0.113 0.100 0.064 0.043 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 6 L 0.045 0.025 0.040 0.068 0.117 0.128 0.117 0.152 0.110 0.080 0.059 0.038 0.014 0.006 7 Y 0.053 0.046 0.051 0.069 0.105 0.124 0.118 0.113 0.108 0.082 0.070 0.037 0.019 0.007 8 K 0.075 0.070 0.110 0.150 0.152 0.125 0.115 0.088 0.051 0.030 0.017 0.010 0.004 0.002 9 V 0.034 0.030 0.039 0.069 0.116 0.124 0.121 0.128 0.125 0.102 0.062 0.029 0.013 0.007 10 N 0.092 0.137 0.136 0.192 0.132 0.115 0.076 0.050 0.032 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 11 E 0.105 0.121 0.148 0.131 0.124 0.115 0.094 0.058 0.052 0.026 0.013 0.006 0.005 0.002 12 Y 0.022 0.022 0.037 0.060 0.120 0.155 0.167 0.169 0.117 0.058 0.039 0.020 0.010 0.003 13 V 0.028 0.028 0.033 0.059 0.103 0.109 0.137 0.150 0.130 0.101 0.069 0.034 0.015 0.005 14 D 0.061 0.057 0.074 0.118 0.142 0.114 0.104 0.105 0.081 0.062 0.039 0.025 0.011 0.007 15 A 0.032 0.026 0.032 0.028 0.045 0.059 0.066 0.095 0.144 0.168 0.137 0.093 0.056 0.021 16 R 0.066 0.069 0.092 0.150 0.141 0.138 0.121 0.096 0.060 0.031 0.019 0.009 0.005 0.002 17 D 0.103 0.082 0.088 0.107 0.122 0.112 0.094 0.083 0.083 0.060 0.034 0.016 0.009 0.006 18 T 0.069 0.077 0.090 0.118 0.154 0.139 0.122 0.093 0.058 0.037 0.024 0.012 0.005 0.003 19 N 0.129 0.153 0.158 0.127 0.113 0.094 0.085 0.053 0.037 0.025 0.014 0.006 0.005 0.002 20 M 0.055 0.039 0.055 0.080 0.144 0.138 0.128 0.129 0.114 0.060 0.031 0.017 0.008 0.003 21 G 0.072 0.064 0.079 0.117 0.146 0.135 0.124 0.098 0.065 0.049 0.029 0.013 0.006 0.003 22 A 0.052 0.030 0.042 0.059 0.100 0.119 0.127 0.137 0.115 0.096 0.061 0.035 0.016 0.010 23 W 0.042 0.032 0.038 0.056 0.091 0.122 0.126 0.136 0.120 0.092 0.082 0.037 0.018 0.009 24 F 0.013 0.011 0.013 0.029 0.054 0.080 0.135 0.156 0.175 0.145 0.106 0.051 0.020 0.012 25 E 0.016 0.015 0.022 0.054 0.101 0.119 0.130 0.140 0.136 0.109 0.082 0.044 0.017 0.016 26 A 0.016 0.013 0.017 0.016 0.028 0.052 0.094 0.102 0.149 0.166 0.151 0.113 0.058 0.024 27 Q 0.018 0.022 0.042 0.084 0.121 0.145 0.158 0.162 0.110 0.062 0.038 0.022 0.012 0.005 28 V 0.006 0.005 0.007 0.014 0.029 0.064 0.112 0.163 0.202 0.184 0.122 0.057 0.021 0.013 29 V 0.020 0.033 0.050 0.082 0.127 0.154 0.179 0.167 0.086 0.051 0.028 0.014 0.006 0.003 30 R 0.064 0.106 0.150 0.178 0.169 0.107 0.081 0.062 0.040 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 31 V 0.011 0.014 0.035 0.073 0.145 0.174 0.185 0.182 0.089 0.054 0.023 0.011 0.004 0.001 32 T 0.045 0.062 0.109 0.157 0.168 0.180 0.126 0.092 0.034 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 33 R 0.202 0.207 0.175 0.138 0.105 0.072 0.051 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 34 K 0.343 0.213 0.137 0.121 0.087 0.049 0.027 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.321 0.181 0.157 0.134 0.097 0.055 0.034 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 P 0.525 0.193 0.105 0.082 0.049 0.023 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 S 0.641 0.168 0.079 0.052 0.032 0.014 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 R 0.533 0.179 0.099 0.088 0.048 0.027 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.500 0.179 0.123 0.081 0.052 0.031 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 E 0.438 0.214 0.128 0.091 0.061 0.033 0.019 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 P 0.314 0.180 0.138 0.121 0.099 0.068 0.042 0.020 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 42 C 0.141 0.103 0.148 0.146 0.154 0.133 0.094 0.045 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 43 S 0.307 0.188 0.133 0.119 0.104 0.063 0.042 0.022 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 