# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.80399 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.027 0.002 0.001 0.011 0.010 0.017 0.077 0.001 0.001 0.002 0.851 2 T 0.009 0.001 0.001 0.006 0.005 0.008 0.068 0.001 0.001 0.001 0.902 3 E 0.042 0.002 0.001 0.021 0.016 0.029 0.214 0.001 0.001 0.004 0.672 4 L 0.118 0.011 0.002 0.037 0.025 0.035 0.184 0.001 0.001 0.008 0.578 5 G 0.098 0.020 0.002 0.147 0.146 0.138 0.106 0.001 0.001 0.023 0.319 6 L 0.061 0.021 0.009 0.128 0.070 0.115 0.084 0.001 0.001 0.003 0.508 7 Y 0.030 0.017 0.001 0.337 0.197 0.258 0.052 0.001 0.001 0.006 0.102 8 K 0.010 0.018 0.001 0.081 0.092 0.092 0.117 0.001 0.001 0.002 0.587 9 V 0.013 0.041 0.001 0.252 0.133 0.302 0.032 0.001 0.001 0.003 0.223 10 N 0.025 0.045 0.002 0.152 0.079 0.167 0.141 0.002 0.001 0.014 0.373 11 E 0.173 0.033 0.006 0.162 0.077 0.079 0.118 0.004 0.001 0.017 0.330 12 Y 0.092 0.062 0.012 0.114 0.064 0.074 0.131 0.004 0.001 0.005 0.441 13 V 0.070 0.061 0.011 0.264 0.113 0.153 0.074 0.003 0.001 0.009 0.242 14 D 0.039 0.045 0.005 0.116 0.079 0.130 0.095 0.006 0.001 0.007 0.479 15 A 0.098 0.058 0.007 0.205 0.078 0.158 0.047 0.004 0.001 0.005 0.342 16 R 0.025 0.049 0.004 0.085 0.031 0.045 0.435 0.004 0.001 0.011 0.310 17 D 0.200 0.046 0.006 0.041 0.016 0.027 0.273 0.008 0.001 0.028 0.357 18 T 0.301 0.082 0.019 0.069 0.018 0.032 0.111 0.007 0.001 0.019 0.341 19 N 0.047 0.046 0.027 0.035 0.017 0.018 0.557 0.003 0.001 0.015 0.235 20 M 0.163 0.083 0.018 0.033 0.021 0.039 0.260 0.004 0.001 0.026 0.353 21 G 0.137 0.159 0.009 0.038 0.027 0.065 0.144 0.008 0.001 0.026 0.388 22 A 0.088 0.179 0.045 0.038 0.056 0.066 0.174 0.004 0.001 0.007 0.344 23 W 0.032 0.256 0.007 0.041 0.120 0.124 0.137 0.002 0.001 0.004 0.277 24 F 0.021 0.323 0.002 0.017 0.194 0.255 0.037 0.002 0.001 0.002 0.146 25 E 0.042 0.428 0.001 0.031 0.126 0.239 0.018 0.003 0.001 0.001 0.110 26 A 0.031 0.441 0.003 0.014 0.226 0.175 0.015 0.003 0.001 0.001 0.090 27 Q 0.032 0.294 0.003 0.021 0.354 0.221 0.014 0.003 0.001 0.001 0.056 28 V 0.022 0.279 0.007 0.018 0.311 0.284 0.008 0.004 0.001 0.001 0.066 29 V 0.021 0.073 0.002 0.027 0.372 0.460 0.005 0.002 0.001 0.001 0.037 30 R 0.017 0.069 0.004 0.023 0.331 0.349 0.026 0.005 0.001 0.001 0.174 31 V 0.042 0.060 0.008 0.063 0.246 0.344 0.014 0.003 0.001 0.001 0.219 32 T 0.012 0.048 0.003 0.047 0.250 0.354 0.069 0.002 0.001 0.002 0.212 33 R 0.045 0.034 0.005 0.052 0.105 0.171 0.052 0.003 0.001 0.006 0.527 34 K 0.040 0.040 0.006 0.034 0.058 0.146 0.116 0.005 0.001 0.005 0.549 35 A 0.177 0.017 0.004 0.028 0.037 0.059 0.077 0.003 0.001 0.007 0.591 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.980 37 S 0.043 0.005 0.002 0.012 0.023 0.044 0.140 0.001 0.001 0.004 0.726 38 R 0.384 0.019 0.003 0.016 0.013 0.023 0.057 0.001 