# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.85934 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.593 0.179 0.120 0.046 0.025 0.016 0.013 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 T 0.373 0.177 0.142 0.119 0.076 0.051 0.039 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 3 E 0.365 0.179 0.170 0.099 0.075 0.051 0.032 0.010 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 4 L 0.076 0.070 0.079 0.138 0.167 0.168 0.112 0.086 0.048 0.027 0.013 0.010 0.004 0.001 5 G 0.173 0.119 0.130 0.128 0.127 0.120 0.077 0.049 0.040 0.018 0.014 0.004 0.001 0.001 6 L 0.042 0.028 0.042 0.081 0.127 0.125 0.137 0.141 0.101 0.073 0.041 0.036 0.020 0.005 7 Y 0.055 0.037 0.041 0.065 0.097 0.120 0.127 0.136 0.112 0.077 0.069 0.039 0.017 0.007 8 K 0.069 0.062 0.082 0.114 0.146 0.123 0.121 0.107 0.068 0.050 0.031 0.015 0.006 0.005 9 V 0.035 0.030 0.031 0.059 0.105 0.118 0.137 0.135 0.127 0.089 0.077 0.031 0.017 0.008 10 N 0.058 0.080 0.102 0.137 0.147 0.135 0.103 0.090 0.064 0.041 0.025 0.010 0.005 0.003 11 E 0.116 0.106 0.100 0.135 0.135 0.127 0.094 0.074 0.050 0.034 0.017 0.008 0.003 0.002 12 Y 0.040 0.046 0.049 0.085 0.131 0.154 0.130 0.115 0.106 0.071 0.033 0.023 0.012 0.005 13 V 0.046 0.033 0.046 0.060 0.097 0.121 0.158 0.152 0.099 0.080 0.066 0.025 0.013 0.005 14 D 0.067 0.070 0.085 0.117 0.141 0.128 0.113 0.110 0.071 0.044 0.028 0.015 0.006 0.005 15 A 0.050 0.036 0.040 0.061 0.077 0.105 0.100 0.121 0.140 0.105 0.068 0.054 0.034 0.008 16 R 0.101 0.109 0.114 0.157 0.150 0.120 0.098 0.073 0.036 0.020 0.012 0.005 0.002 0.002 17 D 0.136 0.126 0.128 0.142 0.137 0.114 0.081 0.051 0.040 0.022 0.015 0.004 0.002 0.001 18 T 0.107 0.106 0.100 0.155 0.160 0.141 0.094 0.066 0.035 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 19 N 0.175 0.131 0.153 0.143 0.123 0.094 0.076 0.041 0.036 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 20 M 0.046 0.046 0.052 0.089 0.134 0.156 0.154 0.134 0.087 0.055 0.024 0.015 0.007 0.002 21 G 0.045 0.044 0.058 0.086 0.129 0.143 0.153 0.131 0.092 0.057 0.035 0.016 0.007 0.005 22 A 0.038 0.022 0.030 0.044 0.073 0.087 0.131 0.140 0.125 0.122 0.080 0.064 0.032 0.012 23 W 0.040 0.035 0.037 0.054 0.079 0.106 0.121 0.140 0.137 0.093 0.069 0.050 0.025 0.015 24 F 0.019 0.012 0.015 0.025 0.050 0.080 0.129 0.130 0.158 0.155 0.117 0.062 0.032 0.016 25 E 0.017 0.025 0.032 0.069 0.113 0.139 0.169 0.175 0.103 0.070 0.047 0.020 0.011 0.011 26 A 0.042 0.037 0.039 0.055 0.083 0.104 0.125 0.116 0.124 0.113 0.075 0.046 0.030 0.010 27 Q 0.027 0.047 0.056 0.126 0.164 0.172 0.151 0.128 0.063 0.037 0.014 0.008 0.003 0.003 28 V 0.011 0.014 0.023 0.042 0.082 0.126 0.171 0.185 0.135 0.082 0.079 0.027 0.017 0.008 29 V 0.047 0.071 0.073 0.135 0.183 0.164 0.133 0.090 0.053 0.028 0.013 0.006 0.003 0.002 30 R 0.108 0.141 0.186 0.165 0.135 0.119 0.061 0.038 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 31 V 0.037 0.033 0.044 0.093 0.149 0.175 0.167 0.150 0.072 0.038 0.026 0.010 0.006 0.002 32 T 0.056 0.088 0.118 0.178 0.188 0.160 0.100 0.061 0.032 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 33 R 0.232 0.170 0.161 0.162 0.109 0.081 0.042 0.025 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 34 K 0.348 0.180 0.181 0.129 0.074 0.046 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.439 0.180 0.166 0.096 0.057 0.033 0.019 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 P 0.466 0.193 0.147 0.094 0.052 0.024 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 S 0.612 0.176 0.097 0.052 0.028 0.015 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 R 0.509 0.176 0.147 0.072 0.044 0.022 0.020 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.512 0.186 0.145 0.059 0.040 0.027 0.019 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 E 0.347 0.178 0.150 0.129 0.088 0.052 0.033 