# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.85934 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.143 0.181 0.399 0.063 0.038 0.063 0.043 0.005 0.053 0.008 0.004 2 T 0.449 0.075 0.299 0.092 0.033 0.015 0.011 0.004 0.009 0.007 0.005 3 E 0.355 0.146 0.181 0.167 0.029 0.046 0.032 0.011 0.026 0.005 0.003 4 L 0.205 0.205 0.270 0.219 0.031 0.013 0.030 0.001 0.022 0.001 0.001 5 G 0.141 0.079 0.160 0.037 0.205 0.024 0.094 0.153 0.017 0.088 0.003 6 L 0.111 0.428 0.326 0.054 0.019 0.035 0.013 0.001 0.012 0.001 0.001 7 Y 0.059 0.551 0.225 0.019 0.098 0.029 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 8 K 0.021 0.483 0.292 0.007 0.038 0.117 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 9 V 0.120 0.382 0.331 0.035 0.012 0.093 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 10 N 0.315 0.143 0.166 0.111 0.089 0.062 0.038 0.023 0.021 0.028 0.003 11 E 0.484 0.214 0.114 0.075 0.075 0.008 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 12 Y 0.212 0.181 0.140 0.348 0.032 0.054 0.023 0.002 0.007 0.001 0.001 13 V 0.081 0.623 0.142 0.054 0.045 0.014 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 14 D 0.062 0.185 0.465 0.047 0.041 0.107 0.039 0.002 0.044 0.006 0.002 15 A 0.371 0.136 0.230 0.099 0.073 0.046 0.012 0.007 0.014 0.008 0.003 16 R 0.351 0.294 0.153 0.096 0.050 0.020 0.012 0.002 0.018 0.002 0.001 17 D 0.217 0.162 0.222 0.129 0.068 0.102 0.044 0.007 0.042 0.005 0.002 18 T 0.427 0.107 0.140 0.237 0.035 0.014 0.019 0.003 0.013 0.003 0.001 19 N 0.230 0.104 0.147 0.243 0.059 0.056 0.086 0.029 0.027 0.018 0.001 20 M 0.239 0.137 0.187 0.335 0.021 0.013 0.046 0.002 0.019 0.001 0.001 21 G 0.109 0.051 0.074 0.061 0.276 0.009 0.128 0.188 0.007 0.096 0.001 22 A 0.123 0.412 0.270 0.022 0.135 0.018 0.006 0.002 0.011 0.001 0.001 23 W 0.233 0.566 0.099 0.017 0.043 0.021 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 24 F 0.080 0.643 0.108 0.006 0.137 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 25 E 0.249 0.632 0.038 0.018 0.012 0.023 0.011 0.001 0.017 0.001 0.001 26 A 0.035 0.561 0.102 0.006 0.274 0.006 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 27 Q 0.168 0.607 0.095 0.006 0.012 0.069 0.017 0.001 0.025 0.001 0.001 28 V 0.117 0.454 0.299 0.009 0.013 0.090 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 29 V 0.353 0.433 0.077 0.069 0.018 0.034 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 30 R 0.155 0.319 0.195 0.050 0.162 0.053 0.032 0.002 0.029 0.001 0.001 31 V 0.154 0.542 0.146 0.030 0.021 0.077 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 32 T 0.201 0.296 0.262 0.109 0.048 0.034 0.009 0.001 0.037 0.002 0.001 33 R 0.290 0.193 0.265 0.087 0.059 0.032 0.023 0.003 0.035 0.007 0.005 34 K 0.243 0.184 0.267 0.152 0.032 0.050 0.038 0.004 0.024 0.002 0.006 35 A 0.047 0.165 0.489 0.009 0.070 0.019 0.009 0.001 0.177 0.013 0.001 36 P 0.389 0.004 0.518 0.020 0.002 0.012 0.001 0.001 0.002 0.003 0.049 37 S 0.321 0.100 0.181 0.219 0.039 0.025 0.041 0.040 0.023 0.009 0.002 38 R 0.301 0.102 0.222 0.222 0.046 0.018 0.037 0.018 0.017 0.011 0.005 39 D 0.151 0.109 0.190 0.338 0.034 