# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.80399 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.552 0.213 0.130 0.053 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 T 0.395 0.175 0.136 0.109 0.084 0.051 0.024 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 3 E 0.329 0.207 0.140 0.112 0.105 0.049 0.027 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 4 L 0.094 0.064 0.076 0.135 0.163 0.157 0.118 0.083 0.046 0.036 0.016 0.006 0.003 0.001 5 G 0.157 0.113 0.114 0.138 0.139 0.113 0.091 0.056 0.036 0.017 0.015 0.007 0.002 0.002 6 L 0.035 0.024 0.038 0.066 0.113 0.137 0.124 0.131 0.112 0.096 0.062 0.037 0.018 0.007 7 Y 0.058 0.039 0.048 0.093 0.105 0.135 0.139 0.111 0.096 0.072 0.048 0.035 0.016 0.006 8 K 0.066 0.064 0.088 0.129 0.139 0.123 0.115 0.093 0.077 0.045 0.034 0.017 0.006 0.004 9 V 0.039 0.026 0.039 0.067 0.100 0.151 0.137 0.128 0.117 0.091 0.060 0.029 0.012 0.004 10 N 0.097 0.108 0.128 0.146 0.145 0.123 0.093 0.066 0.045 0.024 0.014 0.007 0.003 0.002 11 E 0.113 0.106 0.124 0.147 0.166 0.100 0.083 0.058 0.044 0.032 0.016 0.007 0.002 0.002 12 Y 0.045 0.058 0.076 0.115 0.162 0.153 0.134 0.105 0.071 0.041 0.024 0.009 0.004 0.002 13 V 0.059 0.040 0.060 0.091 0.104 0.144 0.151 0.118 0.091 0.060 0.043 0.020 0.013 0.007 14 D 0.047 0.046 0.073 0.123 0.179 0.142 0.129 0.111 0.071 0.040 0.018 0.012 0.005 0.004 15 A 0.061 0.021 0.026 0.038 0.064 0.099 0.092 0.143 0.131 0.127 0.092 0.061 0.039 0.006 16 R 0.108 0.101 0.114 0.199 0.155 0.119 0.089 0.043 0.031 0.018 0.012 0.007 0.003 0.002 17 D 0.180 0.111 0.109 0.134 0.135 0.101 0.073 0.045 0.051 0.026 0.020 0.010 0.003 0.002 18 T 0.098 0.082 0.101 0.137 0.139 0.138 0.110 0.089 0.052 0.028 0.016 0.006 0.004 0.001 19 N 0.195 0.167 0.122 0.109 0.101 0.093 0.080 0.061 0.035 0.017 0.013 0.004 0.002 0.001 20 M 0.060 0.045 0.075 0.104 0.163 0.165 0.131 0.079 0.068 0.053 0.031 0.015 0.007 0.004 21 G 0.073 0.055 0.068 0.106 0.138 0.137 0.132 0.095 0.082 0.046 0.033 0.019 0.009 0.006 22 A 0.048 0.027 0.034 0.051 0.070 0.094 0.114 0.121 0.135 0.125 0.087 0.053 0.030 0.013 23 W 0.034 0.032 0.036 0.066 0.085 0.106 0.126 0.165 0.126 0.088 0.070 0.038 0.020 0.010 24 F 0.026 0.017 0.026 0.045 0.058 0.093 0.108 0.097 0.132 0.133 0.121 0.085 0.037 0.022 25 E 0.021 0.024 0.037 0.070 0.112 0.117 0.150 0.147 0.130 0.093 0.048 0.030 0.011 0.009 26 A 0.026 0.022 0.030 0.045 0.062 0.094 0.112 0.156 0.143 0.119 0.096 0.050 0.032 0.012 27 Q 0.027 0.038 0.059 0.117 0.143 0.145 0.151 0.125 0.084 0.054 0.027 0.016 0.007 0.007 28 V 0.011 0.010 0.017 0.030 0.062 0.092 0.145 0.174 0.170 0.136 0.077 0.049 0.021 0.007 29 V 0.034 0.039 0.066 0.105 0.127 0.165 0.158 0.138 0.075 0.047 0.026 0.011 0.007 0.003 30 R 0.095 0.099 0.119 0.152 0.190 0.115 0.085 0.054 0.038 0.026 0.015 0.007 0.003 0.002 31 V 0.034 0.024 0.039 0.086 0.137 0.170 0.163 0.148 0.092 0.065 0.024 0.011 0.005 0.002 32 T 0.057 0.065 0.095 0.176 0.190 0.156 0.123 0.065 0.045 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 33 R 0.255 0.161 0.149 0.159 0.112 0.069 0.043 0.026 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 34 K 0.397 0.207 0.145 0.106 0.074 0.037 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.392 0.185 0.145 0.118 0.083 0.039 0.019 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 P 0.464 0.187 0.140 0.098 0.062 0.027 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 S 0.632 0.169 0.097 0.050 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 R 0.403 0.172 0.124 0.121 0.094 0.044 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.449 0.213 0.125 0.092 0.062 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 E 0.385 0.191 0.159 0.107 0.075 0.043 0.021 