# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.80399 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.124 0.143 0.106 0.041 0.191 0.035 0.032 0.100 0.082 0.101 0.045 2 T 0.044 0.227 0.141 0.021 0.109 0.032 0.066 0.174 0.116 0.051 0.019 3 E 0.123 0.061 0.048 0.019 0.102 0.021 0.074 0.139 0.078 0.213 0.122 4 L 0.056 0.472 0.136 0.021 0.167 0.016 0.022 0.030 0.027 0.032 0.022 5 G 0.083 0.160 0.063 0.085 0.162 0.067 0.081 0.070 0.051 0.095 0.084 6 L 0.358 0.073 0.010 0.006 0.448 0.003 0.006 0.022 0.016 0.021 0.037 7 Y 0.125 0.190 0.031 0.008 0.530 0.022 0.019 0.034 0.013 0.011 0.018 8 K 0.336 0.107 0.044 0.004 0.446 0.004 0.004 0.009 0.004 0.007 0.034 9 V 0.119 0.230 0.060 0.035 0.202 0.037 0.054 0.091 0.061 0.049 0.062 10 N 0.166 0.128 0.077 0.062 0.193 0.044 0.053 0.072 0.043 0.087 0.076 11 E 0.065 0.164 0.051 0.015 0.203 0.024 0.057 0.162 0.128 0.095 0.036 12 Y 0.276 0.084 0.011 0.004 0.483 0.006 0.014 0.047 0.017 0.023 0.034 13 V 0.145 0.262 0.030 0.006 0.478 0.010 0.010 0.015 0.005 0.011 0.029 14 D 0.237 0.174 0.060 0.013 0.351 0.011 0.013 0.021 0.006 0.018 0.096 15 A 0.137 0.103 0.040 0.019 0.147 0.016 0.021 0.231 0.149 0.071 0.065 16 R 0.029 0.129 0.056 0.041 0.071 0.075 0.117 0.289 0.099 0.073 0.020 17 D 0.128 0.094 0.050 0.022 0.247 0.020 0.022 0.128 0.070 0.167 0.052 18 T 0.064 0.110 0.055 0.017 0.092 0.028 0.047 0.311 0.174 0.071 0.030 19 N 0.096 0.055 0.066 0.036 0.091 0.057 0.074 0.187 0.078 0.188 0.072 20 M 0.049 0.403 0.123 0.046 0.138 0.026 0.050 0.069 0.040 0.043 0.014 21 G 0.080 0.056 0.050 0.110 0.057 0.049 0.028 0.134 0.076 0.210 0.150 22 A 0.079 0.275 0.070 0.013 0.301 0.012 0.028 0.126 0.041 0.034 0.021 23 W 0.321 0.096 0.011 0.005 0.335 0.012 0.017 0.107 0.033 0.019 0.043 24 F 0.171 0.118 0.027 0.010 0.378 0.021 0.021 0.167 0.039 0.018 0.030 25 E 0.232 0.071 0.010 0.007 0.314 0.015 0.039 0.213 0.042 0.018 0.039 26 A 0.235 0.162 0.033 0.005 0.404 0.006 0.009 0.073 0.016 0.014 0.042 27 Q 0.149 0.150 0.021 0.007 0.415 0.014 0.049 0.133 0.022 0.015 0.025 28 V 0.486 0.043 0.005 0.004 0.252 0.003 0.006 0.084 0.043 0.010 0.064 29 V 0.070 0.151 0.035 0.019 0.222 0.094 0.114 0.192 0.056 0.018 0.028 30 R 0.278 0.097 0.021 0.005 0.460 0.005 0.024 0.044 0.014 0.016 0.037 31 V 0.287 0.107 0.018 0.008 0.263 0.009 0.017 0.076 0.063 0.042 0.110 32 T 0.127 0.163 0.054 0.023 0.297 0.047 0.072 0.084 0.049 0.034 0.049 33 R 0.120 0.189 0.077 0.021 0.204 0.023 0.076 0.119 0.080 0.049 0.041 34 K 0.072 0.114 0.079 0.042 0.116 0.038 0.087 0.094 0.087 0.202 0.068 35 A 0.082 0.320 0.227 0.024 0.223 0.013 0.014 0.025 0.020 0.030 0.022 36 P 0.055 0.220 0.090 0.032 0.102 0.038 0.069 0.136 0.154 0.066 0.037 37 S 0.078 0.122 0.111 0.039 0.139 0.029 0.058 0.115 0.100 0.153 0.056 38 R 0.077 0.178 0.063 0.021 0.136 0.023 0.062 0.172 0.129 0.094 0.046 39 D 