# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.80399 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.126 0.170 0.286 0.123 0.069 0.089 0.056 0.015 0.054 0.011 0.002 2 T 0.299 0.154 0.313 0.123 0.039 0.025 0.020 0.004 0.013 0.008 0.002 3 E 0.280 0.163 0.192 0.171 0.067 0.037 0.042 0.014 0.023 0.009 0.001 4 L 0.149 0.265 0.290 0.185 0.059 0.014 0.018 0.001 0.015 0.001 0.001 5 G 0.111 0.125 0.208 0.041 0.231 0.025 0.078 0.107 0.013 0.061 0.001 6 L 0.082 0.528 0.305 0.022 0.030 0.017 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 7 Y 0.037 0.751 0.101 0.011 0.063 0.023 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 8 K 0.081 0.475 0.280 0.020 0.056 0.058 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 9 V 0.227 0.396 0.210 0.061 0.032 0.037 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 10 N 0.255 0.096 0.171 0.186 0.064 0.079 0.079 0.018 0.043 0.006 0.001 11 E 0.425 0.150 0.133 0.125 0.064 0.029 0.046 0.014 0.010 0.004 0.001 12 Y 0.361 0.205 0.170 0.141 0.036 0.042 0.023 0.003 0.016 0.001 0.001 13 V 0.147 0.522 0.240 0.030 0.021 0.015 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 14 D 0.241 0.072 0.354 0.059 0.022 0.174 0.025 0.002 0.046 0.001 0.003 15 A 0.754 0.054 0.064 0.082 0.020 0.014 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 16 R 0.696 0.080 0.066 0.098 0.018 0.017 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 17 D 0.469 0.060 0.101 0.170 0.022 0.068 0.070 0.008 0.027 0.003 0.001 18 T 0.672 0.058 0.068 0.155 0.014 0.008 0.013 0.003 0.004 0.004 0.001 19 N 0.339 0.074 0.107 0.311 0.030 0.047 0.058 0.010 0.019 0.004 0.001 20 M 0.348 0.059 0.137 0.336 0.018 0.014 0.072 0.002 0.010 0.002 0.001 21 G 0.130 0.022 0.055 0.031 0.155 0.008 0.140 0.294 0.005 0.160 0.001 22 A 0.180 0.369 0.286 0.042 0.072 0.031 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 23 W 0.213 0.520 0.150 0.023 0.043 0.035 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 24 F 0.295 0.370 0.117 0.049 0.114 0.039 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 25 E 0.270 0.464 0.084 0.051 0.071 0.031 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 26 A 0.219 0.456 0.133 0.036 0.108 0.024 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 27 Q 0.209 0.575 0.107 0.019 0.049 0.030 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 28 V 0.265 0.397 0.159 0.025 0.021 0.095 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 29 V 0.326 0.400 0.082 0.050 0.064 0.042 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001 30 R 0.285 0.203 0.148 0.090 0.059 0.122 0.048 0.003 0.041 0.001 0.001 31 V 0.241 0.342 0.188 0.095 0.020 0.067 0.007 0.001 0.039 0.001 0.001 32 T 0.263 0.222 0.234 0.151 0.041 0.041 0.012 0.001 0.034 0.001 0.001 33 R 0.390 0.118 0.191 0.171 0.059 0.029 0.022 0.004 0.010 0.004 0.001 34 K 0.240 0.191 0.227 0.198 0.043 0.039 0.027 0.004 0.028 0.004 0.001 35 A 0.043 0.170 0.571 0.015 0.046 0.017 0.006 0.001 0.125 0.005 0.001 36 P 0.296 0.007 0.631 0.022 0.002 0.013 0.004 0.001 0.002 0.001 0.021 37 S 0.243 0.158 0.247 0.166 0.052 0.026 0.030 0.040 0.027 0.010 0.001 38 R 0.349 0.132 