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 41 P 0.244 0.158 0.126 0.159 0.140 0.083 0.051 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 42 C 0.226 0.131 0.135 0.161 0.146 0.089 0.054 0.030 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 43 S 0.461 0.173 0.110 0.099 0.071 0.037 0.028 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.471 0.189 0.102 0.087 0.059 0.042 0.032 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.478 0.161 0.113 0.095 0.067 0.036 0.033 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 46 S 0.538 0.173 0.101 0.064 0.049 0.033 0.026 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 47 R 0.404 0.171 0.134 0.102 0.086 0.051 0.029 0.009 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 48 P 0.391 0.168 0.126 0.119 0.093 0.050 0.029 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.316 0.171 0.124 0.137 0.117 0.060 0.045 0.014 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.139 0.126 0.139 0.174 0.185 0.113 0.058 0.031 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 51 E 0.281 0.226 0.140 0.121 0.087 0.071 0.041 0.012 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 52 E 0.241 0.214 0.115 0.139 0.098 0.098 0.057 0.015 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 53 D 0.040 0.092 0.107 0.161 0.199 0.195 0.094 0.056 0.032 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 54 V 0.009 0.008 0.014 0.034 0.079 0.124 0.155 0.184 0.140 0.119 0.055 0.047 0.025 0.007 55 I 0.012 0.014 0.023 0.046 0.089 0.114 0.144 0.152 0.156 0.100 0.072 0.044 0.020 0.014 56 Y 0.006 0.004 0.007 0.011 0.022 0.036 0.066 0.090 0.135 0.190 0.202 0.151 0.058 0.022 57 H 0.007 0.015 0.020 0.043 0.075 0.095 0.123 0.145 0.139 0.113 0.103 0.056 0.031 0.037 58 V 0.006 0.005 0.006 0.011 0.020 0.041 0.063 0.103 0.162 0.197 0.188 0.106 0.072 0.020 59 K 0.019 0.056 0.067 0.133 0.157 0.151 0.154 0.145 0.061 0.029 0.019 0.004 0.002 0.003 60 Y 0.017 0.028 0.043 0.092 0.124 0.154 0.144 0.131 0.131 0.063 0.040 0.020 0.009 0.004 61 D 0.158 0.161 0.190 0.178 0.125 0.086 0.048 0.024 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 62 D 0.387 0.238 0.205 0.074 0.038 0.034 0.011 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 Y 0.170 0.178 0.155 0.183 0.156 0.080 0.048 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 P 0.483 0.195 0.148 0.080 0.043 0.022 0.020 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.564 0.182 0.123 0.053 0.031 0.023 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 N 0.383 0.186 0.171 0.099 0.070 0.043 0.030 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.169 0.131 0.127 0.156 0.162 0.120 0.068 0.032 0.018 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 68 V 0.068 0.052 0.057 0.123 0.164 0.163 0.133 0.112 0.064 0.034 0.015 0.009 0.005 0.001 69 V 0.093 0.052 0.070 0.114 0.156 0.142 0.118 0.103 0.068 0.039 0.024 0.015 0.004 0.002 70 Q 0.170 0.136 0.132 0.134 0.130 0.107 0.067 0.045 0.039 0.018 0.014 0.004 0.002 0.001 71 M 0.085 0.050 0.053 0.089 0.137 0.142 0.126 0.123 0.076 0.048 0.037 0.019 0.012 0.003 72 N 0.146 0.133 0.157 0.159 0.138 0.109 0.068 0.039 0.031 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 73 S 0.111 0.079 0.092 0.150 0.167 0.145 0.105 0.069 0.046 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 74 R 0.304 0.174 0.168 0.120 0.083 0.061 0.044 0.019 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 75 D 0.229 0.189 0.166 0.145 0.105 0.082 0.042 0.020 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 76 V 0.038 0.030 0.028 0.067 0.123 0.184 0.208 0.159 0.079 0.044 0.025 0.008 0.005 0.001 77 R 0.060 0.073 0.111 0.172 0.185 0.151 0.101 0.080 0.038 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 78 A 0.244 0.116 0.088 0.117 0.114 0.087 0.078 0.061 0.038 0.027 0.014 0.009 0.004 0.001 79 R 