# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.80399 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.358 0.231 0.052 0.109 0.085 0.045 0.051 0.030 0.019 0.013 0.007 2 T 0.239 0.154 0.041 0.115 0.111 0.102 0.094 0.064 0.040 0.025 0.014 3 E 0.526 0.269 0.047 0.085 0.039 0.013 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 4 L 0.089 0.066 0.026 0.113 0.134 0.157 0.162 0.118 0.070 0.041 0.023 5 G 0.184 0.179 0.067 0.199 0.148 0.084 0.070 0.032 0.021 0.011 0.004 6 L 0.020 0.032 0.038 0.120 0.123 0.122 0.182 0.120 0.120 0.075 0.046 7 Y 0.012 0.015 0.027 0.044 0.045 0.082 0.160 0.132 0.203 0.147 0.133 8 K 0.026 0.084 0.094 0.280 0.226 0.109 0.092 0.036 0.027 0.017 0.008 9 V 0.011 0.021 0.030 0.056 0.055 0.072 0.135 0.163 0.181 0.137 0.138 10 N 0.083 0.089 0.059 0.181 0.177 0.117 0.114 0.060 0.056 0.043 0.020 11 E 0.129 0.156 0.088 0.194 0.125 0.101 0.097 0.044 0.034 0.021 0.010 12 Y 0.037 0.049 0.037 0.165 0.174 0.166 0.151 0.093 0.068 0.037 0.024 13 V 0.005 0.006 0.009 0.014 0.017 0.029 0.087 0.171 0.237 0.248 0.178 14 D 0.014 0.052 0.060 0.164 0.179 0.115 0.153 0.111 0.072 0.052 0.027 15 A 0.004 0.008 0.018 0.017 0.018 0.031 0.076 0.117 0.209 0.256 0.244 16 R 0.063 0.083 0.078 0.238 0.205 0.106 0.102 0.046 0.038 0.026 0.014 17 D 0.081 0.062 0.042 0.088 0.086 0.086 0.148 0.134 0.118 0.087 0.069 18 T 0.073 0.074 0.044 0.144 0.140 0.136 0.137 0.085 0.073 0.059 0.035 19 N 0.266 0.181 0.075 0.156 0.113 0.066 0.065 0.032 0.024 0.014 0.008 20 M 0.039 0.032 0.027 0.059 0.072 0.097 0.162 0.148 0.156 0.125 0.082 21 G 0.064 0.061 0.053 0.097 0.106 0.109 0.142 0.089 0.117 0.098 0.063 22 A 0.006 0.009 0.016 0.024 0.033 0.056 0.137 0.161 0.208 0.190 0.160 23 W 0.011 0.021 0.044 0.074 0.089 0.113 0.167 0.143 0.144 0.119 0.075 24 F 0.003 0.005 0.018 0.018 0.023 0.037 0.108 0.158 0.210 0.222 0.199 25 E 0.007 0.014 0.039 0.074 0.078 0.087 0.154 0.137 0.166 0.129 0.114 26 A 0.006 0.007 0.030 0.027 0.026 0.052 0.115 0.123 0.205 0.229 0.181 27 Q 0.007 0.030 0.074 0.171 0.181 0.165 0.189 0.082 0.056 0.031 0.014 28 V 0.003 0.007 0.017 0.022 0.022 0.045 0.122 0.143 0.230 0.218 0.171 29 V 0.020 0.022 0.054 0.133 0.169 0.165 0.206 0.084 0.066 0.059 0.022 30 R 0.067 0.115 0.215 0.311 0.169 0.053 0.038 0.016 0.009 0.005 0.002 31 V 0.001 0.002 0.006 0.007 0.008 0.021 0.080 0.129 0.225 0.244 0.277 32 T 0.022 0.051 0.077 0.138 0.127 0.087 0.190 0.095 0.096 0.077 0.041 33 R 0.022 0.058 0.189 0.201 0.193 0.111 0.111 0.053 0.032 0.020 0.010 34 K 0.195 0.133 0.175 0.199 0.141 0.073 0.054 0.016 0.008 0.004 0.002 35 A 0.234 0.129 0.052 0.108 0.085 0.087 0.140 0.070 0.048 0.031 0.016 36 P 0.387 0.168 0.043 0.100 0.076 0.059 0.070 0.042 0.028 0.016 0.011 37 S 0.377 0.277 0.094 0.109 0.064 0.029 0.024 0.012 0.007 0.004 0.002 38 R 0.155 0.121 0.056 0.127 0.125 0.111 0.132 0.083 0.048 0.027 0.016 39 D 0.374 