# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.80399 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.734 0.206 0.039 0.015 0.005 0.001 0.001 2 T 0.717 0.217 0.047 0.015 0.004 0.001 0.001 3 E 0.608 0.267 0.094 0.027 0.004 0.001 0.001 4 L 0.302 0.277 0.278 0.119 0.021 0.003 0.001 5 G 0.285 0.374 0.209 0.104 0.023 0.004 0.001 6 L 0.048 0.095 0.173 0.285 0.249 0.141 0.009 7 Y 0.054 0.077 0.138 0.259 0.287 0.168 0.017 8 K 0.099 0.253 0.306 0.213 0.091 0.033 0.004 9 V 0.047 0.096 0.134 0.223 0.291 0.177 0.032 10 N 0.097 0.219 0.247 0.228 0.139 0.060 0.010 11 E 0.092 0.197 0.192 0.219 0.181 0.101 0.018 12 Y 0.048 0.101 0.178 0.256 0.235 0.148 0.034 13 V 0.052 0.060 0.084 0.156 0.270 0.305 0.072 14 D 0.103 0.204 0.221 0.213 0.139 0.093 0.028 15 A 0.065 0.063 0.089 0.158 0.242 0.286 0.096 16 R 0.152 0.215 0.233 0.209 0.121 0.058 0.012 17 D 0.211 0.225 0.188 0.170 0.117 0.072 0.017 18 T 0.154 0.148 0.171 0.210 0.179 0.108 0.030 19 N 0.240 0.258 0.191 0.138 0.093 0.062 0.018 20 M 0.050 0.078 0.126 0.190 0.227 0.242 0.086 21 G 0.060 0.086 0.119 0.164 0.226 0.227 0.117 22 A 0.007 0.011 0.017 0.037 0.110 0.410 0.408 23 W 0.010 0.020 0.048 0.098 0.165 0.301 0.360 24 F 0.003 0.005 0.009 0.022 0.081 0.350 0.531 25 E 0.007 0.025 0.055 0.117 0.200 0.316 0.280 26 A 0.004 0.013 0.028 0.077 0.198 0.423 0.256 27 Q 0.015 0.076 0.151 0.222 0.273 0.199 0.062 28 V 0.010 0.033 0.058 0.137 0.281 0.384 0.097 29 V 0.023 0.087 0.181 0.247 0.307 0.139 0.015 30 R 0.068 0.258 0.299 0.236 0.100 0.036 0.003 31 V 0.024 0.042 0.098 0.240 0.409 0.179 0.010 32 T 0.091 0.191 0.267 0.266 0.147 0.037 0.001 33 R 0.282 0.310 0.248 0.118 0.036 0.006 0.001 34 K 0.467 0.320 0.140 0.061 0.011 0.002 0.001 35 A 0.516 0.244 0.139 0.075 0.023 0.003 0.001 36 P 0.618 0.231 0.098 0.042 0.010 0.002 0.001 37 S 0.677 0.233 0.063 0.021 0.005 0.001 0.001 38 R 0.429 0.263 0.180 0.097 0.026 0.004 0.001 39 D 0.496 0.280 0.134 0.064 0.022 0.004 0.001 40 E 0.350 0.291 0.186 0.114 0.046 0.012 0.001 41 P 0.251 0.220 0.201 0.181 0.109 0.035 0.002 42 C 0.232 0.224 0.246 0.181 0.087 0.028 0.002 43 S 0.380 0.264 0.192 0.112 0.039 0.012 0.001 44 S 0.422 0.217 0.174 0.117 0.052 0.016 0.001 45 T 0.565 0.226 0.111 0.064 0.025 0.008 0.001 46 S 0.616 0.223 0.088 0.047 0.019 0.007 0.001 47 R 0.453 0.239 0.159 0.098 0.037 0.012 0.001 48 P 0.428 0.275 0.161 0.088 0.036 0.012 0.001 49 A 0.249 0.222 0.230 0.182 0.085 0.029 0.002 50 L 0.289 0.232 0.216 0.154 0.077 0.030 0.002 51 E 0.365 0.260 0.179 0.119 0.053 0.021 