# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.85934 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.064 0.009 0.004 0.016 0.021 0.020 0.114 0.001 0.001 0.004 0.748 2 T 0.016 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.955 3 E 0.027 0.007 0.003 0.028 0.025 0.043 0.251 0.001 0.001 0.003 0.613 4 L 0.063 0.013 0.002 0.032 0.033 0.044 0.212 0.001 0.001 0.007 0.594 5 G 0.066 0.040 0.005 0.049 0.194 0.202 0.139 0.001 0.001 0.007 0.298 6 L 0.044 0.060 0.011 0.086 0.084 0.147 0.100 0.001 0.001 0.004 0.464 7 Y 0.021 0.081 0.003 0.151 0.175 0.337 0.054 0.002 0.001 0.002 0.175 8 K 0.014 0.056 0.002 0.081 0.155 0.206 0.074 0.002 0.001 0.002 0.409 9 V 0.031 0.117 0.004 0.101 0.134 0.280 0.035 0.003 0.001 0.002 0.294 10 N 0.070 0.085 0.006 0.101 0.064 0.183 0.094 0.003 0.001 0.005 0.388 11 E 0.179 0.057 0.007 0.065 0.033 0.044 0.121 0.004 0.001 0.006 0.485 12 Y 0.366 0.088 0.020 0.055 0.025 0.042 0.082 0.005 0.001 0.006 0.311 13 V 0.206 0.146 0.012 0.125 0.081 0.113 0.068 0.010 0.001 0.005 0.235 14 D 0.118 0.104 0.009 0.079 0.079 0.129 0.086 0.013 0.001 0.004 0.377 15 A 0.112 0.128 0.022 0.141 0.039 0.114 0.081 0.008 0.001 0.006 0.349 16 R 0.029 0.057 0.005 0.062 0.028 0.058 0.377 0.005 0.001 0.010 0.370 17 D 0.328 0.041 0.020 0.024 0.023 0.038 0.144 0.010 0.001 0.029 0.343 18 T 0.219 0.134 0.062 0.074 0.028 0.048 0.099 0.010 0.001 0.015 0.313 19 N 0.045 0.070 0.016 0.044 0.034 0.043 0.267 0.006 0.001 0.008 0.466 20 M 0.126 0.133 0.037 0.036 0.043 0.050 0.147 0.004 0.001 0.022 0.402 21 G 0.077 0.057 0.009 0.053 0.107 0.172 0.170 0.002 0.001 0.021 0.331 22 A 0.123 0.077 0.043 0.040 0.203 0.141 0.108 0.002 0.001 0.008 0.254 23 W 0.015 0.079 0.007 0.069 0.231 0.349 0.048 0.001 0.001 0.001 0.200 24 F 0.003 0.019 0.001 0.026 0.435 0.472 0.009 0.001 0.001 0.001 0.035 25 E 0.002 0.023 0.001 0.021 0.359 0.560 0.007 0.001 0.001 0.001 0.026 26 A 0.001 0.011 0.001 0.012 0.407 0.545 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 27 Q 0.002 0.012 0.001 0.009 0.454 0.500 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 28 V 0.002 0.014 0.001 0.009 0.312 0.622 0.005 0.001 0.001 0.001 0.036 29 V 0.002 0.009 0.001 0.009 0.360 0.585 0.007 0.001 0.001 0.001 0.027 30 R 0.004 0.012 0.001 0.016 0.333 0.504 0.016 0.001 0.001 0.001 0.113 31 V 0.009 0.024 0.004 0.017 0.309 0.433 0.025 0.001 0.001 0.001 0.176 32 T 0.010 0.021 0.003 0.042 0.234 0.397 0.059 0.002 0.001 0.002 0.228 33 R 0.028 0.020 0.007 0.032 0.104 0.194 0.065 0.003 0.001 0.006 0.542 34 K 0.029 0.015 0.008 0.040 0.042 0.112 0.141 0.002 0.001 0.009 0.602 35 A 0.085 0.008 0.006 0.018 0.039 0.045 0.128 0.002 0.001 0.009 0.660 36 P 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.982 37 S 0.021 0.003 0.001 0.019 0.016 0.039 0.176 0.001 0.001 0.003 0.722 38 R 0.217 0.010 0.002 