0.050 0.075 0.024 0.018 0.005 0.006 40 E 0.022 0.329 0.408 0.008 0.091 0.013 0.005 0.001 0.118 0.004 0.001 41 P 0.190 0.012 0.694 0.014 0.003 0.033 0.002 0.001 0.003 0.003 0.046 42 C 0.277 0.196 0.278 0.114 0.052 0.029 0.014 0.009 0.025 0.003 0.002 43 S 0.369 0.137 0.255 0.097 0.047 0.027 0.019 0.012 0.020 0.013 0.004 44 S 0.343 0.123 0.144 0.246 0.049 0.024 0.029 0.013 0.018 0.008 0.003 45 T 0.250 0.148 0.168 0.256 0.058 0.024 0.055 0.013 0.018 0.007 0.004 46 S 0.164 0.148 0.202 0.299 0.045 0.036 0.063 0.014 0.020 0.004 0.003 47 R 0.035 0.305 0.456 0.016 0.063 0.016 0.013 0.001 0.091 0.004 0.001 48 P 0.219 0.019 0.676 0.020 0.005 0.025 0.003 0.001 0.003 0.004 0.025 49 A 0.306 0.182 0.342 0.066 0.034 0.026 0.011 0.004 0.025 0.002 0.001 50 L 0.415 0.122 0.336 0.059 0.013 0.026 0.009 0.001 0.015 0.002 0.002 51 E 0.464 0.165 0.205 0.091 0.015 0.024 0.017 0.002 0.015 0.001 0.001 52 E 0.539 0.125 0.172 0.121 0.015 0.009 0.011 0.002 0.005 0.001 0.001 53 D 0.135 0.157 0.127 0.409 0.043 0.047 0.066 0.007 0.009 0.001 0.001 54 V 0.024 0.602 0.262 0.030 0.042 0.024 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 55 I 0.055 0.660 0.196 0.031 0.027 0.019 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 56 Y 0.003 0.718 0.063 0.010 0.185 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 57 H 0.002 0.820 0.058 0.001 0.090 0.014 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 58 V 0.002 0.826 0.117 0.001 0.015 0.029 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 59 K 0.021 0.500 0.306 0.006 0.027 0.112 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 60 Y 0.066 0.403 0.287 0.057 0.081 0.054 0.008 0.001 0.038 0.004 0.002 61 D 0.264 0.222 0.189 0.106 0.068 0.047 0.051 0.009 0.025 0.013 0.006 62 D 0.159 0.080 0.079 0.576 0.036 0.024 0.027 0.004 0.011 0.002 0.002 63 Y 0.020 0.217 0.342 0.010 0.056 0.023 0.016 0.001 0.310 0.005 0.001 64 P 0.218 0.006 0.701 0.010 0.003 0.013 0.001 0.001 0.003 0.006 0.038 65 E 0.790 0.031 0.083 0.076 0.003 0.005 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 66 N 0.040 0.014 0.027 0.808 0.012 0.006 0.080 0.008 0.004 0.001 0.001 67 G 0.018 0.025 0.067 0.014 0.145 0.006 0.146 0.492 0.006 0.080 0.001 68 V 0.048 0.463 0.404 0.031 0.013 0.028 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 69 V 0.025 0.726 0.168 0.018 0.034 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 70 Q 0.015 0.655 0.163 0.011 0.089 0.041 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 71 M 0.017 0.736 0.138 0.011 0.060 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 72 N 0.046 0.201 0.410 0.029 0.067 0.151 0.023 0.003 0.055 0.011 0.003 73 S 0.380 0.139 0.233 0.094 0.078 0.024 0.016 0.003 0.021 0.007 0.003 74 R 0.510 0.145 0.107 0.164 0.028 0.010 0.019 0.004 0.010 0.002 0.001 75 D 0.185 0.103 0.141 0.317 0.068 0.060 0.093 0.013 0.015 0.003 0.001 76 V 0.176 0.442 0.237 0.060 0.022 0.027 0.014 0.001 0.020 0.001 0.001 77 R 0.059 0.313 0.408 0.003 0.013 0.058 0.009 0.001 0.135 0.002 0.001 78 A 0.418 0.003 0.505 0.017 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 79 R 0.375 0.104 0.079 0.293 0.053 