# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.85934 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.001 0.010 0.727 0.002 0.016 0.005 0.001 0.001 0.004 0.157 0.025 0.024 0.030 2 T 0.002 0.018 0.362 0.011 0.162 0.033 0.001 0.001 0.005 0.135 0.224 0.010 0.037 3 E 0.003 0.017 0.241 0.013 0.139 0.035 0.001 0.001 0.010 0.128 0.370 0.025 0.019 4 L 0.007 0.016 0.337 0.021 0.166 0.023 0.002 0.001 0.016 0.151 0.178 0.012 0.069 5 G 0.013 0.022 0.290 0.020 0.033 0.026 0.007 0.001 0.027 0.220 0.150 0.157 0.036 6 L 0.081 0.044 0.241 0.013 0.014 0.023 0.040 0.013 0.069 0.060 0.037 0.039 0.326 7 Y 0.176 0.043 0.166 0.020 0.005 0.017 0.041 0.038 0.096 0.051 0.010 0.261 0.076 8 K 0.110 0.016 0.243 0.010 0.006 0.011 0.025 0.027 0.087 0.035 0.008 0.147 0.277 9 V 0.036 0.020 0.213 0.082 0.060 0.057 0.032 0.020 0.100 0.049 0.078 0.049 0.204 10 N 0.017 0.006 0.241 0.131 0.082 0.043 0.009 0.005 0.054 0.112 0.195 0.071 0.033 11 E 0.020 0.007 0.291 0.020 0.135 0.064 0.006 0.004 0.051 0.171 0.106 0.028 0.097 12 Y 0.050 0.034 0.230 0.013 0.079 0.108 0.027 0.018 0.081 0.094 0.075 0.090 0.101 13 V 0.079 0.072 0.223 0.016 0.025 0.074 0.037 0.042 0.104 0.084 0.052 0.076 0.116 14 D 0.036 0.016 0.510 0.012 0.021 0.035 0.012 0.014 0.043 0.070 0.027 0.146 0.058 15 A 0.014 0.030 0.223 0.016 0.118 0.127 0.009 0.007 0.025 0.082 0.192 0.011 0.147 16 R 0.009 0.014 0.172 0.034 0.128 0.112 0.005 0.004 0.016 0.123 0.279 0.085 0.018 17 D 0.009 0.025 0.277 0.006 0.233 0.067 0.002 0.002 0.013 0.154 0.137 0.013 0.063 18 T 0.004 0.022 0.425 0.007 0.100 0.050 0.001 0.001 0.006 0.176 0.151 0.021 0.036 19 N 0.004 0.017 0.258 0.010 0.038 0.038 0.001 0.001 0.006 0.241 0.337 0.035 0.015 20 M 0.003 0.008 0.089 0.006 0.034 0.020 0.001 0.001 0.001 0.248 0.570 0.006 0.014 21 G 0.014 0.009 0.222 0.021 0.010 0.026 0.001 0.001 0.003 0.195 0.454 0.019 0.027 22 A 0.122 0.018 0.300 0.013 0.012 0.066 0.005 0.001 0.009 0.104 0.037 0.172 0.141 23 W 0.300 0.010 0.033 0.006 0.002 0.027 0.017 0.001 0.006 0.006 0.004 0.045 0.543 24 F 0.370 0.003 0.005 0.022 0.001 0.023 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.509 0.046 25 E 0.519 0.002 0.003 0.013 0.001 0.016 0.017 0.001 0.002 0.001 0.002 0.044 0.379 26 A 0.668 0.001 0.005 0.021 0.001 0.014 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.151 0.125 27 Q 0.645 0.001 0.003 0.012 0.001 0.026 0.008 0.001 0.003 0.001 0.003 0.202 0.094 28 V 0.585 0.001 0.005 0.023 0.004 0.030 0.007 0.001 0.002 0.002 0.009 0.030 0.301 29 V 0.391 0.002 0.019 0.092 0.006 0.063 0.009 0.001 0.003 0.006 0.016 0.318 0.074 30 R 0.353 0.003 0.028 0.015 0.011 0.062 0.009 0.001 0.011 0.012 0.015 0.147 0.331 31 V 