0.080 0.098 0.113 0.158 0.176 0.143 0.098 0.067 0.037 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 80 A 0.027 0.017 0.027 0.049 0.101 0.145 0.202 0.180 0.115 0.061 0.052 0.012 0.009 0.004 81 R 0.088 0.157 0.145 0.193 0.178 0.111 0.066 0.035 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 82 T 0.275 0.189 0.145 0.136 0.105 0.083 0.031 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 83 I 0.029 0.051 0.067 0.156 0.204 0.202 0.141 0.084 0.043 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 84 I 0.098 0.068 0.076 0.131 0.198 0.170 0.113 0.085 0.035 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 85 K 0.359 0.255 0.210 0.081 0.042 0.032 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 W 0.131 0.090 0.132 0.207 0.193 0.116 0.068 0.034 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.340 0.176 0.189 0.123 0.079 0.050 0.026 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.401 0.248 0.167 0.072 0.041 0.048 0.013 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.090 0.093 0.068 0.168 0.237 0.169 0.101 0.048 0.016 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 90 E 0.247 0.213 0.211 0.124 0.078 0.062 0.032 0.012 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 91 V 0.055 0.060 0.066 0.164 0.189 0.177 0.118 0.094 0.039 0.019 0.012 0.005 0.003 0.001 92 G 0.033 0.059 0.083 0.127 0.159 0.154 0.137 0.105 0.074 0.028 0.027 0.008 0.002 0.002 93 Q 0.015 0.025 0.043 0.073 0.124 0.131 0.135 0.135 0.129 0.089 0.048 0.029 0.013 0.010 94 V 0.002 0.004 0.006 0.013 0.029 0.054 0.100 0.137 0.183 0.170 0.143 0.089 0.045 0.025 95 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.032 0.055 0.120 0.173 0.229 0.179 0.117 0.068 96 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.017 0.040 0.114 0.173 0.206 0.216 0.143 0.075 97 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.025 0.054 0.109 0.181 0.226 0.193 0.118 0.074 98 N 0.001 0.003 0.004 0.010 0.016 0.035 0.062 0.098 0.171 0.190 0.150 0.129 0.074 0.059 99 Y 0.003 0.006 0.010 0.022 0.040 0.067 0.113 0.153 0.166 0.157 0.139 0.067 0.036 0.022 100 N 0.017 0.053 0.077 0.125 0.165 0.143 0.133 0.114 0.081 0.043 0.032 0.009 0.004 0.004 101 P 0.034 0.064 0.090 0.137 0.156 0.158 0.120 0.103 0.078 0.030 0.017 0.007 0.003 0.002 102 D 0.285 0.199 0.193 0.127 0.090 0.045 0.031 0.011 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 103 N 0.442 0.249 0.157 0.059 0.033 0.034 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 P 0.340 0.177 0.148 0.126 0.102 0.045 0.042 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.492 0.209 0.125 0.074 0.038 0.030 0.022 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.500 0.166 0.124 0.077 0.053 0.035 0.029 0.006 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.091 0.095 0.096 0.149 0.194 0.167 0.094 0.054 0.031 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 108 G 0.084 0.068 0.094 0.118 0.159 0.149 0.111 0.080 0.062 0.043 0.020 0.008 0.003 0.002 109 F 0.036 0.022 0.030 0.067 0.117 0.116 0.148 0.151 0.106 0.089 0.050 0.041 0.020 0.006 110 W 0.038 0.028 0.035 0.051 0.073 0.097 0.096 0.119 0.148 0.107 0.087 0.075 0.032 0.013 111 Y 0.026 0.017 0.023 0.039 0.072 0.088 0.139 0.148 0.125 0.133 0.102 0.053 0.023 0.012 112 D 0.020 0.031 0.040 0.074 0.114 0.125 0.150 0.147 0.116 0.071 0.066 0.022 0.011 0.011 113 A 0.032 0.023 0.027 0.046 0.079 0.110 0.126 0.129 0.133 0.122 0.087 0.046 0.032 0.009 114 E 0.072 0.112 0.137 0.161 0.145 0.142 0.092 0.066 0.042 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 115 I 0.037 0.034 0.045 0.086 0.136 0.154 0.149 0.140 0.097 0.055 0.037 0.017 0.009 0.003 116 S 0.121 0.138 0.147 0.186 0.162 0.114 0.064 0.035 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 117 R 0.364 0.167 0.199 0.109 0.067 0.047 0.024 0.010 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 