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 41 P 0.230 0.114 0.121 0.137 0.146 0.113 0.068 0.036 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 42 C 0.177 0.126 0.115 0.162 0.157 0.111 0.067 0.043 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 43 S 0.341 0.188 0.139 0.123 0.083 0.057 0.033 0.017 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 44 S 0.394 0.164 0.146 0.107 0.082 0.051 0.026 0.012 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 45 T 0.401 0.168 0.139 0.112 0.078 0.047 0.026 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 46 S 0.450 0.196 0.131 0.090 0.061 0.036 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 R 0.399 0.188 0.155 0.112 0.080 0.034 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 P 0.461 0.201 0.148 0.086 0.053 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.311 0.166 0.157 0.127 0.117 0.060 0.031 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.204 0.166 0.146 0.180 0.140 0.080 0.042 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 51 E 0.302 0.212 0.147 0.129 0.106 0.053 0.024 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 52 E 0.181 0.172 0.154 0.177 0.136 0.086 0.044 0.021 0.013 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 53 D 0.085 0.089 0.106 0.153 0.175 0.143 0.100 0.055 0.050 0.023 0.013 0.005 0.001 0.001 54 V 0.006 0.007 0.015 0.041 0.077 0.127 0.128 0.186 0.144 0.126 0.090 0.031 0.018 0.006 55 I 0.012 0.018 0.027 0.060 0.090 0.102 0.128 0.143 0.145 0.099 0.076 0.066 0.022 0.013 56 Y 0.006 0.004 0.006 0.015 0.019 0.038 0.060 0.137 0.165 0.231 0.165 0.090 0.047 0.017 57 H 0.006 0.010 0.019 0.037 0.076 0.081 0.120 0.185 0.168 0.121 0.079 0.052 0.023 0.021 58 V 0.011 0.006 0.009 0.014 0.025 0.056 0.063 0.116 0.121 0.194 0.185 0.106 0.072 0.022 59 K 0.038 0.065 0.109 0.183 0.196 0.110 0.113 0.060 0.064 0.029 0.015 0.011 0.003 0.004 60 Y 0.018 0.018 0.025 0.067 0.097 0.165 0.135 0.145 0.154 0.108 0.053 0.011 0.004 0.002 61 D 0.145 0.228 0.188 0.186 0.128 0.063 0.029 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 62 D 0.467 0.268 0.127 0.070 0.036 0.015 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 Y 0.180 0.158 0.173 0.182 0.161 0.082 0.035 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 P 0.478 0.233 0.130 0.078 0.039 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.537 0.232 0.127 0.050 0.031 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 N 0.374 0.205 0.151 0.107 0.080 0.040 0.022 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 67 G 0.199 0.138 0.135 0.131 0.148 0.103 0.065 0.041 0.021 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 68 V 0.046 0.048 0.058 0.106 0.182 0.161 0.137 0.114 0.068 0.043 0.020 0.010 0.004 0.002 69 V 0.095 0.054 0.063 0.114 0.119 0.149 0.131 0.094 0.064 0.051 0.036 0.018 0.008 0.003 70 Q 0.147 0.107 0.142 0.139 0.150 0.102 0.084 0.044 0.039 0.019 0.014 0.009 0.003 0.002 71 M 0.055 0.022 0.037 0.061 0.103 0.143 0.123 0.136 0.111 0.104 0.052 0.032 0.018 0.004 72 N 0.137 0.121 0.146 0.192 0.153 0.096 0.070 0.035 0.024 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 73 S 0.151 0.089 0.095 0.136 0.153 0.128 0.086 0.057 0.047 0.035 0.015 0.006 0.002 0.001 74 R 0.264 0.158 0.122 0.133 0.118 0.085 0.052 0.031 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 75 D 0.153 0.140 0.131 0.160 0.152 0.101 0.067 0.049 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 76 V 0.033 0.020 0.033 0.065 0.123 0.182 0.160 0.160 0.120 0.065 0.023 0.010 0.005 0.002 77 R 0.056 0.064 0.105 0.164 0.206 0.152 0.112 0.063 0.040 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 78 A 0.200 0.095 0.088 0.109 0.107 0.108 0.086 0.068 0.056 0.045 0.023 0.009 0.004 0.002 79 R 0.058 0.064 