# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.80399 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.345 0.027 0.010 0.016 0.016 0.022 0.088 0.013 0.007 0.080 0.377 2 T 0.131 0.017 0.001 0.021 0.014 0.029 0.129 0.004 0.001 0.035 0.618 3 E 0.038 0.018 0.001 0.028 0.016 0.060 0.108 0.003 0.001 0.034 0.693 4 L 0.018 0.017 0.002 0.044 0.071 0.065 0.137 0.002 0.001 0.043 0.601 5 G 0.017 0.040 0.001 0.102 0.103 0.252 0.083 0.003 0.001 0.075 0.323 6 L 0.025 0.032 0.001 0.057 0.158 0.194 0.070 0.003 0.001 0.069 0.392 7 Y 0.008 0.035 0.002 0.249 0.193 0.239 0.044 0.001 0.001 0.036 0.190 8 K 0.058 0.126 0.004 0.083 0.107 0.168 0.057 0.005 0.001 0.073 0.318 9 V 0.101 0.141 0.006 0.067 0.073 0.087 0.082 0.019 0.002 0.073 0.349 10 N 0.111 0.144 0.006 0.036 0.046 0.060 0.093 0.012 0.003 0.069 0.421 11 E 0.103 0.134 0.003 0.066 0.031 0.135 0.090 0.005 0.001 0.045 0.387 12 Y 0.048 0.086 0.006 0.048 0.057 0.066 0.091 0.007 0.001 0.065 0.525 13 V 0.049 0.054 0.009 0.111 0.105 0.122 0.088 0.007 0.002 0.065 0.387 14 D 0.104 0.060 0.004 0.040 0.044 0.079 0.082 0.007 0.001 0.194 0.384 15 A 0.041 0.037 0.006 0.040 0.036 0.042 0.127 0.006 0.002 0.145 0.520 16 R 0.084 0.056 0.005 0.039 0.026 0.034 0.103 0.009 0.003 0.047 0.595 17 D 0.200 0.053 0.007 0.022 0.014 0.028 0.096 0.012 0.004 0.077 0.487 18 T 0.088 0.032 0.002 0.035 0.029 0.042 0.113 0.005 0.001 0.052 0.600 19 N 0.062 0.037 0.002 0.033 0.029 0.069 0.111 0.003 0.001 0.057 0.594 20 M 0.016 0.043 0.002 0.045 0.073 0.109 0.136 0.003 0.001 0.042 0.532 21 G 0.019 0.063 0.002 0.045 0.091 0.211 0.111 0.003 0.001 0.063 0.392 22 A 0.006 0.038 0.001 0.037 0.287 0.421 0.038 0.001 0.001 0.030 0.141 23 W 0.013 0.044 0.003 0.043 0.201 0.347 0.047 0.002 0.001 0.064 0.235 24 F 0.011 0.050 0.003 0.038 0.294 0.355 0.030 0.002 0.001 0.043 0.172 25 E 0.015 0.044 0.002 0.034 0.252 0.425 0.032 0.004 0.001 0.036 0.157 26 A 0.008 0.034 0.004 0.037 0.310 0.352 0.029 0.002 0.001 0.044 0.177 27 Q 0.017 0.051 0.003 0.041 0.313 0.362 0.026 0.003 0.001 0.060 0.123 28 V 0.035 0.029 0.003 0.034 0.173 0.249 0.064 0.007 0.001 0.170 0.235 29 V 0.010 0.020 0.003 0.085 0.297 0.321 0.046 0.002 0.002 0.060 0.154 30 R 0.048 0.030 0.004 0.050 0.156 0.304 0.053 0.005 0.001 0.060 0.290 31 V 0.036 0.018 0.005 0.062 0.131 0.179 0.088 0.011 0.002 0.075 0.391 32 T 0.062 0.007 0.003 0.069 0.135 0.179 0.077 0.004 0.002 0.103 0.358 33 R 0.013 0.004 0.001 0.026 0.030 0.093 0.109 0.002 0.001 0.047 0.675 34 K 0.018 0.006 0.001 0.026 0.020 0.032 0.114 0.002 0.001 0.034 0.746 35 A 0.262 0.007 0.006 0.011 0.020 0.021 0.106 0.010 0.004 0.095 0.458 36 P 0.077 0.004 0.001 0.008 0.005 0.011 0.099 0.003 0.001 0.025 0.767 37 S 0.147 0.003 0.001 0.007 0.006 0.012 0.079 0.002 0.001 0.045 0.698 38 R 0.006 0.002 0.001 0.016 0.013 0.016 0.120 0.001 0.001 0.023 0.801 39 