118 K 0.283 0.163 0.160 0.139 0.120 0.063 0.042 0.015 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 119 R 0.461 0.202 0.143 0.082 0.050 0.033 0.017 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.449 0.187 0.127 0.097 0.066 0.042 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 121 T 0.426 0.192 0.121 0.095 0.076 0.043 0.028 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.310 0.180 0.159 0.134 0.101 0.063 0.030 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 T 0.453 0.198 0.137 0.084 0.053 0.039 0.020 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.119 0.116 0.129 0.190 0.178 0.126 0.075 0.034 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 125 R 0.112 0.133 0.153 0.173 0.157 0.117 0.070 0.039 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 126 E 0.071 0.092 0.088 0.139 0.171 0.161 0.101 0.069 0.055 0.030 0.013 0.006 0.003 0.002 127 L 0.010 0.009 0.013 0.027 0.055 0.096 0.154 0.165 0.136 0.123 0.108 0.060 0.035 0.009 128 Y 0.010 0.014 0.023 0.044 0.082 0.105 0.122 0.164 0.142 0.103 0.085 0.055 0.026 0.025 129 A 0.003 0.003 0.004 0.008 0.015 0.029 0.051 0.076 0.153 0.223 0.161 0.163 0.083 0.029 130 N 0.006 0.011 0.015 0.036 0.066 0.089 0.132 0.151 0.144 0.118 0.114 0.057 0.027 0.034 131 V 0.004 0.004 0.006 0.009 0.020 0.036 0.072 0.095 0.155 0.193 0.219 0.103 0.057 0.025 132 V 0.010 0.020 0.023 0.058 0.096 0.130 0.160 0.181 0.116 0.086 0.057 0.028 0.020 0.014 133 L 0.012 0.019 0.022 0.050 0.087 0.118 0.145 0.145 0.156 0.106 0.062 0.046 0.024 0.009 134 G 0.038 0.079 0.101 0.164 0.179 0.165 0.112 0.085 0.048 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 135 D 0.243 0.186 0.219 0.128 0.079 0.067 0.040 0.017 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 136 D 0.489 0.169 0.133 0.088 0.054 0.029 0.025 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 137 S 0.186 0.172 0.186 0.163 0.125 0.089 0.040 0.018 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.101 0.092 0.077 0.147 0.192 0.146 0.117 0.068 0.035 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 139 N 0.380 0.199 0.204 0.087 0.048 0.034 0.021 0.008 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 140 D 0.228 0.199 0.167 0.151 0.107 0.072 0.034 0.019 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 141 C 0.033 0.031 0.037 0.085 0.125 0.178 0.170 0.131 0.094 0.055 0.029 0.020 0.010 0.002 142 R 0.047 0.060 0.082 0.165 0.201 0.177 0.119 0.087 0.036 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 143 I 0.087 0.036 0.039 0.071 0.103 0.112 0.147 0.131 0.093 0.075 0.052 0.033 0.015 0.004 144 I 0.100 0.095 0.097 0.120 0.150 0.142 0.101 0.082 0.053 0.027 0.018 0.010 0.004 0.002 145 F 0.041 0.029 0.039 0.058 0.097 0.121 0.165 0.155 0.110 0.077 0.062 0.027 0.013 0.007 146 V 0.037 0.045 0.045 0.095 0.149 0.172 0.160 0.128 0.085 0.041 0.027 0.009 0.005 0.003 147 D 0.155 0.139 0.165 0.154 0.131 0.103 0.062 0.038 0.029 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 148 E 0.109 0.105 0.108 0.172 0.177 0.140 0.081 0.054 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 149 V 0.034 0.031 0.044 0.082 0.134 0.171 0.163 0.151 0.090 0.049 0.026 0.013 0.009 0.003 150 F 0.086 0.056 0.052 0.086 0.137 0.148 0.167 0.121 0.063 0.037 0.027 0.012 0.006 0.003 151 K 0.227 0.161 0.166 0.136 0.102 0.086 0.050 0.033 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 152 I 0.094 0.046 0.060 0.093 0.138 0.135 0.138 0.107 0.073 0.046 0.037 0.018 0.011 0.003 153 E 0.131 0.083 0.110 0.144 0.158 0.139 0.094 0.064 0.040 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 154 R 0.301 0.141 0.128 0.124 0.110 0.077 0.054 0.030 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 155 P 0.238 0.119 0.089 0.127 0.148 0.106 0.072 0.047 0.026 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001