# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.85934 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.529 0.222 0.037 0.079 0.044 0.027 0.026 0.015 0.010 0.007 0.004 2 T 0.265 0.131 0.037 0.101 0.095 0.076 0.099 0.071 0.059 0.039 0.026 3 E 0.394 0.278 0.051 0.128 0.062 0.035 0.025 0.013 0.008 0.004 0.002 4 L 0.048 0.038 0.028 0.078 0.094 0.117 0.162 0.141 0.135 0.089 0.070 5 G 0.182 0.221 0.097 0.208 0.131 0.063 0.048 0.027 0.014 0.007 0.004 6 L 0.018 0.014 0.024 0.061 0.078 0.089 0.152 0.154 0.165 0.141 0.105 7 Y 0.019 0.023 0.047 0.069 0.079 0.125 0.168 0.129 0.142 0.130 0.069 8 K 0.025 0.094 0.124 0.249 0.181 0.115 0.098 0.050 0.034 0.020 0.010 9 V 0.023 0.025 0.041 0.059 0.079 0.093 0.169 0.162 0.140 0.121 0.089 10 N 0.104 0.094 0.077 0.165 0.133 0.116 0.124 0.072 0.058 0.039 0.017 11 E 0.079 0.081 0.088 0.150 0.113 0.120 0.155 0.090 0.067 0.041 0.016 12 Y 0.029 0.040 0.046 0.112 0.119 0.140 0.174 0.122 0.100 0.074 0.043 13 V 0.011 0.011 0.015 0.017 0.024 0.050 0.116 0.131 0.228 0.224 0.172 14 D 0.022 0.054 0.069 0.165 0.164 0.123 0.143 0.102 0.075 0.052 0.032 15 A 0.004 0.004 0.011 0.013 0.022 0.040 0.096 0.143 0.222 0.246 0.200 16 R 0.098 0.092 0.082 0.195 0.153 0.112 0.111 0.065 0.049 0.027 0.016 17 D 0.040 0.072 0.063 0.118 0.106 0.116 0.170 0.114 0.090 0.066 0.043 18 T 0.047 0.052 0.040 0.101 0.116 0.127 0.162 0.117 0.105 0.076 0.057 19 N 0.359 0.179 0.069 0.118 0.068 0.055 0.065 0.034 0.027 0.016 0.010 20 M 0.029 0.029 0.033 0.082 0.093 0.110 0.176 0.145 0.134 0.095 0.073 21 G 0.048 0.070 0.048 0.100 0.104 0.110 0.157 0.110 0.114 0.081 0.058 22 A 0.006 0.009 0.016 0.029 0.042 0.054 0.126 0.163 0.210 0.174 0.173 23 W 0.013 0.017 0.031 0.062 0.089 0.092 0.155 0.169 0.154 0.119 0.099 24 F 0.004 0.008 0.017 0.027 0.040 0.039 0.099 0.157 0.208 0.202 0.199 25 E 0.004 0.005 0.015 0.034 0.062 0.067 0.146 0.191 0.192 0.155 0.129 26 A 0.014 0.009 0.030 0.041 0.059 0.072 0.166 0.178 0.175 0.161 0.095 27 Q 0.013 0.059 0.122 0.213 0.199 0.126 0.127 0.068 0.041 0.020 0.011 28 V 0.007 0.008 0.023 0.030 0.050 0.052 0.138 0.173 0.202 0.188 0.130 29 V 0.027 0.027 0.062 0.103 0.109 0.156 0.230 0.108 0.094 0.059 0.025 30 R 0.055 0.180 0.356 0.264 0.090 0.030 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 31 V 0.004 0.002 0.008 0.007 0.016 0.037 0.093 0.116 0.210 0.242 0.265 32 T 0.044 0.100 0.078 0.157 0.138 0.110 0.141 0.088 0.067 0.052 0.024 33 R 0.052 0.078 0.169 0.169 0.133 0.138 0.130 0.057 0.040 0.024 0.010 34 K 0.265 0.210 0.143 0.177 0.089 0.052 0.034 0.015 0.007 0.004 0.002 35 A 0.179 0.116 0.043 0.102 0.082 0.094 0.145 0.099 0.069 0.046 0.023 36 P 0.402 0.176 0.051 0.120 0.085 0.051 0.049 0.033 0.017 0.011 0.006 37 S 0.226 0.201 0.086 0.140 0.095 0.080 0.071 0.044 0.029 0.020 0.010 38 R 0.194 0.159 0.063 0.146 0.117 0.093 0.094 0.060 0.037 0.023 0.014 39 D 0.349 0.161 0.052 