0.158 0.009 0.091 0.027 0.017 0.132 0.014 0.001 0.014 0.023 0.063 0.089 0.364 32 T 0.086 0.010 0.226 0.044 0.026 0.060 0.006 0.001 0.021 0.042 0.055 0.295 0.126 33 R 0.022 0.013 0.257 0.010 0.044 0.068 0.003 0.001 0.013 0.098 0.140 0.076 0.256 34 K 0.009 0.027 0.393 0.012 0.032 0.034 0.002 0.001 0.012 0.140 0.184 0.066 0.089 35 A 0.002 0.024 0.569 0.005 0.028 0.012 0.001 0.001 0.005 0.185 0.069 0.060 0.040 36 P 0.001 0.020 0.382 0.003 0.050 0.018 0.001 0.001 0.002 0.155 0.329 0.010 0.030 37 S 0.001 0.032 0.256 0.003 0.071 0.016 0.001 0.001 0.002 0.192 0.398 0.018 0.010 38 R 0.001 0.033 0.292 0.003 0.051 0.015 0.001 0.001 0.002 0.228 0.351 0.008 0.016 39 D 0.001 0.055 0.410 0.004 0.025 0.008 0.001 0.001 0.003 0.286 0.178 0.016 0.015 40 E 0.001 0.056 0.502 0.002 0.021 0.007 0.001 0.001 0.003 0.285 0.068 0.034 0.022 41 P 0.001 0.074 0.520 0.005 0.027 0.011 0.001 0.001 0.005 0.144 0.133 0.013 0.067 42 C 0.002 0.091 0.444 0.011 0.054 0.014 0.001 0.001 0.006 0.166 0.140 0.044 0.028 43 S 0.002 0.039 0.435 0.005 0.040 0.017 0.001 0.001 0.005 0.209 0.194 0.019 0.035 44 S 0.001 0.047 0.307 0.004 0.051 0.016 0.001 0.001 0.004 0.257 0.269 0.019 0.024 45 T 0.001 0.032 0.303 0.004 0.029 0.016 0.001 0.001 0.003 0.278 0.306 0.012 0.017 46 S 0.001 0.037 0.352 0.004 0.027 0.014 0.001 0.001 0.003 0.335 0.202 0.011 0.013 47 R 0.001 0.051 0.480 0.002 0.028 0.014 0.001 0.001 0.004 0.312 0.068 0.020 0.021 48 P 0.001 0.061 0.501 0.005 0.044 0.044 0.001 0.001 0.006 0.147 0.124 0.012 0.056 49 A 0.003 0.057 0.435 0.011 0.086 0.061 0.001 0.001 0.007 0.120 0.134 0.038 0.045 50 L 0.004 0.019 0.415 0.011 0.095 0.072 0.001 0.001 0.007 0.135 0.135 0.027 0.079 51 E 0.005 0.012 0.263 0.022 0.127 0.095 0.001 0.001 0.005 0.123 0.250 0.034 0.062 52 E 0.019 0.013 0.201 0.041 0.107 0.054 0.001 0.001 0.009 0.152 0.244 0.053 0.105 53 D 0.088 0.011 0.202 0.045 0.046 0.027 0.004 0.002 0.016 0.101 0.109 0.143 0.207 54 V 0.286 0.008 0.106 0.038 0.012 0.014 0.025 0.008 0.048 0.022 0.027 0.146 0.258 55 I 0.559 0.002 0.031 0.027 0.002 0.003 0.043 0.012 0.034 0.004 0.006 0.098 0.179 56 Y 0.641 0.001 0.012 0.028 0.001 0.001 0.066 0.011 0.023 0.002 0.002 0.129 0.082 57 H 0.663 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 0.103 0.016 0.024 0.002 0.001 0.081 0.086 58 V 0.615 0.002 0.009 0.011 0.001 0.001 0.097 0.021 0.028 0.002 0.001 0.064 0.150 59 K 0.439 0.003 0.043 0.012 0.001 0.002 0.038 0.026 0.097 0.006 0.002 0.233 0.097 60 Y 0.195 0.011 0.089 0.016 0.010 0.006 0.042 0.017 0.064 0.024 0.026 0.064 0.437 61 D 0.020 0.008 0.239 0.057 0.022 0.011 0.008 0.002 0.028 0.101 0.296 0.129 0.079 62 D 0.005 0.015 0.147 0.012 0.029 0.012 0.001 