# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.80399 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.001 0.016 0.766 0.003 0.009 0.011 0.001 0.001 0.007 0.131 0.018 0.021 0.018 2 T 0.001 0.016 0.387 0.008 0.079 0.063 0.001 0.001 0.007 0.140 0.264 0.008 0.025 3 E 0.002 0.020 0.250 0.008 0.129 0.074 0.001 0.001 0.009 0.115 0.351 0.019 0.021 4 L 0.007 0.013 0.350 0.021 0.156 0.086 0.002 0.002 0.015 0.155 0.112 0.018 0.063 5 G 0.016 0.018 0.261 0.034 0.040 0.056 0.003 0.002 0.023 0.238 0.110 0.161 0.038 6 L 0.055 0.021 0.164 0.010 0.044 0.089 0.016 0.006 0.038 0.042 0.053 0.020 0.443 7 Y 0.083 0.019 0.209 0.050 0.035 0.064 0.024 0.012 0.055 0.044 0.035 0.298 0.071 8 K 0.088 0.022 0.178 0.025 0.031 0.069 0.033 0.010 0.075 0.041 0.038 0.129 0.262 9 V 0.037 0.023 0.344 0.041 0.033 0.062 0.014 0.010 0.096 0.061 0.057 0.074 0.148 10 N 0.022 0.006 0.388 0.171 0.035 0.029 0.008 0.006 0.042 0.111 0.070 0.054 0.057 11 E 0.032 0.010 0.213 0.025 0.059 0.055 0.011 0.007 0.112 0.152 0.105 0.123 0.094 12 Y 0.053 0.028 0.167 0.012 0.042 0.048 0.026 0.022 0.150 0.066 0.075 0.031 0.279 13 V 0.057 0.036 0.263 0.015 0.021 0.032 0.026 0.032 0.183 0.063 0.015 0.191 0.066 14 D 0.010 0.022 0.497 0.008 0.009 0.023 0.005 0.010 0.118 0.096 0.015 0.044 0.143 15 A 0.012 0.027 0.261 0.013 0.081 0.222 0.006 0.011 0.041 0.114 0.143 0.016 0.053 16 R 0.007 0.018 0.203 0.018 0.115 0.135 0.004 0.005 0.026 0.122 0.297 0.034 0.016 17 D 0.007 0.016 0.280 0.003 0.138 0.105 0.002 0.003 0.010 0.152 0.179 0.011 0.095 18 T 0.006 0.013 0.225 0.007 0.092 0.065 0.001 0.002 0.004 0.194 0.341 0.028 0.022 19 N 0.015 0.011 0.199 0.014 0.100 0.051 0.001 0.001 0.003 0.220 0.313 0.025 0.047 20 M 0.014 0.006 0.095 0.019 0.071 0.050 0.001 0.001 0.002 0.193 0.478 0.017 0.053 21 G 0.040 0.006 0.136 0.021 0.014 0.029 0.002 0.001 0.002 0.245 0.369 0.072 0.062 22 A 0.211 0.005 0.123 0.006 0.003 0.011 0.005 0.001 0.003 0.032 0.012 0.243 0.346 23 W 0.526 0.002 0.020 0.010 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.003 0.003 0.132 0.285 24 F 0.684 0.001 0.005 0.025 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.196 0.062 25 E 0.680 0.001 0.005 0.032 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.216 26 A 0.751 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.116 27 Q 0.695 0.001 0.003 0.008 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.097 28 V 0.638 0.001 0.005 0.004 0.001 0.005 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.085 0.245 29 V 0.469 0.001 0.017 0.177 0.006 0.023 0.014 0.001 0.007 0.005 0.007 0.172 0.101 30 R 0.306 0.004 0.026 0.018 0.013 0.050 0.012 0.002 0.013 0.014 0.028 0.201 0.313 