0.265 0.150 0.032 0.026 0.020 0.006 0.012 0.004 0.004 39 D 0.121 0.102 0.195 0.318 0.026 0.074 0.101 0.020 0.033 0.006 0.004 40 E 0.018 0.327 0.351 0.006 0.061 0.015 0.006 0.001 0.211 0.004 0.001 41 P 0.156 0.003 0.760 0.012 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 42 C 0.266 0.173 0.278 0.121 0.073 0.024 0.015 0.018 0.020 0.013 0.001 43 S 0.301 0.107 0.310 0.116 0.063 0.040 0.022 0.008 0.020 0.011 0.002 44 S 0.248 0.154 0.217 0.185 0.062 0.033 0.046 0.016 0.019 0.019 0.002 45 T 0.296 0.150 0.207 0.202 0.054 0.032 0.030 0.006 0.013 0.009 0.002 46 S 0.229 0.115 0.216 0.240 0.041 0.055 0.045 0.016 0.030 0.010 0.003 47 R 0.044 0.263 0.406 0.012 0.063 0.024 0.012 0.002 0.168 0.006 0.001 48 P 0.265 0.008 0.631 0.022 0.002 0.024 0.002 0.001 0.003 0.001 0.043 49 A 0.291 0.173 0.337 0.099 0.030 0.023 0.009 0.005 0.027 0.004 0.001 50 L 0.381 0.099 0.339 0.080 0.031 0.034 0.011 0.003 0.014 0.004 0.004 51 E 0.357 0.103 0.206 0.151 0.043 0.039 0.062 0.012 0.013 0.009 0.004 52 E 0.306 0.193 0.202 0.152 0.052 0.017 0.043 0.010 0.019 0.004 0.001 53 D 0.106 0.236 0.287 0.133 0.058 0.061 0.062 0.009 0.046 0.001 0.002 54 V 0.025 0.806 0.112 0.017 0.026 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 55 I 0.032 0.768 0.129 0.008 0.034 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 56 Y 0.011 0.757 0.049 0.008 0.156 0.009 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 57 H 0.012 0.702 0.165 0.008 0.052 0.028 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 58 V 0.008 0.766 0.164 0.003 0.017 0.020 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 59 K 0.026 0.619 0.252 0.008 0.042 0.036 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 60 Y 0.116 0.411 0.250 0.043 0.076 0.066 0.006 0.001 0.028 0.002 0.001 61 D 0.332 0.094 0.128 0.169 0.076 0.063 0.080 0.021 0.024 0.012 0.002 62 D 0.114 0.055 0.048 0.569 0.030 0.037 0.092 0.023 0.025 0.007 0.001 63 Y 0.030 0.260 0.333 0.028 0.051 0.034 0.018 0.001 0.241 0.006 0.001 64 P 0.639 0.003 0.305 0.015 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 65 E 0.743 0.024 0.038 0.166 0.007 0.004 0.008 0.004 0.003 0.003 0.001 66 N 0.101 0.022 0.067 0.556 0.019 0.010 0.195 0.012 0.016 0.002 0.001 67 G 0.033 0.020 0.071 0.019 0.067 0.004 0.268 0.415 0.004 0.098 0.001 68 V 0.079 0.381 0.477 0.017 0.019 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 69 V 0.025 0.778 0.126 0.009 0.032 0.021 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 70 Q 0.029 0.631 0.163 0.019 0.050 0.070 0.005 0.001 0.033 0.001 0.001 71 M 0.019 0.780 0.101 0.013 0.053 0.012 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 72 N 0.057 0.290 0.327 0.055 0.067 0.129 0.019 0.002 0.049 0.002 0.002 73 S 0.310 0.191 0.225 0.095 0.065 0.058 0.023 0.006 0.016 0.008 0.002 74 R 0.534 0.137 0.106 0.103 0.055 0.014 0.024 0.007 0.011 0.007 0.001 75 D 0.199 0.132 0.192 0.156 0.047 0.097 0.124 0.010 0.036 0.002 0.003 76 V 0.175 0.337 0.306 0.105 0.014 0.042 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 77 R 0.100 0.302 0.336 0.005 0.043 0.035 0.002 0.001 0.175 0.001 0.001 78 A 0.625 0.005 0.295 0.022 0.002 