0.001 0.011 0.474 39 D 0.107 0.028 0.005 0.025 0.016 0.032 0.162 0.002 0.001 0.022 0.600 40 E 0.177 0.014 0.007 0.034 0.017 0.019 0.146 0.002 0.001 0.009 0.577 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.978 42 C 0.038 0.010 0.002 0.029 0.045 0.117 0.177 0.001 0.001 0.004 0.578 43 S 0.200 0.031 0.002 0.030 0.024 0.033 0.090 0.002 0.001 0.006 0.581 44 S 0.105 0.025 0.002 0.020 0.024 0.034 0.078 0.003 0.001 0.006 0.704 45 T 0.170 0.031 0.005 0.024 0.021 0.029 0.164 0.002 0.001 0.012 0.542 46 S 0.161 0.020 0.006 0.017 0.011 0.025 0.220 0.003 0.001 0.017 0.520 47 R 0.214 0.015 0.014 0.027 0.017 0.027 0.202 0.002 0.001 0.010 0.472 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.974 49 A 0.021 0.013 0.001 0.019 0.040 0.100 0.186 0.001 0.001 0.003 0.616 50 L 0.184 0.061 0.001 0.019 0.028 0.052 0.110 0.002 0.001 0.008 0.537 51 E 0.145 0.104 0.002 0.019 0.049 0.083 0.085 0.003 0.001 0.006 0.503 52 E 0.078 0.064 0.002 0.013 0.031 0.040 0.101 0.003 0.001 0.005 0.663 53 D 0.163 0.047 0.004 0.017 0.057 0.070 0.103 0.004 0.001 0.007 0.528 54 V 0.219 0.068 0.013 0.041 0.198 0.200 0.050 0.003 0.001 0.006 0.202 55 I 0.044 0.032 0.010 0.106 0.276 0.324 0.059 0.002 0.001 0.004 0.143 56 Y 0.011 0.009 0.001 0.070 0.417 0.423 0.012 0.001 0.001 0.001 0.055 57 H 0.010 0.005 0.001 0.106 0.254 0.494 0.011 0.001 0.001 0.001 0.116 58 V 0.003 0.003 0.001 0.080 0.417 0.406 0.014 0.001 0.001 0.001 0.075 59 K 0.002 0.002 0.001 0.078 0.283 0.475 0.022 0.001 0.001 0.001 0.135 60 Y 0.006 0.002 0.001 0.067 0.242 0.468 0.017 0.001 0.001 0.001 0.196 61 D 0.010 0.004 0.001 0.064 0.107 0.226 0.077 0.001 0.001 0.003 0.510 62 D 0.039 0.003 0.001 0.022 0.026 0.064 0.219 0.001 0.001 0.012 0.613 63 Y 0.309 0.006 0.002 0.031 0.030 0.055 0.183 0.001 0.001 0.011 0.373 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.970 65 E 0.008 0.002 0.001 0.006 0.017 0.033 0.256 0.001 0.001 0.002 0.676 66 N 0.312 0.017 0.001 0.012 0.040 0.067 0.085 0.001 0.001 0.039 0.425 67 G 0.479 0.017 0.006 0.028 0.102 0.087 0.052 0.002 0.001 0.028 0.200 68 V 0.069 0.007 0.025 0.034 0.055 0.059 0.170 0.001 0.001 0.004 0.575 69 V 0.022 0.003 0.001 0.086 0.361 0.467 0.017 0.001 0.001 0.001 0.043 70 Q 0.010 0.007 0.001 0.070 0.135 0.298 0.065 0.001 0.001 0.001 0.412 71 M 0.014 0.007 0.001 0.159 0.257 0.444 0.016 0.001 0.001 0.002 0.100 72 N 0.005 0.007 0.001 0.055 0.161 0.205 0.175 0.001 0.001 0.002 0.389 73 S 0.017 0.005 0.001 0.034 0.091 0.204 0.049 0.001 0.001 0.003 0.596 74 R 0.014 0.010 0.001 0.024 0.068 0.135 0.329 0.001 0.001 0.006 0.413 75 D 0.200 0.011 0.002 0.018 0.021 0.031 0.229 0.001 0.001 0.035 0.452 76 V 0.257 0.064 0.015 0.032 0.036 0.079 0.125 0.002 0.001 0.011 0.379 77 R 0.062 0.056 0.009 0.058 0.096 0.102 0.227 0.001 0.001 0.008 0.381 78 