# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.85934 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.126 0.180 0.105 0.031 0.221 0.018 0.026 0.089 0.072 0.074 0.059 2 T 0.060 0.172 0.078 0.023 0.138 0.028 0.078 0.207 0.127 0.061 0.028 3 E 0.127 0.059 0.038 0.023 0.110 0.035 0.061 0.137 0.095 0.226 0.088 4 L 0.086 0.315 0.069 0.046 0.221 0.035 0.033 0.062 0.050 0.051 0.032 5 G 0.080 0.118 0.138 0.131 0.128 0.058 0.046 0.083 0.055 0.102 0.060 6 L 0.207 0.098 0.029 0.008 0.283 0.010 0.021 0.087 0.065 0.105 0.087 7 Y 0.087 0.371 0.030 0.004 0.412 0.006 0.011 0.036 0.012 0.010 0.022 8 K 0.294 0.158 0.049 0.007 0.294 0.007 0.016 0.046 0.015 0.029 0.087 9 V 0.119 0.254 0.057 0.025 0.258 0.027 0.028 0.108 0.051 0.037 0.036 10 N 0.061 0.037 0.037 0.070 0.060 0.092 0.072 0.276 0.162 0.093 0.040 11 E 0.049 0.124 0.039 0.014 0.144 0.023 0.094 0.276 0.128 0.084 0.025 12 Y 0.244 0.075 0.019 0.007 0.203 0.007 0.025 0.104 0.052 0.184 0.079 13 V 0.062 0.367 0.092 0.018 0.243 0.028 0.030 0.063 0.031 0.023 0.044 14 D 0.228 0.175 0.058 0.007 0.323 0.007 0.011 0.067 0.023 0.028 0.072 15 A 0.058 0.058 0.010 0.003 0.100 0.006 0.016 0.324 0.338 0.069 0.019 16 R 0.031 0.079 0.041 0.015 0.078 0.044 0.112 0.323 0.173 0.087 0.017 17 D 0.230 0.069 0.023 0.007 0.248 0.007 0.019 0.131 0.067 0.120 0.081 18 T 0.039 0.103 0.035 0.014 0.109 0.025 0.051 0.306 0.225 0.070 0.023 19 N 0.117 0.050 0.024 0.020 0.085 0.033 0.072 0.192 0.135 0.212 0.062 20 M 0.091 0.218 0.069 0.052 0.177 0.030 0.041 0.136 0.080 0.069 0.038 21 G 0.077 0.043 0.052 0.103 0.065 0.071 0.054 0.168 0.086 0.199 0.083 22 A 0.107 0.217 0.032 0.011 0.380 0.008 0.017 0.126 0.048 0.028 0.024 23 W 0.312 0.072 0.009 0.005 0.370 0.007 0.021 0.118 0.025 0.022 0.038 24 F 0.112 0.237 0.067 0.009 0.408 0.012 0.014 0.083 0.018 0.006 0.034 25 E 0.313 0.048 0.010 0.011 0.272 0.011 0.022 0.163 0.041 0.040 0.068 26 A 0.186 0.114 0.010 0.005 0.544 0.006 0.013 0.075 0.022 0.008 0.018 27 Q 0.259 0.105 0.015 0.006 0.447 0.006 0.052 0.075 0.012 0.006 0.017 28 V 0.508 0.034 0.007 0.007 0.286 0.004 0.013 0.047 0.014 0.023 0.059 29 V 0.118 0.215 0.022 0.017 0.423 0.032 0.040 0.061 0.032 0.014 0.028 30 R 0.236 0.129 0.039 0.005 0.417 0.006 0.018 0.040 0.019 0.019 0.072 31 V 0.228 0.182 0.028 0.009 0.291 0.011 0.028 0.058 0.043 0.051 0.071 32 T 0.087 0.274 0.121 0.023 0.247 0.030 0.040 0.048 0.042 0.031 0.058 33 R 0.124 0.210 0.068 0.025 0.200 0.021 0.056 0.099 0.078 0.072 0.048 34 K 0.063 0.152 0.128 0.060 0.115 0.036 0.079 0.073 0.080 0.159 0.055 35 A 0.038 0.320 0.359 0.052 0.115 0.009 0.014 0.023 0.023 0.025 0.022 36 P 0.063 0.183 0.107 0.045 0.102 0.030 0.086 0.156 0.127 0.067 0.034 37 S 0.045 0.184 0.136 0.056 0.094 0.045 0.066 0.115 0.119 0.104 0.036 38 R 0.060 0.130 0.063 0.040 0.106 0.036 0.084 0.172 0.143 0.127 0.039 39 D 0.076 