0.181 0.054 0.109 0.081 0.060 0.062 0.035 0.023 0.013 0.007 40 E 0.206 0.148 0.072 0.156 0.117 0.099 0.093 0.050 0.032 0.019 0.010 41 P 0.136 0.082 0.052 0.104 0.097 0.112 0.151 0.097 0.079 0.056 0.034 42 C 0.062 0.060 0.040 0.104 0.114 0.141 0.175 0.121 0.086 0.061 0.035 43 S 0.204 0.174 0.108 0.164 0.114 0.076 0.068 0.038 0.026 0.018 0.009 44 S 0.236 0.136 0.066 0.117 0.107 0.081 0.097 0.064 0.044 0.032 0.021 45 T 0.316 0.178 0.056 0.130 0.102 0.064 0.064 0.040 0.025 0.016 0.008 46 S 0.348 0.161 0.058 0.127 0.082 0.066 0.070 0.038 0.027 0.017 0.008 47 R 0.154 0.135 0.060 0.146 0.125 0.122 0.121 0.059 0.042 0.024 0.011 48 P 0.451 0.148 0.058 0.105 0.068 0.054 0.056 0.026 0.018 0.010 0.005 49 A 0.234 0.144 0.064 0.126 0.106 0.090 0.099 0.053 0.038 0.030 0.016 50 L 0.076 0.143 0.058 0.126 0.109 0.116 0.150 0.087 0.064 0.042 0.028 51 E 0.289 0.213 0.088 0.149 0.109 0.061 0.047 0.024 0.011 0.006 0.003 52 E 0.557 0.122 0.092 0.103 0.047 0.036 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 53 D 0.095 0.094 0.074 0.231 0.189 0.157 0.088 0.033 0.021 0.012 0.005 54 V 0.004 0.006 0.011 0.019 0.026 0.054 0.143 0.201 0.213 0.178 0.145 55 I 0.013 0.051 0.151 0.238 0.229 0.138 0.088 0.038 0.027 0.021 0.006 56 Y 0.005 0.015 0.091 0.047 0.057 0.074 0.136 0.156 0.173 0.152 0.093 57 H 0.022 0.056 0.096 0.254 0.246 0.110 0.109 0.042 0.034 0.022 0.008 58 V 0.004 0.004 0.011 0.011 0.011 0.025 0.073 0.105 0.239 0.280 0.237 59 K 0.034 0.124 0.118 0.322 0.257 0.063 0.046 0.017 0.011 0.006 0.002 60 Y 0.014 0.028 0.030 0.059 0.056 0.099 0.200 0.151 0.171 0.119 0.074 61 D 0.173 0.134 0.089 0.221 0.174 0.076 0.065 0.028 0.021 0.013 0.005 62 D 0.413 0.262 0.078 0.117 0.059 0.027 0.024 0.010 0.006 0.003 0.001 63 Y 0.056 0.043 0.025 0.073 0.078 0.106 0.166 0.141 0.128 0.103 0.081 64 P 0.193 0.270 0.075 0.163 0.111 0.067 0.060 0.029 0.017 0.010 0.004 65 E 0.295 0.256 0.099 0.155 0.092 0.042 0.033 0.016 0.008 0.004 0.002 66 N 0.492 0.151 0.059 0.094 0.070 0.050 0.038 0.020 0.012 0.008 0.004 67 G 0.127 0.120 0.042 0.183 0.149 0.139 0.132 0.052 0.032 0.016 0.008 68 V 0.016 0.028 0.032 0.080 0.078 0.097 0.159 0.137 0.166 0.125 0.081 69 V 0.018 0.035 0.050 0.090 0.121 0.177 0.215 0.126 0.086 0.054 0.029 70 Q 0.052 0.129 0.151 0.324 0.179 0.073 0.048 0.018 0.013 0.009 0.004 71 M 0.005 0.004 0.006 0.010 0.013 0.024 0.070 0.146 0.214 0.232 0.277 72 N 0.091 0.344 0.088 0.227 0.142 0.041 0.033 0.014 0.010 0.007 0.003 73 S 0.090 0.100 0.065 0.162 0.125 0.114 0.122 0.073 0.068 0.049 0.032 74 R 0.397 0.165 0.084 0.161 0.104 0.039 0.027 0.010 0.007 0.004 0.002 75 D 0.213 0.211 0.060 0.212 0.134 0.068 0.057 0.023 0.012 0.006 0.002 76 V 0.006 0.009 0.010 0.020 0.021 0.042 0.106 0.130 0.227 0.231 0.198 77 R 0.022 0.047 0.064 0.198 0.221 0.175 0.155 0.058 0.035 0.018 0.008 78 A 0.063 0.085 0.286 0.177 0.111 0.077 0.078 0.041 0.039 