0.010 0.011 0.014 0.109 0.001 0.001 0.015 0.611 39 D 0.092 0.014 0.005 0.011 0.009 0.015 0.119 0.001 0.001 0.009 0.725 40 E 0.160 0.009 0.010 0.018 0.033 0.037 0.192 0.001 0.001 0.008 0.531 41 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.982 42 C 0.023 0.005 0.001 0.027 0.039 0.095 0.077 0.001 0.001 0.001 0.730 43 S 0.102 0.016 0.002 0.032 0.029 0.048 0.130 0.001 0.001 0.006 0.633 44 S 0.090 0.029 0.003 0.027 0.026 0.036 0.111 0.002 0.001 0.005 0.670 45 T 0.102 0.020 0.009 0.025 0.024 0.039 0.161 0.002 0.001 0.014 0.604 46 S 0.110 0.012 0.010 0.015 0.010 0.021 0.232 0.002 0.001 0.020 0.569 47 R 0.133 0.014 0.008 0.018 0.030 0.026 0.268 0.001 0.001 0.009 0.494 48 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.988 49 A 0.021 0.010 0.004 0.029 0.054 0.119 0.156 0.001 0.001 0.002 0.604 50 L 0.107 0.025 0.003 0.016 0.027 0.045 0.135 0.001 0.001 0.011 0.629 51 E 0.154 0.083 0.009 0.022 0.058 0.114 0.082 0.002 0.001 0.010 0.465 52 E 0.104 0.034 0.007 0.021 0.041 0.078 0.105 0.001 0.001 0.010 0.599 53 D 0.207 0.026 0.004 0.028 0.062 0.073 0.143 0.002 0.001 0.007 0.448 54 V 0.234 0.066 0.017 0.059 0.211 0.182 0.042 0.002 0.001 0.003 0.184 55 I 0.008 0.026 0.004 0.091 0.317 0.426 0.031 0.001 0.001 0.001 0.094 56 Y 0.002 0.005 0.001 0.034 0.482 0.448 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 57 H 0.004 0.007 0.001 0.071 0.342 0.470 0.011 0.001 0.001 0.001 0.093 58 V 0.002 0.004 0.001 0.078 0.408 0.453 0.008 0.001 0.001 0.001 0.046 59 K 0.001 0.001 0.001 0.036 0.324 0.464 0.013 0.001 0.001 0.001 0.160 60 Y 0.001 0.002 0.001 0.062 0.230 0.534 0.024 0.001 0.001 0.001 0.144 61 D 0.016 0.006 0.002 0.062 0.131 0.341 0.070 0.001 0.001 0.009 0.362 62 D 0.041 0.003 0.004 0.033 0.021 0.062 0.127 0.001 0.001 0.014 0.695 63 Y 0.280 0.010 0.010 0.020 0.090 0.057 0.179 0.002 0.001 0.020 0.331 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 65 E 0.019 0.002 0.002 0.020 0.042 0.138 0.165 0.001 0.001 0.002 0.610 66 N 0.128 0.005 0.001 0.013 0.014 0.017 0.147 0.001 0.001 0.018 0.656 67 G 0.454 0.013 0.005 0.015 0.119 0.098 0.047 0.001 0.001 0.011 0.237 68 V 0.098 0.016 0.027 0.073 0.091 0.109 0.140 0.001 0.001 0.007 0.440 69 V 0.009 0.005 0.001 0.064 0.391 0.377 0.023 0.001 0.001 0.001 0.129 70 Q 0.004 0.004 0.001 0.057 0.221 0.401 0.023 0.001 0.001 0.001 0.289 71 M 0.007 0.006 0.001 0.151 0.243 0.451 0.020 0.001 0.001 0.002 0.118 72 N 0.010 0.005 0.001 0.080 0.160 0.240 0.117 0.001 0.001 0.002 0.385 73 S 0.024 0.005 0.003 0.062 0.084 0.187 0.053 0.001 0.001 0.005 0.576 74 R 0.038 0.011 0.003 0.058 0.084 0.146 0.236 0.001 0.001 0.016 0.407 75 D 0.141 0.006 0.002 0.013 0.017 0.028 0.277 0.001 0.001 0.018 0.498 76 V 0.327 0.062 0.028 0.052 0.040 0.060 0.136 0.003 0.001 0.013 0.280 77 R 0.024 0.058 0.007 0.032 0.099 0.103 0.382 0.002 