# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.80399 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.038 0.008 0.018 0.020 0.034 0.089 0.006 0.786 2 T 0.008 0.006 0.007 0.015 0.017 0.036 0.003 0.908 3 E 0.034 0.009 0.018 0.024 0.043 0.091 0.011 0.771 4 L 0.098 0.015 0.035 0.043 0.055 0.119 0.010 0.625 5 G 0.148 0.016 0.062 0.184 0.162 0.116 0.020 0.293 6 L 0.052 0.005 0.035 0.043 0.092 0.049 0.002 0.721 7 Y 0.016 0.006 0.136 0.383 0.351 0.031 0.003 0.075 8 K 0.017 0.009 0.036 0.208 0.235 0.059 0.003 0.432 9 V 0.010 0.009 0.203 0.161 0.437 0.027 0.004 0.149 10 N 0.008 0.020 0.071 0.219 0.229 0.092 0.005 0.356 11 E 0.068 0.016 0.094 0.096 0.188 0.150 0.030 0.357 12 Y 0.130 0.014 0.132 0.073 0.144 0.168 0.010 0.329 13 V 0.039 0.019 0.180 0.250 0.234 0.079 0.007 0.192 14 D 0.012 0.024 0.080 0.165 0.227 0.074 0.006 0.411 15 A 0.026 0.023 0.177 0.123 0.282 0.036 0.006 0.328 16 R 0.018 0.008 0.025 0.039 0.084 0.656 0.006 0.165 17 D 0.158 0.016 0.019 0.023 0.051 0.393 0.021 0.319 18 T 0.102 0.179 0.056 0.039 0.041 0.150 0.016 0.419 19 N 0.046 0.049 0.035 0.025 0.042 0.518 0.029 0.256 20 M 0.196 0.064 0.035 0.047 0.076 0.207 0.038 0.337 21 G 0.214 0.087 0.039 0.081 0.118 0.146 0.033 0.283 22 A 0.107 0.066 0.107 0.154 0.185 0.142 0.019 0.220 23 W 0.060 0.045 0.049 0.185 0.356 0.107 0.011 0.187 24 F 0.038 0.037 0.029 0.279 0.463 0.056 0.005 0.093 25 E 0.019 0.037 0.041 0.291 0.401 0.049 0.005 0.155 26 A 0.013 0.074 0.032 0.438 0.352 0.021 0.005 0.067 27 Q 0.036 0.033 0.030 0.265 0.490 0.043 0.009 0.094 28 V 0.024 0.028 0.024 0.290 0.481 0.043 0.005 0.105 29 V 0.012 0.042 0.032 0.368 0.450 0.020 0.003 0.072 30 R 0.010 0.030 0.023 0.292 0.357 0.031 0.005 0.252 31 V 0.026 0.052 0.042 0.242 0.395 0.036 0.006 0.200 32 T 0.030 0.104 0.051 0.293 0.341 0.043 0.009 0.130 33 R 0.055 0.074 0.042 0.155 0.238 0.045 0.019 0.371 34 K 0.073 0.081 0.049 0.068 0.157 0.114 0.036 0.422 35 A 0.117 0.048 0.033 0.052 0.072 0.114 0.019 0.545 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 37 S 0.016 0.005 0.008 0.017 0.032 0.120 0.006 0.797 38 R 0.274 0.006 0.014 0.009 0.014 0.073 0.016 0.594 39 D 0.189 0.022 0.020 0.016 0.029 0.207 0.018 0.499 40 E 0.309 0.016 0.046 0.036 0.042 0.192 0.009 0.349 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 42 C 0.022 0.008 0.050 0.052 0.138 0.191 0.005 0.535 43 S 0.133 0.016 0.028 0.024 0.038 0.175 0.007 0.578 44 S 0.089 0.025 0.015 0.019 0.048 0.075 0.007 0.723 45 T 0.167 0.020 0.017 0.013 0.028 0.193 0.010 0.552 46 S 0.191 0.021 0.018 0.010 0.016 0.325 0.030 0.390 47 R 0.241 0.025 0.015 0.020 0.030 0.242 0.012 0.414 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 49 A 0.018 0.015 0.009 0.025 0.079 0.263 0.004 0.588 50 L 0.205 0.033 0.008 0.018 0.042 0.163 0.014 0.518 51 E 0.168 0.062 0.010 0.032 0.075 0.105 