# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.85934 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.322 0.034 0.007 0.019 0.014 0.072 0.089 0.443 2 T 0.110 0.029 0.008 0.009 0.013 0.091 0.030 0.710 3 E 0.076 0.021 0.023 0.011 0.030 0.119 0.053 0.667 4 L 0.016 0.018 0.016 0.030 0.039 0.120 0.029 0.733 5 G 0.052 0.087 0.070 0.084 0.180 0.089 0.063 0.376 6 L 0.016 0.016 0.041 0.078 0.101 0.101 0.071 0.575 7 Y 0.011 0.026 0.189 0.215 0.142 0.064 0.075 0.277 8 K 0.320 0.049 0.096 0.050 0.096 0.047 0.098 0.246 9 V 0.166 0.048 0.061 0.057 0.043 0.083 0.050 0.490 10 N 0.064 0.099 0.065 0.032 0.086 0.090 0.078 0.486 11 E 0.031 0.086 0.088 0.070 0.130 0.082 0.059 0.454 12 Y 0.021 0.063 0.086 0.090 0.195 0.099 0.063 0.382 13 V 0.025 0.073 0.156 0.122 0.176 0.085 0.062 0.300 14 D 0.123 0.047 0.055 0.058 0.104 0.083 0.231 0.298 15 A 0.048 0.048 0.135 0.067 0.067 0.118 0.217 0.300 16 R 0.062 0.052 0.060 0.019 0.036 0.106 0.101 0.565 17 D 0.140 0.031 0.048 0.024 0.017 0.138 0.192 0.409 18 T 0.179 0.045 0.010 0.010 0.010 0.105 0.032 0.609 19 N 0.092 0.041 0.012 0.005 0.016 0.126 0.033 0.676 20 M 0.009 0.084 0.031 0.023 0.046 0.167 0.050 0.591 21 G 0.018 0.117 0.039 0.093 0.199 0.096 0.183 0.255 22 A 0.006 0.060 0.078 0.276 0.283 0.058 0.063 0.175 23 W 0.010 0.049 0.168 0.147 0.486 0.019 0.060 0.061 24 F 0.007 0.036 0.152 0.283 0.344 0.024 0.082 0.072 25 E 0.007 0.024 0.118 0.265 0.439 0.027 0.049 0.072 26 A 0.008 0.021 0.092 0.310 0.374 0.032 0.061 0.102 27 Q 0.012 0.024 0.087 0.230 0.441 0.035 0.057 0.114 28 V 0.014 0.015 0.080 0.273 0.249 0.071 0.097 0.201 29 V 0.008 0.014 0.102 0.276 0.314 0.048 0.055 0.184 30 R 0.019 0.015 0.093 0.161 0.261 0.070 0.051 0.331 31 V 0.018 0.011 0.103 0.204 0.193 0.066 0.055 0.348 32 T 0.075 0.010 0.055 0.077 0.159 0.098 0.061 0.464 33 R 0.031 0.006 0.062 0.059 0.107 0.117 0.048 0.571 34 K 0.032 0.004 0.018 0.020 0.035 0.093 0.023 0.775 35 A 0.149 0.012 0.025 0.027 0.034 0.099 0.123 0.531 36 P 0.125 0.007 0.013 0.014 0.015 0.080 0.047 0.698 37 S 0.129 0.005 0.010 0.006 0.018 0.084 0.047 0.701 38 R 0.011 0.006 0.016 0.021 0.030 0.136 0.021 0.760 39 D 0.030 0.007 0.005 0.017 0.032 0.103 0.018 0.789 40 E 0.061 0.014 0.021 0.080 0.092 0.124 0.156 0.452 41 P 0.063 0.007 0.027 0.041 0.064 0.117 0.074 0.608 42 C 0.111 0.007 0.043 0.041 0.060 0.117 0.164 0.457 43 S 0.091 0.009 0.023 0.027 0.028 0.105 0.040 0.676 44 S 0.103 0.008 0.007 0.012 0.019 0.100 0.029 0.723 45 T 0.012 0.010 0.008 0.019 0.019 0.149 0.018 0.766 46 S 0.041 0.045 0.008 0.019 0.030 0.105 0.023 0.729 47 R 0.153 0.117 0.012 0.057 0.038 0.083 0.121 0.419 48 P 0.120 0.054 0.016 0.042 0.054 0.090 0.098 0.526 49 A 0.078 0.034 0.043 0.045 0.098 0.098 0.119 0.483 50 L 0.173 0.028 0.024 0.043 0.068 0.079 0.046 0.538 51 E 0.261 0.035 0.014 0.038 0.081 0.083 