0.062 0.094 0.073 0.041 0.090 0.038 0.060 0.103 0.090 0.273 0.076 40 E 0.070 0.297 0.203 0.032 0.194 0.016 0.022 0.058 0.035 0.048 0.025 41 P 0.112 0.181 0.079 0.032 0.169 0.025 0.041 0.116 0.077 0.092 0.075 42 C 0.090 0.177 0.093 0.039 0.170 0.033 0.045 0.120 0.090 0.096 0.047 43 S 0.068 0.132 0.076 0.033 0.120 0.034 0.057 0.196 0.133 0.103 0.047 44 S 0.064 0.101 0.080 0.035 0.106 0.035 0.055 0.180 0.137 0.161 0.045 45 T 0.054 0.170 0.080 0.027 0.117 0.027 0.062 0.177 0.124 0.127 0.035 46 S 0.065 0.115 0.082 0.028 0.103 0.021 0.036 0.104 0.106 0.263 0.075 47 R 0.050 0.370 0.195 0.014 0.182 0.010 0.016 0.057 0.047 0.040 0.019 48 P 0.070 0.223 0.077 0.014 0.124 0.020 0.052 0.175 0.119 0.082 0.044 49 A 0.091 0.154 0.075 0.027 0.138 0.028 0.063 0.160 0.113 0.110 0.041 50 L 0.083 0.270 0.110 0.028 0.121 0.026 0.037 0.152 0.067 0.067 0.039 51 E 0.067 0.048 0.036 0.020 0.088 0.025 0.033 0.290 0.212 0.137 0.046 52 E 0.052 0.130 0.056 0.015 0.092 0.036 0.086 0.312 0.146 0.058 0.016 53 D 0.150 0.080 0.019 0.008 0.185 0.016 0.040 0.125 0.067 0.216 0.094 54 V 0.274 0.078 0.008 0.003 0.497 0.007 0.027 0.050 0.018 0.015 0.023 55 I 0.316 0.063 0.004 0.003 0.516 0.011 0.025 0.023 0.008 0.006 0.025 56 Y 0.184 0.090 0.009 0.003 0.672 0.008 0.012 0.004 0.002 0.004 0.012 57 H 0.333 0.030 0.002 0.001 0.593 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.032 58 V 0.282 0.117 0.015 0.002 0.538 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 59 K 0.269 0.144 0.015 0.005 0.481 0.007 0.010 0.003 0.002 0.005 0.060 60 Y 0.279 0.123 0.032 0.040 0.242 0.017 0.011 0.015 0.020 0.043 0.177 61 D 0.042 0.082 0.065 0.166 0.091 0.143 0.125 0.119 0.085 0.055 0.025 62 D 0.066 0.092 0.078 0.037 0.102 0.028 0.042 0.072 0.121 0.318 0.044 63 Y 0.141 0.291 0.109 0.010 0.346 0.009 0.008 0.029 0.020 0.019 0.019 64 P 0.073 0.148 0.120 0.019 0.098 0.036 0.068 0.194 0.154 0.053 0.037 65 E 0.060 0.053 0.050 0.035 0.061 0.054 0.307 0.157 0.113 0.073 0.036 66 N 0.069 0.255 0.135 0.125 0.103 0.059 0.043 0.025 0.028 0.107 0.051 67 G 0.065 0.098 0.064 0.130 0.094 0.053 0.060 0.050 0.047 0.237 0.102 68 V 0.269 0.105 0.009 0.003 0.552 0.002 0.006 0.013 0.011 0.010 0.020 69 V 0.144 0.120 0.010 0.002 0.667 0.010 0.010 0.012 0.007 0.004 0.014 70 Q 0.369 0.062 0.006 0.002 0.489 0.003 0.007 0.006 0.003 0.006 0.046 71 M 0.210 0.226 0.048 0.014 0.392 0.011 0.009 0.006 0.004 0.021 0.060 72 N 0.157 0.306 0.133 0.033 0.236 0.016 0.013 0.010 0.004 0.027 0.065 73 S 0.111 0.109 0.037 0.023 0.173 0.015 0.018 0.119 0.260 0.070 0.064 74 R 0.015 0.056 0.035 0.037 0.031 0.107 0.163 0.232 0.235 0.079 0.010 75 D 0.064 0.067 0.026 0.013 0.112 0.008 0.033 0.161 0.104 0.352 0.060 76 V 0.154 0.144 0.043 0.009 0.238 0.008 0.016 0.083 0.100 0.143 0.062 77 R 0.077 0.330 0.227 0.013 0.189 0.016 0.013 0.082 0.026 0.013 0.016 78 