0.002 52 E 0.458 0.280 0.138 0.076 0.035 0.012 0.001 53 D 0.208 0.340 0.242 0.130 0.056 0.021 0.003 54 V 0.014 0.039 0.088 0.233 0.360 0.238 0.029 55 I 0.015 0.092 0.220 0.316 0.213 0.131 0.013 56 Y 0.008 0.031 0.057 0.144 0.326 0.393 0.042 57 H 0.018 0.105 0.256 0.344 0.198 0.074 0.006 58 V 0.009 0.023 0.056 0.167 0.320 0.384 0.042 59 K 0.083 0.326 0.294 0.180 0.094 0.021 0.001 60 Y 0.036 0.083 0.178 0.350 0.266 0.084 0.003 61 D 0.366 0.441 0.129 0.042 0.019 0.003 0.001 62 D 0.422 0.369 0.141 0.056 0.010 0.002 0.001 63 Y 0.173 0.146 0.285 0.254 0.125 0.016 0.001 64 P 0.577 0.304 0.082 0.028 0.008 0.002 0.001 65 E 0.531 0.272 0.114 0.059 0.019 0.004 0.001 66 N 0.563 0.301 0.095 0.032 0.008 0.002 0.001 67 G 0.184 0.244 0.231 0.202 0.106 0.030 0.003 68 V 0.110 0.138 0.200 0.232 0.214 0.095 0.011 69 V 0.073 0.144 0.221 0.261 0.207 0.089 0.007 70 Q 0.152 0.327 0.278 0.156 0.065 0.020 0.002 71 M 0.047 0.062 0.130 0.295 0.294 0.156 0.017 72 N 0.246 0.344 0.198 0.121 0.069 0.021 0.002 73 S 0.200 0.242 0.222 0.208 0.088 0.036 0.004 74 R 0.422 0.315 0.154 0.073 0.028 0.007 0.001 75 D 0.187 0.309 0.250 0.170 0.059 0.021 0.003 76 V 0.046 0.039 0.072 0.161 0.344 0.275 0.064 77 R 0.057 0.147 0.204 0.232 0.200 0.139 0.020 78 A 0.086 0.132 0.148 0.182 0.221 0.185 0.046 79 R 0.038 0.072 0.146 0.200 0.253 0.204 0.085 80 A 0.017 0.035 0.045 0.074 0.196 0.400 0.233 81 R 0.058 0.130 0.266 0.261 0.167 0.087 0.031 82 T 0.067 0.197 0.251 0.266 0.140 0.069 0.009 83 I 0.034 0.083 0.152 0.268 0.279 0.169 0.015 84 I 0.038 0.047 0.094 0.241 0.335 0.221 0.024 85 K 0.143 0.417 0.248 0.126 0.049 0.015 0.001 86 W 0.072 0.129 0.240 0.327 0.174 0.053 0.003 87 Q 0.321 0.372 0.185 0.091 0.026 0.005 0.001 88 D 0.280 0.356 0.200 0.113 0.039 0.012 0.001 89 L 0.099 0.068 0.144 0.299 0.294 0.088 0.009 90 E 0.365 0.412 0.148 0.052 0.018 0.005 0.001 91 V 0.226 0.253 0.192 0.184 0.098 0.041 0.006 92 G 0.176 0.227 0.210 0.195 0.132 0.053 0.008 93 Q 0.132 0.202 0.207 0.208 0.158 0.078 0.016 94 V 0.054 0.083 0.132 0.187 0.263 0.207 0.074 95 V 0.034 0.042 0.060 0.118 0.204 0.343 0.199 96 M 0.020 0.022 0.034 0.071 0.124 0.352 0.378 97 L 0.023 0.036 0.053 0.090 0.181 0.343 0.274 98 N 0.036 0.071 0.099 0.139 0.235 0.271 0.149 99 Y 0.046 0.076 0.103 0.170 0.237 0.274 0.093 100 N 0.137 0.199 0.202 0.194 0.163 0.089 0.016 101 P 0.252 0.201 0.182 0.182 0.122 0.054 0.007 102 D 0.503 0.309 0.110 0.050 0.022 0.006 0.001 103 N 0.447 0.268 0.153 0.092 0.029 0.010 0.001 104 P 0.407 0.185 0.180 0.137 