# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.85934 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.069 0.012 0.021 0.029 0.047 0.079 0.009 0.733 2 T 0.004 0.001 0.003 0.003 0.006 0.007 0.001 0.975 3 E 0.036 0.006 0.023 0.030 0.049 0.206 0.007 0.643 4 L 0.205 0.011 0.045 0.043 0.057 0.103 0.015 0.521 5 G 0.169 0.022 0.114 0.088 0.140 0.129 0.014 0.323 6 L 0.046 0.014 0.143 0.110 0.147 0.050 0.004 0.485 7 Y 0.016 0.010 0.163 0.355 0.305 0.041 0.002 0.108 8 K 0.013 0.007 0.075 0.150 0.258 0.050 0.002 0.445 9 V 0.010 0.013 0.088 0.222 0.458 0.041 0.002 0.165 10 N 0.018 0.019 0.076 0.150 0.296 0.082 0.006 0.352 11 E 0.067 0.022 0.050 0.065 0.119 0.132 0.011 0.534 12 Y 0.091 0.036 0.080 0.056 0.153 0.079 0.020 0.486 13 V 0.113 0.040 0.153 0.158 0.194 0.114 0.009 0.220 14 D 0.030 0.045 0.119 0.177 0.172 0.080 0.006 0.370 15 A 0.045 0.065 0.186 0.108 0.199 0.068 0.006 0.322 16 R 0.024 0.054 0.046 0.041 0.066 0.452 0.008 0.309 17 D 0.133 0.070 0.043 0.039 0.062 0.214 0.032 0.407 18 T 0.168 0.137 0.130 0.024 0.034 0.091 0.028 0.387 19 N 0.039 0.080 0.041 0.019 0.019 0.517 0.015 0.270 20 M 0.141 0.164 0.057 0.023 0.046 0.122 0.037 0.409 21 G 0.114 0.177 0.059 0.016 0.044 0.143 0.037 0.410 22 A 0.119 0.130 0.136 0.121 0.073 0.127 0.009 0.286 23 W 0.020 0.249 0.058 0.055 0.085 0.082 0.006 0.445 24 F 0.026 0.250 0.024 0.179 0.339 0.046 0.004 0.132 25 E 0.020 0.662 0.030 0.050 0.122 0.018 0.004 0.093 26 A 0.026 0.677 0.017 0.067 0.099 0.012 0.008 0.094 27 Q 0.031 0.664 0.018 0.054 0.096 0.016 0.011 0.109 28 V 0.034 0.665 0.027 0.061 0.123 0.005 0.010 0.075 29 V 0.013 0.282 0.070 0.223 0.342 0.006 0.006 0.058 30 R 0.040 0.259 0.065 0.124 0.168 0.017 0.013 0.315 31 V 0.039 0.159 0.087 0.144 0.221 0.011 0.008 0.332 32 T 0.041 0.180 0.108 0.173 0.262 0.042 0.014 0.180 33 R 0.061 0.052 0.071 0.153 0.203 0.032 0.012 0.416 34 K 0.052 0.049 0.058 0.071 0.198 0.098 0.017 0.458 35 A 0.101 0.015 0.020 0.033 0.054 0.170 0.021 0.586 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 37 S 0.034 0.005 0.016 0.014 0.025 0.224 0.010 0.672 38 R 0.339 0.003 0.007 0.011 0.011 0.068 0.011 0.548 39 D 0.175 0.016 0.015 0.016 0.040 0.120 0.017 0.601 40 E 0.261 0.010 0.025 0.029 0.035 0.204 0.012 0.424 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 42 C 0.024 0.006 0.018 0.042 0.108 0.119 0.002 0.680 43 S 0.134 0.011 0.016 0.034 0.044 0.145 0.006 0.610 44 S 0.162 0.016 0.011 0.016 0.023 0.098 0.013 0.661 45 T 0.181 0.014 0.023 0.014 0.020 0.168 0.020 0.560 46 S 0.157 0.014 0.019 0.010 0.016 0.295 0.023 0.465 47 R 0.169 0.017 0.020 0.016 0.021 0.239 0.013 0.504 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 49 A 0.035 0.015 0.019 0.031 0.073 0.276 0.004 0.548 50 L 0.213 0.054 0.017 0.024 0.050 0.147 0.008 0.489 51 E 0.119 0.136 0.014 0.021 0.047 0.116 0.014 