0.091 0.068 0.036 0.100 0.025 0.044 0.098 0.101 0.291 0.069 40 E 0.076 0.318 0.172 0.023 0.224 0.009 0.015 0.046 0.035 0.045 0.038 41 P 0.107 0.239 0.100 0.021 0.201 0.017 0.036 0.109 0.071 0.056 0.044 42 C 0.082 0.200 0.110 0.031 0.162 0.026 0.052 0.120 0.088 0.082 0.046 43 S 0.085 0.165 0.093 0.038 0.154 0.033 0.060 0.134 0.093 0.101 0.045 44 S 0.093 0.117 0.070 0.033 0.136 0.030 0.047 0.138 0.120 0.156 0.059 45 T 0.070 0.137 0.061 0.033 0.137 0.031 0.058 0.150 0.141 0.142 0.043 46 S 0.079 0.131 0.073 0.042 0.118 0.028 0.050 0.102 0.106 0.214 0.058 47 R 0.082 0.301 0.165 0.032 0.223 0.010 0.016 0.048 0.042 0.047 0.036 48 P 0.085 0.235 0.091 0.018 0.183 0.016 0.043 0.131 0.102 0.058 0.039 49 A 0.080 0.193 0.106 0.023 0.158 0.021 0.054 0.136 0.086 0.096 0.048 50 L 0.074 0.274 0.100 0.030 0.167 0.022 0.043 0.124 0.069 0.067 0.029 51 E 0.127 0.085 0.050 0.026 0.151 0.024 0.031 0.188 0.170 0.096 0.051 52 E 0.037 0.079 0.037 0.028 0.078 0.051 0.106 0.279 0.220 0.063 0.022 53 D 0.118 0.053 0.027 0.019 0.119 0.026 0.079 0.123 0.067 0.293 0.076 54 V 0.232 0.149 0.009 0.004 0.489 0.006 0.010 0.024 0.013 0.032 0.033 55 I 0.318 0.073 0.007 0.004 0.538 0.008 0.009 0.011 0.005 0.005 0.022 56 Y 0.246 0.114 0.032 0.008 0.516 0.013 0.012 0.012 0.005 0.006 0.035 57 H 0.282 0.082 0.011 0.003 0.558 0.003 0.005 0.007 0.003 0.006 0.039 58 V 0.245 0.132 0.007 0.001 0.580 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.021 59 K 0.258 0.182 0.032 0.002 0.436 0.003 0.004 0.004 0.002 0.004 0.074 60 Y 0.234 0.168 0.047 0.021 0.301 0.034 0.017 0.046 0.029 0.025 0.077 61 D 0.123 0.113 0.045 0.052 0.159 0.053 0.072 0.208 0.093 0.054 0.028 62 D 0.070 0.135 0.059 0.022 0.147 0.030 0.096 0.171 0.057 0.165 0.049 63 Y 0.074 0.336 0.162 0.011 0.318 0.003 0.005 0.042 0.009 0.009 0.033 64 P 0.036 0.060 0.048 0.016 0.038 0.015 0.035 0.574 0.142 0.017 0.019 65 E 0.013 0.093 0.046 0.020 0.025 0.060 0.153 0.463 0.092 0.026 0.009 66 N 0.028 0.485 0.165 0.091 0.048 0.030 0.033 0.031 0.015 0.046 0.028 67 G 0.042 0.049 0.077 0.176 0.031 0.043 0.020 0.030 0.025 0.267 0.240 68 V 0.203 0.204 0.044 0.014 0.360 0.013 0.013 0.033 0.035 0.035 0.047 69 V 0.149 0.253 0.025 0.005 0.479 0.014 0.020 0.018 0.010 0.007 0.020 70 Q 0.330 0.116 0.029 0.002 0.438 0.003 0.005 0.008 0.004 0.008 0.057 71 M 0.167 0.255 0.043 0.009 0.382 0.016 0.015 0.025 0.012 0.024 0.053 72 N 0.124 0.290 0.168 0.011 0.302 0.008 0.007 0.015 0.009 0.013 0.055 73 S 0.127 0.114 0.020 0.010 0.155 0.012 0.018 0.200 0.252 0.061 0.032 74 R 0.014 0.058 0.037 0.021 0.028 0.059 0.102 0.330 0.273 0.064 0.015 75 D 0.075 0.066 0.029 0.011 0.101 0.011 0.056 0.230 0.094 0.272 0.054 76 V 0.105 0.271 0.052 0.015 0.167 0.012 0.023 0.132 0.053 0.126 0.045 77 R 0.061 0.343 0.141 0.020 0.211 0.010 0.009 0.131 0.036 0.011 0.027 78 A 0.017 0.036 0.015 0.006 