0.001 0.008 0.312 0.404 0.019 0.035 63 Y 0.002 0.021 0.512 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.004 0.305 0.035 0.053 0.042 64 P 0.001 0.016 0.422 0.009 0.047 0.025 0.001 0.001 0.004 0.150 0.260 0.008 0.058 65 E 0.003 0.008 0.084 0.011 0.061 0.014 0.001 0.001 0.002 0.130 0.652 0.027 0.009 66 N 0.010 0.009 0.202 0.022 0.037 0.010 0.001 0.001 0.003 0.284 0.346 0.010 0.066 67 G 0.031 0.014 0.304 0.018 0.018 0.015 0.005 0.001 0.009 0.154 0.144 0.219 0.068 68 V 0.230 0.015 0.137 0.012 0.007 0.010 0.029 0.007 0.039 0.014 0.012 0.041 0.446 69 V 0.327 0.009 0.040 0.018 0.003 0.008 0.045 0.007 0.019 0.008 0.004 0.413 0.099 70 Q 0.439 0.006 0.025 0.013 0.002 0.006 0.046 0.007 0.020 0.005 0.003 0.104 0.324 71 M 0.271 0.012 0.068 0.031 0.004 0.009 0.041 0.009 0.030 0.020 0.008 0.213 0.286 72 N 0.079 0.007 0.312 0.036 0.006 0.011 0.011 0.003 0.058 0.048 0.019 0.220 0.191 73 S 0.023 0.009 0.240 0.019 0.128 0.038 0.004 0.001 0.013 0.102 0.209 0.041 0.173 74 R 0.013 0.008 0.138 0.029 0.115 0.040 0.002 0.001 0.011 0.135 0.404 0.068 0.037 75 D 0.013 0.035 0.296 0.005 0.075 0.034 0.003 0.001 0.012 0.195 0.138 0.070 0.123 76 V 0.009 0.065 0.611 0.004 0.010 0.030 0.001 0.001 0.017 0.133 0.014 0.028 0.078 77 R 0.001 0.005 0.851 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.005 0.046 0.003 0.052 0.019 78 A 0.002 0.008 0.155 0.009 0.249 0.249 0.001 0.001 0.005 0.046 0.187 0.004 0.085 79 R 0.005 0.004 0.131 0.035 0.191 0.303 0.001 0.001 0.007 0.042 0.233 0.029 0.017 80 A 0.012 0.008 0.123 0.010 0.294 0.339 0.003 0.001 0.019 0.043 0.052 0.019 0.079 81 R 0.018 0.020 0.165 0.016 0.143 0.272 0.010 0.002 0.026 0.055 0.063 0.045 0.165 82 T 0.066 0.019 0.089 0.014 0.045 0.196 0.015 0.004 0.056 0.030 0.056 0.321 0.091 83 I 0.126 0.029 0.132 0.014 0.018 0.145 0.025 0.010 0.039 0.034 0.057 0.049 0.321 84 I 0.069 0.038 0.340 0.033 0.009 0.081 0.012 0.007 0.044 0.077 0.024 0.202 0.065 85 K 0.011 0.004 0.674 0.008 0.008 0.043 0.002 0.001 0.037 0.056 0.012 0.059 0.085 86 W 0.003 0.006 0.173 0.026 0.170 0.301 0.002 0.001 0.012 0.047 0.198 0.006 0.057 87 Q 0.006 0.006 0.138 0.029 0.244 0.244 0.002 0.001 0.014 0.079 0.162 0.061 0.014 88 D 0.022 0.024 0.141 0.004 0.262 0.204 0.004 0.003 0.024 0.064 0.054 0.020 0.174 89 L 0.018 0.087 0.382 0.010 0.058 0.079 0.006 0.006 0.043 0.071 0.042 0.069 0.128 90 E 0.018 0.019 0.417 0.027 0.034 0.052 0.003 0.002 0.023 0.089 0.089 0.173 0.053 91 V 0.011 0.007 0.090 0.039 0.051 0.022 0.001 0.002 0.018 0.095 0.597 0.010 0.057 92 G 0.011 0.002 0.164 0.111 0.012 0.007 0.001 0.001 0.013 0.159 0.485 0.018 0.015 93 Q 0.057 0.006 0.336 0.041 0.013 0.005 0.023 0.012 0.088 0.179 0.020 