# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.85934 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.356 0.020 0.009 0.020 0.026 0.038 0.069 0.014 0.004 0.094 0.350 2 T 0.200 0.022 0.002 0.015 0.019 0.019 0.121 0.004 0.001 0.027 0.570 3 E 0.022 0.022 0.001 0.025 0.019 0.052 0.103 0.002 0.001 0.021 0.734 4 L 0.013 0.037 0.001 0.041 0.066 0.089 0.143 0.002 0.001 0.031 0.577 5 G 0.029 0.056 0.002 0.077 0.134 0.343 0.061 0.007 0.001 0.048 0.242 6 L 0.016 0.051 0.001 0.051 0.193 0.129 0.099 0.003 0.001 0.056 0.401 7 Y 0.017 0.053 0.004 0.138 0.209 0.223 0.060 0.003 0.001 0.077 0.214 8 K 0.048 0.148 0.008 0.065 0.099 0.113 0.065 0.007 0.003 0.058 0.385 9 V 0.158 0.212 0.006 0.039 0.066 0.082 0.050 0.018 0.003 0.062 0.304 10 N 0.130 0.150 0.005 0.037 0.047 0.075 0.082 0.011 0.002 0.092 0.369 11 E 0.035 0.193 0.005 0.059 0.052 0.087 0.074 0.006 0.001 0.052 0.435 12 Y 0.036 0.116 0.007 0.050 0.051 0.086 0.092 0.011 0.003 0.089 0.460 13 V 0.043 0.141 0.013 0.058 0.085 0.071 0.088 0.012 0.003 0.070 0.416 14 D 0.094 0.039 0.004 0.065 0.050 0.084 0.094 0.013 0.002 0.185 0.369 15 A 0.043 0.034 0.008 0.059 0.051 0.045 0.102 0.005 0.003 0.134 0.514 16 R 0.060 0.031 0.010 0.067 0.035 0.035 0.122 0.006 0.004 0.094 0.536 17 D 0.137 0.016 0.024 0.045 0.021 0.043 0.089 0.013 0.008 0.099 0.505 18 T 0.145 0.012 0.004 0.020 0.020 0.024 0.135 0.007 0.001 0.030 0.604 19 N 0.073 0.019 0.002 0.037 0.020 0.042 0.144 0.005 0.001 0.037 0.620 20 M 0.015 0.031 0.002 0.080 0.066 0.061 0.188 0.002 0.001 0.023 0.533 21 G 0.012 0.041 0.002 0.098 0.090 0.274 0.096 0.004 0.001 0.051 0.332 22 A 0.012 0.081 0.005 0.082 0.233 0.166 0.098 0.003 0.001 0.061 0.257 23 W 0.018 0.058 0.004 0.126 0.253 0.276 0.048 0.003 0.001 0.086 0.128 24 F 0.031 0.054 0.002 0.107 0.217 0.317 0.043 0.004 0.001 0.077 0.147 25 E 0.008 0.039 0.001 0.094 0.265 0.324 0.033 0.001 0.001 0.044 0.191 26 A 0.005 0.017 0.001 0.056 0.295 0.469 0.017 0.001 0.001 0.033 0.105 27 Q 0.007 0.014 0.001 0.038 0.284 0.519 0.016 0.002 0.001 0.025 0.095 28 V 0.007 0.010 0.001 0.030 0.332 0.357 0.033 0.001 0.001 0.057 0.172 29 V 0.005 0.010 0.001 0.041 0.380 0.346 0.036 0.001 0.001 0.042 0.140 30 R 0.012 0.018 0.001 0.035 0.220 0.378 0.051 0.001 0.001 0.053 0.231 31 V 0.033 0.016 0.001 0.022 0.221 0.282 0.051 0.002 0.001 0.053 0.318 32 T 0.081 0.010 0.001 0.035 0.115 0.204 0.090 0.002 0.001 0.093 0.368 33 R 0.046 0.008 0.001 0.033 0.047 0.088 0.127 0.001 0.001 0.058 0.590 34 K 0.031 0.005 0.001 0.017 0.021 0.026 0.116 0.001 0.001 0.044 0.736 35 A 0.144 0.010 0.001 0.012 0.016 0.021 0.143 0.004 0.001 0.055 0.594 36 P 0.110 0.009 0.001 0.006 0.008 0.012 0.087 0.002 0.001 0.029 0.736 37 S 0.126 0.009 0.001 0.012 0.013 0.023 0.108 0.002 0.001 0.058 0.648 38 R 0.032 0.008 0.001 0.017 0.020 0.045 0.113 0.001 0.001 0.032 0.731 