31 V 0.180 0.007 0.066 0.012 0.018 0.038 0.008 0.002 0.012 0.017 0.027 0.095 0.518 32 T 0.117 0.009 0.125 0.026 0.026 0.033 0.007 0.002 0.015 0.034 0.039 0.433 0.136 33 R 0.029 0.032 0.256 0.007 0.042 0.059 0.003 0.001 0.021 0.102 0.131 0.091 0.224 34 K 0.013 0.060 0.380 0.011 0.046 0.049 0.002 0.002 0.011 0.168 0.125 0.044 0.089 35 A 0.003 0.018 0.646 0.004 0.012 0.010 0.001 0.001 0.006 0.187 0.042 0.042 0.029 36 P 0.001 0.021 0.434 0.003 0.053 0.020 0.001 0.001 0.003 0.162 0.260 0.006 0.036 37 S 0.001 0.018 0.365 0.002 0.049 0.013 0.001 0.001 0.002 0.165 0.370 0.009 0.005 38 R 0.001 0.017 0.451 0.002 0.065 0.015 0.001 0.001 0.003 0.219 0.210 0.006 0.011 39 D 0.001 0.027 0.423 0.002 0.026 0.008 0.001 0.001 0.003 0.285 0.209 0.006 0.011 40 E 0.001 0.031 0.534 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.003 0.311 0.080 0.015 0.006 41 P 0.001 0.070 0.636 0.002 0.023 0.014 0.001 0.001 0.006 0.140 0.072 0.008 0.027 42 C 0.002 0.058 0.566 0.004 0.046 0.023 0.001 0.001 0.006 0.152 0.103 0.020 0.019 43 S 0.002 0.038 0.477 0.005 0.072 0.041 0.001 0.001 0.005 0.150 0.170 0.014 0.026 44 S 0.002 0.030 0.334 0.004 0.094 0.058 0.001 0.001 0.003 0.145 0.301 0.010 0.018 45 T 0.002 0.020 0.291 0.003 0.074 0.049 0.001 0.001 0.003 0.186 0.343 0.017 0.011 46 S 0.002 0.023 0.352 0.003 0.043 0.033 0.001 0.001 0.003 0.297 0.214 0.008 0.023 47 R 0.001 0.023 0.507 0.002 0.024 0.038 0.001 0.001 0.003 0.287 0.084 0.020 0.011 48 P 0.002 0.035 0.463 0.003 0.054 0.093 0.001 0.001 0.004 0.146 0.155 0.010 0.034 49 A 0.003 0.041 0.428 0.005 0.074 0.116 0.001 0.001 0.005 0.136 0.131 0.031 0.030 50 L 0.005 0.024 0.445 0.009 0.081 0.090 0.001 0.001 0.003 0.129 0.115 0.023 0.074 51 E 0.011 0.014 0.258 0.022 0.164 0.145 0.001 0.001 0.003 0.111 0.185 0.038 0.048 52 E 0.020 0.007 0.112 0.052 0.149 0.078 0.002 0.001 0.003 0.136 0.320 0.053 0.068 53 D 0.096 0.007 0.156 0.040 0.048 0.034 0.005 0.001 0.007 0.110 0.159 0.066 0.270 54 V 0.297 0.003 0.088 0.024 0.003 0.008 0.017 0.003 0.020 0.032 0.009 0.274 0.223 55 I 0.543 0.001 0.027 0.025 0.001 0.003 0.057 0.008 0.016 0.004 0.003 0.106 0.206 56 Y 0.701 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.051 0.009 0.014 0.001 0.001 0.149 0.057 57 H 0.799 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.049 0.007 0.010 0.001 0.001 0.046 0.066 58 V 0.712 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.053 0.006 0.017 0.001 0.001 0.095 0.108 59 K 0.586 0.002 0.026 0.021 0.001 0.001 0.042 0.005 0.032 0.002 0.002 0.117 0.163 60 Y 0.317 0.004 0.097 0.011 0.008 0.004 0.012 0.003 0.022 0.016 0.013 0.168 0.325 61 D 0.051 0.006 0.141 0.020 0.020 0.006 0.005 0.002 0.018 