# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.85934 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.877 0.087 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 2 T 0.801 0.127 0.058 0.012 0.002 0.001 0.001 3 E 0.793 0.152 0.048 0.006 0.001 0.001 0.001 4 L 0.379 0.285 0.201 0.092 0.037 0.005 0.001 5 G 0.316 0.415 0.122 0.109 0.030 0.008 0.001 6 L 0.081 0.094 0.173 0.234 0.298 0.115 0.005 7 Y 0.077 0.095 0.176 0.246 0.225 0.164 0.016 8 K 0.075 0.176 0.253 0.250 0.174 0.062 0.011 9 V 0.070 0.108 0.148 0.229 0.237 0.165 0.042 10 N 0.132 0.203 0.234 0.188 0.115 0.097 0.032 11 E 0.089 0.183 0.197 0.218 0.162 0.115 0.036 12 Y 0.041 0.082 0.163 0.234 0.254 0.171 0.055 13 V 0.029 0.050 0.064 0.124 0.224 0.382 0.126 14 D 0.060 0.119 0.188 0.254 0.204 0.134 0.041 15 A 0.039 0.034 0.046 0.099 0.236 0.377 0.169 16 R 0.128 0.183 0.207 0.233 0.140 0.078 0.031 17 D 0.240 0.214 0.162 0.150 0.118 0.083 0.033 18 T 0.208 0.179 0.172 0.186 0.134 0.090 0.031 19 N 0.329 0.230 0.172 0.107 0.070 0.063 0.029 20 M 0.093 0.119 0.124 0.177 0.215 0.198 0.075 21 G 0.076 0.099 0.132 0.165 0.207 0.220 0.102 22 A 0.027 0.031 0.045 0.074 0.136 0.376 0.312 23 W 0.025 0.023 0.047 0.072 0.132 0.317 0.384 24 F 0.006 0.008 0.011 0.027 0.078 0.315 0.554 25 E 0.012 0.023 0.051 0.099 0.182 0.307 0.326 26 A 0.014 0.032 0.059 0.103 0.193 0.340 0.259 27 Q 0.010 0.045 0.121 0.219 0.257 0.238 0.109 28 V 0.007 0.014 0.030 0.085 0.264 0.444 0.156 29 V 0.024 0.109 0.198 0.275 0.226 0.143 0.024 30 R 0.077 0.269 0.357 0.195 0.069 0.029 0.004 31 V 0.016 0.035 0.072 0.233 0.389 0.240 0.015 32 T 0.046 0.112 0.180 0.271 0.281 0.105 0.006 33 R 0.204 0.324 0.238 0.171 0.050 0.013 0.001 34 K 0.527 0.283 0.138 0.039 0.011 0.002 0.001 35 A 0.391 0.294 0.178 0.106 0.026 0.006 0.001 36 P 0.664 0.193 0.105 0.031 0.007 0.001 0.001 37 S 0.726 0.182 0.069 0.019 0.003 0.001 0.001 38 R 0.716 0.178 0.082 0.019 0.005 0.001 0.001 39 D 0.643 0.239 0.086 0.026 0.006 0.001 0.001 40 E 0.571 0.243 0.115 0.052 0.016 0.003 0.001 41 P 0.482 0.292 0.134 0.066 0.021 0.004 0.001 42 C 0.342 0.234 0.184 0.157 0.071 0.012 0.001 43 S 0.541 0.263 0.117 0.059 0.017 0.003 0.001 44 S 0.593 0.225 0.108 0.052 0.018 0.003 0.001 45 T 0.678 0.195 0.085 0.032 0.008 0.002 0.001 46 S 0.649 0.223 0.088 0.028 0.009 0.002 0.001 47 R 0.472 0.324 0.116 0.065 0.020 0.003 0.001 48 P 0.446 0.312 0.136 0.072 0.029 0.005 0.001 49 A 0.378 0.327 0.136 0.114 0.039 0.006 0.001 50 L 0.300 0.328 0.158 0.144 0.061 0.009 0.001 51 E 0.392 