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.970 79 R 0.019 0.051 0.001 0.028 0.114 0.344 0.087 0.001 0.001 0.003 0.352 80 A 0.184 0.231 0.002 0.029 0.039 0.065 0.074 0.002 0.001 0.004 0.370 81 R 0.113 0.443 0.004 0.024 0.097 0.097 0.036 0.002 0.001 0.005 0.179 82 T 0.099 0.378 0.004 0.039 0.123 0.084 0.047 0.006 0.001 0.003 0.218 83 I 0.166 0.325 0.009 0.045 0.069 0.121 0.019 0.010 0.001 0.002 0.233 84 I 0.072 0.218 0.011 0.071 0.207 0.228 0.036 0.006 0.001 0.003 0.147 85 K 0.028 0.149 0.008 0.035 0.120 0.115 0.097 0.012 0.001 0.002 0.433 86 W 0.056 0.105 0.007 0.054 0.083 0.201 0.021 0.005 0.001 0.002 0.466 87 Q 0.024 0.056 0.004 0.048 0.144 0.188 0.213 0.003 0.001 0.004 0.316 88 D 0.130 0.030 0.008 0.031 0.028 0.042 0.150 0.004 0.001 0.009 0.566 89 L 0.243 0.103 0.009 0.112 0.120 0.177 0.049 0.002 0.001 0.009 0.176 90 E 0.049 0.070 0.007 0.068 0.175 0.094 0.254 0.003 0.001 0.006 0.274 91 V 0.022 0.019 0.002 0.034 0.067 0.094 0.047 0.004 0.001 0.002 0.709 92 G 0.060 0.011 0.003 0.092 0.154 0.451 0.042 0.003 0.001 0.009 0.175 93 Q 0.252 0.005 0.015 0.173 0.134 0.117 0.083 0.002 0.001 0.007 0.212 94 V 0.011 0.002 0.004 0.235 0.184 0.189 0.051 0.001 0.001 0.002 0.322 95 V 0.002 0.001 0.001 0.386 0.209 0.355 0.008 0.001 0.001 0.001 0.038 96 M 0.002 0.001 0.001 0.397 0.179 0.351 0.009 0.001 0.001 0.002 0.058 97 L 0.005 0.001 0.001 0.306 0.224 0.351 0.011 0.001 0.001 0.002 0.098 98 N 0.007 0.003 0.001 0.136 0.266 0.408 0.037 0.001 0.001 0.002 0.140 99 Y 0.014 0.004 0.002 0.093 0.164 0.267 0.103 0.001 0.001 0.008 0.343 100 N 0.013 0.002 0.001 0.037 0.069 0.082 0.434 0.001 0.001 0.005 0.356 101 P 0.019 0.001 0.001 0.006 0.004 0.010 0.028 0.001 0.001 0.010 0.922 102 D 0.010 0.002 0.002 0.008 0.002 0.005 0.733 0.001 0.001 0.017 0.222 103 N 0.320 0.005 0.001 0.007 0.005 0.008 0.408 0.001 0.001 0.049 0.195 104 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.993 105 K 0.012 0.005 0.003 0.014 0.020 0.040 0.462 0.001 0.001 0.008 0.435 106 E 0.449 0.018 0.001 0.013 0.009 0.009 0.237 0.001 0.001 0.012 0.250 107 R 0.292 0.193 0.002 0.019 0.048 0.068 0.061 0.006 0.001 0.008 0.304 108 G 0.199 0.089 0.015 0.096 0.064 0.072 0.030 0.011 0.001 0.049 0.375 109 F 0.113 0.020 0.067 0.088 0.148 0.106 0.114 0.004 0.001 0.004 0.336 110 W 0.057 0.005 0.002 0.044 0.160 0.279 0.078 0.001 0.001 0.002 0.371 111 Y 0.018 0.012 0.002 0.081 0.241 0.393 0.067 0.001 0.001 0.002 0.184 112 D 0.014 0.017 0.001 0.156 0.159 0.262 0.083 0.001 0.001 0.004 0.304 113 A 0.018 0.022 0.002 0.102 0.200 0.287 0.079 0.001 0.001 0.007 0.283 114 E 0.015 0.037 0.001 0.069 0.185 0.246 0.239 0.001 0.001 0.009 0.197 115 I 0.046 0.124 0.003 0.065 0.186 0.285 0.068 0.001 0.001 0.006 0.216 116 S 0.032 0.240 0.003 0.037 0.212 0.304 0.038 0.001 0.001 0.004 0.127 117 R 0.041 0.224 0.004 