44 S 0.294 0.158 0.132 0.114 0.114 0.078 0.052 0.028 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 45 T 0.315 0.180 0.136 0.124 0.098 0.062 0.042 0.020 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 46 S 0.355 0.195 0.135 0.109 0.092 0.049 0.032 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 47 R 0.271 0.174 0.141 0.136 0.119 0.075 0.043 0.020 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 48 P 0.335 0.188 0.153 0.127 0.095 0.052 0.028 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.294 0.205 0.160 0.126 0.101 0.053 0.037 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.153 0.161 0.176 0.195 0.143 0.090 0.047 0.018 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.324 0.248 0.167 0.112 0.069 0.036 0.029 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.248 0.281 0.171 0.114 0.079 0.049 0.031 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.051 0.085 0.106 0.154 0.222 0.154 0.100 0.070 0.039 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 54 V 0.008 0.006 0.016 0.035 0.076 0.124 0.197 0.206 0.130 0.097 0.056 0.031 0.014 0.003 55 I 0.016 0.018 0.027 0.067 0.126 0.123 0.106 0.166 0.125 0.092 0.068 0.039 0.018 0.009 56 Y 0.005 0.005 0.006 0.009 0.016 0.031 0.052 0.098 0.137 0.207 0.207 0.144 0.062 0.021 57 H 0.011 0.014 0.023 0.069 0.109 0.099 0.119 0.186 0.136 0.096 0.075 0.039 0.016 0.008 58 V 0.008 0.007 0.009 0.012 0.022 0.036 0.064 0.098 0.155 0.197 0.190 0.124 0.056 0.023 59 K 0.025 0.028 0.052 0.127 0.181 0.171 0.157 0.135 0.062 0.033 0.016 0.008 0.003 0.002 60 Y 0.012 0.018 0.042 0.076 0.109 0.142 0.176 0.158 0.098 0.105 0.040 0.014 0.007 0.003 61 D 0.249 0.201 0.145 0.155 0.106 0.065 0.035 0.020 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 62 D 0.515 0.244 0.109 0.061 0.035 0.017 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 Y 0.192 0.145 0.176 0.211 0.129 0.079 0.043 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 P 0.513 0.193 0.125 0.077 0.048 0.021 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.632 0.182 0.078 0.048 0.029 0.015 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 N 0.422 0.199 0.131 0.098 0.060 0.039 0.028 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.137 0.104 0.144 0.141 0.148 0.121 0.100 0.050 0.029 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 68 V 0.054 0.044 0.072 0.094 0.167 0.164 0.129 0.113 0.068 0.045 0.027 0.013 0.008 0.002 69 V 0.075 0.059 0.066 0.090 0.144 0.137 0.113 0.119 0.078 0.056 0.035 0.016 0.008 0.003 70 Q 0.126 0.114 0.116 0.154 0.160 0.102 0.077 0.062 0.043 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 71 M 0.063 0.032 0.044 0.068 0.125 0.134 0.128 0.128 0.114 0.071 0.047 0.031 0.012 0.004 72 N 0.171 0.153 0.155 0.176 0.118 0.089 0.069 0.030 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 73 S 0.139 0.095 0.120 0.154 0.153 0.113 0.080 0.057 0.045 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 74 R 0.297 0.207 0.143 0.131 0.088 0.062 0.036 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 75 D 0.193 0.244 0.188 0.128 0.101 0.064 0.042 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 76 V 0.032 0.021 0.034 0.060 0.118 0.163 0.193 0.178 0.109 0.055 0.022 0.010 0.004 0.001 77 R 0.068 0.074 0.118 0.189 0.219 0.147 0.074 0.059 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 78 A 0.288 0.078 0.063 0.084 0.104 0.097 0.078 0.074 0.057 0.038 0.022 0.011 0.005 0.002 79 R 0.060 0.069 0.095 0.178 0.181 0.162 0.094 0.079 0.040 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 80 A 0.038 0.018 0.021 0.037 0.067 0.130 0.172 0.199 0.155 0.095 0.041 0.019 0.006 0.003 81 R 0.089 0.131 0.152 