# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.80399 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.146 0.038 0.019 0.026 0.031 0.093 0.087 0.559 2 T 0.090 0.047 0.013 0.018 0.026 0.115 0.037 0.654 3 E 0.077 0.074 0.015 0.018 0.047 0.107 0.054 0.607 4 L 0.021 0.044 0.023 0.034 0.069 0.112 0.040 0.656 5 G 0.029 0.121 0.080 0.126 0.243 0.071 0.087 0.243 6 L 0.010 0.051 0.079 0.084 0.148 0.062 0.159 0.406 7 Y 0.015 0.055 0.183 0.264 0.181 0.049 0.119 0.134 8 K 0.049 0.097 0.113 0.119 0.152 0.062 0.128 0.281 9 V 0.090 0.103 0.062 0.052 0.083 0.090 0.092 0.429 10 N 0.079 0.113 0.057 0.063 0.080 0.066 0.131 0.412 11 E 0.034 0.140 0.055 0.057 0.078 0.091 0.056 0.489 12 Y 0.024 0.080 0.079 0.056 0.102 0.091 0.076 0.491 13 V 0.058 0.055 0.086 0.116 0.089 0.101 0.110 0.384 14 D 0.165 0.063 0.043 0.036 0.048 0.079 0.268 0.298 15 A 0.053 0.042 0.040 0.033 0.037 0.097 0.129 0.569 16 R 0.075 0.044 0.030 0.028 0.052 0.129 0.062 0.581 17 D 0.099 0.036 0.034 0.024 0.036 0.106 0.083 0.582 18 T 0.126 0.036 0.018 0.021 0.039 0.124 0.036 0.600 19 N 0.123 0.062 0.022 0.019 0.032 0.100 0.068 0.574 20 M 0.028 0.108 0.025 0.036 0.080 0.166 0.030 0.527 21 G 0.020 0.117 0.057 0.052 0.174 0.065 0.051 0.465 22 A 0.015 0.176 0.043 0.259 0.290 0.042 0.059 0.116 23 W 0.008 0.116 0.130 0.138 0.310 0.033 0.136 0.128 24 F 0.008 0.172 0.038 0.387 0.280 0.012 0.054 0.050 25 E 0.017 0.194 0.072 0.172 0.362 0.023 0.060 0.101 26 A 0.013 0.125 0.061 0.249 0.354 0.026 0.069 0.103 27 Q 0.020 0.109 0.046 0.281 0.399 0.020 0.048 0.076 28 V 0.020 0.051 0.073 0.138 0.235 0.045 0.229 0.209 29 V 0.012 0.054 0.054 0.296 0.283 0.040 0.120 0.143 30 R 0.063 0.049 0.062 0.177 0.252 0.052 0.062 0.282 31 V 0.063 0.032 0.040 0.133 0.167 0.081 0.047 0.436 32 T 0.102 0.030 0.039 0.076 0.104 0.076 0.057 0.514 33 R 0.022 0.009 0.023 0.060 0.067 0.110 0.048 0.661 34 K 0.031 0.010 0.015 0.022 0.028 0.122 0.041 0.732 35 A 0.214 0.020 0.022 0.038 0.033 0.119 0.096 0.458 36 P 0.134 0.010 0.009 0.008 0.013 0.098 0.025 0.703 37 S 0.201 0.012 0.009 0.009 0.014 0.080 0.038 0.636 38 R 0.024 0.006 0.010 0.009 0.019 0.144 0.018 0.770 39 D 0.036 0.006 0.014 0.010 0.024 0.120 0.035 0.755 40 E 0.080 0.011 0.023 0.037 0.035 0.160 0.091 0.564 41 P 0.039 0.008 0.023 0.016 0.026 0.140 0.078 0.670 42 C 0.063 0.012 0.027 0.025 0.039 0.134 0.069 0.631 43 S 0.089 0.016 0.020 0.017 0.031 0.118 0.046 0.661 44 S 0.111 0.026 0.014 0.018 0.028 0.117 0.059 0.628 45 T 0.035 0.028 0.018 0.023 0.042 0.143 0.039 0.672 46 S 0.062 0.042 0.014 0.020 0.033 0.123 0.036 0.671 47 R 0.144 0.062 0.021 0.056 0.043 0.097 0.052 0.525 48 P 0.083 0.046 0.015 0.027 0.044 0.114 0.049 0.623 49 A 0.074 0.016 0.025 0.028 0.037 0.105 0.088 0.627 50 L 0.243 0.017 0.012 0.022 0.029 0.087 0.099 0.490 51 E 0.179 0.017 0.009 0.011 0.018 0.068 