39 D 0.032 0.008 0.001 0.017 0.032 0.044 0.115 0.001 0.001 0.083 0.668 40 E 0.059 0.009 0.001 0.024 0.069 0.068 0.147 0.002 0.001 0.111 0.510 41 P 0.042 0.007 0.001 0.019 0.035 0.046 0.139 0.001 0.001 0.091 0.619 42 C 0.077 0.006 0.001 0.025 0.042 0.064 0.113 0.002 0.001 0.097 0.574 43 S 0.113 0.007 0.001 0.020 0.033 0.051 0.111 0.002 0.001 0.044 0.618 44 S 0.083 0.006 0.001 0.022 0.020 0.037 0.086 0.002 0.001 0.039 0.705 45 T 0.028 0.007 0.001 0.018 0.023 0.030 0.178 0.001 0.001 0.023 0.691 46 S 0.034 0.024 0.001 0.014 0.024 0.039 0.122 0.003 0.001 0.021 0.717 47 R 0.229 0.045 0.001 0.013 0.038 0.041 0.092 0.008 0.001 0.037 0.495 48 P 0.103 0.046 0.002 0.018 0.039 0.049 0.114 0.004 0.001 0.054 0.570 49 A 0.048 0.033 0.007 0.021 0.033 0.047 0.169 0.003 0.002 0.066 0.571 50 L 0.167 0.063 0.008 0.021 0.040 0.059 0.105 0.010 0.002 0.067 0.459 51 E 0.207 0.037 0.004 0.023 0.046 0.064 0.129 0.006 0.001 0.096 0.387 52 E 0.015 0.019 0.002 0.048 0.100 0.140 0.143 0.001 0.001 0.053 0.479 53 D 0.008 0.009 0.001 0.079 0.125 0.356 0.076 0.001 0.001 0.048 0.296 54 V 0.006 0.002 0.001 0.082 0.255 0.469 0.043 0.001 0.001 0.032 0.110 55 I 0.001 0.001 0.001 0.093 0.338 0.364 0.027 0.001 0.001 0.028 0.147 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.132 0.364 0.401 0.021 0.001 0.001 0.014 0.066 57 H 0.001 0.001 0.001 0.116 0.320 0.398 0.026 0.001 0.001 0.024 0.114 58 V 0.003 0.003 0.001 0.083 0.368 0.339 0.034 0.001 0.001 0.034 0.133 59 K 0.056 0.014 0.001 0.078 0.178 0.349 0.050 0.004 0.001 0.039 0.230 60 Y 0.151 0.016 0.001 0.084 0.096 0.141 0.051 0.003 0.001 0.060 0.398 61 D 0.020 0.010 0.001 0.070 0.061 0.108 0.129 0.001 0.001 0.030 0.570 62 D 0.010 0.022 0.003 0.022 0.020 0.035 0.186 0.001 0.001 0.050 0.651 63 Y 0.342 0.019 0.007 0.013 0.036 0.049 0.080 0.012 0.002 0.162 0.278 64 P 0.418 0.015 0.002 0.006 0.012 0.011 0.086 0.003 0.001 0.043 0.403 65 E 0.044 0.009 0.001 0.010 0.017 0.030 0.069 0.001 0.001 0.019 0.801 66 N 0.008 0.006 0.001 0.010 0.042 0.094 0.121 0.001 0.001 0.024 0.694 67 G 0.013 0.007 0.001 0.026 0.167 0.509 0.044 0.001 0.001 0.032 0.199 68 V 0.004 0.002 0.001 0.018 0.331 0.342 0.048 0.001 0.001 0.027 0.228 69 V 0.003 0.003 0.001 0.037 0.457 0.345 0.031 0.001 0.001 0.018 0.107 70 Q 0.007 0.007 0.001 0.050 0.218 0.335 0.082 0.001 0.001 0.041 0.258 71 M 0.019 0.016 0.002 0.045 0.258 0.301 0.062 0.001 0.001 0.045 0.251 72 N 0.158 0.050 0.002 0.022 0.107 0.266 0.057 0.007 0.001 0.022 0.307 73 S 0.296 0.073 0.001 0.018 0.052 0.081 0.041 0.006 0.001 0.026 0.404 74 R 0.033 0.042 0.001 0.033 0.048 0.067 0.167 0.002 0.001 0.039 0.568 75 D 0.014 0.132 0.001 0.023 0.022 0.071 0.130 0.003 0.001 0.050 0.554 76 V 0.025 0.501 0.003 0.005 0.026 0.011 0.026 0.006 0.001 0.022 0.374 77 R 0.146 0.603 0.003 0.005 0.024 0.022 0.017 0.007 0.001 0.062 0.108 