0.144 0.076 94 V 0.135 0.005 0.038 0.010 0.001 0.001 0.150 0.159 0.268 0.008 0.002 0.020 0.203 95 V 0.131 0.002 0.008 0.014 0.001 0.001 0.199 0.347 0.189 0.001 0.001 0.093 0.015 96 M 0.140 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.265 0.398 0.108 0.002 0.001 0.019 0.043 97 L 0.182 0.001 0.021 0.009 0.001 0.001 0.127 0.274 0.294 0.005 0.002 0.050 0.035 98 N 0.088 0.009 0.174 0.020 0.004 0.003 0.062 0.081 0.335 0.035 0.013 0.054 0.122 99 Y 0.017 0.021 0.530 0.020 0.007 0.004 0.008 0.011 0.101 0.180 0.021 0.043 0.038 100 N 0.001 0.004 0.838 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.087 0.008 0.013 0.024 101 P 0.001 0.004 0.145 0.002 0.093 0.023 0.001 0.001 0.003 0.093 0.625 0.002 0.011 102 D 0.001 0.022 0.085 0.003 0.081 0.026 0.001 0.001 0.002 0.223 0.547 0.007 0.004 103 N 0.001 0.026 0.489 0.001 0.069 0.011 0.001 0.001 0.002 0.317 0.029 0.013 0.041 104 P 0.001 0.012 0.451 0.004 0.065 0.052 0.001 0.001 0.002 0.077 0.285 0.005 0.046 105 K 0.001 0.020 0.201 0.012 0.217 0.061 0.001 0.001 0.004 0.107 0.331 0.027 0.017 106 E 0.008 0.013 0.207 0.010 0.086 0.037 0.001 0.001 0.004 0.244 0.297 0.030 0.062 107 R 0.014 0.013 0.218 0.016 0.026 0.012 0.001 0.001 0.005 0.220 0.368 0.055 0.052 108 G 0.029 0.017 0.314 0.017 0.011 0.014 0.002 0.001 0.006 0.157 0.263 0.088 0.081 109 F 0.215 0.016 0.219 0.010 0.007 0.013 0.010 0.003 0.015 0.038 0.034 0.132 0.289 110 W 0.492 0.008 0.049 0.012 0.003 0.009 0.014 0.002 0.007 0.010 0.008 0.171 0.217 111 Y 0.527 0.004 0.023 0.026 0.002 0.011 0.015 0.001 0.006 0.007 0.007 0.229 0.141 112 D 0.300 0.003 0.046 0.023 0.002 0.009 0.008 0.001 0.006 0.010 0.008 0.080 0.505 113 A 0.273 0.003 0.059 0.030 0.006 0.046 0.010 0.001 0.007 0.019 0.021 0.276 0.250 114 E 0.341 0.005 0.025 0.009 0.010 0.042 0.009 0.001 0.007 0.009 0.010 0.193 0.339 115 I 0.276 0.006 0.028 0.025 0.017 0.078 0.006 0.001 0.004 0.010 0.027 0.099 0.424 116 S 0.175 0.004 0.082 0.065 0.019 0.117 0.004 0.001 0.006 0.024 0.061 0.267 0.175 117 R 0.098 0.007 0.096 0.014 0.042 0.157 0.003 0.001 0.007 0.053 0.071 0.102 0.348 118 K 0.037 0.008 0.193 0.018 0.035 0.183 0.002 0.001 0.007 0.053 0.133 0.091 0.239 119 R 0.020 0.010 0.232 0.021 0.072 0.177 0.002 0.001 0.006 0.072 0.140 0.129 0.119 120 E 0.016 0.015 0.232 0.010 0.063 0.157 0.002 0.001 0.008 0.094 0.183 0.063 0.159 121 T 0.009 0.016 0.390 0.008 0.031 0.144 0.001 0.001 0.008 0.114 0.118 0.069 0.093 122 R 0.008 0.027 0.346 0.012 0.036 0.201 0.001 0.001 0.007 0.134 0.092 0.062 0.075 123 T 0.008 0.012 0.427 0.009 0.034 0.194 0.001 0.001 0.006 0.080 0.069 0.057 0.104 124 A 0.008 0.008 0.141 0.032 0.075 0.461 0.001 0.001 0.006 0.033 0.140 0.016 