0.001 0.004 0.290 78 A 0.003 0.007 0.001 0.005 0.007 0.012 0.026 0.001 0.001 0.001 0.941 79 R 0.031 0.069 0.004 0.032 0.073 0.203 0.190 0.001 0.001 0.008 0.390 80 A 0.268 0.204 0.008 0.021 0.033 0.047 0.178 0.003 0.001 0.011 0.227 81 R 0.060 0.547 0.011 0.027 0.038 0.063 0.054 0.005 0.001 0.002 0.192 82 T 0.049 0.449 0.015 0.041 0.106 0.099 0.054 0.009 0.001 0.002 0.175 83 I 0.067 0.400 0.007 0.029 0.045 0.090 0.021 0.008 0.001 0.001 0.330 84 I 0.040 0.273 0.012 0.097 0.160 0.192 0.041 0.011 0.001 0.002 0.173 85 K 0.037 0.138 0.010 0.035 0.108 0.157 0.051 0.010 0.001 0.002 0.451 86 W 0.052 0.167 0.027 0.051 0.079 0.190 0.038 0.008 0.001 0.003 0.385 87 Q 0.071 0.103 0.011 0.032 0.060 0.129 0.092 0.006 0.001 0.006 0.490 88 D 0.141 0.033 0.005 0.014 0.012 0.029 0.106 0.005 0.001 0.006 0.649 89 L 0.561 0.071 0.030 0.041 0.033 0.054 0.040 0.008 0.001 0.006 0.155 90 E 0.078 0.068 0.015 0.048 0.073 0.069 0.187 0.010 0.001 0.004 0.448 91 V 0.063 0.048 0.033 0.067 0.078 0.092 0.077 0.005 0.001 0.008 0.528 92 G 0.051 0.009 0.010 0.132 0.146 0.300 0.081 0.001 0.001 0.018 0.251 93 Q 0.086 0.003 0.004 0.183 0.139 0.118 0.202 0.001 0.001 0.007 0.256 94 V 0.014 0.003 0.002 0.257 0.136 0.194 0.067 0.001 0.001 0.001 0.326 95 V 0.002 0.001 0.001 0.463 0.174 0.278 0.023 0.001 0.001 0.001 0.057 96 M 0.002 0.002 0.001 0.278 0.242 0.334 0.020 0.001 0.001 0.001 0.122 97 L 0.001 0.001 0.001 0.308 0.258 0.280 0.023 0.001 0.001 0.001 0.126 98 N 0.002 0.001 0.001 0.261 0.207 0.341 0.038 0.001 0.001 0.002 0.146 99 Y 0.005 0.003 0.002 0.098 0.166 0.256 0.125 0.001 0.001 0.005 0.340 100 N 0.005 0.001 0.002 0.073 0.172 0.164 0.259 0.001 0.001 0.010 0.314 101 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.982 102 D 0.003 0.001 0.001 0.016 0.005 0.015 0.530 0.001 0.001 0.006 0.423 103 N 0.221 0.003 0.002 0.007 0.018 0.008 0.172 0.001 0.001 0.062 0.508 104 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.989 105 K 0.006 0.004 0.002 0.014 0.029 0.086 0.408 0.001 0.001 0.006 0.444 106 E 0.389 0.013 0.001 0.010 0.023 0.024 0.108 0.001 0.001 0.026 0.405 107 R 0.175 0.202 0.008 0.034 0.076 0.054 0.092 0.003 0.001 0.013 0.342 108 G 0.132 0.038 0.013 0.042 0.126 0.195 0.097 0.005 0.001 0.009 0.343 109 F 0.091 0.046 0.041 0.132 0.171 0.161 0.083 0.003 0.001 0.005 0.268 110 W 0.007 0.006 0.002 0.084 0.293 0.396 0.018 0.001 0.001 0.001 0.195 111 Y 0.003 0.004 0.001 0.073 0.415 0.341 0.029 0.001 0.001 0.001 0.133 112 D 0.012 0.011 0.004 0.092 0.244 0.369 0.040 0.001 0.001 0.004 0.224 113 A 0.011 0.014 0.003 0.100 0.197 0.383 0.085 0.001 0.001 0.005 0.202 114 E 0.010 0.009 0.001 0.067 0.097 0.192 0.383 0.001 0.001 0.004 0.234 115 I 0.039 0.035 0.004 0.079 0.174 0.249 0.145 0.001 0.001 0.009 0.265 116 S 0.020 0.084 0.006 0.043 0.253 0.295 0.100 0.002 0.001 0.004 0.193 117 R 