0.535 52 E 0.181 0.128 0.028 0.032 0.042 0.079 0.033 0.478 53 D 0.256 0.072 0.048 0.032 0.040 0.065 0.051 0.437 54 V 0.101 0.071 0.145 0.307 0.194 0.030 0.012 0.140 55 I 0.016 0.047 0.175 0.287 0.330 0.033 0.005 0.108 56 Y 0.011 0.009 0.088 0.401 0.431 0.008 0.001 0.050 57 H 0.006 0.009 0.190 0.190 0.432 0.010 0.002 0.162 58 V 0.005 0.003 0.161 0.374 0.389 0.010 0.001 0.058 59 K 0.002 0.002 0.118 0.245 0.457 0.018 0.001 0.157 60 Y 0.005 0.002 0.080 0.212 0.412 0.025 0.001 0.264 61 D 0.012 0.002 0.065 0.214 0.338 0.104 0.004 0.261 62 D 0.046 0.002 0.030 0.059 0.131 0.160 0.009 0.562 63 Y 0.070 0.004 0.030 0.045 0.080 0.300 0.013 0.458 64 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.001 0.973 65 E 0.033 0.008 0.017 0.023 0.045 0.307 0.008 0.559 66 N 0.250 0.021 0.030 0.020 0.036 0.122 0.062 0.459 67 G 0.631 0.011 0.027 0.038 0.057 0.041 0.067 0.128 68 V 0.096 0.017 0.191 0.139 0.131 0.120 0.009 0.296 69 V 0.005 0.002 0.041 0.444 0.394 0.020 0.001 0.092 70 Q 0.009 0.004 0.042 0.207 0.440 0.025 0.001 0.274 71 M 0.008 0.005 0.058 0.321 0.424 0.033 0.001 0.151 72 N 0.008 0.007 0.049 0.191 0.354 0.063 0.003 0.326 73 S 0.021 0.009 0.032 0.082 0.163 0.060 0.004 0.630 74 R 0.030 0.010 0.021 0.055 0.101 0.307 0.009 0.466 75 D 0.095 0.011 0.012 0.018 0.034 0.347 0.011 0.473 76 V 0.117 0.066 0.046 0.068 0.115 0.102 0.012 0.474 77 R 0.031 0.140 0.053 0.094 0.166 0.153 0.004 0.358 78 A 0.021 0.079 0.012 0.026 0.058 0.131 0.003 0.670 79 R 0.051 0.333 0.035 0.049 0.164 0.055 0.009 0.305 80 A 0.085 0.481 0.059 0.053 0.097 0.024 0.012 0.189 81 R 0.035 0.516 0.049 0.080 0.088 0.025 0.014 0.192 82 T 0.101 0.431 0.061 0.056 0.106 0.032 0.019 0.194 83 I 0.081 0.340 0.104 0.069 0.107 0.015 0.018 0.266 84 I 0.044 0.210 0.169 0.190 0.194 0.043 0.012 0.138 85 K 0.046 0.111 0.097 0.102 0.109 0.076 0.013 0.445 86 W 0.044 0.120 0.120 0.092 0.156 0.044 0.013 0.411 87 Q 0.043 0.059 0.052 0.057 0.070 0.255 0.018 0.444 88 D 0.143 0.032 0.024 0.023 0.029 0.141 0.027 0.581 89 L 0.219 0.089 0.097 0.071 0.089 0.054 0.028 0.353 90 E 0.073 0.045 0.054 0.096 0.071 0.340 0.010 0.311 91 V 0.033 0.021 0.036 0.038 0.067 0.031 0.005 0.768 92 G 0.064 0.030 0.138 0.120 0.256 0.069 0.013 0.310 93 Q 0.093 0.010 0.142 0.185 0.138 0.154 0.008 0.271 94 V 0.019 0.007 0.215 0.125 0.226 0.018 0.003 0.386 95 V 0.008 0.003 0.379 0.243 0.286 0.026 0.001 0.054 96 M 0.003 0.002 0.402 0.173 0.238 0.011 0.001 0.172 97 L 0.002 0.002 0.520 0.123 0.258 0.020 0.001 0.074 98 N 0.005 0.001 0.206 0.150 0.275 0.033 0.002 0.328 99 Y 0.016 0.003 0.212 0.111 0.228 0.156 0.005 0.270 100 N 0.033 0.003 0.057 0.078 0.088 0.338 0.011 0.393 101 P 0.015 0.001 0.007 0.005 0.011 0.030 0.004 0.928 102 D 0.025 0.003 0.008 0.006 0.013 0.612 0.010 0.323 103 N 0.339 0.005 0.003 0.006 0.009 0.350 0.028 0.259 104 