0.087 0.147 0.185 0.155 0.142 0.097 0.035 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 80 A 0.021 0.014 0.029 0.050 0.085 0.139 0.214 0.184 0.130 0.077 0.036 0.014 0.006 0.002 81 R 0.062 0.100 0.140 0.181 0.197 0.145 0.084 0.046 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 82 T 0.169 0.149 0.142 0.162 0.155 0.093 0.049 0.033 0.021 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 83 I 0.032 0.033 0.052 0.151 0.205 0.167 0.159 0.109 0.058 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 84 I 0.034 0.033 0.069 0.112 0.160 0.210 0.162 0.110 0.061 0.028 0.013 0.005 0.003 0.001 85 K 0.269 0.197 0.165 0.159 0.107 0.047 0.029 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 W 0.115 0.091 0.113 0.175 0.168 0.141 0.088 0.046 0.032 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 87 Q 0.379 0.188 0.141 0.106 0.084 0.052 0.026 0.011 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 88 D 0.274 0.194 0.172 0.145 0.124 0.047 0.021 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.098 0.052 0.078 0.155 0.192 0.178 0.112 0.064 0.035 0.024 0.007 0.003 0.002 0.001 90 E 0.249 0.200 0.186 0.145 0.098 0.056 0.034 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 91 V 0.051 0.044 0.063 0.133 0.193 0.175 0.115 0.094 0.059 0.047 0.016 0.007 0.003 0.001 92 G 0.058 0.083 0.090 0.159 0.175 0.146 0.113 0.071 0.049 0.028 0.017 0.008 0.003 0.002 93 Q 0.031 0.046 0.071 0.107 0.127 0.126 0.136 0.094 0.093 0.077 0.052 0.021 0.011 0.008 94 V 0.006 0.007 0.014 0.027 0.051 0.091 0.127 0.132 0.165 0.138 0.131 0.060 0.030 0.021 95 V 0.003 0.002 0.004 0.009 0.017 0.034 0.046 0.072 0.109 0.153 0.240 0.149 0.098 0.065 96 M 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.013 0.031 0.068 0.118 0.150 0.201 0.239 0.106 0.058 97 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.016 0.037 0.149 0.158 0.179 0.218 0.124 0.078 0.024 98 N 0.003 0.006 0.009 0.016 0.030 0.052 0.085 0.178 0.166 0.143 0.160 0.085 0.038 0.028 99 Y 0.010 0.015 0.022 0.039 0.064 0.093 0.099 0.158 0.137 0.155 0.120 0.055 0.020 0.011 100 N 0.043 0.078 0.103 0.137 0.171 0.151 0.100 0.065 0.084 0.035 0.017 0.009 0.002 0.003 101 P 0.089 0.087 0.089 0.155 0.168 0.140 0.085 0.062 0.076 0.033 0.013 0.003 0.001 0.001 102 D 0.339 0.315 0.183 0.096 0.035 0.014 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 N 0.517 0.247 0.148 0.042 0.022 0.013 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 P 0.315 0.175 0.174 0.134 0.119 0.044 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.616 0.241 0.081 0.032 0.014 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.381 0.244 0.137 0.084 0.080 0.036 0.017 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 107 R 0.076 0.075 0.107 0.151 0.173 0.142 0.118 0.077 0.034 0.020 0.016 0.006 0.002 0.001 108 G 0.070 0.052 0.064 0.086 0.119 0.157 0.143 0.115 0.088 0.048 0.029 0.019 0.006 0.003 109 F 0.017 0.015 0.023 0.048 0.079 0.096 0.107 0.161 0.146 0.139 0.088 0.052 0.021 0.008 110 W 0.018 0.022 0.026 0.046 0.068 0.086 0.105 0.149 0.152 0.114 0.093 0.070 0.033 0.015 111 Y 0.015 0.010 0.019 0.034 0.045 0.075 0.101 0.089 0.137 0.163 0.145 0.097 0.038 0.033 112 D 0.015 0.017 0.032 0.053 0.109 0.114 0.129 0.129 0.144 0.098 0.078 0.041 0.020 0.021 113 A 0.037 0.014 0.017 0.026 0.036 0.070 0.078 0.083 0.094 0.140 0.162 0.114 0.097 0.031 114 E 0.066 0.082 0.101 0.190 0.178 0.099 0.129 0.067 0.044 0.021 0.013 0.006 0.002 0.002 115 I 0.020 0.015 0.026 0.057 0.091 0.164 0.159 0.140 0.123 0.102 0.069 0.022 0.009 0.003 116 S 0.134 0.117 0.143 0.190 0.167 0.113 0.068 0.036 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 117 R 0.377 0.193 0.120 0.125 0.090 0.037 0.025 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 