0.071 0.018 0.002 105 K 0.621 0.259 0.077 0.030 0.010 0.003 0.001 106 E 0.471 0.277 0.126 0.078 0.036 0.011 0.001 107 R 0.138 0.221 0.253 0.228 0.104 0.049 0.006 108 G 0.081 0.109 0.143 0.203 0.247 0.182 0.035 109 F 0.027 0.058 0.106 0.182 0.240 0.288 0.099 110 W 0.021 0.036 0.080 0.150 0.234 0.305 0.174 111 Y 0.008 0.024 0.047 0.091 0.221 0.397 0.212 112 D 0.019 0.060 0.111 0.193 0.253 0.246 0.119 113 A 0.008 0.019 0.041 0.105 0.225 0.440 0.162 114 E 0.038 0.162 0.218 0.268 0.207 0.095 0.013 115 I 0.013 0.034 0.076 0.175 0.365 0.311 0.026 116 S 0.100 0.268 0.287 0.207 0.113 0.024 0.001 117 R 0.321 0.353 0.195 0.096 0.029 0.006 0.001 118 K 0.245 0.223 0.264 0.193 0.065 0.010 0.001 119 R 0.539 0.255 0.133 0.057 0.015 0.002 0.001 120 E 0.713 0.230 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001 121 T 0.693 0.228 0.055 0.019 0.005 0.001 0.001 122 R 0.425 0.250 0.190 0.099 0.031 0.005 0.001 123 T 0.527 0.319 0.107 0.035 0.010 0.002 0.001 124 A 0.179 0.224 0.273 0.211 0.087 0.024 0.002 125 R 0.157 0.244 0.255 0.201 0.106 0.035 0.003 126 E 0.077 0.181 0.237 0.244 0.165 0.084 0.012 127 L 0.023 0.031 0.057 0.144 0.292 0.344 0.108 128 Y 0.020 0.079 0.177 0.276 0.218 0.182 0.048 129 A 0.017 0.043 0.072 0.136 0.266 0.349 0.116 130 N 0.019 0.081 0.178 0.280 0.246 0.156 0.040 131 V 0.006 0.013 0.020 0.055 0.186 0.548 0.171 132 V 0.018 0.065 0.154 0.284 0.258 0.184 0.037 133 L 0.036 0.076 0.160 0.274 0.256 0.174 0.024 134 G 0.133 0.238 0.228 0.207 0.146 0.045 0.002 135 D 0.541 0.321 0.088 0.036 0.011 0.002 0.001 136 D 0.660 0.268 0.048 0.017 0.005 0.001 0.001 137 S 0.408 0.324 0.170 0.075 0.018 0.004 0.001 138 L 0.127 0.103 0.239 0.313 0.174 0.041 0.003 139 N 0.525 0.368 0.077 0.021 0.007 0.002 0.001 140 D 0.332 0.338 0.179 0.104 0.035 0.011 0.001 141 C 0.091 0.099 0.160 0.261 0.263 0.114 0.012 142 R 0.126 0.286 0.262 0.190 0.093 0.039 0.004 143 I 0.072 0.086 0.160 0.242 0.247 0.163 0.029 144 I 0.097 0.182 0.226 0.235 0.172 0.076 0.011 145 F 0.060 0.084 0.135 0.212 0.241 0.217 0.052 146 V 0.097 0.141 0.185 0.236 0.195 0.121 0.025 147 D 0.400 0.349 0.139 0.066 0.032 0.012 0.002 148 E 0.117 0.194 0.200 0.241 0.152 0.079 0.016 149 V 0.065 0.083 0.124 0.206 0.271 0.212 0.039 150 F 0.060 0.091 0.167 0.284 0.252 0.133 0.014 151 K 0.310 0.397 0.175 0.068 0.036 0.012 0.001 152 I 0.082 0.091 0.158 0.315 0.230 0.114 0.011 153 E 0.336 0.261 0.181 0.123 0.074 0.023 0.002 154 R 0.593 0.247 0.098 0.045 0.012 0.003 0.001 155 P 0.779 0.157 0.041 0.016 0.005 0.001 0.001