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 0.021 79 R 0.706 0.052 0.037 0.141 0.023 0.013 0.016 0.004 0.006 0.001 0.001 80 A 0.437 0.163 0.152 0.118 0.052 0.026 0.019 0.002 0.028 0.002 0.001 81 R 0.505 0.115 0.247 0.061 0.021 0.025 0.013 0.001 0.009 0.001 0.002 82 T 0.379 0.296 0.151 0.071 0.041 0.038 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 83 I 0.189 0.341 0.246 0.102 0.030 0.050 0.009 0.001 0.030 0.001 0.001 84 I 0.065 0.497 0.302 0.048 0.026 0.030 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 85 K 0.076 0.434 0.312 0.022 0.082 0.037 0.005 0.001 0.030 0.002 0.001 86 W 0.439 0.140 0.278 0.047 0.039 0.036 0.004 0.002 0.012 0.002 0.002 87 Q 0.447 0.118 0.105 0.185 0.052 0.028 0.037 0.010 0.013 0.005 0.001 88 D 0.234 0.162 0.134 0.205 0.047 0.054 0.113 0.015 0.031 0.003 0.001 89 L 0.162 0.403 0.292 0.058 0.035 0.015 0.013 0.002 0.018 0.001 0.001 90 E 0.107 0.442 0.269 0.054 0.047 0.045 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 91 V 0.067 0.337 0.348 0.138 0.044 0.025 0.016 0.001 0.023 0.001 0.001 92 G 0.015 0.015 0.036 0.011 0.186 0.006 0.078 0.465 0.003 0.185 0.001 93 Q 0.024 0.497 0.298 0.037 0.094 0.019 0.011 0.001 0.017 0.001 0.001 94 V 0.008 0.740 0.202 0.004 0.024 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 95 V 0.007 0.865 0.076 0.002 0.030 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 96 M 0.010 0.768 0.136 0.006 0.037 0.027 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 97 L 0.019 0.792 0.088 0.009 0.052 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 98 N 0.051 0.294 0.276 0.053 0.091 0.111 0.043 0.006 0.071 0.004 0.002 99 Y 0.081 0.508 0.166 0.112 0.062 0.028 0.012 0.005 0.024 0.003 0.001 100 N 0.010 0.194 0.368 0.041 0.057 0.085 0.024 0.001 0.215 0.003 0.001 101 P 0.828 0.008 0.113 0.022 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 102 D 0.424 0.034 0.035 0.453 0.008 0.017 0.015 0.005 0.007 0.001 0.001 103 N 0.030 0.105 0.134 0.017 0.025 0.020 0.015 0.001 0.650 0.001 0.001 104 P 0.595 0.002 0.355 0.013 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 105 K 0.751 0.029 0.093 0.100 0.007 0.005 0.004 0.006 0.003 0.002 0.001 106 E 0.498 0.077 0.098 0.237 0.017 0.026 0.026 0.005 0.014 0.002 0.001 107 R 0.126 0.091 0.152 0.463 0.026 0.012 0.113 0.002 0.014 0.002 0.001 108 G 0.023 0.016 0.043 0.014 0.144 0.005 0.067 0.449 0.003 0.235 0.001 109 F 0.051 0.491 0.298 0.032 0.069 0.032 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 110 W 0.145 0.411 0.267 0.034 0.063 0.060 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 111 Y 0.254 0.404 0.188 0.060 0.046 0.030 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 112 D 0.387 0.135 0.186 0.096 0.043 0.067 0.028 0.002 0.052 0.001 0.003 113 A 0.562 0.150 0.112 0.046 0.084 0.015 0.015 0.005 0.008 0.002 0.001 114 E 0.457 0.304 0.140 0.028 0.029 0.028 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 115 I 0.339 0.274 0.198 0.036 0.011 0.090 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 116 S 0.515 0.137 0.114 0.133 0.032 0.041 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 117 R 