0.339 0.150 0.086 0.027 0.006 0.001 52 E 0.248 0.324 0.186 0.158 0.072 0.011 0.001 53 D 0.138 0.321 0.222 0.219 0.074 0.023 0.002 54 V 0.010 0.029 0.089 0.225 0.413 0.223 0.011 55 I 0.030 0.110 0.285 0.281 0.186 0.094 0.014 56 Y 0.015 0.061 0.102 0.187 0.288 0.304 0.042 57 H 0.037 0.148 0.280 0.286 0.166 0.073 0.010 58 V 0.022 0.041 0.063 0.189 0.319 0.317 0.048 59 K 0.068 0.219 0.371 0.218 0.095 0.027 0.003 60 Y 0.047 0.073 0.121 0.340 0.294 0.119 0.006 61 D 0.372 0.316 0.217 0.072 0.019 0.004 0.001 62 D 0.631 0.292 0.061 0.013 0.003 0.001 0.001 63 Y 0.184 0.194 0.243 0.260 0.101 0.018 0.001 64 P 0.496 0.299 0.138 0.050 0.013 0.004 0.001 65 E 0.427 0.299 0.150 0.095 0.025 0.005 0.001 66 N 0.635 0.220 0.105 0.028 0.009 0.002 0.001 67 G 0.114 0.231 0.253 0.223 0.138 0.038 0.002 68 V 0.061 0.077 0.161 0.239 0.291 0.158 0.013 69 V 0.068 0.168 0.211 0.275 0.188 0.084 0.005 70 Q 0.146 0.327 0.269 0.170 0.066 0.021 0.002 71 M 0.040 0.060 0.123 0.275 0.333 0.158 0.010 72 N 0.173 0.324 0.239 0.169 0.067 0.025 0.003 73 S 0.170 0.249 0.205 0.237 0.107 0.030 0.003 74 R 0.453 0.297 0.155 0.069 0.020 0.006 0.001 75 D 0.172 0.274 0.313 0.149 0.065 0.023 0.003 76 V 0.029 0.049 0.076 0.189 0.325 0.293 0.039 77 R 0.042 0.119 0.232 0.294 0.199 0.100 0.014 78 A 0.109 0.244 0.266 0.189 0.117 0.062 0.013 79 R 0.036 0.088 0.169 0.266 0.257 0.151 0.032 80 A 0.021 0.034 0.051 0.121 0.288 0.390 0.095 81 R 0.059 0.135 0.242 0.261 0.191 0.094 0.017 82 T 0.104 0.257 0.267 0.209 0.107 0.050 0.007 83 I 0.069 0.134 0.196 0.246 0.213 0.131 0.011 84 I 0.062 0.089 0.126 0.286 0.278 0.142 0.016 85 K 0.272 0.390 0.231 0.078 0.022 0.007 0.001 86 W 0.130 0.163 0.201 0.317 0.153 0.034 0.002 87 Q 0.501 0.329 0.114 0.044 0.009 0.003 0.001 88 D 0.423 0.337 0.143 0.066 0.025 0.006 0.001 89 L 0.123 0.120 0.202 0.305 0.203 0.045 0.002 90 E 0.342 0.384 0.182 0.071 0.015 0.005 0.001 91 V 0.162 0.228 0.237 0.206 0.128 0.036 0.003 92 G 0.145 0.251 0.228 0.206 0.108 0.055 0.008 93 Q 0.072 0.148 0.220 0.244 0.192 0.102 0.022 94 V 0.029 0.059 0.107 0.181 0.260 0.268 0.097 95 V 0.013 0.022 0.043 0.089 0.178 0.392 0.263 96 M 0.014 0.020 0.030 0.061 0.133 0.371 0.371 97 L 0.027 0.042 0.058 0.118 0.193 0.298 0.263 98 N 0.037 0.053 0.070 0.121 0.210 0.314 0.195 99 Y 0.056 0.083 0.143 0.239 0.224 0.194 0.060 100 N 0.155 0.208 0.201 0.170 0.151 0.100 0.016 101 P 0.204 0.193 0.222 0.205 0.119 0.051 0.005 102 D 0.551 0.274 0.105 0.049 0.016 0.005 0.001 103 N 0.474 0.286 0.129 0.074 0.029 0.008 0.001 104 P 