This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 22 NATAA E A 2 23 NATAA T A 3 24 NATAA E A 4 25 NATAA L A 5 26 NATAA G A 6 27 NATAA L A 7 28 NATAA Y A 8 29 NATAA K A 9 30 NATAA V A 10 31 NATAA N A 11 32 NATAA E A 12 33 NATAA Y A 13 34 NATAA V A 14 35 NATAA D A 15 36 NATAA A A 16 37 NATAA R A 17 38 NATAA D A 18 39 NATAA T A 19 40 NATAA N A 20 41 NATAA M A 21 42 NATAA G A 22 43 NATAA A A 23 44 NATAA W A 24 45 NATAA F A 25 46 NATAA E A 26 47 NATAA A A 27 48 NATAA Q A 28 49 NATAA V A 29 50 NATAA V A 30 51 NATAA R A 31 52 NATAA V A 32 53 NATAA T A 33 54 NATAA R A 34 55 NATAA K A 35 56 NATAA A A 36 57 NATRO P A 37 58 NATAA S A 38 59 NATAA R A 39 60 NATAA D A 40 61 NATAA E A 41 62 NATRO P A 42 63 NATRO C A 43 64 NATAA S A 44 65 NATAA S A 45 66 NATAA T A 46 67 NATAA S A 47 68 NATAA R A 48 69 NATRO P A 49 70 NATAA A A 50 71 NATAA L A 51 72 NATAA E A 52 73 NATAA E A 53 74 NATAA D A 54 75 NATAA V A 55 76 NATAA I A 56 77 NATAA Y A 57 78 NATAA H A 58 79 NATAA V A 59 80 NATAA K A 60 81 NATAA Y A 61 82 NATAA D A 62 83 NATAA D A 63 84 NATAA Y A 64 85 NATRO P A 65 86 NATAA E A 66 87 NATAA N A 67 88 NATAA G A 68 89 NATAA V A 69 90 NATAA V A 70 91 NATAA Q A 71 92 NATAA M A 72 93 NATAA N A 73 94 NATAA S A 74 95 NATAA R A 75 96 NATAA D A 76 97 NATAA V A 77 98 NATAA R A 78 99 NATAA A A 79 100 NATAA R A 80 101 NATAA A A 81 102 NATAA R A 82 103 NATAA T A 83 104 NATAA I A 84 105 NATAA I A 85 106 NATAA K A 86 107 NATAA W A 87 108 NATAA Q A 88 109 NATAA D A 89 110 NATAA L A 90 111 NATAA E A 91 112 NATAA V A 92 113 NATAA G A 93 114 NATAA Q A 94 115 NATAA V A 95 116 NATAA V A 96 117 NATAA M A 97 118 NATAA L A 98 119 NATAA N A 99 120 NATAA Y A 100 121 NATAA N A 101 122 NATRO P A 102 123 NATAA D A 103 124 NATAA N A 104 125 NATRO P A 105 126 NATAA K A 106 127 NATAA E A 107 128 NATAA R A 108 129 NATAA G A 109 130 NATAA F A 110 131 NATAA W A 111 132 NATAA Y A 112 133 NATAA D A 113 134 NATAA A A 114 135 NATAA E A 115 136 NATAA I A 116 137 NATAA S A 117 138 NATAA R A 118 139 NATAA K A 119 140 NATAA R A 120 141 NATAA E A 121 142 NATAA T A 122 143 NATAA R A 123 144 NATAA T A 124 145 NATAA A A 125 146 NATAA R A 126 147 NATAA E A 127 148 NATAA L A 128 149 NATAA Y A 129 150 NATAA A A 130 151 NATAA N A 131 152 NATAA V A 132 153 NATAA V A 133 154 NATAA L A 134 155 NATAA G A 135 156 NATAA D A 136 157 NATAA D A 137 158 NATAA S A 138 159 NATAA L A 139 160 NATAA N A 140 161 NATAA D A 141 162 NATRO C A 142 163 NATAA R A 143 164 NATAA I A 144 165 NATAA I A 145 166 NATAA F A 146 167 NATAA V A 147 168 NATAA D A 148 169 NATAA E A 149 170 NATAA V A 150 171 NATAA F A 151 172 NATAA K A 152 173 NATAA I A 153 174 NATAA E A 154 175 NATAA R A 155 176 NATRO P