0.202 0.163 0.121 0.062 0.037 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 82 T 0.291 0.164 0.153 0.131 0.093 0.070 0.046 0.023 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 83 I 0.032 0.036 0.079 0.147 0.228 0.193 0.133 0.087 0.037 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 84 I 0.110 0.064 0.077 0.118 0.175 0.155 0.122 0.092 0.056 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 85 K 0.378 0.233 0.148 0.098 0.062 0.032 0.033 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 W 0.132 0.083 0.151 0.214 0.189 0.108 0.053 0.035 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.402 0.195 0.143 0.136 0.061 0.036 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.390 0.266 0.158 0.078 0.048 0.028 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.116 0.067 0.100 0.150 0.201 0.164 0.102 0.059 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 90 E 0.328 0.264 0.175 0.107 0.058 0.028 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.069 0.037 0.076 0.158 0.200 0.175 0.106 0.087 0.049 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 92 G 0.049 0.068 0.098 0.183 0.160 0.157 0.116 0.074 0.044 0.026 0.014 0.006 0.002 0.002 93 Q 0.034 0.037 0.061 0.084 0.109 0.145 0.148 0.128 0.110 0.066 0.039 0.020 0.013 0.008 94 V 0.006 0.005 0.008 0.016 0.032 0.061 0.095 0.126 0.176 0.148 0.148 0.109 0.046 0.025 95 V 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 0.014 0.035 0.052 0.107 0.182 0.218 0.214 0.102 0.059 96 M 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.010 0.021 0.041 0.090 0.174 0.203 0.222 0.140 0.085 97 L 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.010 0.026 0.049 0.097 0.188 0.200 0.198 0.142 0.077 98 N 0.005 0.007 0.011 0.020 0.033 0.047 0.076 0.126 0.161 0.175 0.152 0.095 0.056 0.036 99 Y 0.008 0.013 0.019 0.042 0.077 0.085 0.095 0.132 0.158 0.147 0.112 0.059 0.028 0.024 100 N 0.014 0.034 0.064 0.112 0.133 0.174 0.168 0.123 0.075 0.051 0.029 0.014 0.005 0.004 101 P 0.034 0.059 0.119 0.125 0.152 0.153 0.142 0.095 0.061 0.035 0.015 0.006 0.003 0.001 102 D 0.497 0.261 0.106 0.059 0.039 0.016 0.010 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 N 0.364 0.260 0.158 0.109 0.055 0.029 0.013 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 P 0.242 0.122 0.162 0.157 0.121 0.093 0.068 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.298 0.269 0.181 0.126 0.064 0.031 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.370 0.192 0.133 0.101 0.083 0.052 0.033 0.016 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 107 R 0.075 0.067 0.099 0.148 0.167 0.169 0.119 0.073 0.041 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 108 G 0.051 0.052 0.072 0.105 0.138 0.140 0.142 0.115 0.080 0.053 0.029 0.014 0.007 0.003 109 F 0.025 0.017 0.025 0.038 0.077 0.102 0.112 0.141 0.132 0.127 0.092 0.067 0.029 0.015 110 W 0.022 0.018 0.023 0.028 0.050 0.071 0.079 0.112 0.136 0.150 0.150 0.089 0.050 0.021 111 Y 0.014 0.011 0.013 0.028 0.050 0.071 0.114 0.154 0.171 0.146 0.117 0.068 0.029 0.014 112 D 0.017 0.018 0.026 0.063 0.115 0.108 0.116 0.139 0.133 0.102 0.084 0.047 0.018 0.015 113 A 0.029 0.022 0.024 0.027 0.047 0.069 0.109 0.115 0.145 0.146 0.134 0.079 0.038 0.016 114 E 0.045 0.062 0.101 0.166 0.183 0.141 0.109 0.087 0.053 0.027 0.014 0.006 0.003 0.001 115 I 0.014 0.013 0.028 0.051 0.098 0.129 0.152 0.172 0.161 0.115 0.039 0.017 0.007 0.003 116 S 0.120 0.137 0.169 0.231 0.142 0.101 0.053 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 117 R 0.446 0.226 0.137 0.078 0.046 0.027 0.025 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 K 0.128 0.131 0.179 0.191 0.167 0.104 0.061 