0.143 0.242 0.218 0.129 62 D 0.014 0.027 0.209 0.003 0.016 0.002 0.001 0.001 0.004 0.309 0.261 0.051 0.102 63 Y 0.003 0.045 0.553 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.248 0.048 0.041 0.044 64 P 0.002 0.031 0.561 0.005 0.050 0.006 0.001 0.001 0.002 0.143 0.133 0.014 0.053 65 E 0.001 0.008 0.071 0.010 0.087 0.007 0.001 0.001 0.001 0.115 0.679 0.011 0.010 66 N 0.002 0.006 0.072 0.027 0.057 0.004 0.001 0.001 0.001 0.188 0.621 0.006 0.015 67 G 0.016 0.015 0.246 0.022 0.018 0.007 0.002 0.001 0.004 0.373 0.100 0.169 0.028 68 V 0.086 0.016 0.224 0.006 0.006 0.005 0.012 0.002 0.009 0.022 0.011 0.031 0.570 69 V 0.156 0.008 0.046 0.008 0.003 0.004 0.027 0.004 0.022 0.009 0.003 0.649 0.060 70 Q 0.240 0.017 0.072 0.023 0.004 0.005 0.039 0.005 0.030 0.008 0.006 0.079 0.471 71 M 0.135 0.017 0.154 0.031 0.005 0.003 0.024 0.004 0.049 0.017 0.004 0.444 0.115 72 N 0.032 0.011 0.418 0.037 0.005 0.004 0.011 0.002 0.037 0.063 0.018 0.051 0.311 73 S 0.023 0.013 0.361 0.016 0.080 0.042 0.005 0.001 0.016 0.135 0.139 0.061 0.109 74 R 0.009 0.007 0.191 0.022 0.153 0.071 0.002 0.001 0.012 0.130 0.310 0.051 0.039 75 D 0.007 0.021 0.297 0.004 0.138 0.087 0.002 0.002 0.019 0.149 0.175 0.047 0.052 76 V 0.005 0.043 0.500 0.004 0.045 0.136 0.002 0.002 0.030 0.106 0.042 0.012 0.073 77 R 0.006 0.029 0.533 0.008 0.016 0.129 0.001 0.001 0.017 0.100 0.018 0.111 0.031 78 A 0.006 0.018 0.180 0.008 0.049 0.432 0.002 0.001 0.012 0.052 0.078 0.009 0.154 79 R 0.005 0.009 0.085 0.034 0.086 0.609 0.001 0.001 0.004 0.043 0.089 0.024 0.011 80 A 0.010 0.003 0.063 0.007 0.104 0.663 0.002 0.001 0.006 0.022 0.053 0.009 0.056 81 R 0.034 0.004 0.074 0.030 0.155 0.509 0.004 0.002 0.006 0.026 0.076 0.030 0.049 82 T 0.075 0.004 0.046 0.011 0.110 0.480 0.010 0.003 0.014 0.033 0.099 0.058 0.056 83 I 0.090 0.010 0.091 0.018 0.081 0.369 0.010 0.004 0.020 0.033 0.132 0.023 0.119 84 I 0.075 0.020 0.226 0.020 0.033 0.216 0.010 0.003 0.041 0.084 0.054 0.155 0.063 85 K 0.018 0.017 0.443 0.012 0.024 0.120 0.004 0.002 0.026 0.103 0.079 0.033 0.119 86 W 0.008 0.009 0.317 0.012 0.102 0.312 0.001 0.001 0.009 0.103 0.072 0.021 0.033 87 Q 0.004 0.004 0.114 0.016 0.199 0.280 0.001 0.001 0.009 0.076 0.258 0.026 0.013 88 D 0.005 0.012 0.096 0.003 0.236 0.271 0.002 0.001 0.009 0.053 0.248 0.009 0.055 89 L 0.008 0.037 0.433 0.008 0.090 0.153 0.002 0.002 0.028 0.095 0.044 0.052 0.048 90 E 0.008 0.018 0.511 0.012 0.035 0.053 0.002 0.002 0.030 0.116 0.064 0.067 0.084 91 V 0.004 0.010 0.197 0.039 0.071 0.045 0.002 0.001 0.020 0.103 0.429 0.010 0.068 92 G 0.006 0.003 0.142 0.093 0.018 0.010 0.002 0.002 0.021 0.324 0.334 0.035 0.010 93 Q 0.075 0.007 0.278 0.042 