0.063 0.425 52 E 0.013 0.022 0.033 0.063 0.149 0.141 0.060 0.519 53 D 0.010 0.014 0.049 0.110 0.410 0.086 0.088 0.233 54 V 0.006 0.010 0.086 0.280 0.419 0.051 0.046 0.103 55 I 0.003 0.004 0.117 0.240 0.380 0.053 0.032 0.170 56 Y 0.001 0.003 0.109 0.386 0.308 0.031 0.052 0.110 57 H 0.002 0.003 0.147 0.407 0.298 0.021 0.037 0.085 58 V 0.008 0.004 0.130 0.389 0.265 0.032 0.038 0.134 59 K 0.042 0.014 0.079 0.234 0.332 0.048 0.044 0.207 60 Y 0.108 0.010 0.025 0.093 0.145 0.107 0.030 0.483 61 D 0.030 0.008 0.024 0.074 0.147 0.140 0.030 0.548 62 D 0.011 0.004 0.018 0.021 0.074 0.143 0.042 0.688 63 Y 0.084 0.020 0.026 0.064 0.054 0.115 0.223 0.413 64 P 0.591 0.017 0.005 0.005 0.010 0.043 0.101 0.227 65 E 0.040 0.017 0.014 0.014 0.023 0.135 0.057 0.701 66 N 0.005 0.009 0.014 0.015 0.064 0.157 0.022 0.715 67 G 0.010 0.025 0.036 0.184 0.313 0.100 0.068 0.264 68 V 0.008 0.011 0.047 0.183 0.213 0.093 0.066 0.380 69 V 0.008 0.014 0.115 0.256 0.307 0.048 0.087 0.165 70 Q 0.016 0.007 0.060 0.162 0.304 0.074 0.057 0.320 71 M 0.021 0.004 0.097 0.220 0.197 0.079 0.046 0.336 72 N 0.181 0.022 0.036 0.092 0.100 0.091 0.079 0.399 73 S 0.225 0.025 0.013 0.022 0.026 0.081 0.069 0.539 74 R 0.031 0.028 0.017 0.030 0.037 0.108 0.037 0.712 75 D 0.022 0.044 0.014 0.040 0.070 0.102 0.034 0.673 76 V 0.016 0.059 0.021 0.064 0.069 0.105 0.026 0.640 77 R 0.142 0.353 0.025 0.054 0.065 0.051 0.122 0.188 78 A 0.091 0.093 0.021 0.033 0.050 0.073 0.270 0.368 79 R 0.024 0.271 0.055 0.091 0.089 0.066 0.131 0.273 80 A 0.086 0.241 0.056 0.040 0.127 0.062 0.071 0.317 81 R 0.022 0.228 0.077 0.160 0.092 0.058 0.144 0.218 82 T 0.054 0.207 0.061 0.092 0.169 0.054 0.107 0.256 83 I 0.058 0.080 0.073 0.132 0.186 0.060 0.084 0.327 84 I 0.033 0.046 0.156 0.134 0.169 0.066 0.088 0.307 85 K 0.214 0.089 0.029 0.051 0.073 0.071 0.057 0.416 86 W 0.360 0.044 0.017 0.022 0.028 0.068 0.075 0.386 87 Q 0.048 0.021 0.027 0.037 0.054 0.094 0.045 0.674 88 D 0.023 0.006 0.025 0.023 0.061 0.115 0.049 0.696 89 L 0.047 0.007 0.056 0.101 0.093 0.125 0.063 0.508 90 E 0.252 0.013 0.055 0.037 0.106 0.091 0.075 0.370 91 V 0.016 0.004 0.046 0.032 0.060 0.162 0.032 0.648 92 G 0.003 0.004 0.073 0.071 0.181 0.145 0.049 0.474 93 Q 0.001 0.003 0.167 0.242 0.333 0.056 0.047 0.151 94 V 0.002 0.004 0.276 0.268 0.261 0.034 0.044 0.111 95 V 0.002 0.003 0.334 0.319 0.161 0.036 0.040 0.105 96 M 0.006 0.003 0.316 0.129 0.325 0.030 0.051 0.140 97 L 0.013 0.002 0.297 0.186 0.206 0.055 0.030 0.211 98 N 0.008 0.003 0.136 0.082 0.175 0.136 0.050 0.409 99 Y 0.014 0.005 0.139 0.033 0.063 0.094 0.035 0.617 100 N 0.531 0.033 0.019 0.010 0.018 0.053 0.153 0.182 101 P 0.044 0.010 0.010 0.008 0.008 0.136 0.040 0.744 102 D 0.019 0.009 0.015 0.008 0.022 0.098 0.028 0.801 103 N 0.075 0.019 0.022 0.028 0.050 0.119 0.149 0.536 104 P 0.064 0.005 