0.027 0.011 0.032 0.681 0.156 0.013 0.006 79 R 0.022 0.020 0.011 0.007 0.019 0.011 0.067 0.593 0.133 0.104 0.014 80 A 0.058 0.056 0.011 0.005 0.098 0.009 0.016 0.509 0.146 0.073 0.020 81 R 0.061 0.046 0.012 0.010 0.113 0.019 0.041 0.512 0.140 0.028 0.018 82 T 0.097 0.091 0.028 0.011 0.197 0.015 0.098 0.333 0.070 0.038 0.022 83 I 0.374 0.059 0.009 0.004 0.274 0.004 0.025 0.118 0.028 0.057 0.048 84 I 0.093 0.269 0.053 0.009 0.365 0.020 0.035 0.081 0.026 0.016 0.035 85 K 0.242 0.176 0.047 0.004 0.320 0.005 0.013 0.072 0.021 0.024 0.078 86 W 0.102 0.065 0.010 0.005 0.136 0.008 0.010 0.245 0.329 0.060 0.029 87 Q 0.018 0.070 0.034 0.018 0.047 0.049 0.166 0.387 0.174 0.028 0.009 88 D 0.157 0.035 0.011 0.005 0.183 0.008 0.031 0.167 0.062 0.261 0.080 89 L 0.135 0.243 0.021 0.006 0.436 0.007 0.021 0.075 0.022 0.014 0.018 90 E 0.305 0.059 0.041 0.033 0.244 0.037 0.041 0.096 0.037 0.032 0.077 91 V 0.076 0.278 0.111 0.103 0.145 0.071 0.083 0.047 0.035 0.026 0.026 92 G 0.040 0.016 0.031 0.178 0.020 0.102 0.049 0.021 0.021 0.344 0.179 93 Q 0.092 0.375 0.034 0.007 0.361 0.013 0.020 0.013 0.010 0.035 0.039 94 V 0.231 0.077 0.001 0.001 0.675 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 95 V 0.200 0.076 0.005 0.001 0.701 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 96 M 0.350 0.054 0.011 0.001 0.539 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.037 97 L 0.277 0.091 0.018 0.019 0.347 0.050 0.042 0.025 0.016 0.032 0.083 98 N 0.244 0.140 0.042 0.010 0.404 0.009 0.012 0.010 0.006 0.026 0.095 99 Y 0.101 0.240 0.062 0.024 0.272 0.038 0.034 0.030 0.030 0.098 0.072 100 N 0.165 0.182 0.137 0.009 0.453 0.003 0.002 0.007 0.006 0.004 0.033 101 P 0.005 0.013 0.004 0.002 0.008 0.005 0.015 0.278 0.642 0.024 0.004 102 D 0.014 0.082 0.031 0.011 0.022 0.029 0.152 0.277 0.187 0.177 0.017 103 N 0.078 0.251 0.033 0.014 0.235 0.008 0.010 0.110 0.062 0.150 0.047 104 P 0.114 0.109 0.078 0.034 0.169 0.022 0.041 0.227 0.114 0.051 0.040 105 K 0.061 0.075 0.042 0.018 0.089 0.031 0.079 0.324 0.176 0.073 0.033 106 E 0.084 0.083 0.050 0.042 0.122 0.063 0.081 0.167 0.091 0.163 0.055 107 R 0.097 0.217 0.098 0.082 0.137 0.045 0.053 0.085 0.057 0.085 0.045 108 G 0.068 0.061 0.094 0.149 0.069 0.052 0.031 0.072 0.064 0.231 0.111 109 F 0.107 0.237 0.055 0.013 0.331 0.015 0.034 0.085 0.048 0.042 0.034 110 W 0.355 0.096 0.019 0.006 0.314 0.011 0.018 0.042 0.021 0.044 0.074 111 Y 0.085 0.346 0.086 0.020 0.301 0.029 0.028 0.038 0.016 0.014 0.036 112 D 0.310 0.085 0.020 0.008 0.439 0.006 0.005 0.036 0.016 0.025 0.050 113 A 0.161 0.148 0.010 0.004 0.525 0.008 0.016 0.067 0.038 0.010 0.014 114 E 0.301 0.093 0.035 0.006 0.377 0.007 0.038 0.064 0.014 0.014 0.052 115 I 0.291 0.100 0.021 0.012 0.254 0.012 0.018 0.084 0.038 0.065 0.103 116 S 0.083 0.189 0.068 0.052 0.193 0.064 0.071 0.130 0.065 0.045 