78 A 0.042 0.073 0.002 0.006 0.009 0.021 0.044 0.003 0.001 0.466 0.334 79 R 0.023 0.426 0.014 0.024 0.025 0.021 0.058 0.003 0.004 0.191 0.211 80 A 0.057 0.394 0.011 0.032 0.028 0.050 0.062 0.006 0.004 0.106 0.249 81 R 0.027 0.268 0.014 0.042 0.047 0.060 0.039 0.008 0.003 0.117 0.376 82 T 0.031 0.155 0.007 0.049 0.064 0.115 0.098 0.008 0.003 0.106 0.365 83 I 0.036 0.158 0.017 0.087 0.048 0.056 0.113 0.007 0.006 0.123 0.349 84 I 0.046 0.103 0.028 0.089 0.044 0.043 0.127 0.013 0.011 0.083 0.413 85 K 0.166 0.169 0.017 0.034 0.021 0.032 0.087 0.028 0.008 0.056 0.381 86 W 0.336 0.084 0.013 0.036 0.020 0.026 0.055 0.026 0.006 0.056 0.343 87 Q 0.080 0.049 0.008 0.068 0.034 0.049 0.116 0.007 0.003 0.055 0.532 88 D 0.021 0.027 0.015 0.073 0.029 0.069 0.143 0.005 0.004 0.063 0.551 89 L 0.040 0.011 0.018 0.069 0.105 0.111 0.125 0.008 0.004 0.067 0.441 90 E 0.131 0.012 0.005 0.054 0.051 0.084 0.150 0.010 0.002 0.068 0.432 91 V 0.019 0.006 0.001 0.069 0.065 0.054 0.089 0.001 0.001 0.041 0.656 92 G 0.003 0.004 0.001 0.140 0.086 0.133 0.164 0.001 0.001 0.057 0.412 93 Q 0.001 0.004 0.001 0.332 0.116 0.293 0.062 0.001 0.001 0.070 0.123 94 V 0.001 0.001 0.001 0.240 0.220 0.272 0.040 0.001 0.001 0.154 0.074 95 V 0.001 0.001 0.001 0.530 0.174 0.188 0.008 0.001 0.001 0.084 0.014 96 M 0.001 0.001 0.001 0.563 0.134 0.160 0.006 0.001 0.001 0.108 0.027 97 L 0.003 0.001 0.001 0.631 0.115 0.099 0.010 0.001 0.001 0.094 0.046 98 N 0.003 0.001 0.001 0.391 0.083 0.159 0.090 0.001 0.001 0.072 0.198 99 Y 0.016 0.007 0.002 0.086 0.049 0.063 0.131 0.003 0.001 0.063 0.578 100 N 0.554 0.010 0.001 0.029 0.024 0.024 0.042 0.010 0.001 0.111 0.192 101 P 0.040 0.006 0.001 0.025 0.010 0.012 0.146 0.001 0.001 0.033 0.725 102 D 0.015 0.013 0.001 0.015 0.005 0.007 0.171 0.001 0.001 0.029 0.742 103 N 0.136 0.048 0.003 0.007 0.010 0.012 0.109 0.008 0.001 0.077 0.588 104 P 0.290 0.037 0.010 0.008 0.011 0.011 0.149 0.006 0.002 0.119 0.357 105 K 0.152 0.024 0.004 0.013 0.012 0.024 0.080 0.005 0.001 0.057 0.629 106 E 0.085 0.012 0.002 0.017 0.023 0.022 0.135 0.004 0.001 0.064 0.636 107 R 0.011 0.019 0.002 0.052 0.049 0.073 0.222 0.001 0.001 0.053 0.519 108 G 0.008 0.040 0.001 0.071 0.124 0.211 0.137 0.002 0.001 0.050 0.354 109 F 0.013 0.044 0.001 0.084 0.317 0.385 0.031 0.004 0.001 0.030 0.091 110 W 0.011 0.068 0.001 0.077 0.252 0.295 0.037 0.003 0.001 0.045 0.209 111 Y 0.009 0.159 0.002 0.112 0.279 0.224 0.027 0.003 0.001 0.042 0.142 112 D 0.021 0.030 0.001 0.062 0.136 0.285 0.039 0.004 0.001 0.303 0.117 113 A 0.012 0.089 0.007 0.075 0.288 0.163 0.047 0.002 0.002 0.141 0.176 114 E 0.025 0.069 0.007 0.084 0.186 0.266 0.058 0.003 0.002 0.090 0.211 115 I 0.062 0.091 0.009 0.037 0.102 0.184 0.056 0.007 0.003 0.074 0.376 116 S 0.114 0.070 0.003 0.030 0.076 0.114 0.070 0.007 0.002 0.059 0.457 117 R 0.062 