0.022 0.027 0.025 0.144 0.087 0.626 105 K 0.237 0.009 0.014 0.020 0.039 0.095 0.095 0.491 106 E 0.056 0.004 0.016 0.014 0.046 0.122 0.037 0.705 107 R 0.003 0.002 0.024 0.049 0.081 0.158 0.023 0.659 108 G 0.003 0.006 0.066 0.112 0.263 0.113 0.065 0.373 109 F 0.007 0.010 0.148 0.259 0.302 0.057 0.054 0.163 110 W 0.009 0.010 0.174 0.175 0.269 0.080 0.047 0.236 111 Y 0.010 0.016 0.159 0.146 0.237 0.073 0.057 0.302 112 D 0.024 0.032 0.085 0.156 0.207 0.067 0.224 0.205 113 A 0.015 0.066 0.133 0.196 0.219 0.051 0.180 0.139 114 E 0.034 0.103 0.064 0.171 0.188 0.056 0.141 0.244 115 I 0.042 0.071 0.064 0.200 0.209 0.070 0.115 0.230 116 S 0.072 0.086 0.048 0.120 0.178 0.083 0.076 0.338 117 R 0.073 0.033 0.018 0.054 0.075 0.116 0.123 0.508 118 K 0.086 0.075 0.018 0.048 0.057 0.112 0.107 0.497 119 R 0.061 0.049 0.014 0.025 0.041 0.107 0.129 0.576 120 E 0.017 0.103 0.022 0.050 0.037 0.123 0.083 0.565 121 T 0.084 0.183 0.014 0.032 0.039 0.088 0.079 0.481 122 R 0.067 0.243 0.024 0.064 0.038 0.076 0.088 0.400 123 T 0.117 0.330 0.021 0.022 0.043 0.054 0.062 0.350 124 A 0.100 0.223 0.028 0.035 0.051 0.070 0.160 0.331 125 R 0.026 0.200 0.062 0.089 0.112 0.062 0.168 0.281 126 E 0.025 0.090 0.112 0.088 0.250 0.057 0.140 0.237 127 L 0.014 0.099 0.220 0.193 0.231 0.041 0.065 0.137 128 Y 0.028 0.052 0.181 0.113 0.294 0.055 0.072 0.204 129 A 0.009 0.041 0.265 0.203 0.207 0.047 0.084 0.145 130 N 0.009 0.024 0.279 0.134 0.238 0.044 0.099 0.174 131 V 0.013 0.017 0.292 0.196 0.185 0.052 0.064 0.180 132 V 0.030 0.016 0.229 0.120 0.213 0.075 0.063 0.253 133 L 0.036 0.012 0.196 0.069 0.105 0.108 0.062 0.413 134 G 0.114 0.049 0.056 0.035 0.047 0.116 0.073 0.511 135 D 0.159 0.028 0.013 0.011 0.013 0.109 0.054 0.614 136 D 0.060 0.027 0.019 0.025 0.027 0.111 0.081 0.651 137 S 0.102 0.024 0.015 0.012 0.020 0.103 0.043 0.681 138 L 0.278 0.024 0.013 0.018 0.022 0.088 0.050 0.508 139 N 0.065 0.039 0.020 0.018 0.037 0.109 0.045 0.668 140 D 0.025 0.028 0.035 0.026 0.065 0.146 0.068 0.608 141 C 0.005 0.028 0.052 0.076 0.107 0.129 0.077 0.526 142 R 0.006 0.070 0.216 0.176 0.223 0.056 0.079 0.172 143 I 0.008 0.062 0.132 0.187 0.144 0.063 0.081 0.324 144 I 0.006 0.119 0.363 0.202 0.124 0.027 0.068 0.092 145 F 0.214 0.340 0.103 0.037 0.082 0.024 0.095 0.105 146 V 0.139 0.337 0.060 0.079 0.055 0.048 0.132 0.151 147 D 0.090 0.212 0.055 0.054 0.115 0.067 0.110 0.298 148 E 0.066 0.133 0.053 0.088 0.268 0.055 0.102 0.235 149 V 0.034 0.062 0.072 0.137 0.271 0.078 0.077 0.269 150 F 0.013 0.018 0.074 0.218 0.365 0.052 0.067 0.193 151 K 0.011 0.006 0.057 0.192 0.315 0.069 0.045 0.306 152 I 0.008 0.004 0.068 0.213 0.287 0.066 0.041 0.313 153 E 0.023 0.004 0.101 0.110 0.189 0.080 0.043 0.451 154 R 0.077 0.008 0.043 0.068 0.073 0.104 0.065 0.561 155 P 0.024 0.003 0.014 0.018 0.024 0.098 0.022 0.797