0.039 117 R 0.142 0.109 0.055 0.027 0.156 0.029 0.051 0.164 0.090 0.108 0.068 118 K 0.089 0.223 0.061 0.019 0.237 0.024 0.048 0.130 0.074 0.055 0.041 119 R 0.163 0.144 0.048 0.021 0.246 0.023 0.040 0.125 0.068 0.065 0.057 120 E 0.118 0.156 0.058 0.024 0.175 0.033 0.063 0.131 0.078 0.097 0.067 121 T 0.141 0.210 0.063 0.015 0.301 0.013 0.020 0.100 0.040 0.045 0.053 122 R 0.087 0.125 0.051 0.027 0.128 0.042 0.059 0.257 0.115 0.071 0.039 123 T 0.105 0.189 0.097 0.013 0.204 0.013 0.031 0.186 0.066 0.046 0.049 124 A 0.100 0.052 0.013 0.007 0.104 0.010 0.013 0.360 0.241 0.067 0.032 125 R 0.028 0.067 0.028 0.020 0.071 0.036 0.083 0.467 0.163 0.026 0.011 126 E 0.209 0.033 0.012 0.010 0.154 0.010 0.061 0.263 0.069 0.125 0.055 127 L 0.212 0.168 0.011 0.007 0.454 0.006 0.024 0.075 0.015 0.012 0.017 128 Y 0.359 0.054 0.016 0.015 0.319 0.024 0.033 0.072 0.022 0.025 0.060 129 A 0.196 0.132 0.024 0.014 0.468 0.016 0.024 0.056 0.024 0.013 0.033 130 N 0.274 0.077 0.010 0.005 0.514 0.006 0.016 0.033 0.014 0.015 0.035 131 V 0.198 0.159 0.018 0.001 0.551 0.002 0.010 0.013 0.006 0.005 0.036 132 V 0.342 0.091 0.019 0.003 0.397 0.004 0.010 0.010 0.005 0.011 0.108 133 L 0.085 0.112 0.059 0.123 0.114 0.126 0.073 0.052 0.045 0.139 0.072 134 G 0.015 0.060 0.153 0.557 0.027 0.059 0.020 0.019 0.024 0.050 0.016 135 D 0.042 0.097 0.060 0.086 0.081 0.067 0.117 0.174 0.142 0.111 0.025 136 D 0.043 0.080 0.071 0.064 0.071 0.045 0.046 0.106 0.134 0.278 0.061 137 S 0.141 0.106 0.046 0.019 0.204 0.015 0.032 0.108 0.116 0.141 0.073 138 L 0.146 0.100 0.055 0.026 0.153 0.033 0.035 0.177 0.134 0.097 0.044 139 N 0.039 0.062 0.064 0.085 0.050 0.109 0.143 0.257 0.100 0.067 0.024 140 D 0.208 0.047 0.025 0.016 0.151 0.018 0.036 0.098 0.062 0.237 0.103 141 C 0.166 0.242 0.016 0.007 0.459 0.010 0.009 0.032 0.015 0.017 0.027 142 R 0.121 0.175 0.033 0.006 0.564 0.012 0.016 0.029 0.010 0.006 0.028 143 I 0.500 0.036 0.002 0.001 0.402 0.001 0.003 0.010 0.004 0.009 0.031 144 I 0.121 0.222 0.013 0.002 0.592 0.005 0.013 0.014 0.003 0.002 0.013 145 F 0.293 0.163 0.041 0.002 0.359 0.002 0.003 0.015 0.004 0.009 0.109 146 V 0.182 0.148 0.015 0.015 0.260 0.019 0.012 0.159 0.097 0.035 0.059 147 D 0.039 0.053 0.043 0.037 0.075 0.080 0.103 0.348 0.175 0.031 0.017 148 E 0.105 0.074 0.024 0.010 0.182 0.013 0.074 0.269 0.112 0.105 0.032 149 V 0.309 0.081 0.010 0.008 0.306 0.007 0.042 0.118 0.036 0.046 0.036 150 F 0.137 0.218 0.029 0.008 0.479 0.012 0.018 0.042 0.019 0.008 0.031 151 K 0.282 0.092 0.027 0.014 0.262 0.021 0.046 0.092 0.039 0.051 0.071 152 I 0.169 0.179 0.037 0.015 0.349 0.016 0.035 0.070 0.043 0.045 0.043 153 E 0.155 0.211 0.062 0.019 0.276 0.021 0.050 0.060 0.043 0.051 0.051 154 R 0.098 0.299 0.202 0.013 0.241 0.007 0.014 0.024 0.017 0.021 0.064 155 P 0.097 0.341 0.117 0.018 0.206 0.015 0.027 0.058 0.045 0.032 0.045