0.038 0.002 0.020 0.049 0.078 0.088 0.004 0.001 0.088 0.571 118 K 0.030 0.024 0.002 0.020 0.045 0.049 0.092 0.002 0.001 0.070 0.666 119 R 0.033 0.015 0.002 0.018 0.038 0.056 0.100 0.003 0.001 0.105 0.631 120 E 0.025 0.035 0.003 0.016 0.042 0.049 0.108 0.003 0.001 0.054 0.666 121 T 0.050 0.114 0.002 0.018 0.044 0.054 0.092 0.003 0.001 0.063 0.560 122 R 0.056 0.146 0.006 0.021 0.043 0.063 0.083 0.004 0.002 0.097 0.479 123 T 0.057 0.250 0.007 0.019 0.030 0.050 0.086 0.005 0.002 0.086 0.408 124 A 0.060 0.194 0.010 0.021 0.037 0.056 0.080 0.006 0.003 0.126 0.408 125 R 0.027 0.124 0.009 0.045 0.087 0.117 0.108 0.003 0.002 0.151 0.328 126 E 0.009 0.116 0.008 0.067 0.096 0.203 0.085 0.003 0.001 0.103 0.308 127 L 0.011 0.120 0.006 0.090 0.257 0.295 0.047 0.004 0.001 0.055 0.113 128 Y 0.010 0.037 0.002 0.100 0.188 0.448 0.032 0.002 0.001 0.086 0.095 129 A 0.003 0.034 0.003 0.204 0.307 0.270 0.033 0.001 0.001 0.053 0.091 130 N 0.003 0.006 0.002 0.208 0.233 0.413 0.030 0.001 0.001 0.045 0.058 131 V 0.011 0.006 0.003 0.164 0.245 0.334 0.044 0.003 0.001 0.045 0.144 132 V 0.026 0.003 0.002 0.259 0.173 0.227 0.051 0.004 0.001 0.044 0.211 133 L 0.025 0.004 0.003 0.178 0.100 0.103 0.079 0.003 0.001 0.047 0.457 134 G 0.077 0.009 0.002 0.074 0.033 0.054 0.097 0.009 0.001 0.022 0.622 135 D 0.156 0.016 0.001 0.035 0.016 0.023 0.120 0.005 0.001 0.044 0.582 136 D 0.046 0.010 0.004 0.026 0.027 0.030 0.158 0.003 0.001 0.054 0.643 137 S 0.218 0.023 0.006 0.014 0.018 0.036 0.143 0.009 0.002 0.047 0.485 138 L 0.355 0.011 0.002 0.009 0.014 0.023 0.058 0.007 0.001 0.026 0.495 139 N 0.055 0.010 0.001 0.023 0.042 0.044 0.138 0.001 0.001 0.024 0.662 140 D 0.003 0.008 0.001 0.030 0.048 0.167 0.096 0.001 0.001 0.029 0.618 141 C 0.002 0.010 0.001 0.065 0.276 0.181 0.119 0.001 0.001 0.053 0.293 142 R 0.003 0.013 0.001 0.137 0.249 0.421 0.038 0.001 0.001 0.038 0.099 143 I 0.004 0.033 0.001 0.151 0.239 0.255 0.049 0.001 0.001 0.058 0.209 144 I 0.006 0.077 0.003 0.281 0.246 0.220 0.023 0.002 0.001 0.044 0.097 145 F 0.035 0.382 0.006 0.124 0.087 0.136 0.026 0.006 0.003 0.058 0.136 146 V 0.088 0.378 0.009 0.052 0.056 0.076 0.037 0.012 0.004 0.094 0.194 147 D 0.044 0.228 0.010 0.049 0.078 0.097 0.068 0.006 0.003 0.118 0.300 148 E 0.036 0.188 0.010 0.062 0.090 0.212 0.056 0.007 0.003 0.075 0.262 149 V 0.031 0.060 0.008 0.049 0.179 0.240 0.055 0.008 0.002 0.049 0.318 150 F 0.027 0.016 0.003 0.043 0.200 0.360 0.049 0.005 0.001 0.037 0.258 151 K 0.026 0.008 0.002 0.044 0.161 0.204 0.062 0.003 0.001 0.047 0.442 152 I 0.014 0.004 0.002 0.044 0.178 0.156 0.085 0.001 0.001 0.037 0.477 153 E 0.023 0.003 0.001 0.028 0.062 0.104 0.127 0.002 0.001 0.041 0.609 154 R 0.052 0.005 0.001 0.024 0.044 0.066 0.096 0.002 0.001 0.035 0.674 155 P 0.048 0.007 0.001 0.018 0.029 0.036 0.130 0.002 0.001 0.025 0.703