D 0.025 0.006 0.001 0.010 0.010 0.017 0.114 0.002 0.001 0.061 0.753 40 E 0.036 0.006 0.001 0.014 0.070 0.037 0.149 0.004 0.001 0.130 0.553 41 P 0.030 0.004 0.001 0.015 0.011 0.021 0.144 0.002 0.001 0.084 0.690 42 C 0.050 0.006 0.002 0.013 0.018 0.028 0.147 0.003 0.001 0.105 0.626 43 S 0.071 0.006 0.001 0.014 0.010 0.018 0.131 0.004 0.001 0.045 0.699 44 S 0.158 0.006 0.001 0.009 0.011 0.018 0.107 0.002 0.001 0.079 0.609 45 T 0.004 0.005 0.001 0.009 0.012 0.018 0.126 0.001 0.001 0.018 0.807 46 S 0.019 0.030 0.001 0.008 0.017 0.020 0.099 0.003 0.001 0.024 0.779 47 R 0.250 0.082 0.003 0.009 0.056 0.024 0.095 0.016 0.001 0.093 0.371 48 P 0.098 0.063 0.002 0.010 0.017 0.026 0.119 0.005 0.001 0.041 0.617 49 A 0.109 0.039 0.010 0.013 0.028 0.039 0.090 0.004 0.003 0.048 0.616 50 L 0.289 0.038 0.004 0.015 0.037 0.044 0.094 0.011 0.002 0.046 0.420 51 E 0.130 0.025 0.002 0.012 0.017 0.035 0.106 0.006 0.001 0.033 0.633 52 E 0.012 0.013 0.002 0.029 0.123 0.203 0.098 0.001 0.001 0.024 0.493 53 D 0.007 0.006 0.001 0.056 0.075 0.260 0.089 0.001 0.001 0.049 0.456 54 V 0.003 0.003 0.001 0.049 0.316 0.433 0.029 0.001 0.001 0.033 0.132 55 I 0.004 0.003 0.001 0.102 0.218 0.298 0.027 0.001 0.001 0.070 0.277 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.078 0.386 0.419 0.011 0.001 0.001 0.027 0.077 57 H 0.002 0.001 0.001 0.104 0.280 0.400 0.015 0.001 0.001 0.055 0.141 58 V 0.002 0.001 0.001 0.054 0.480 0.328 0.014 0.001 0.001 0.021 0.098 59 K 0.017 0.002 0.001 0.094 0.284 0.408 0.024 0.002 0.001 0.036 0.131 60 Y 0.193 0.003 0.001 0.035 0.115 0.161 0.058 0.005 0.001 0.104 0.324 61 D 0.006 0.003 0.001 0.052 0.088 0.138 0.102 0.001 0.001 0.031 0.578 62 D 0.025 0.011 0.001 0.024 0.037 0.096 0.104 0.002 0.001 0.050 0.649 63 Y 0.147 0.008 0.017 0.019 0.090 0.050 0.096 0.011 0.013 0.247 0.304 64 P 0.368 0.004 0.001 0.007 0.007 0.013 0.061 0.005 0.001 0.037 0.497 65 E 0.055 0.005 0.001 0.009 0.010 0.035 0.091 0.002 0.001 0.022 0.770 66 N 0.005 0.003 0.001 0.020 0.018 0.045 0.127 0.001 0.001 0.017 0.764 67 G 0.004 0.007 0.001 0.047 0.147 0.481 0.051 0.001 0.001 0.045 0.216 68 V 0.008 0.004 0.001 0.035 0.278 0.205 0.047 0.001 0.001 0.068 0.354 69 V 0.002 0.001 0.001 0.130 0.304 0.381 0.021 0.001 0.001 0.030 0.129 70 Q 0.007 0.005 0.001 0.082 0.197 0.287 0.044 0.001 0.001 0.062 0.313 71 M 0.012 0.007 0.003 0.118 0.232 0.176 0.059 0.002 0.001 0.048 0.342 72 N 0.145 0.056 0.003 0.046 0.089 0.104 0.061 0.010 0.002 0.088 0.396 73 S 0.174 0.078 0.001 0.015 0.020 0.037 0.069 0.010 0.001 0.066 0.529 74 R 0.046 0.069 0.003 0.020 0.045 0.040 0.088 0.002 0.001 0.061 0.627 75 D 0.019 0.135 0.003 0.041 0.035 0.053 0.141 0.003 0.001 0.064 0.505 76 V 0.015 0.319 0.003 0.021 0.028 0.029 0.073 0.008 0.001 0.135 0.369 77 R 0.029 0.852 0.002 0.004 0.009 0.006 0.010 0.006 0.001 0.039 0.043 78 