0.020 0.029 0.014 0.029 0.003 0.001 80 A 0.513 0.090 0.232 0.067 0.051 0.014 0.010 0.005 0.011 0.006 0.001 81 R 0.733 0.113 0.063 0.053 0.016 0.007 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 82 T 0.232 0.495 0.097 0.040 0.108 0.006 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 83 I 0.365 0.437 0.110 0.027 0.020 0.023 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 84 I 0.071 0.706 0.115 0.020 0.050 0.013 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 85 K 0.095 0.432 0.257 0.022 0.046 0.082 0.015 0.001 0.048 0.001 0.001 86 W 0.381 0.175 0.259 0.091 0.027 0.037 0.006 0.001 0.018 0.002 0.002 87 Q 0.493 0.102 0.068 0.267 0.017 0.012 0.027 0.002 0.010 0.001 0.001 88 D 0.226 0.114 0.085 0.278 0.043 0.038 0.188 0.011 0.015 0.001 0.001 89 L 0.063 0.429 0.312 0.078 0.053 0.023 0.025 0.002 0.015 0.001 0.001 90 E 0.042 0.283 0.474 0.020 0.018 0.109 0.013 0.001 0.037 0.002 0.001 91 V 0.091 0.346 0.370 0.113 0.011 0.029 0.019 0.001 0.021 0.001 0.001 92 G 0.022 0.024 0.047 0.017 0.240 0.015 0.077 0.418 0.003 0.136 0.001 93 Q 0.013 0.587 0.235 0.014 0.118 0.012 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 94 V 0.011 0.659 0.232 0.003 0.008 0.074 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 95 V 0.023 0.722 0.165 0.008 0.025 0.042 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 96 M 0.020 0.591 0.214 0.015 0.057 0.076 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 97 L 0.033 0.613 0.127 0.022 0.147 0.037 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 98 N 0.027 0.229 0.318 0.044 0.076 0.193 0.053 0.004 0.046 0.005 0.005 99 Y 0.130 0.247 0.250 0.154 0.116 0.046 0.009 0.005 0.030 0.008 0.003 100 N 0.019 0.158 0.337 0.009 0.034 0.037 0.017 0.001 0.379 0.008 0.001 101 P 0.809 0.002 0.139 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 102 D 0.296 0.027 0.046 0.598 0.005 0.008 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 103 N 0.038 0.132 0.295 0.016 0.053 0.012 0.026 0.001 0.424 0.004 0.001 104 P 0.501 0.003 0.434 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 105 K 0.601 0.081 0.159 0.089 0.015 0.011 0.020 0.015 0.007 0.002 0.001 106 E 0.298 0.215 0.221 0.183 0.021 0.028 0.009 0.002 0.022 0.001 0.001 107 R 0.138 0.260 0.204 0.287 0.039 0.010 0.033 0.002 0.023 0.001 0.001 108 G 0.041 0.045 0.078 0.024 0.228 0.018 0.097 0.323 0.007 0.136 0.002 109 F 0.049 0.527 0.252 0.036 0.093 0.020 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 110 W 0.059 0.435 0.306 0.033 0.075 0.059 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 111 Y 0.109 0.556 0.150 0.031 0.098 0.024 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 112 D 0.179 0.255 0.284 0.065 0.050 0.093 0.036 0.002 0.032 0.002 0.002 113 A 0.295 0.272 0.164 0.053 0.166 0.023 0.011 0.004 0.010 0.002 0.001 114 E 0.363 0.476 0.081 0.008 0.012 0.030 0.013 0.001 0.017 0.001 0.001 115 I 0.259 0.417 0.205 0.013 0.010 0.066 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 116 S 0.431 0.140 0.142 0.182 0.043 0.030 0.007 0.002 0.019 0.003 0.001 117 R 0.435 0.125 0.118 0.176 0.050 0.023 0.038 0.006 0.023 0.005 