A 0.084 0.180 0.042 0.010 0.143 0.020 0.046 0.268 0.159 0.030 0.018 79 R 0.055 0.047 0.019 0.012 0.082 0.031 0.114 0.388 0.142 0.090 0.021 80 A 0.139 0.063 0.015 0.007 0.185 0.009 0.024 0.298 0.112 0.091 0.056 81 R 0.128 0.154 0.026 0.008 0.257 0.021 0.038 0.211 0.083 0.038 0.035 82 T 0.138 0.148 0.029 0.007 0.411 0.017 0.056 0.109 0.033 0.028 0.023 83 I 0.339 0.079 0.010 0.006 0.350 0.007 0.019 0.059 0.022 0.025 0.084 84 I 0.140 0.268 0.061 0.013 0.383 0.020 0.018 0.027 0.013 0.021 0.036 85 K 0.176 0.278 0.078 0.013 0.319 0.011 0.017 0.025 0.008 0.020 0.054 86 W 0.189 0.115 0.030 0.023 0.170 0.016 0.020 0.120 0.142 0.070 0.106 87 Q 0.027 0.115 0.070 0.049 0.080 0.126 0.141 0.204 0.124 0.046 0.017 88 D 0.154 0.066 0.017 0.009 0.201 0.008 0.021 0.102 0.076 0.286 0.060 89 L 0.215 0.165 0.043 0.010 0.312 0.015 0.015 0.076 0.068 0.046 0.034 90 E 0.133 0.136 0.248 0.027 0.228 0.058 0.042 0.064 0.020 0.021 0.023 91 V 0.060 0.198 0.043 0.027 0.080 0.031 0.174 0.193 0.154 0.024 0.015 92 G 0.042 0.031 0.035 0.070 0.038 0.047 0.035 0.071 0.050 0.452 0.128 93 Q 0.084 0.346 0.035 0.007 0.392 0.009 0.046 0.026 0.014 0.026 0.017 94 V 0.357 0.033 0.002 0.001 0.574 0.002 0.004 0.004 0.002 0.002 0.019 95 V 0.155 0.142 0.011 0.004 0.637 0.008 0.011 0.007 0.003 0.003 0.019 96 M 0.355 0.031 0.002 0.001 0.592 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 97 L 0.218 0.125 0.017 0.010 0.458 0.013 0.009 0.012 0.008 0.019 0.111 98 N 0.325 0.089 0.023 0.013 0.275 0.012 0.029 0.020 0.012 0.062 0.140 99 Y 0.060 0.271 0.175 0.040 0.182 0.035 0.038 0.025 0.033 0.113 0.029 100 N 0.101 0.321 0.133 0.004 0.415 0.001 0.001 0.006 0.004 0.005 0.010 101 P 0.014 0.023 0.005 0.002 0.022 0.008 0.032 0.482 0.390 0.015 0.007 102 D 0.011 0.028 0.021 0.012 0.023 0.020 0.102 0.502 0.188 0.084 0.010 103 N 0.059 0.113 0.050 0.009 0.089 0.006 0.016 0.386 0.105 0.127 0.041 104 P 0.044 0.041 0.012 0.006 0.062 0.013 0.029 0.538 0.161 0.070 0.023 105 K 0.021 0.097 0.046 0.009 0.041 0.022 0.064 0.494 0.159 0.037 0.008 106 E 0.058 0.029 0.031 0.016 0.063 0.030 0.097 0.321 0.097 0.192 0.065 107 R 0.031 0.429 0.158 0.047 0.101 0.028 0.071 0.062 0.028 0.033 0.013 108 G 0.059 0.045 0.044 0.091 0.043 0.038 0.024 0.061 0.042 0.330 0.224 109 F 0.071 0.320 0.094 0.019 0.270 0.011 0.021 0.072 0.037 0.053 0.032 110 W 0.293 0.121 0.018 0.005 0.427 0.009 0.011 0.046 0.018 0.018 0.034 111 Y 0.115 0.256 0.075 0.020 0.289 0.041 0.022 0.079 0.027 0.032 0.042 112 D 0.271 0.122 0.038 0.006 0.385 0.005 0.007 0.081 0.026 0.017 0.042 113 A 0.048 0.089 0.026 0.005 0.102 0.013 0.017 0.443 0.217 0.028 0.012 114 E 0.074 0.081 0.014 0.004 0.211 0.006 0.034 0.470 0.070 0.022 0.013 115 I 0.134 0.047 0.007 0.004 0.122 0.006 0.019 0.481 0.102 0.034 0.043 116 S 0.033 0.070 0.031 0.012 0.074 0.025 0.047 0.558 0.101 0.032 0.017 117 