0.009 0.013 0.018 0.016 0.110 0.149 0.022 0.085 0.176 94 V 0.188 0.002 0.020 0.009 0.001 0.004 0.156 0.174 0.223 0.006 0.002 0.052 0.163 95 V 0.199 0.001 0.004 0.023 0.001 0.003 0.213 0.428 0.069 0.002 0.001 0.032 0.024 96 M 0.272 0.001 0.006 0.014 0.001 0.003 0.172 0.313 0.131 0.002 0.001 0.043 0.041 97 L 0.360 0.002 0.023 0.043 0.004 0.003 0.140 0.117 0.140 0.008 0.005 0.059 0.095 98 N 0.151 0.013 0.152 0.019 0.007 0.004 0.051 0.038 0.244 0.051 0.027 0.141 0.102 99 Y 0.043 0.041 0.399 0.006 0.007 0.002 0.014 0.010 0.105 0.146 0.029 0.033 0.163 100 N 0.004 0.010 0.770 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.021 0.114 0.013 0.033 0.023 101 P 0.001 0.009 0.200 0.003 0.089 0.015 0.001 0.001 0.004 0.189 0.465 0.004 0.019 102 D 0.001 0.013 0.138 0.002 0.042 0.006 0.001 0.001 0.001 0.290 0.498 0.007 0.002 103 N 0.001 0.021 0.502 0.001 0.027 0.005 0.001 0.001 0.002 0.357 0.064 0.008 0.010 104 P 0.002 0.052 0.472 0.002 0.081 0.030 0.001 0.001 0.002 0.137 0.186 0.004 0.031 105 K 0.002 0.036 0.238 0.008 0.112 0.032 0.001 0.001 0.002 0.151 0.382 0.023 0.012 106 E 0.006 0.019 0.212 0.019 0.121 0.038 0.001 0.001 0.003 0.188 0.327 0.017 0.049 107 R 0.013 0.015 0.179 0.028 0.058 0.026 0.002 0.001 0.003 0.200 0.368 0.053 0.054 108 G 0.050 0.013 0.283 0.015 0.014 0.014 0.005 0.002 0.007 0.195 0.112 0.091 0.200 109 F 0.121 0.009 0.122 0.011 0.003 0.006 0.007 0.002 0.008 0.034 0.008 0.506 0.163 110 W 0.290 0.006 0.028 0.007 0.002 0.008 0.035 0.005 0.014 0.005 0.005 0.060 0.535 111 Y 0.298 0.005 0.048 0.179 0.005 0.022 0.024 0.004 0.011 0.016 0.010 0.321 0.057 112 D 0.252 0.002 0.066 0.036 0.005 0.022 0.016 0.001 0.010 0.014 0.017 0.074 0.485 113 A 0.360 0.002 0.054 0.021 0.007 0.025 0.017 0.002 0.007 0.011 0.011 0.255 0.228 114 E 0.459 0.002 0.024 0.017 0.009 0.036 0.021 0.002 0.007 0.005 0.007 0.235 0.178 115 I 0.385 0.004 0.033 0.013 0.017 0.061 0.014 0.002 0.010 0.007 0.009 0.126 0.318 116 S 0.220 0.007 0.071 0.109 0.029 0.160 0.014 0.002 0.010 0.028 0.070 0.151 0.128 117 R 0.113 0.010 0.130 0.016 0.039 0.134 0.005 0.001 0.008 0.052 0.101 0.112 0.279 118 K 0.055 0.010 0.257 0.018 0.034 0.132 0.003 0.001 0.006 0.061 0.079 0.115 0.229 119 R 0.032 0.011 0.251 0.022 0.056 0.133 0.003 0.001 0.006 0.084 0.133 0.149 0.120 120 E 0.011 0.015 0.299 0.009 0.046 0.193 0.002 0.001 0.009 0.120 0.155 0.055 0.085 121 T 0.010 0.020 0.360 0.015 0.045 0.169 0.002 0.001 0.008 0.103 0.130 0.036 0.101 122 R 0.008 0.020 0.441 0.008 0.020 0.132 0.001 0.001 0.014 0.132 0.052 0.108 0.063 123 T 0.007 0.019 0.491 0.010 0.019 0.099 0.002 0.001 0.012 0.080 0.056 0.033 0.172 124 A 0.012 0.011 0.295 0.023 0.056 0.316 0.002 