0.021 0.080 0.005 0.026 0.132 0.188 0.070 0.003 0.001 0.004 0.472 118 K 0.062 0.076 0.004 0.022 0.136 0.265 0.052 0.003 0.001 0.004 0.376 119 R 0.086 0.045 0.006 0.017 0.096 0.163 0.098 0.004 0.001 0.005 0.479 120 E 0.090 0.059 0.009 0.011 0.047 0.068 0.108 0.004 0.001 0.005 0.600 121 T 0.068 0.042 0.016 0.016 0.049 0.093 0.101 0.004 0.001 0.007 0.602 122 R 0.144 0.064 0.018 0.015 0.045 0.065 0.091 0.004 0.001 0.009 0.545 123 T 0.040 0.051 0.006 0.010 0.022 0.028 0.266 0.001 0.001 0.006 0.570 124 A 0.125 0.061 0.009 0.012 0.037 0.067 0.104 0.002 0.001 0.010 0.573 125 R 0.083 0.168 0.012 0.015 0.063 0.112 0.189 0.002 0.001 0.013 0.344 126 E 0.135 0.117 0.007 0.025 0.059 0.075 0.168 0.003 0.001 0.005 0.406 127 L 0.122 0.241 0.015 0.045 0.153 0.175 0.040 0.005 0.001 0.002 0.201 128 Y 0.023 0.127 0.008 0.091 0.275 0.337 0.034 0.003 0.001 0.001 0.102 129 A 0.009 0.042 0.004 0.104 0.334 0.410 0.015 0.002 0.001 0.001 0.079 130 N 0.010 0.023 0.003 0.126 0.318 0.403 0.017 0.002 0.001 0.001 0.098 131 V 0.013 0.018 0.003 0.192 0.224 0.378 0.017 0.001 0.001 0.001 0.153 132 V 0.009 0.010 0.003 0.241 0.193 0.400 0.024 0.001 0.001 0.001 0.118 133 L 0.010 0.011 0.006 0.265 0.131 0.308 0.060 0.002 0.001 0.003 0.203 134 G 0.038 0.009 0.006 0.150 0.083 0.179 0.110 0.002 0.001 0.007 0.416 135 D 0.023 0.001 0.001 0.036 0.008 0.020 0.064 0.001 0.001 0.002 0.844 136 D 0.039 0.001 0.001 0.014 0.006 0.011 0.086 0.001 0.001 0.003 0.840 137 S 0.078 0.002 0.001 0.013 0.006 0.009 0.286 0.001 0.001 0.005 0.600 138 L 0.224 0.016 0.005 0.024 0.024 0.043 0.115 0.001 0.001 0.008 0.539 139 N 0.064 0.027 0.005 0.028 0.062 0.115 0.230 0.002 0.001 0.009 0.458 140 D 0.143 0.017 0.005 0.035 0.032 0.044 0.120 0.002 0.001 0.010 0.592 141 C 0.167 0.035 0.018 0.088 0.087 0.126 0.071 0.002 0.001 0.008 0.398 142 R 0.036 0.025 0.005 0.188 0.216 0.212 0.155 0.001 0.001 0.004 0.157 143 I 0.016 0.026 0.006 0.261 0.137 0.245 0.048 0.001 0.001 0.003 0.258 144 I 0.010 0.030 0.003 0.417 0.175 0.237 0.043 0.001 0.001 0.001 0.083 145 F 0.007 0.035 0.002 0.235 0.106 0.161 0.077 0.001 0.001 0.001 0.374 146 V 0.006 0.037 0.002 0.241 0.105 0.352 0.030 0.001 0.001 0.002 0.226 147 D 0.017 0.040 0.002 0.141 0.040 0.184 0.094 0.001 0.001 0.005 0.477 148 E 0.136 0.085 0.003 0.066 0.017 0.026 0.226 0.002 0.001 0.004 0.434 149 V 0.298 0.327 0.012 0.020 0.018 0.031 0.041 0.006 0.001 0.003 0.244 150 F 0.075 0.413 0.016 0.045 0.097 0.141 0.027 0.012 0.001 0.002 0.172 151 K 0.063 0.260 0.010 0.035 0.077 0.092 0.031 0.023 0.001 0.002 0.407 152 I 0.119 0.193 0.031 0.072 0.104 0.144 0.018 0.027 0.001 0.003 0.289 153 E 0.067 0.098 0.045 0.073 0.107 0.150 0.055 0.019 0.001 0.004 0.383 154 R 0.023 0.014 0.012 0.035 0.109 0.098 0.051 0.003 0.001 0.002 0.651 155 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981