0.030 0.013 79 R 0.021 0.035 0.067 0.136 0.154 0.176 0.190 0.090 0.067 0.044 0.021 80 A 0.004 0.006 0.014 0.017 0.017 0.034 0.106 0.167 0.225 0.226 0.184 81 R 0.012 0.029 0.102 0.204 0.226 0.153 0.126 0.061 0.044 0.034 0.011 82 T 0.050 0.087 0.290 0.206 0.159 0.087 0.071 0.023 0.015 0.009 0.003 83 I 0.029 0.043 0.056 0.143 0.118 0.145 0.207 0.088 0.086 0.052 0.032 84 I 0.007 0.005 0.009 0.011 0.012 0.027 0.087 0.137 0.240 0.252 0.213 85 K 0.039 0.303 0.200 0.268 0.137 0.027 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 86 W 0.020 0.038 0.041 0.102 0.095 0.171 0.183 0.126 0.108 0.064 0.052 87 Q 0.453 0.169 0.092 0.141 0.079 0.025 0.021 0.008 0.006 0.005 0.002 88 D 0.086 0.229 0.052 0.270 0.196 0.075 0.057 0.020 0.010 0.004 0.002 89 L 0.005 0.004 0.007 0.011 0.011 0.027 0.063 0.089 0.227 0.229 0.326 90 E 0.156 0.311 0.111 0.276 0.115 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 91 V 0.051 0.105 0.080 0.141 0.104 0.097 0.115 0.092 0.099 0.061 0.054 92 G 0.258 0.146 0.041 0.170 0.151 0.085 0.068 0.026 0.027 0.018 0.010 93 Q 0.070 0.160 0.058 0.202 0.176 0.123 0.118 0.043 0.031 0.013 0.006 94 V 0.019 0.029 0.038 0.118 0.158 0.138 0.165 0.135 0.108 0.057 0.036 95 V 0.003 0.007 0.014 0.032 0.043 0.075 0.173 0.175 0.204 0.166 0.107 96 M 0.002 0.011 0.027 0.061 0.066 0.071 0.149 0.194 0.192 0.137 0.089 97 L 0.002 0.006 0.018 0.023 0.028 0.041 0.109 0.167 0.227 0.224 0.155 98 N 0.008 0.013 0.034 0.074 0.079 0.087 0.171 0.159 0.162 0.137 0.077 99 Y 0.009 0.014 0.024 0.046 0.054 0.083 0.174 0.186 0.187 0.145 0.078 100 N 0.049 0.129 0.056 0.153 0.140 0.124 0.151 0.079 0.057 0.043 0.016 101 P 0.140 0.095 0.036 0.136 0.137 0.127 0.146 0.086 0.051 0.031 0.014 102 D 0.618 0.197 0.047 0.065 0.034 0.013 0.010 0.007 0.005 0.003 0.002 103 N 0.211 0.288 0.045 0.148 0.117 0.064 0.065 0.028 0.018 0.011 0.006 104 P 0.118 0.091 0.031 0.074 0.085 0.095 0.153 0.122 0.098 0.067 0.067 105 K 0.394 0.211 0.104 0.160 0.067 0.034 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 106 E 0.304 0.159 0.137 0.189 0.087 0.060 0.036 0.015 0.007 0.004 0.002 107 R 0.038 0.032 0.023 0.079 0.113 0.143 0.197 0.163 0.107 0.066 0.039 108 G 0.075 0.077 0.080 0.131 0.129 0.146 0.154 0.076 0.069 0.043 0.020 109 F 0.013 0.023 0.095 0.082 0.095 0.107 0.163 0.125 0.131 0.113 0.054 110 W 0.022 0.031 0.081 0.077 0.074 0.095 0.155 0.122 0.146 0.131 0.067 111 Y 0.010 0.021 0.039 0.056 0.071 0.094 0.182 0.170 0.152 0.130 0.075 112 D 0.024 0.063 0.074 0.132 0.121 0.119 0.151 0.100 0.095 0.076 0.046 113 A 0.028 0.017 0.035 0.054 0.079 0.114 0.195 0.154 0.136 0.117 0.071 114 E 0.144 0.183 0.182 0.262 0.145 0.037 0.023 0.011 0.007 0.004 0.001 115 I 0.006 0.009 0.015 0.025 0.024 0.054 0.137 0.149 0.219 0.212 0.149 116 S 0.060 0.095 0.117 0.213 0.183 0.094 0.107 0.053 0.038 0.029 0.011 117 R 0.216 0.190 0.273 0.151 0.079 0.036 