0.056 0.643 52 E 0.023 0.008 0.037 0.029 0.158 0.155 0.031 0.559 53 D 0.004 0.001 0.047 0.060 0.250 0.073 0.042 0.522 54 V 0.004 0.001 0.093 0.312 0.402 0.044 0.024 0.121 55 I 0.001 0.001 0.106 0.177 0.417 0.026 0.032 0.240 56 Y 0.001 0.001 0.106 0.466 0.348 0.013 0.011 0.055 57 H 0.002 0.001 0.205 0.232 0.360 0.024 0.026 0.151 58 V 0.004 0.001 0.126 0.363 0.272 0.029 0.026 0.179 59 K 0.056 0.004 0.129 0.188 0.223 0.053 0.040 0.306 60 Y 0.123 0.008 0.042 0.084 0.090 0.082 0.042 0.528 61 D 0.027 0.008 0.025 0.059 0.075 0.102 0.022 0.683 62 D 0.018 0.004 0.025 0.026 0.044 0.094 0.052 0.736 63 Y 0.194 0.010 0.023 0.045 0.033 0.127 0.093 0.473 64 P 0.686 0.007 0.007 0.007 0.007 0.035 0.029 0.222 65 E 0.073 0.007 0.006 0.007 0.022 0.094 0.013 0.779 66 N 0.005 0.003 0.015 0.010 0.065 0.077 0.011 0.815 67 G 0.018 0.007 0.042 0.190 0.318 0.086 0.045 0.295 68 V 0.008 0.004 0.052 0.215 0.233 0.060 0.046 0.382 69 V 0.006 0.005 0.092 0.295 0.304 0.036 0.041 0.220 70 Q 0.010 0.005 0.098 0.188 0.308 0.050 0.056 0.284 71 M 0.027 0.006 0.118 0.165 0.134 0.069 0.068 0.413 72 N 0.160 0.035 0.051 0.115 0.128 0.060 0.089 0.363 73 S 0.107 0.036 0.020 0.024 0.050 0.066 0.049 0.647 74 R 0.024 0.045 0.043 0.067 0.103 0.115 0.042 0.561 75 D 0.016 0.085 0.034 0.053 0.078 0.093 0.047 0.593 76 V 0.040 0.242 0.039 0.071 0.065 0.075 0.056 0.411 77 R 0.102 0.335 0.048 0.044 0.053 0.053 0.131 0.235 78 A 0.061 0.166 0.027 0.033 0.040 0.044 0.409 0.220 79 R 0.026 0.299 0.038 0.039 0.057 0.051 0.270 0.219 80 A 0.049 0.346 0.029 0.040 0.091 0.056 0.105 0.284 81 R 0.045 0.152 0.039 0.122 0.162 0.063 0.100 0.318 82 T 0.027 0.171 0.052 0.106 0.154 0.064 0.075 0.351 83 I 0.036 0.093 0.053 0.081 0.139 0.097 0.085 0.416 84 I 0.025 0.040 0.090 0.177 0.117 0.088 0.103 0.359 85 K 0.106 0.129 0.025 0.049 0.062 0.073 0.101 0.456 86 W 0.210 0.122 0.027 0.026 0.031 0.064 0.081 0.440 87 Q 0.058 0.096 0.023 0.071 0.078 0.081 0.062 0.531 88 D 0.015 0.028 0.033 0.027 0.075 0.087 0.099 0.637 89 L 0.046 0.025 0.053 0.080 0.081 0.147 0.140 0.428 90 E 0.325 0.040 0.034 0.059 0.058 0.070 0.119 0.293 91 V 0.033 0.031 0.021 0.020 0.052 0.110 0.044 0.689 92 G 0.004 0.011 0.101 0.043 0.197 0.133 0.046 0.465 93 Q 0.007 0.009 0.169 0.235 0.300 0.055 0.113 0.112 94 V 0.005 0.007 0.219 0.205 0.194 0.046 0.141 0.183 95 V 0.005 0.004 0.386 0.200 0.275 0.020 0.051 0.059 96 M 0.007 0.003 0.333 0.180 0.312 0.026 0.057 0.081 97 L 0.020 0.005 0.300 0.173 0.209 0.055 0.076 0.164 98 N 0.018 0.005 0.191 0.153 0.226 0.081 0.066 0.259 99 Y 0.030 0.004 0.044 0.039 0.070 0.124 0.033 0.656 100 N 0.349 0.017 0.030 0.027 0.035 0.133 0.091 0.318 101 P 0.040 0.010 0.011 0.012 0.018 0.183 0.028 0.697 102 D 0.032 0.007 0.005 0.005 0.010 0.084 0.012 0.845 103 N 0.288 0.041 0.009 0.018 0.021 0.109 0.106 0.408 104 P 0.104 0.025 