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 119 R 0.449 0.206 0.139 0.095 0.066 0.025 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.611 0.211 0.081 0.048 0.027 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 T 0.327 0.171 0.164 0.148 0.097 0.050 0.028 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.519 0.190 0.117 0.081 0.050 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 T 0.478 0.235 0.129 0.079 0.045 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.120 0.104 0.158 0.207 0.194 0.114 0.059 0.026 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 125 R 0.231 0.201 0.178 0.168 0.102 0.067 0.031 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.347 0.293 0.143 0.078 0.052 0.034 0.030 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.037 0.035 0.067 0.118 0.178 0.180 0.131 0.125 0.071 0.029 0.015 0.009 0.005 0.001 128 Y 0.030 0.031 0.049 0.102 0.171 0.159 0.144 0.136 0.080 0.046 0.027 0.014 0.007 0.003 129 A 0.026 0.017 0.022 0.034 0.054 0.082 0.116 0.145 0.147 0.147 0.107 0.059 0.032 0.013 130 N 0.043 0.040 0.052 0.092 0.120 0.109 0.109 0.134 0.117 0.077 0.053 0.031 0.016 0.008 131 V 0.017 0.011 0.015 0.019 0.033 0.054 0.081 0.110 0.153 0.179 0.158 0.109 0.043 0.019 132 V 0.036 0.034 0.053 0.093 0.127 0.140 0.137 0.138 0.100 0.064 0.042 0.020 0.009 0.005 133 L 0.030 0.039 0.061 0.109 0.158 0.150 0.126 0.110 0.092 0.061 0.034 0.017 0.008 0.004 134 G 0.095 0.125 0.136 0.151 0.151 0.129 0.106 0.051 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 135 D 0.261 0.274 0.173 0.111 0.077 0.044 0.028 0.012 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 136 D 0.445 0.259 0.121 0.073 0.048 0.024 0.014 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 137 S 0.151 0.164 0.201 0.182 0.141 0.081 0.044 0.018 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.054 0.043 0.078 0.123 0.203 0.183 0.149 0.089 0.046 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 139 N 0.264 0.254 0.161 0.117 0.075 0.053 0.037 0.018 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 140 D 0.194 0.210 0.155 0.126 0.111 0.073 0.055 0.037 0.022 0.008 0.005 0.002 0.003 0.001 141 C 0.029 0.025 0.032 0.055 0.116 0.140 0.180 0.163 0.117 0.063 0.039 0.028 0.011 0.002 142 R 0.062 0.065 0.086 0.140 0.193 0.147 0.129 0.090 0.047 0.024 0.010 0.003 0.002 0.001 143 I 0.087 0.036 0.047 0.077 0.116 0.116 0.119 0.131 0.110 0.076 0.047 0.023 0.009 0.004 144 I 0.127 0.090 0.107 0.154 0.154 0.136 0.089 0.070 0.037 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 145 F 0.026 0.022 0.035 0.079 0.124 0.189 0.174 0.166 0.093 0.050 0.025 0.013 0.003 0.002 146 V 0.031 0.040 0.045 0.091 0.149 0.185 0.160 0.147 0.086 0.043 0.017 0.005 0.002 0.001 147 D 0.200 0.229 0.199 0.154 0.083 0.060 0.037 0.018 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 148 E 0.075 0.074 0.136 0.184 0.194 0.149 0.089 0.050 0.029 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 149 V 0.031 0.018 0.033 0.060 0.138 0.184 0.198 0.168 0.100 0.041 0.018 0.007 0.003 0.001 150 F 0.075 0.071 0.072 0.101 0.165 0.146 0.143 0.105 0.065 0.034 0.015 0.006 0.003 0.001 151 K 0.283 0.202 0.169 0.125 0.083 0.053 0.042 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 152 I 0.061 0.032 0.052 0.102 0.192 0.155 0.128 0.110 0.077 0.041 0.024 0.017 0.006 0.002 153 E 0.107 0.077 0.104 0.168 0.179 0.152 0.102 0.061 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 154 R 0.260 0.178 0.143 0.134 0.104 0.073 0.053 0.027 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 155 P 0.322 0.153 0.129 0.125 0.116 0.072 0.040 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001