0.124 0.086 0.064 0.066 0.045 0.027 0.017 0.009 40 E 0.180 0.113 0.064 0.155 0.128 0.106 0.103 0.069 0.043 0.025 0.015 41 P 0.164 0.118 0.059 0.148 0.125 0.094 0.108 0.080 0.051 0.033 0.021 42 C 0.046 0.038 0.027 0.071 0.088 0.112 0.173 0.147 0.131 0.098 0.069 43 S 0.191 0.178 0.094 0.176 0.127 0.071 0.070 0.043 0.025 0.015 0.009 44 S 0.224 0.158 0.071 0.167 0.118 0.076 0.076 0.049 0.030 0.019 0.011 45 T 0.322 0.140 0.045 0.121 0.101 0.066 0.075 0.055 0.036 0.023 0.016 46 S 0.333 0.201 0.053 0.128 0.085 0.054 0.058 0.039 0.025 0.015 0.009 47 R 0.151 0.137 0.060 0.150 0.136 0.107 0.109 0.066 0.042 0.026 0.016 48 P 0.424 0.149 0.062 0.119 0.085 0.048 0.052 0.031 0.017 0.009 0.005 49 A 0.253 0.141 0.074 0.153 0.111 0.073 0.084 0.050 0.031 0.020 0.011 50 L 0.047 0.107 0.056 0.132 0.127 0.127 0.155 0.099 0.072 0.053 0.026 51 E 0.180 0.216 0.102 0.196 0.125 0.072 0.052 0.028 0.016 0.010 0.004 52 E 0.229 0.123 0.106 0.179 0.115 0.092 0.081 0.040 0.020 0.010 0.004 53 D 0.163 0.155 0.116 0.236 0.137 0.071 0.060 0.032 0.017 0.010 0.005 54 V 0.005 0.007 0.010 0.017 0.031 0.076 0.174 0.149 0.220 0.195 0.116 55 I 0.022 0.051 0.110 0.191 0.190 0.151 0.115 0.071 0.048 0.035 0.016 56 Y 0.006 0.009 0.044 0.034 0.044 0.126 0.233 0.156 0.170 0.133 0.045 57 H 0.019 0.053 0.086 0.243 0.198 0.125 0.129 0.073 0.041 0.021 0.013 58 V 0.004 0.002 0.005 0.004 0.008 0.019 0.068 0.120 0.222 0.282 0.266 59 K 0.037 0.121 0.150 0.332 0.208 0.074 0.040 0.019 0.010 0.005 0.003 60 Y 0.006 0.010 0.016 0.021 0.035 0.071 0.176 0.176 0.186 0.186 0.116 61 D 0.170 0.158 0.101 0.207 0.153 0.086 0.062 0.030 0.018 0.009 0.006 62 D 0.515 0.186 0.076 0.103 0.044 0.025 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 63 Y 0.038 0.044 0.025 0.060 0.067 0.121 0.160 0.115 0.145 0.138 0.088 64 P 0.254 0.311 0.048 0.127 0.084 0.053 0.057 0.032 0.018 0.010 0.005 65 E 0.309 0.175 0.092 0.162 0.092 0.068 0.049 0.027 0.015 0.009 0.005 66 N 0.324 0.154 0.074 0.139 0.102 0.070 0.063 0.037 0.019 0.011 0.007 67 G 0.116 0.110 0.032 0.139 0.125 0.114 0.152 0.104 0.059 0.034 0.015 68 V 0.029 0.026 0.025 0.060 0.079 0.104 0.144 0.144 0.158 0.141 0.090 69 V 0.039 0.045 0.071 0.119 0.118 0.146 0.185 0.116 0.083 0.055 0.024 70 Q 0.041 0.111 0.134 0.305 0.186 0.092 0.068 0.032 0.017 0.008 0.005 71 M 0.008 0.004 0.006 0.008 0.015 0.027 0.082 0.125 0.200 0.236 0.289 72 N 0.097 0.257 0.085 0.258 0.158 0.060 0.042 0.022 0.012 0.006 0.003 73 S 0.129 0.134 0.076 0.117 0.104 0.106 0.132 0.076 0.059 0.043 0.024 74 R 0.465 0.210 0.064 0.125 0.063 0.033 0.022 0.009 0.005 0.002 0.002 75 D 0.560 0.208 0.036 0.099 0.041 0.020 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 76 V 0.024 0.025 0.018 0.028 0.039 0.061 0.113 0.121 0.204 0.194 0.172 77 R 0.033 0.075 0.067 0.196 0.202 0.166 0.132 0.066 0.036 0.017 0.009 78 A 0.066 0.059 0.194 0.153 0.115 0.122 0.121 