A 0.007 0.064 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.881 0.026 79 R 0.009 0.544 0.008 0.009 0.007 0.011 0.034 0.004 0.001 0.297 0.077 80 A 0.058 0.762 0.004 0.008 0.008 0.016 0.020 0.021 0.001 0.024 0.078 81 R 0.028 0.510 0.009 0.026 0.019 0.037 0.049 0.005 0.004 0.067 0.247 82 T 0.035 0.421 0.006 0.062 0.033 0.091 0.054 0.004 0.001 0.061 0.233 83 I 0.075 0.248 0.007 0.065 0.024 0.051 0.106 0.007 0.002 0.071 0.344 84 I 0.043 0.096 0.071 0.101 0.076 0.085 0.093 0.010 0.018 0.076 0.330 85 K 0.238 0.145 0.005 0.029 0.024 0.043 0.066 0.012 0.002 0.029 0.407 86 W 0.252 0.054 0.004 0.016 0.013 0.019 0.074 0.016 0.002 0.053 0.497 87 Q 0.054 0.018 0.003 0.044 0.036 0.053 0.111 0.003 0.001 0.050 0.627 88 D 0.037 0.006 0.002 0.014 0.011 0.039 0.094 0.002 0.001 0.059 0.735 89 L 0.033 0.003 0.002 0.029 0.053 0.037 0.125 0.002 0.001 0.033 0.682 90 E 0.253 0.005 0.002 0.049 0.028 0.041 0.084 0.003 0.001 0.073 0.461 91 V 0.016 0.002 0.001 0.028 0.012 0.029 0.136 0.001 0.001 0.034 0.743 92 G 0.004 0.002 0.001 0.104 0.024 0.078 0.142 0.001 0.001 0.049 0.596 93 Q 0.002 0.003 0.001 0.271 0.165 0.228 0.054 0.001 0.001 0.093 0.184 94 V 0.001 0.002 0.001 0.411 0.147 0.193 0.027 0.001 0.001 0.077 0.141 95 V 0.002 0.002 0.001 0.505 0.184 0.150 0.014 0.001 0.001 0.053 0.091 96 M 0.002 0.001 0.001 0.441 0.176 0.229 0.017 0.001 0.001 0.052 0.080 97 L 0.008 0.001 0.001 0.389 0.142 0.184 0.037 0.001 0.001 0.064 0.172 98 N 0.012 0.002 0.002 0.197 0.103 0.193 0.105 0.002 0.001 0.072 0.311 99 Y 0.015 0.003 0.001 0.106 0.043 0.086 0.133 0.003 0.001 0.033 0.576 100 N 0.418 0.005 0.001 0.019 0.015 0.026 0.092 0.007 0.001 0.128 0.290 101 P 0.010 0.003 0.001 0.012 0.011 0.017 0.155 0.001 0.001 0.039 0.752 102 D 0.014 0.010 0.001 0.010 0.008 0.018 0.117 0.002 0.001 0.024 0.796 103 N 0.205 0.023 0.003 0.012 0.064 0.032 0.114 0.010 0.002 0.087 0.447 104 P 0.199 0.016 0.004 0.011 0.012 0.020 0.122 0.007 0.003 0.067 0.539 105 K 0.128 0.012 0.001 0.015 0.023 0.054 0.097 0.003 0.001 0.042 0.624 106 E 0.057 0.009 0.001 0.017 0.021 0.041 0.129 0.002 0.001 0.039 0.684 107 R 0.008 0.013 0.001 0.027 0.057 0.100 0.137 0.001 0.001 0.033 0.621 108 G 0.010 0.029 0.001 0.033 0.105 0.189 0.087 0.002 0.001 0.046 0.499 109 F 0.006 0.030 0.001 0.049 0.293 0.315 0.050 0.001 0.001 0.029 0.227 110 W 0.010 0.090 0.002 0.058 0.188 0.197 0.052 0.002 0.001 0.060 0.342 111 Y 0.018 0.281 0.002 0.035 0.196 0.176 0.031 0.005 0.001 0.051 0.203 112 D 0.034 0.204 0.002 0.016 0.069 0.101 0.036 0.006 0.001 0.389 0.143 113 A 0.019 0.330 0.005 0.019 0.091 0.104 0.044 0.004 0.001 0.225 0.157 114 E 0.079 0.392 0.009 0.015 0.083 0.067 0.040 0.013 0.002 0.089 0.212 115 I 0.072 0.316 0.021 0.024 0.058 0.090 0.049 0.021 0.006 0.073 0.269 116 S 0.132 0.235 0.014 0.026 0.054 0.054 0.064 0.014 0.004 0.097 0.306 117 R 