0.391 0.135 0.084 0.196 0.077 0.042 0.051 0.008 0.015 0.002 0.001 118 K 0.387 0.213 0.208 0.097 0.020 0.029 0.018 0.002 0.024 0.001 0.001 119 R 0.385 0.135 0.203 0.103 0.047 0.061 0.036 0.004 0.022 0.003 0.001 120 E 0.375 0.115 0.199 0.162 0.028 0.065 0.022 0.004 0.024 0.002 0.001 121 T 0.397 0.143 0.158 0.188 0.039 0.030 0.025 0.001 0.017 0.003 0.001 122 R 0.354 0.095 0.112 0.185 0.107 0.048 0.045 0.029 0.013 0.012 0.001 123 T 0.226 0.312 0.238 0.079 0.070 0.031 0.009 0.001 0.030 0.004 0.001 124 A 0.689 0.046 0.162 0.039 0.016 0.027 0.008 0.001 0.006 0.002 0.005 125 R 0.677 0.090 0.093 0.065 0.025 0.016 0.020 0.003 0.009 0.001 0.001 126 E 0.334 0.276 0.162 0.094 0.063 0.032 0.015 0.002 0.021 0.001 0.001 127 L 0.181 0.405 0.286 0.060 0.016 0.036 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 128 Y 0.099 0.669 0.098 0.040 0.042 0.028 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 129 A 0.013 0.700 0.021 0.010 0.248 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 130 N 0.036 0.612 0.201 0.013 0.064 0.050 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 131 V 0.026 0.746 0.149 0.006 0.023 0.022 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 132 V 0.060 0.512 0.273 0.021 0.031 0.059 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 133 L 0.069 0.391 0.269 0.083 0.079 0.064 0.009 0.001 0.033 0.001 0.001 134 G 0.105 0.039 0.122 0.031 0.212 0.021 0.054 0.141 0.011 0.263 0.001 135 D 0.364 0.075 0.156 0.255 0.046 0.034 0.037 0.007 0.017 0.006 0.001 136 D 0.192 0.088 0.121 0.357 0.037 0.038 0.115 0.022 0.020 0.009 0.001 137 S 0.305 0.200 0.139 0.187 0.059 0.038 0.038 0.013 0.014 0.007 0.001 138 L 0.427 0.150 0.213 0.140 0.026 0.019 0.007 0.002 0.013 0.002 0.002 139 N 0.298 0.087 0.111 0.252 0.067 0.026 0.104 0.022 0.015 0.016 0.001 140 D 0.122 0.093 0.111 0.306 0.036 0.031 0.241 0.028 0.026 0.005 0.001 141 C 0.099 0.416 0.263 0.097 0.068 0.013 0.023 0.006 0.012 0.002 0.001 142 R 0.057 0.626 0.190 0.030 0.047 0.030 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 143 I 0.018 0.644 0.284 0.009 0.013 0.016 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 144 I 0.047 0.686 0.125 0.010 0.088 0.028 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 145 F 0.089 0.402 0.239 0.022 0.067 0.127 0.008 0.001 0.043 0.001 0.001 146 V 0.412 0.278 0.193 0.032 0.024 0.029 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 147 D 0.534 0.077 0.158 0.074 0.065 0.033 0.033 0.008 0.013 0.003 0.002 148 E 0.431 0.229 0.124 0.082 0.061 0.035 0.023 0.005 0.010 0.001 0.001 149 V 0.345 0.330 0.205 0.047 0.015 0.032 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 150 F 0.166 0.421 0.141 0.084 0.108 0.034 0.020 0.001 0.024 0.001 0.001 151 K 0.067 0.608 0.151 0.052 0.053 0.031 0.012 0.001 0.025 0.001 0.001 152 I 0.035 0.679 0.198 0.019 0.018 0.030 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 153 E 0.062 0.521 0.248 0.033 0.046 0.057 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 154 R 0.015 0.220 0.437 0.003 0.056 0.031 0.004 0.001 0.231 0.002 0.001 155 P 0.206 0.006 0.709 0.015 0.002 0.021 0.003 0.001 0.003 0.001 0.032