0.343 0.200 0.196 0.160 0.082 0.019 0.001 105 K 0.622 0.248 0.089 0.033 0.006 0.002 0.001 106 E 0.379 0.288 0.179 0.099 0.044 0.011 0.001 107 R 0.113 0.156 0.206 0.271 0.170 0.077 0.007 108 G 0.110 0.163 0.213 0.218 0.179 0.102 0.014 109 F 0.074 0.128 0.171 0.221 0.203 0.164 0.038 110 W 0.055 0.072 0.115 0.154 0.227 0.279 0.098 111 Y 0.048 0.083 0.110 0.198 0.223 0.249 0.089 112 D 0.106 0.137 0.177 0.200 0.182 0.151 0.046 113 A 0.079 0.097 0.120 0.204 0.239 0.216 0.046 114 E 0.148 0.284 0.297 0.163 0.071 0.033 0.004 115 I 0.077 0.088 0.141 0.280 0.282 0.125 0.007 116 S 0.223 0.269 0.231 0.186 0.072 0.018 0.001 117 R 0.642 0.249 0.081 0.022 0.005 0.001 0.001 118 K 0.684 0.209 0.077 0.024 0.005 0.001 0.001 119 R 0.722 0.206 0.051 0.017 0.003 0.001 0.001 120 E 0.481 0.250 0.169 0.077 0.021 0.003 0.001 121 T 0.585 0.252 0.126 0.029 0.008 0.001 0.001 122 R 0.298 0.335 0.175 0.149 0.039 0.005 0.001 123 T 0.525 0.300 0.115 0.044 0.014 0.003 0.001 124 A 0.185 0.219 0.232 0.222 0.110 0.030 0.002 125 R 0.178 0.241 0.257 0.210 0.089 0.023 0.002 126 E 0.114 0.283 0.288 0.192 0.090 0.029 0.003 127 L 0.015 0.035 0.069 0.175 0.348 0.316 0.042 128 Y 0.028 0.100 0.190 0.273 0.213 0.153 0.043 129 A 0.015 0.043 0.068 0.157 0.292 0.341 0.085 130 N 0.030 0.122 0.244 0.316 0.185 0.081 0.022 131 V 0.011 0.022 0.035 0.073 0.199 0.518 0.143 132 V 0.033 0.091 0.150 0.242 0.256 0.194 0.034 133 L 0.046 0.086 0.141 0.282 0.265 0.159 0.022 134 G 0.153 0.267 0.272 0.187 0.097 0.023 0.002 135 D 0.518 0.313 0.114 0.043 0.010 0.003 0.001 136 D 0.606 0.277 0.075 0.032 0.008 0.002 0.001 137 S 0.377 0.324 0.189 0.077 0.028 0.006 0.001 138 L 0.107 0.166 0.248 0.316 0.141 0.021 0.001 139 N 0.493 0.346 0.103 0.048 0.009 0.002 0.001 140 D 0.383 0.324 0.170 0.084 0.032 0.007 0.001 141 C 0.091 0.110 0.177 0.285 0.249 0.083 0.005 142 R 0.150 0.264 0.284 0.201 0.072 0.027 0.002 143 I 0.091 0.126 0.160 0.237 0.235 0.139 0.013 144 I 0.142 0.223 0.253 0.207 0.113 0.055 0.006 145 F 0.113 0.143 0.165 0.210 0.222 0.128 0.019 146 V 0.170 0.181 0.206 0.238 0.132 0.063 0.010 147 D 0.548 0.242 0.139 0.049 0.014 0.007 0.001 148 E 0.234 0.252 0.249 0.156 0.080 0.025 0.003 149 V 0.120 0.115 0.144 0.198 0.241 0.166 0.016 150 F 0.113 0.162 0.187 0.264 0.177 0.090 0.007 151 K 0.285 0.356 0.230 0.093 0.027 0.008 0.001 152 I 0.146 0.131 0.169 0.279 0.206 0.066 0.004 153 E 0.329 0.247 0.212 0.144 0.056 0.012 0.001 154 R 0.764 0.173 0.045 0.015 0.003 0.001 0.001 155 P 0.803 0.129 0.053 0.011 0.004 0.001 0.001