0.077 0.049 0.030 0.016 79 R 0.018 0.031 0.061 0.125 0.159 0.142 0.197 0.137 0.070 0.035 0.023 80 A 0.007 0.007 0.016 0.029 0.040 0.044 0.142 0.211 0.206 0.190 0.109 81 R 0.021 0.037 0.155 0.193 0.183 0.151 0.120 0.060 0.042 0.028 0.011 82 T 0.043 0.083 0.314 0.216 0.141 0.082 0.068 0.029 0.014 0.006 0.003 83 I 0.024 0.027 0.066 0.091 0.114 0.109 0.188 0.153 0.104 0.077 0.047 84 I 0.012 0.009 0.018 0.018 0.031 0.065 0.159 0.149 0.213 0.198 0.128 85 K 0.050 0.220 0.309 0.254 0.099 0.034 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 86 W 0.027 0.018 0.048 0.063 0.102 0.168 0.232 0.133 0.099 0.073 0.037 87 Q 0.428 0.201 0.103 0.125 0.058 0.032 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 88 D 0.056 0.117 0.081 0.210 0.153 0.121 0.136 0.065 0.035 0.017 0.010 89 L 0.009 0.005 0.011 0.010 0.018 0.033 0.080 0.104 0.189 0.217 0.325 90 E 0.170 0.350 0.170 0.194 0.073 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 91 V 0.052 0.045 0.067 0.109 0.126 0.115 0.168 0.124 0.090 0.060 0.044 92 G 0.207 0.129 0.055 0.128 0.100 0.084 0.107 0.070 0.058 0.040 0.022 93 Q 0.043 0.071 0.063 0.174 0.131 0.140 0.155 0.090 0.072 0.041 0.019 94 V 0.015 0.029 0.051 0.084 0.096 0.142 0.178 0.143 0.116 0.094 0.052 95 V 0.002 0.005 0.010 0.021 0.032 0.054 0.139 0.173 0.229 0.197 0.138 96 M 0.003 0.004 0.012 0.020 0.031 0.037 0.093 0.169 0.218 0.231 0.182 97 L 0.003 0.006 0.018 0.029 0.036 0.051 0.104 0.139 0.214 0.232 0.168 98 N 0.005 0.007 0.016 0.040 0.064 0.083 0.166 0.189 0.182 0.143 0.105 99 Y 0.008 0.007 0.014 0.021 0.033 0.047 0.114 0.175 0.214 0.206 0.161 100 N 0.028 0.090 0.075 0.161 0.146 0.107 0.146 0.102 0.071 0.045 0.030 101 P 0.141 0.078 0.043 0.099 0.105 0.104 0.156 0.093 0.086 0.056 0.037 102 D 0.567 0.171 0.047 0.087 0.046 0.028 0.027 0.012 0.008 0.004 0.003 103 N 0.243 0.266 0.062 0.165 0.094 0.060 0.054 0.026 0.017 0.010 0.006 104 P 0.121 0.132 0.030 0.071 0.070 0.070 0.110 0.098 0.104 0.097 0.096 105 K 0.330 0.238 0.069 0.160 0.094 0.046 0.030 0.015 0.009 0.005 0.003 106 E 0.326 0.213 0.110 0.153 0.069 0.049 0.037 0.019 0.012 0.008 0.004 107 R 0.037 0.053 0.031 0.130 0.129 0.165 0.176 0.111 0.087 0.054 0.027 108 G 0.168 0.119 0.052 0.109 0.085 0.085 0.118 0.098 0.081 0.054 0.028 109 F 0.019 0.026 0.042 0.092 0.098 0.141 0.192 0.138 0.122 0.084 0.045 110 W 0.026 0.029 0.051 0.085 0.094 0.106 0.156 0.143 0.128 0.109 0.074 111 Y 0.008 0.012 0.019 0.038 0.063 0.090 0.184 0.201 0.177 0.133 0.075 112 D 0.016 0.028 0.050 0.095 0.119 0.102 0.171 0.157 0.124 0.087 0.050 113 A 0.018 0.010 0.026 0.042 0.058 0.092 0.200 0.175 0.176 0.127 0.076 114 E 0.096 0.129 0.149 0.257 0.160 0.080 0.074 0.028 0.016 0.007 0.004 115 I 0.007 0.006 0.017 0.016 0.030 0.035 0.122 0.169 0.206 0.200 0.192 116 S 0.034 0.054 0.106 0.184 0.172 0.127 0.141 0.076 0.053 0.036 0.015 117 R 0.061 0.153 0.337 0.196 0.096 