0.015 0.533 52 E 0.146 0.050 0.021 0.041 0.049 0.121 0.020 0.552 53 D 0.152 0.033 0.026 0.065 0.050 0.114 0.037 0.523 54 V 0.178 0.016 0.123 0.196 0.229 0.080 0.026 0.152 55 I 0.044 0.005 0.114 0.219 0.435 0.068 0.004 0.113 56 Y 0.004 0.002 0.131 0.418 0.397 0.010 0.001 0.037 57 H 0.003 0.001 0.106 0.339 0.423 0.011 0.001 0.117 58 V 0.001 0.001 0.181 0.345 0.393 0.009 0.001 0.068 59 K 0.002 0.001 0.096 0.288 0.457 0.028 0.001 0.127 60 Y 0.005 0.002 0.056 0.173 0.453 0.038 0.002 0.272 61 D 0.013 0.003 0.039 0.091 0.221 0.128 0.005 0.502 62 D 0.044 0.003 0.012 0.024 0.044 0.093 0.017 0.763 63 Y 0.290 0.006 0.016 0.036 0.048 0.191 0.015 0.397 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 65 E 0.008 0.004 0.013 0.037 0.099 0.171 0.007 0.662 66 N 0.211 0.011 0.024 0.035 0.034 0.115 0.026 0.544 67 G 0.486 0.010 0.049 0.064 0.068 0.084 0.023 0.215 68 V 0.105 0.004 0.103 0.076 0.140 0.110 0.003 0.459 69 V 0.008 0.003 0.140 0.414 0.342 0.024 0.002 0.066 70 Q 0.011 0.004 0.050 0.155 0.369 0.028 0.001 0.382 71 M 0.006 0.004 0.168 0.291 0.434 0.017 0.002 0.078 72 N 0.008 0.010 0.052 0.186 0.261 0.093 0.003 0.388 73 S 0.020 0.009 0.041 0.063 0.243 0.052 0.006 0.566 74 R 0.042 0.012 0.022 0.027 0.052 0.296 0.008 0.542 75 D 0.157 0.012 0.009 0.014 0.018 0.285 0.024 0.481 76 V 0.164 0.103 0.032 0.026 0.028 0.102 0.014 0.532 77 R 0.034 0.182 0.067 0.064 0.100 0.131 0.009 0.414 78 A 0.003 0.022 0.005 0.006 0.011 0.028 0.001 0.925 79 R 0.027 0.352 0.025 0.049 0.079 0.152 0.008 0.308 80 A 0.075 0.632 0.031 0.028 0.045 0.056 0.013 0.121 81 R 0.054 0.650 0.039 0.050 0.047 0.042 0.016 0.103 82 T 0.092 0.534 0.068 0.095 0.074 0.031 0.018 0.089 83 I 0.070 0.421 0.075 0.071 0.117 0.024 0.014 0.209 84 I 0.032 0.307 0.118 0.208 0.217 0.022 0.013 0.082 85 K 0.038 0.214 0.053 0.128 0.184 0.065 0.025 0.293 86 W 0.083 0.147 0.083 0.062 0.229 0.036 0.014 0.346 87 Q 0.054 0.107 0.026 0.067 0.097 0.171 0.021 0.459 88 D 0.144 0.052 0.008 0.017 0.022 0.064 0.036 0.658 89 L 0.423 0.102 0.060 0.049 0.060 0.052 0.038 0.216 90 E 0.152 0.060 0.044 0.100 0.100 0.222 0.037 0.286 91 V 0.035 0.024 0.063 0.056 0.078 0.046 0.015 0.682 92 G 0.039 0.037 0.142 0.208 0.188 0.097 0.018 0.272 93 Q 0.065 0.007 0.260 0.135 0.156 0.098 0.012 0.267 94 V 0.006 0.004 0.343 0.141 0.155 0.032 0.002 0.317 95 V 0.004 0.002 0.484 0.218 0.237 0.015 0.002 0.038 96 M 0.003 0.003 0.510 0.186 0.189 0.013 0.001 0.094 97 L 0.001 0.003 0.513 0.156 0.253 0.015 0.001 0.058 98 N 0.004 0.008 0.343 0.188 0.262 0.036 0.003 0.155 99 Y 0.024 0.007 0.364 0.097 0.228 0.067 0.011 0.202 100 N 0.028 0.003 0.033 0.056 0.100 0.346 0.007 0.427 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 102 D 0.010 0.003 0.005 0.008 0.023 0.548 0.007 0.397 103 N 0.379 0.006 0.003 0.006 0.006 0.340 0.015 0.244 104 