0.001 0.013 0.076 0.048 0.060 0.086 125 R 0.021 0.006 0.164 0.064 0.059 0.274 0.003 0.001 0.013 0.093 0.095 0.112 0.094 126 E 0.085 0.006 0.107 0.028 0.054 0.154 0.009 0.004 0.023 0.033 0.056 0.060 0.381 127 L 0.198 0.004 0.098 0.091 0.015 0.069 0.017 0.007 0.048 0.033 0.017 0.226 0.177 128 Y 0.400 0.002 0.062 0.077 0.007 0.036 0.043 0.009 0.036 0.019 0.016 0.079 0.216 129 A 0.522 0.001 0.020 0.042 0.004 0.022 0.068 0.031 0.043 0.010 0.007 0.130 0.100 130 N 0.623 0.001 0.011 0.026 0.001 0.015 0.086 0.062 0.024 0.005 0.003 0.051 0.092 131 V 0.566 0.001 0.006 0.003 0.001 0.008 0.156 0.073 0.054 0.002 0.001 0.072 0.058 132 V 0.466 0.003 0.023 0.027 0.002 0.014 0.127 0.102 0.085 0.005 0.007 0.059 0.079 133 L 0.214 0.015 0.169 0.021 0.007 0.017 0.039 0.034 0.103 0.064 0.039 0.138 0.138 134 G 0.015 0.008 0.405 0.011 0.005 0.008 0.004 0.003 0.057 0.266 0.114 0.042 0.062 135 D 0.005 0.011 0.345 0.006 0.045 0.020 0.001 0.001 0.010 0.279 0.212 0.013 0.053 136 D 0.003 0.014 0.205 0.006 0.108 0.025 0.001 0.001 0.007 0.279 0.304 0.032 0.015 137 S 0.007 0.037 0.349 0.004 0.157 0.037 0.001 0.002 0.006 0.179 0.138 0.018 0.065 138 L 0.008 0.034 0.398 0.012 0.156 0.053 0.003 0.002 0.011 0.154 0.107 0.022 0.041 139 N 0.006 0.016 0.244 0.038 0.099 0.059 0.002 0.001 0.006 0.216 0.276 0.023 0.014 140 D 0.007 0.017 0.240 0.027 0.090 0.052 0.003 0.001 0.012 0.153 0.331 0.018 0.049 141 C 0.027 0.014 0.438 0.034 0.027 0.031 0.007 0.006 0.036 0.152 0.060 0.060 0.107 142 R 0.071 0.010 0.214 0.031 0.008 0.022 0.023 0.012 0.082 0.079 0.014 0.326 0.109 143 I 0.156 0.006 0.030 0.009 0.005 0.021 0.080 0.053 0.119 0.010 0.006 0.028 0.477 144 I 0.256 0.006 0.029 0.173 0.006 0.029 0.057 0.066 0.048 0.022 0.007 0.257 0.043 145 F 0.202 0.003 0.036 0.010 0.004 0.033 0.057 0.037 0.079 0.016 0.009 0.045 0.469 146 V 0.220 0.004 0.120 0.091 0.019 0.089 0.030 0.018 0.038 0.027 0.026 0.135 0.181 147 D 0.279 0.002 0.090 0.098 0.040 0.121 0.021 0.006 0.019 0.030 0.047 0.117 0.132 148 E 0.268 0.003 0.056 0.037 0.040 0.148 0.014 0.002 0.015 0.029 0.037 0.204 0.146 149 V 0.468 0.002 0.028 0.028 0.024 0.094 0.014 0.002 0.006 0.008 0.018 0.039 0.270 150 F 0.479 0.002 0.030 0.033 0.007 0.036 0.011 0.001 0.006 0.009 0.009 0.311 0.066 151 K 0.394 0.003 0.035 0.015 0.007 0.034 0.012 0.001 0.005 0.006 0.020 0.058 0.410 152 I 0.278 0.005 0.108 0.009 0.006 0.024 0.007 0.001 0.008 0.016 0.020 0.376 0.143 153 E 0.145 0.010 0.193 0.016 0.009 0.025 0.012 0.001 0.017 0.042 0.043 0.121 0.366 154 R 0.025 0.014 0.421 0.004 0.003 0.007 0.002 0.001 0.012 0.110 0.030 0.265 0.106 155 P 0.006 0.013 0.653 0.008 0.006 0.008 0.001 0.001 0.009 0.115 0.070 0.023 0.089