0.066 0.052 0.018 0.012 0.007 0.002 118 K 0.064 0.112 0.174 0.201 0.160 0.120 0.093 0.041 0.019 0.010 0.005 119 R 0.320 0.207 0.124 0.129 0.071 0.048 0.051 0.027 0.013 0.008 0.003 120 E 0.266 0.120 0.119 0.147 0.106 0.082 0.088 0.040 0.019 0.009 0.004 121 T 0.166 0.214 0.233 0.148 0.082 0.055 0.054 0.024 0.013 0.008 0.003 122 R 0.092 0.097 0.145 0.156 0.142 0.122 0.128 0.059 0.032 0.018 0.008 123 T 0.238 0.282 0.203 0.159 0.062 0.027 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 124 A 0.065 0.049 0.085 0.154 0.148 0.144 0.154 0.100 0.054 0.034 0.012 125 R 0.055 0.082 0.153 0.170 0.134 0.137 0.139 0.071 0.033 0.019 0.006 126 E 0.016 0.061 0.225 0.265 0.180 0.122 0.072 0.032 0.015 0.009 0.004 127 L 0.003 0.003 0.016 0.009 0.017 0.061 0.156 0.160 0.212 0.220 0.143 128 Y 0.016 0.048 0.092 0.217 0.198 0.130 0.137 0.076 0.047 0.026 0.012 129 A 0.003 0.003 0.016 0.011 0.019 0.040 0.129 0.159 0.242 0.235 0.143 130 N 0.029 0.103 0.134 0.304 0.202 0.095 0.065 0.030 0.020 0.010 0.008 131 V 0.004 0.002 0.007 0.007 0.014 0.022 0.069 0.131 0.203 0.230 0.312 132 V 0.024 0.030 0.035 0.100 0.139 0.145 0.160 0.131 0.101 0.076 0.059 133 L 0.006 0.010 0.015 0.021 0.032 0.046 0.117 0.153 0.216 0.195 0.190 134 G 0.076 0.085 0.055 0.127 0.131 0.100 0.140 0.099 0.082 0.057 0.047 135 D 0.330 0.185 0.057 0.143 0.086 0.061 0.067 0.029 0.023 0.012 0.007 136 D 0.541 0.145 0.040 0.104 0.064 0.036 0.032 0.018 0.011 0.006 0.004 137 S 0.211 0.284 0.039 0.155 0.104 0.066 0.067 0.037 0.019 0.010 0.007 138 L 0.047 0.050 0.021 0.054 0.073 0.087 0.139 0.136 0.141 0.128 0.122 139 N 0.316 0.231 0.108 0.160 0.091 0.044 0.028 0.012 0.006 0.003 0.001 140 D 0.227 0.160 0.114 0.241 0.116 0.055 0.044 0.022 0.012 0.006 0.003 141 C 0.014 0.013 0.011 0.021 0.031 0.071 0.149 0.137 0.223 0.215 0.117 142 R 0.081 0.203 0.102 0.317 0.160 0.065 0.037 0.018 0.010 0.005 0.002 143 I 0.022 0.013 0.053 0.046 0.060 0.104 0.169 0.166 0.145 0.143 0.081 144 I 0.029 0.072 0.095 0.197 0.180 0.163 0.129 0.066 0.039 0.020 0.010 145 F 0.011 0.029 0.033 0.041 0.052 0.057 0.147 0.186 0.176 0.157 0.110 146 V 0.026 0.031 0.058 0.121 0.156 0.160 0.181 0.107 0.081 0.048 0.030 147 D 0.506 0.136 0.148 0.112 0.043 0.021 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 148 E 0.026 0.040 0.057 0.147 0.172 0.163 0.205 0.102 0.050 0.024 0.014 149 V 0.014 0.015 0.030 0.031 0.041 0.045 0.111 0.142 0.202 0.206 0.163 150 F 0.017 0.020 0.073 0.094 0.110 0.170 0.223 0.121 0.087 0.062 0.023 151 K 0.017 0.114 0.429 0.250 0.107 0.045 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 152 I 0.021 0.010 0.024 0.031 0.056 0.057 0.158 0.218 0.163 0.139 0.123 153 E 0.074 0.085 0.086 0.138 0.118 0.122 0.156 0.096 0.066 0.042 0.018 154 R 0.140 0.239 0.250 0.194 0.087 0.040 0.027 0.011 0.007 0.003 0.002 155 P 0.315 0.107 0.078 0.110 0.105 0.072 0.094 0.059 0.030 0.018 0.012