0.014 0.015 0.025 0.140 0.059 0.617 105 K 0.197 0.021 0.015 0.024 0.047 0.098 0.057 0.540 106 E 0.038 0.009 0.013 0.023 0.040 0.106 0.037 0.733 107 R 0.015 0.011 0.053 0.061 0.243 0.144 0.042 0.429 108 G 0.008 0.013 0.066 0.090 0.283 0.070 0.043 0.426 109 F 0.008 0.021 0.108 0.331 0.338 0.041 0.020 0.133 110 W 0.004 0.034 0.137 0.189 0.333 0.034 0.031 0.238 111 Y 0.020 0.102 0.077 0.272 0.285 0.037 0.053 0.154 112 D 0.059 0.136 0.092 0.125 0.135 0.041 0.256 0.157 113 A 0.015 0.205 0.072 0.156 0.165 0.046 0.139 0.202 114 E 0.051 0.344 0.063 0.081 0.168 0.038 0.055 0.199 115 I 0.104 0.189 0.066 0.146 0.122 0.051 0.103 0.220 116 S 0.080 0.148 0.034 0.078 0.102 0.058 0.064 0.435 117 R 0.081 0.054 0.017 0.043 0.064 0.058 0.210 0.474 118 K 0.081 0.050 0.011 0.027 0.034 0.119 0.119 0.558 119 R 0.046 0.022 0.011 0.037 0.045 0.088 0.133 0.618 120 E 0.021 0.041 0.007 0.017 0.027 0.090 0.051 0.746 121 T 0.082 0.138 0.013 0.024 0.044 0.091 0.068 0.541 122 R 0.042 0.120 0.018 0.045 0.036 0.115 0.042 0.581 123 T 0.067 0.353 0.013 0.018 0.030 0.055 0.102 0.360 124 A 0.077 0.418 0.027 0.026 0.031 0.063 0.126 0.232 125 R 0.029 0.227 0.041 0.066 0.130 0.063 0.198 0.246 126 E 0.016 0.052 0.076 0.059 0.111 0.083 0.334 0.268 127 L 0.012 0.077 0.110 0.169 0.212 0.091 0.156 0.173 128 Y 0.011 0.034 0.161 0.077 0.223 0.085 0.092 0.317 129 A 0.008 0.013 0.174 0.219 0.227 0.078 0.108 0.172 130 N 0.010 0.007 0.316 0.135 0.202 0.058 0.144 0.128 131 V 0.022 0.009 0.256 0.124 0.196 0.076 0.093 0.224 132 V 0.024 0.007 0.342 0.114 0.159 0.079 0.066 0.210 133 L 0.024 0.007 0.195 0.072 0.118 0.125 0.102 0.358 134 G 0.057 0.021 0.065 0.046 0.083 0.141 0.123 0.464 135 D 0.099 0.018 0.024 0.019 0.035 0.156 0.109 0.540 136 D 0.033 0.017 0.043 0.029 0.035 0.198 0.105 0.541 137 S 0.107 0.034 0.021 0.014 0.030 0.123 0.074 0.596 138 L 0.261 0.031 0.025 0.014 0.019 0.119 0.082 0.449 139 N 0.087 0.062 0.027 0.033 0.078 0.117 0.053 0.544 140 D 0.019 0.039 0.031 0.023 0.114 0.087 0.054 0.633 141 C 0.006 0.032 0.086 0.189 0.267 0.075 0.053 0.291 142 R 0.011 0.045 0.120 0.258 0.323 0.039 0.073 0.130 143 I 0.011 0.056 0.128 0.202 0.203 0.044 0.073 0.283 144 I 0.006 0.049 0.240 0.274 0.263 0.033 0.048 0.087 145 F 0.032 0.142 0.133 0.141 0.219 0.035 0.129 0.168 146 V 0.108 0.224 0.072 0.122 0.144 0.042 0.135 0.152 147 D 0.116 0.143 0.044 0.097 0.112 0.054 0.074 0.361 148 E 0.063 0.096 0.031 0.073 0.132 0.082 0.050 0.472 149 V 0.016 0.023 0.060 0.077 0.225 0.090 0.080 0.430 150 F 0.035 0.010 0.043 0.205 0.295 0.067 0.064 0.281 151 K 0.071 0.004 0.025 0.246 0.224 0.052 0.052 0.325 152 I 0.009 0.002 0.020 0.093 0.166 0.091 0.027 0.591 153 E 0.017 0.001 0.025 0.081 0.189 0.104 0.026 0.555 154 R 0.047 0.002 0.015 0.081 0.087 0.103 0.033 0.632 155 P 0.029 0.003 0.011 0.027 0.036 0.076 0.023 0.794