0.080 125 R 0.024 0.007 0.126 0.030 0.069 0.429 0.002 0.001 0.008 0.047 0.080 0.113 0.065 126 E 0.051 0.010 0.073 0.018 0.048 0.360 0.007 0.001 0.016 0.020 0.028 0.043 0.324 127 L 0.146 0.013 0.053 0.032 0.022 0.210 0.024 0.006 0.025 0.015 0.021 0.286 0.147 128 Y 0.324 0.008 0.043 0.068 0.011 0.097 0.039 0.014 0.042 0.011 0.023 0.103 0.218 129 A 0.430 0.003 0.032 0.085 0.009 0.052 0.046 0.015 0.034 0.014 0.025 0.178 0.077 130 N 0.441 0.004 0.027 0.067 0.005 0.040 0.094 0.028 0.041 0.012 0.020 0.065 0.155 131 V 0.481 0.004 0.018 0.025 0.005 0.024 0.108 0.066 0.054 0.007 0.006 0.141 0.061 132 V 0.408 0.007 0.036 0.014 0.005 0.022 0.088 0.101 0.091 0.009 0.014 0.069 0.135 133 L 0.109 0.018 0.213 0.044 0.015 0.031 0.054 0.054 0.089 0.064 0.090 0.106 0.115 134 G 0.014 0.010 0.429 0.017 0.008 0.018 0.005 0.006 0.052 0.260 0.105 0.042 0.034 135 D 0.002 0.008 0.434 0.003 0.021 0.021 0.001 0.001 0.011 0.377 0.094 0.009 0.018 136 D 0.002 0.021 0.272 0.004 0.084 0.052 0.001 0.001 0.007 0.298 0.235 0.012 0.013 137 S 0.003 0.037 0.331 0.004 0.164 0.086 0.001 0.001 0.006 0.156 0.167 0.010 0.036 138 L 0.004 0.020 0.280 0.012 0.257 0.126 0.001 0.001 0.006 0.072 0.172 0.009 0.040 139 N 0.005 0.010 0.123 0.032 0.153 0.110 0.001 0.001 0.011 0.125 0.391 0.022 0.016 140 D 0.010 0.011 0.158 0.016 0.066 0.081 0.002 0.001 0.016 0.150 0.421 0.012 0.056 141 C 0.024 0.015 0.488 0.035 0.020 0.061 0.010 0.005 0.031 0.145 0.062 0.037 0.068 142 R 0.068 0.019 0.164 0.024 0.013 0.092 0.053 0.028 0.171 0.096 0.026 0.185 0.059 143 I 0.137 0.013 0.072 0.012 0.007 0.061 0.089 0.150 0.210 0.019 0.015 0.030 0.185 144 I 0.138 0.018 0.102 0.037 0.003 0.055 0.091 0.142 0.147 0.027 0.008 0.169 0.063 145 F 0.175 0.010 0.118 0.012 0.007 0.063 0.034 0.069 0.200 0.027 0.009 0.086 0.189 146 V 0.037 0.008 0.138 0.047 0.034 0.340 0.019 0.012 0.078 0.036 0.085 0.033 0.134 147 D 0.055 0.006 0.113 0.092 0.094 0.315 0.005 0.004 0.025 0.083 0.086 0.081 0.042 148 E 0.080 0.005 0.070 0.023 0.078 0.451 0.003 0.002 0.019 0.056 0.069 0.033 0.112 149 V 0.073 0.009 0.070 0.028 0.066 0.418 0.008 0.003 0.018 0.023 0.129 0.022 0.132 150 F 0.105 0.009 0.070 0.032 0.072 0.411 0.016 0.003 0.019 0.021 0.083 0.093 0.066 151 K 0.178 0.007 0.057 0.013 0.080 0.260 0.026 0.005 0.026 0.022 0.047 0.129 0.151 152 I 0.147 0.015 0.086 0.022 0.046 0.127 0.031 0.005 0.023 0.033 0.086 0.066 0.311 153 E 0.041 0.017 0.351 0.034 0.014 0.029 0.006 0.003 0.034 0.108 0.066 0.205 0.093 154 R 0.003 0.009 0.734 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 0.132 0.010 0.033 0.055 155 P 0.001 0.002 0.933 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.004 0.005 0.013