R 0.055 0.102 0.035 0.006 0.111 0.009 0.035 0.487 0.103 0.039 0.017 118 K 0.045 0.106 0.033 0.010 0.090 0.019 0.065 0.413 0.136 0.058 0.026 119 R 0.064 0.109 0.059 0.017 0.104 0.021 0.058 0.326 0.118 0.081 0.042 120 E 0.063 0.090 0.035 0.012 0.096 0.016 0.051 0.346 0.127 0.118 0.046 121 T 0.099 0.159 0.043 0.013 0.156 0.016 0.035 0.278 0.095 0.066 0.040 122 R 0.074 0.097 0.059 0.023 0.114 0.043 0.056 0.256 0.128 0.109 0.042 123 T 0.099 0.189 0.082 0.016 0.188 0.017 0.046 0.216 0.063 0.056 0.028 124 A 0.164 0.062 0.016 0.011 0.136 0.019 0.031 0.268 0.150 0.077 0.064 125 R 0.045 0.096 0.039 0.017 0.106 0.049 0.098 0.359 0.111 0.059 0.021 126 E 0.254 0.089 0.011 0.004 0.379 0.006 0.025 0.118 0.038 0.043 0.032 127 L 0.258 0.080 0.009 0.004 0.503 0.009 0.012 0.067 0.018 0.013 0.028 128 Y 0.310 0.063 0.008 0.007 0.349 0.021 0.052 0.096 0.024 0.018 0.052 129 A 0.257 0.117 0.021 0.005 0.488 0.007 0.009 0.037 0.014 0.011 0.033 130 N 0.184 0.108 0.010 0.005 0.568 0.008 0.033 0.033 0.012 0.014 0.026 131 V 0.346 0.081 0.012 0.003 0.458 0.003 0.006 0.016 0.011 0.010 0.055 132 V 0.228 0.112 0.038 0.021 0.290 0.045 0.101 0.042 0.013 0.029 0.080 133 L 0.096 0.231 0.117 0.123 0.142 0.055 0.086 0.029 0.019 0.051 0.050 134 G 0.031 0.094 0.162 0.429 0.040 0.067 0.020 0.019 0.019 0.084 0.036 135 D 0.042 0.089 0.067 0.083 0.096 0.039 0.044 0.116 0.182 0.190 0.053 136 D 0.056 0.101 0.097 0.024 0.082 0.042 0.068 0.159 0.167 0.167 0.037 137 S 0.125 0.125 0.060 0.016 0.116 0.018 0.056 0.141 0.073 0.200 0.069 138 L 0.138 0.152 0.073 0.079 0.170 0.043 0.035 0.064 0.079 0.097 0.070 139 N 0.020 0.045 0.069 0.284 0.027 0.210 0.110 0.103 0.075 0.041 0.015 140 D 0.098 0.037 0.022 0.044 0.068 0.014 0.032 0.065 0.057 0.418 0.144 141 C 0.158 0.247 0.046 0.006 0.436 0.007 0.009 0.026 0.015 0.024 0.026 142 R 0.177 0.140 0.012 0.004 0.562 0.012 0.024 0.031 0.010 0.010 0.018 143 I 0.473 0.059 0.005 0.002 0.380 0.003 0.003 0.009 0.005 0.005 0.056 144 I 0.163 0.177 0.054 0.016 0.392 0.058 0.042 0.034 0.009 0.015 0.038 145 F 0.383 0.112 0.029 0.008 0.355 0.004 0.006 0.021 0.006 0.019 0.058 146 V 0.163 0.076 0.014 0.026 0.221 0.029 0.020 0.184 0.148 0.055 0.064 147 D 0.060 0.052 0.031 0.052 0.074 0.127 0.155 0.248 0.121 0.059 0.021 148 E 0.097 0.100 0.038 0.020 0.274 0.019 0.064 0.161 0.072 0.127 0.027 149 V 0.499 0.038 0.004 0.003 0.303 0.004 0.008 0.043 0.024 0.015 0.059 150 F 0.114 0.218 0.042 0.009 0.424 0.034 0.045 0.052 0.025 0.015 0.023 151 K 0.276 0.087 0.009 0.002 0.565 0.003 0.008 0.009 0.005 0.007 0.028 152 I 0.302 0.110 0.016 0.009 0.330 0.010 0.014 0.027 0.018 0.032 0.132 153 E 0.155 0.155 0.067 0.034 0.318 0.051 0.079 0.028 0.013 0.044 0.055 154 R 0.127 0.286 0.178 0.048 0.217 0.020 0.017 0.023 0.019 0.030 0.036 155 P 0.135 0.231 0.114 0.057 0.229 0.033 0.025 0.044 0.035 0.045 0.051