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.989 105 K 0.014 0.013 0.013 0.019 0.036 0.330 0.004 0.571 106 E 0.291 0.026 0.014 0.017 0.020 0.304 0.011 0.316 107 R 0.274 0.217 0.051 0.031 0.070 0.052 0.032 0.273 108 G 0.198 0.077 0.145 0.037 0.086 0.048 0.040 0.368 109 F 0.094 0.034 0.335 0.149 0.094 0.068 0.006 0.219 110 W 0.012 0.022 0.110 0.170 0.244 0.030 0.005 0.408 111 Y 0.019 0.017 0.104 0.266 0.391 0.048 0.003 0.153 112 D 0.015 0.026 0.097 0.173 0.247 0.089 0.004 0.349 113 A 0.024 0.028 0.062 0.311 0.349 0.052 0.004 0.169 114 E 0.022 0.052 0.035 0.199 0.273 0.200 0.005 0.214 115 I 0.039 0.107 0.028 0.200 0.374 0.043 0.006 0.204 116 S 0.021 0.243 0.056 0.149 0.368 0.033 0.006 0.124 117 R 0.049 0.149 0.030 0.088 0.202 0.039 0.013 0.432 118 K 0.071 0.133 0.024 0.069 0.146 0.058 0.016 0.483 119 R 0.078 0.115 0.018 0.043 0.064 0.113 0.022 0.548 120 E 0.120 0.143 0.027 0.032 0.050 0.106 0.025 0.497 121 T 0.111 0.191 0.038 0.029 0.040 0.105 0.018 0.467 122 R 0.092 0.163 0.039 0.038 0.051 0.059 0.010 0.548 123 T 0.064 0.159 0.015 0.019 0.033 0.264 0.010 0.436 124 A 0.095 0.331 0.019 0.024 0.045 0.091 0.013 0.382 125 R 0.061 0.412 0.024 0.025 0.039 0.089 0.012 0.340 126 E 0.071 0.271 0.019 0.015 0.018 0.231 0.013 0.362 127 L 0.113 0.572 0.057 0.052 0.061 0.018 0.013 0.113 128 Y 0.032 0.567 0.105 0.060 0.090 0.023 0.009 0.115 129 A 0.035 0.265 0.142 0.184 0.206 0.019 0.007 0.142 130 N 0.030 0.220 0.298 0.098 0.199 0.016 0.013 0.125 131 V 0.051 0.095 0.303 0.169 0.182 0.020 0.011 0.169 132 V 0.014 0.066 0.452 0.146 0.174 0.029 0.007 0.111 133 L 0.019 0.030 0.465 0.132 0.162 0.046 0.008 0.138 134 G 0.026 0.018 0.236 0.108 0.199 0.085 0.012 0.317 135 D 0.026 0.007 0.093 0.042 0.055 0.102 0.009 0.666 136 D 0.035 0.004 0.041 0.046 0.059 0.113 0.013 0.689 137 S 0.176 0.006 0.020 0.024 0.034 0.281 0.022 0.438 138 L 0.105 0.027 0.064 0.101 0.115 0.130 0.014 0.445 139 N 0.037 0.012 0.019 0.034 0.046 0.382 0.007 0.464 140 D 0.061 0.009 0.016 0.014 0.019 0.448 0.009 0.424 141 C 0.302 0.033 0.107 0.074 0.105 0.083 0.036 0.260 142 R 0.041 0.027 0.134 0.187 0.143 0.238 0.007 0.222 143 I 0.016 0.017 0.133 0.180 0.255 0.036 0.003 0.361 144 I 0.014 0.017 0.225 0.254 0.374 0.033 0.001 0.082 145 F 0.007 0.013 0.081 0.146 0.258 0.046 0.001 0.447 146 V 0.008 0.028 0.090 0.201 0.475 0.038 0.002 0.156 147 D 0.014 0.034 0.032 0.093 0.184 0.074 0.004 0.566 148 E 0.074 0.078 0.028 0.070 0.118 0.242 0.018 0.373 149 V 0.226 0.228 0.047 0.051 0.122 0.047 0.030 0.249 150 F 0.034 0.168 0.063 0.298 0.311 0.024 0.007 0.096 151 K 0.046 0.127 0.070 0.188 0.244 0.030 0.010 0.285 152 I 0.043 0.095 0.100 0.242 0.295 0.008 0.005 0.213 153 E 0.013 0.092 0.106 0.193 0.369 0.028 0.008 0.192 154 R 0.024 0.018 0.061 0.088 0.153 0.037 0.004 0.614 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.993