0.098 0.053 0.007 0.013 0.020 0.031 0.083 0.006 0.002 0.246 0.442 118 K 0.035 0.088 0.007 0.021 0.016 0.024 0.127 0.007 0.002 0.112 0.561 119 R 0.102 0.025 0.005 0.010 0.015 0.019 0.115 0.005 0.001 0.268 0.434 120 E 0.021 0.044 0.003 0.010 0.014 0.022 0.117 0.003 0.001 0.068 0.697 121 T 0.074 0.132 0.002 0.011 0.015 0.023 0.081 0.009 0.001 0.031 0.619 122 R 0.074 0.146 0.008 0.024 0.041 0.050 0.101 0.006 0.002 0.055 0.494 123 T 0.042 0.219 0.006 0.017 0.050 0.070 0.074 0.009 0.001 0.052 0.461 124 A 0.082 0.108 0.004 0.022 0.035 0.060 0.099 0.009 0.001 0.056 0.524 125 R 0.019 0.070 0.007 0.055 0.177 0.236 0.083 0.003 0.001 0.082 0.266 126 E 0.013 0.020 0.004 0.084 0.093 0.299 0.088 0.002 0.001 0.120 0.277 127 L 0.007 0.011 0.004 0.126 0.215 0.278 0.053 0.003 0.001 0.099 0.203 128 Y 0.009 0.008 0.002 0.139 0.182 0.261 0.035 0.003 0.001 0.121 0.239 129 A 0.008 0.004 0.002 0.129 0.304 0.243 0.033 0.001 0.001 0.068 0.207 130 N 0.004 0.003 0.001 0.274 0.158 0.291 0.033 0.001 0.001 0.061 0.173 131 V 0.007 0.003 0.001 0.276 0.184 0.239 0.036 0.001 0.001 0.060 0.192 132 V 0.012 0.003 0.001 0.302 0.219 0.251 0.038 0.001 0.001 0.047 0.126 133 L 0.022 0.005 0.001 0.175 0.097 0.148 0.087 0.003 0.001 0.067 0.393 134 G 0.044 0.013 0.001 0.121 0.047 0.102 0.134 0.008 0.001 0.062 0.465 135 D 0.061 0.013 0.001 0.024 0.019 0.037 0.139 0.004 0.001 0.098 0.604 136 D 0.029 0.009 0.005 0.034 0.027 0.044 0.153 0.003 0.003 0.079 0.614 137 S 0.177 0.018 0.002 0.023 0.023 0.040 0.099 0.008 0.002 0.053 0.555 138 L 0.399 0.008 0.002 0.012 0.009 0.013 0.086 0.006 0.001 0.046 0.416 139 N 0.036 0.009 0.001 0.026 0.014 0.043 0.142 0.002 0.001 0.027 0.700 140 D 0.009 0.011 0.001 0.039 0.024 0.106 0.105 0.001 0.001 0.035 0.668 141 C 0.010 0.011 0.002 0.052 0.196 0.151 0.097 0.001 0.001 0.061 0.419 142 R 0.012 0.018 0.001 0.137 0.146 0.193 0.061 0.002 0.001 0.064 0.366 143 I 0.012 0.019 0.001 0.104 0.195 0.208 0.050 0.001 0.001 0.035 0.373 144 I 0.005 0.035 0.003 0.221 0.225 0.258 0.033 0.001 0.001 0.031 0.187 145 F 0.061 0.214 0.003 0.072 0.110 0.143 0.042 0.007 0.001 0.067 0.281 146 V 0.119 0.220 0.005 0.050 0.102 0.105 0.059 0.021 0.002 0.070 0.248 147 D 0.060 0.129 0.009 0.035 0.096 0.095 0.083 0.006 0.004 0.068 0.415 148 E 0.101 0.117 0.005 0.051 0.062 0.237 0.076 0.007 0.001 0.075 0.266 149 V 0.079 0.057 0.004 0.038 0.071 0.140 0.091 0.011 0.001 0.068 0.439 150 F 0.021 0.020 0.006 0.116 0.164 0.302 0.052 0.003 0.002 0.045 0.269 151 K 0.034 0.008 0.002 0.045 0.107 0.207 0.058 0.002 0.001 0.070 0.467 152 I 0.014 0.003 0.002 0.057 0.135 0.137 0.094 0.002 0.001 0.059 0.496 153 E 0.014 0.004 0.002 0.098 0.087 0.146 0.099 0.002 0.001 0.041 0.507 154 R 0.049 0.009 0.001 0.026 0.029 0.058 0.091 0.003 0.001 0.046 0.687 155 P 0.065 0.010 0.001 0.022 0.026 0.028 0.107 0.004 0.001 0.043 0.693