118 K 0.320 0.176 0.141 0.141 0.109 0.058 0.029 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 119 R 0.514 0.185 0.153 0.072 0.041 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.570 0.141 0.129 0.073 0.053 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 T 0.554 0.142 0.104 0.087 0.074 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.330 0.154 0.118 0.182 0.129 0.041 0.021 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 T 0.489 0.225 0.126 0.081 0.040 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.174 0.112 0.132 0.184 0.197 0.103 0.044 0.027 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 125 R 0.143 0.112 0.112 0.185 0.165 0.125 0.075 0.044 0.019 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 126 E 0.094 0.101 0.106 0.160 0.190 0.132 0.087 0.050 0.042 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001 127 L 0.011 0.008 0.017 0.041 0.068 0.125 0.137 0.192 0.141 0.117 0.079 0.035 0.023 0.006 128 Y 0.013 0.017 0.027 0.072 0.117 0.131 0.134 0.131 0.125 0.090 0.055 0.053 0.021 0.015 129 A 0.005 0.003 0.005 0.010 0.014 0.033 0.063 0.108 0.155 0.215 0.182 0.131 0.057 0.021 130 N 0.009 0.014 0.024 0.050 0.091 0.097 0.120 0.175 0.153 0.108 0.077 0.042 0.022 0.018 131 V 0.008 0.006 0.010 0.017 0.026 0.055 0.065 0.090 0.122 0.167 0.179 0.127 0.075 0.051 132 V 0.014 0.015 0.027 0.068 0.114 0.118 0.162 0.159 0.145 0.091 0.039 0.030 0.010 0.009 133 L 0.016 0.019 0.026 0.057 0.077 0.135 0.134 0.160 0.142 0.095 0.084 0.033 0.018 0.005 134 G 0.073 0.093 0.100 0.164 0.166 0.166 0.103 0.054 0.046 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 135 D 0.184 0.203 0.178 0.155 0.132 0.059 0.039 0.020 0.016 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 136 D 0.260 0.237 0.195 0.131 0.082 0.046 0.024 0.013 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 137 S 0.305 0.204 0.175 0.103 0.086 0.063 0.032 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 138 L 0.073 0.060 0.077 0.139 0.237 0.161 0.107 0.069 0.038 0.024 0.009 0.003 0.002 0.001 139 N 0.348 0.195 0.141 0.116 0.072 0.048 0.039 0.020 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 140 D 0.158 0.106 0.129 0.115 0.158 0.108 0.079 0.056 0.043 0.023 0.013 0.007 0.003 0.002 141 C 0.061 0.025 0.033 0.054 0.081 0.121 0.127 0.154 0.108 0.097 0.064 0.044 0.026 0.006 142 R 0.066 0.062 0.079 0.145 0.182 0.137 0.118 0.071 0.056 0.037 0.022 0.016 0.005 0.005 143 I 0.045 0.022 0.029 0.053 0.074 0.112 0.118 0.118 0.148 0.124 0.083 0.048 0.018 0.008 144 I 0.065 0.059 0.084 0.133 0.158 0.145 0.118 0.095 0.074 0.033 0.018 0.010 0.005 0.002 145 F 0.044 0.043 0.051 0.100 0.132 0.150 0.126 0.129 0.098 0.063 0.038 0.015 0.007 0.003 146 V 0.048 0.050 0.067 0.126 0.183 0.189 0.127 0.072 0.068 0.038 0.019 0.009 0.003 0.001 147 D 0.237 0.198 0.180 0.136 0.096 0.055 0.042 0.026 0.016 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 148 E 0.179 0.149 0.161 0.156 0.137 0.091 0.057 0.031 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 149 V 0.061 0.046 0.052 0.100 0.174 0.154 0.125 0.110 0.101 0.046 0.019 0.006 0.003 0.001 150 F 0.087 0.060 0.082 0.150 0.150 0.144 0.131 0.074 0.049 0.035 0.021 0.010 0.005 0.002 151 K 0.399 0.157 0.145 0.091 0.074 0.049 0.036 0.019 0.015 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 152 I 0.091 0.038 0.051 0.083 0.132 0.140 0.116 0.105 0.087 0.078 0.041 0.022 0.014 0.003 153 E 0.156 0.113 0.109 0.163 0.152 0.115 0.091 0.048 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 154 R 0.206 0.117 0.127 0.140 0.146 0.096 0.061 0.037 0.031 0.022 0.010 0.005 0.001 0.001 155 P 0.240 0.095 0.108 0.120 0.123 0.114 0.082 0.050 0.034 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001