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 105 K 0.014 0.010 0.013 0.042 0.110 0.374 0.005 0.432 106 E 0.270 0.024 0.019 0.021 0.028 0.195 0.017 0.426 107 R 0.127 0.107 0.021 0.063 0.093 0.069 0.016 0.504 108 G 0.207 0.051 0.069 0.184 0.136 0.051 0.039 0.263 109 F 0.198 0.009 0.171 0.113 0.140 0.095 0.018 0.257 110 W 0.016 0.003 0.044 0.164 0.196 0.040 0.003 0.534 111 Y 0.014 0.002 0.046 0.250 0.519 0.053 0.001 0.114 112 D 0.005 0.004 0.034 0.281 0.349 0.041 0.002 0.283 113 A 0.007 0.006 0.045 0.258 0.471 0.033 0.002 0.178 114 E 0.016 0.009 0.018 0.233 0.445 0.170 0.003 0.107 115 I 0.064 0.026 0.024 0.170 0.433 0.106 0.005 0.172 116 S 0.019 0.202 0.025 0.301 0.318 0.038 0.003 0.093 117 R 0.034 0.192 0.021 0.186 0.254 0.038 0.016 0.259 118 K 0.098 0.154 0.035 0.075 0.197 0.087 0.023 0.330 119 R 0.132 0.210 0.017 0.072 0.115 0.090 0.023 0.341 120 E 0.096 0.192 0.019 0.033 0.040 0.109 0.030 0.481 121 T 0.103 0.195 0.021 0.026 0.033 0.079 0.030 0.513 122 R 0.130 0.139 0.031 0.025 0.031 0.083 0.021 0.541 123 T 0.042 0.069 0.013 0.014 0.023 0.333 0.012 0.493 124 A 0.088 0.101 0.015 0.015 0.037 0.109 0.010 0.625 125 R 0.057 0.248 0.018 0.030 0.037 0.203 0.010 0.398 126 E 0.078 0.163 0.018 0.024 0.036 0.240 0.016 0.426 127 L 0.087 0.548 0.033 0.074 0.088 0.039 0.009 0.123 128 Y 0.051 0.344 0.061 0.134 0.236 0.048 0.015 0.111 129 A 0.045 0.198 0.106 0.173 0.258 0.041 0.015 0.164 130 N 0.048 0.138 0.165 0.236 0.244 0.025 0.019 0.126 131 V 0.040 0.077 0.245 0.212 0.231 0.025 0.020 0.150 132 V 0.026 0.039 0.470 0.148 0.180 0.030 0.016 0.092 133 L 0.022 0.024 0.410 0.159 0.165 0.040 0.011 0.171 134 G 0.032 0.014 0.241 0.087 0.178 0.078 0.017 0.353 135 D 0.020 0.004 0.098 0.020 0.044 0.072 0.007 0.735 136 D 0.018 0.003 0.031 0.016 0.021 0.087 0.007 0.816 137 S 0.061 0.003 0.014 0.010 0.022 0.164 0.010 0.717 138 L 0.114 0.015 0.070 0.042 0.078 0.190 0.011 0.480 139 N 0.042 0.015 0.031 0.041 0.059 0.385 0.011 0.415 140 D 0.166 0.016 0.025 0.022 0.035 0.175 0.023 0.539 141 C 0.367 0.023 0.074 0.044 0.054 0.161 0.019 0.258 142 R 0.066 0.013 0.243 0.215 0.196 0.133 0.013 0.121 143 I 0.006 0.010 0.101 0.109 0.178 0.030 0.003 0.563 144 I 0.005 0.005 0.251 0.256 0.372 0.024 0.003 0.083 145 F 0.007 0.012 0.084 0.192 0.206 0.055 0.003 0.442 146 V 0.007 0.010 0.239 0.150 0.405 0.037 0.004 0.148 147 D 0.008 0.021 0.075 0.163 0.180 0.117 0.005 0.430 148 E 0.068 0.025 0.048 0.074 0.178 0.185 0.017 0.405 149 V 0.173 0.055 0.061 0.131 0.238 0.156 0.013 0.172 150 F 0.050 0.074 0.081 0.398 0.257 0.038 0.015 0.087 151 K 0.028 0.041 0.067 0.255 0.254 0.028 0.011 0.315 152 I 0.020 0.032 0.110 0.203 0.412 0.027 0.007 0.189 153 E 0.018 0.052 0.054 0.216 0.410 0.046 0.012 0.192 154 R 0.025 0.016 0.044 0.130 0.161 0.047 0.010 0.567 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997