0.001 118 K 0.461 0.163 0.154 0.120 0.029 0.029 0.025 0.003 0.013 0.002 0.001 119 R 0.383 0.165 0.183 0.164 0.036 0.021 0.028 0.004 0.013 0.002 0.001 120 E 0.325 0.253 0.201 0.102 0.034 0.035 0.025 0.004 0.018 0.002 0.001 121 T 0.224 0.202 0.206 0.229 0.047 0.042 0.029 0.005 0.012 0.003 0.001 122 R 0.292 0.255 0.192 0.085 0.077 0.034 0.029 0.009 0.020 0.006 0.001 123 T 0.296 0.278 0.214 0.088 0.036 0.042 0.014 0.001 0.030 0.001 0.001 124 A 0.607 0.105 0.159 0.082 0.013 0.016 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 125 R 0.535 0.152 0.090 0.123 0.028 0.013 0.044 0.006 0.007 0.001 0.001 126 E 0.183 0.502 0.178 0.033 0.050 0.020 0.018 0.001 0.014 0.001 0.001 127 L 0.207 0.416 0.274 0.041 0.014 0.035 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 128 Y 0.126 0.564 0.103 0.088 0.079 0.015 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 129 A 0.012 0.546 0.078 0.011 0.333 0.006 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 130 N 0.025 0.685 0.138 0.012 0.057 0.058 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 131 V 0.008 0.815 0.120 0.002 0.015 0.019 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 132 V 0.048 0.613 0.203 0.007 0.019 0.074 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 133 L 0.073 0.245 0.459 0.094 0.032 0.052 0.017 0.001 0.023 0.002 0.003 134 G 0.057 0.046 0.087 0.037 0.258 0.029 0.049 0.157 0.015 0.263 0.002 135 D 0.298 0.114 0.278 0.158 0.047 0.040 0.022 0.007 0.021 0.010 0.005 136 D 0.303 0.081 0.120 0.332 0.052 0.037 0.038 0.011 0.015 0.007 0.003 137 S 0.385 0.181 0.156 0.115 0.059 0.032 0.028 0.007 0.031 0.005 0.001 138 L 0.389 0.170 0.189 0.182 0.016 0.019 0.016 0.001 0.016 0.001 0.002 139 N 0.441 0.060 0.101 0.185 0.071 0.017 0.068 0.025 0.014 0.016 0.002 140 D 0.248 0.061 0.064 0.351 0.034 0.017 0.186 0.021 0.013 0.003 0.001 141 C 0.076 0.258 0.394 0.102 0.085 0.033 0.028 0.005 0.016 0.002 0.001 142 R 0.157 0.420 0.266 0.043 0.025 0.045 0.027 0.001 0.015 0.001 0.001 143 I 0.037 0.603 0.237 0.007 0.009 0.085 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 144 I 0.156 0.533 0.152 0.008 0.082 0.059 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 145 F 0.044 0.245 0.390 0.011 0.044 0.209 0.003 0.001 0.053 0.001 0.001 146 V 0.843 0.060 0.036 0.019 0.002 0.033 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 147 D 0.907 0.031 0.021 0.019 0.009 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 148 E 0.923 0.033 0.010 0.019 0.005 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 149 V 0.949 0.017 0.014 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 F 0.746 0.081 0.041 0.090 0.013 0.011 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 151 K 0.488 0.290 0.086 0.026 0.025 0.027 0.034 0.001 0.022 0.001 0.001 152 I 0.308 0.199 0.284 0.032 0.004 0.151 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 153 E 0.345 0.137 0.174 0.274 0.008 0.042 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 154 R 0.019 0.277 0.231 0.006 0.108 0.023 0.006 0.001 0.322 0.006 0.001 155 P 0.093 0.003 0.790 0.009 0.004 0.036 0.001 0.001 0.002 0.003 0.059