0.029 0.013 0.007 0.005 0.001 118 K 0.120 0.105 0.131 0.159 0.129 0.143 0.126 0.042 0.024 0.015 0.006 119 R 0.159 0.126 0.089 0.129 0.102 0.106 0.153 0.066 0.040 0.022 0.008 120 E 0.365 0.146 0.183 0.121 0.072 0.043 0.038 0.019 0.008 0.004 0.001 121 T 0.212 0.156 0.229 0.157 0.090 0.064 0.054 0.020 0.011 0.006 0.002 122 R 0.076 0.056 0.071 0.090 0.089 0.161 0.209 0.105 0.074 0.043 0.025 123 T 0.317 0.205 0.196 0.156 0.059 0.033 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 124 A 0.133 0.089 0.154 0.171 0.157 0.131 0.090 0.038 0.021 0.011 0.006 125 R 0.050 0.055 0.092 0.116 0.138 0.162 0.177 0.082 0.064 0.042 0.022 126 E 0.039 0.081 0.146 0.261 0.207 0.131 0.083 0.025 0.015 0.008 0.003 127 L 0.002 0.003 0.023 0.014 0.018 0.037 0.102 0.167 0.224 0.212 0.199 128 Y 0.012 0.042 0.092 0.204 0.232 0.129 0.130 0.059 0.050 0.033 0.017 129 A 0.001 0.003 0.014 0.015 0.017 0.037 0.091 0.136 0.244 0.242 0.198 130 N 0.012 0.033 0.065 0.243 0.265 0.126 0.122 0.052 0.044 0.025 0.012 131 V 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.009 0.032 0.085 0.234 0.315 0.312 132 V 0.015 0.034 0.035 0.127 0.125 0.119 0.170 0.113 0.117 0.089 0.056 133 L 0.006 0.015 0.020 0.027 0.024 0.044 0.107 0.155 0.210 0.232 0.159 134 G 0.053 0.094 0.041 0.142 0.144 0.135 0.156 0.095 0.064 0.048 0.028 135 D 0.250 0.213 0.048 0.153 0.114 0.059 0.065 0.042 0.028 0.018 0.009 136 D 0.486 0.168 0.030 0.084 0.073 0.043 0.041 0.028 0.021 0.017 0.009 137 S 0.237 0.312 0.046 0.177 0.115 0.044 0.034 0.014 0.010 0.006 0.003 138 L 0.033 0.035 0.015 0.060 0.056 0.106 0.143 0.129 0.165 0.135 0.124 139 N 0.261 0.295 0.086 0.176 0.092 0.046 0.027 0.009 0.005 0.003 0.001 140 D 0.170 0.235 0.070 0.285 0.139 0.058 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 141 C 0.010 0.006 0.007 0.014 0.022 0.036 0.089 0.152 0.209 0.217 0.239 142 R 0.048 0.155 0.080 0.350 0.246 0.065 0.036 0.011 0.006 0.003 0.001 143 I 0.008 0.010 0.048 0.037 0.028 0.043 0.087 0.084 0.223 0.243 0.189 144 I 0.030 0.057 0.090 0.277 0.279 0.104 0.091 0.031 0.023 0.013 0.005 145 F 0.010 0.039 0.042 0.046 0.037 0.063 0.137 0.134 0.201 0.176 0.115 146 V 0.013 0.021 0.033 0.100 0.124 0.170 0.193 0.125 0.099 0.078 0.045 147 D 0.203 0.137 0.219 0.185 0.103 0.051 0.045 0.023 0.017 0.012 0.004 148 E 0.039 0.051 0.073 0.217 0.212 0.165 0.134 0.057 0.031 0.015 0.006 149 V 0.013 0.011 0.022 0.028 0.027 0.038 0.102 0.118 0.222 0.231 0.189 150 F 0.005 0.013 0.036 0.069 0.095 0.134 0.207 0.155 0.146 0.092 0.047 151 K 0.024 0.094 0.348 0.216 0.160 0.058 0.046 0.024 0.016 0.010 0.004 152 I 0.014 0.017 0.034 0.044 0.054 0.093 0.212 0.179 0.151 0.124 0.077 153 E 0.100 0.081 0.074 0.114 0.103 0.089 0.141 0.104 0.092 0.067 0.035 154 R 0.240 0.245 0.126 0.169 0.100 0.045 0.036 0.019 0.011 0.007 0.003 155 P 0.315 0.098 0.073 0.116 0.098 0.095 0.089 0.050 0.034 0.021 0.010