0.019 0.148 0.209 0.061 0.005 0.001 0.004 0.284 118 K 0.096 0.266 0.007 0.017 0.085 0.176 0.046 0.008 0.001 0.002 0.296 119 R 0.102 0.188 0.006 0.014 0.072 0.105 0.071 0.010 0.001 0.008 0.424 120 E 0.090 0.101 0.017 0.009 0.018 0.028 0.096 0.012 0.001 0.003 0.626 121 T 0.177 0.150 0.012 0.014 0.022 0.062 0.083 0.010 0.001 0.003 0.466 122 R 0.134 0.099 0.014 0.019 0.018 0.023 0.035 0.006 0.001 0.013 0.639 123 T 0.023 0.036 0.018 0.007 0.006 0.009 0.270 0.002 0.001 0.002 0.627 124 A 0.149 0.095 0.005 0.033 0.015 0.043 0.083 0.002 0.001 0.005 0.570 125 R 0.036 0.313 0.002 0.015 0.022 0.034 0.116 0.002 0.001 0.005 0.455 126 E 0.104 0.276 0.004 0.012 0.017 0.020 0.252 0.003 0.001 0.004 0.308 127 L 0.140 0.662 0.003 0.012 0.024 0.028 0.018 0.006 0.001 0.001 0.104 128 Y 0.059 0.585 0.011 0.024 0.084 0.092 0.027 0.005 0.001 0.002 0.112 129 A 0.041 0.459 0.011 0.037 0.162 0.121 0.018 0.007 0.001 0.001 0.142 130 N 0.086 0.317 0.004 0.077 0.147 0.196 0.024 0.016 0.001 0.002 0.131 131 V 0.081 0.228 0.009 0.124 0.184 0.125 0.022 0.017 0.001 0.001 0.209 132 V 0.030 0.108 0.014 0.307 0.147 0.185 0.035 0.007 0.001 0.003 0.164 133 L 0.043 0.058 0.013 0.331 0.124 0.189 0.038 0.006 0.001 0.006 0.191 134 G 0.040 0.025 0.010 0.152 0.032 0.074 0.068 0.011 0.001 0.006 0.583 135 D 0.055 0.008 0.011 0.077 0.016 0.034 0.096 0.003 0.001 0.003 0.698 136 D 0.014 0.002 0.002 0.021 0.009 0.011 0.136 0.001 0.001 0.004 0.800 137 S 0.061 0.003 0.004 0.024 0.008 0.016 0.263 0.001 0.001 0.007 0.612 138 L 0.207 0.030 0.005 0.085 0.032 0.066 0.167 0.001 0.001 0.014 0.394 139 N 0.043 0.048 0.002 0.042 0.056 0.071 0.243 0.002 0.001 0.023 0.471 140 D 0.148 0.035 0.004 0.031 0.022 0.040 0.236 0.003 0.001 0.015 0.468 141 C 0.372 0.069 0.015 0.043 0.052 0.083 0.137 0.003 0.001 0.010 0.216 142 R 0.100 0.043 0.009 0.124 0.236 0.216 0.159 0.002 0.001 0.010 0.100 143 I 0.016 0.047 0.018 0.096 0.115 0.150 0.044 0.002 0.001 0.002 0.511 144 I 0.013 0.019 0.001 0.257 0.245 0.405 0.015 0.001 0.001 0.002 0.042 145 F 0.009 0.060 0.002 0.105 0.193 0.195 0.089 0.002 0.001 0.001 0.343 146 V 0.007 0.044 0.001 0.274 0.140 0.449 0.012 0.001 0.001 0.002 0.070 147 D 0.014 0.060 0.002 0.092 0.121 0.214 0.106 0.001 0.001 0.006 0.385 148 E 0.072 0.089 0.004 0.092 0.131 0.135 0.103 0.003 0.001 0.010 0.362 149 V 0.106 0.180 0.009 0.053 0.118 0.192 0.082 0.003 0.001 0.007 0.249 150 F 0.082 0.144 0.010 0.069 0.294 0.241 0.031 0.002 0.001 0.006 0.120 151 K 0.053 0.068 0.004 0.044 0.263 0.322 0.019 0.004 0.001 0.003 0.220 152 I 0.053 0.050 0.006 0.045 0.215 0.345 0.016 0.004 0.001 0.001 0.265 153 E 0.021 0.021 0.003 0.042 0.215 0.376 0.039 0.002 0.001 0.002 0.280 154 R 0.007 0.004 0.002 0.016 0.108 0.106 0.046 0.001 0.001 0.001 0.709 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.979