# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.41598 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.021 0.023 0.028 0.041 0.104 0.019 0.113 0.269 0.005 0.001 0.004 0.004 0.008 0.009 0.038 0.019 0.114 0.069 0.057 0.053 0.002 2 A 0.022 0.029 0.036 0.049 0.063 0.011 0.061 0.334 0.014 0.003 0.007 0.005 0.012 0.019 0.042 0.037 0.134 0.028 0.057 0.034 0.002 3 R 0.051 0.035 0.034 0.032 0.072 0.019 0.087 0.393 0.008 0.004 0.005 0.005 0.011 0.019 0.072 0.014 0.064 0.020 0.028 0.025 0.003 4 T 0.060 0.070 0.045 0.060 0.060 0.042 0.096 0.291 0.013 0.003 0.011 0.006 0.019 0.027 0.034 0.021 0.048 0.039 0.032 0.019 0.004 5 I 0.033 0.044 0.027 0.041 0.123 0.014 0.089 0.169 0.024 0.007 0.012 0.009 0.027 0.040 0.045 0.063 0.079 0.050 0.073 0.022 0.008 6 I 0.026 0.040 0.170 0.055 0.038 0.011 0.057 0.103 0.029 0.002 0.013 0.010 0.025 0.041 0.136 0.023 0.053 0.024 0.043 0.095 0.006 7 K 0.026 0.027 0.027 0.032 0.258 0.007 0.058 0.077 0.014 0.003 0.004 0.006 0.010 0.019 0.021 0.080 0.059 0.034 0.077 0.156 0.007 8 W 0.010 0.019 0.028 0.041 0.069 0.007 0.050 0.095 0.012 0.004 0.006 0.005 0.014 0.019 0.115 0.021 0.379 0.026 0.035 0.041 0.003 9 Q 0.012 0.011 0.088 0.055 0.039 0.023 0.290 0.160 0.004 0.010 0.003 0.003 0.005 0.007 0.053 0.015 0.117 0.025 0.035 0.042 0.001 10 D 0.016 0.020 0.033 0.030 0.163 0.022 0.392 0.046 0.003 0.004 0.005 0.004 0.006 0.007 0.020 0.014 0.049 0.086 0.047 0.030 0.001 11 L 0.021 0.017 0.079 0.082 0.085 0.006 0.084 0.028 0.004 0.005 0.003 0.003 0.005 0.004 0.032 0.020 0.077 0.120 0.165 0.156 0.005 12 E 0.016 0.014 0.068 0.086 0.133 0.004 0.048 0.010 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.003 0.034 0.021 0.179 0.033 0.101 0.234 0.004 13 V 0.029 0.039 0.060 0.101 0.125 0.003 0.160 0.005 0.002 0.001 0.005 0.005 0.008 0.010 0.042 0.054 0.122 0.034 0.066 0.118 0.009 14 G 0.042 0.062 0.046 0.041 0.137 0.003 0.151 0.008 0.002 0.001 0.017 0.017 0.027 0.053 0.111 0.071 0.074 0.041 0.040 0.036 0.022 15 Q 0.092 0.116 0.155 0.076 0.052 0.002 0.018 0.006 0.001 0.001 0.023 0.026 0.039 0.112 0.096 0.078 0.011 0.010 0.014 0.011 0.061 16 V 0.100 0.137 0.008 0.008 0.113 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.029 0.037 0.074 0.318 0.023 0.083 0.001 0.001 0.003 0.001 0.058 17 V 0.105 0.148 0.012 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.034 0.093 0.429 0.077 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 18 M 0.133 0.126 0.005 0.008 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.038 0.088 0.433 0.024 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 19 L 0.120 0.143 0.008 0.012 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.031 0.078 0.412 0.094 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 20 N 0.062 0.083 0.022 0.032 0.067 0.002 0.009 0.001 0.003 0.001 0.035 0.037 0.067 0.244 0.122 0.160 0.006 0.012 0.014 0.009 0.012 21 Y 0.040 0.049 0.059 0.042 0.077 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.021 0.063 0.272 0.125 0.039 0.028 0.050 0.084 0.010 22 N 0.017 0.012 0.031 0.029 0.103 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.051 0.087 0.033 0.034 0.150 0.417 0.003 23 P 0.004 0.004 0.018 0.031 0.043 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.012 0.697 0.021 0.042 0.075 0.001 24 D 0.004 0.006 0.027 0.016 0.042 0.007 0.430 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.021 0.006 0.313 0.036 0.026 0.043 0.001 25 N 0.012 0.004 0.049 0.025 0.025 0.003 0.080 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.032 0.087 0.308 0.357 0.001 26 P 0.001 0.001 0.006 0.011 0.060 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.663 0.019 0.050 0.160 0.001 27 K 0.003 0.005 0.044 0.023 0.027 0.003 0.456 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.004 0.304 0.034 0.024 0.038 0.001 28 E 0.010 0.013 0.136 0.088 0.109 0.003 0.328 0.011 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 0.001 0.013 0.009 0.124 0.019 0.044 0.074 0.001 29 R 0.021 0.029 0.059 0.092 0.167 0.002 0.253 0.007 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.003 0.015 0.020 0.078 0.076 0.048 0.108 0.006 30 G 0.085 0.083 0.149 0.080 0.182 0.001 0.065 0.006 0.001 0.001 0.011 0.015 0.030 0.009 0.030 0.024 0.037 0.098 0.037 0.052 0.006 31 F 0.139 0.226 0.131 0.121 0.216 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.007 0.008 0.026 0.005 0.021 0.018 0.008 0.007 0.016 0.022 0.011 32 W 0.153 0.264 0.047 0.059 0.309 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.013 0.015 0.035 0.010 0.032 0.013 0.007 0.006 0.006 0.006 0.010 33 Y 0.194 0.221 0.143 0.188 0.106 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.010 0.011 0.028 0.010 0.048 0.006 0.003 0.002 0.004 0.006 0.007 34 D 0.154 0.249 0.022 0.106 0.355 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.005 0.007 0.014 0.006 0.015 0.018 0.003 0.005 0.007 0.009 0.009 35 A 0.206 0.261 0.091 0.145 0.138 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 0.005 0.004 0.012 0.004 0.067 0.009 0.009 0.007 0.005 0.006 0.005 36 E 0.138 0.239 0.096 0.218 0.157 0.002 0.019 0.035 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.003 0.026 0.010 0.007 0.006 0.007 0.010 0.005 37 I 0.189 0.256 0.046 0.091 0.278 0.002 0.016 0.031 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.003 0.016 0.009 0.010 0.017 0.009 0.006 0.003 38 S 0.096 0.118 0.189 0.232 0.132 0.003 0.023 0.063 0.002 0.001 0.003 0.003 0.012 0.003 0.050 0.005 0.022 0.013 0.008 0.018 0.003 39 R 0.091 0.103 0.053 0.113 0.401 0.004 0.038 0.048 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.002 0.015 0.009 0.032 0.029 0.018 0.028 0.001 40 K 0.071 0.069 0.091 0.163 0.217 0.004 0.044 0.058 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.047 0.006 0.073 0.049 0.042 0.052 0.001 41 R 0.034 0.030 0.082 0.118 0.190 0.007 0.101 0.075 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 0.005 0.131 0.075 0.039 0.075 0.001 42 E 0.015 0.015 0.077 0.087 0.174 0.010 0.182 0.038 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.006 0.160 0.081 0.053 0.076 0.001 43 T 0.008 0.010 0.053 0.077 0.120 0.004 0.142 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.088 0.144 0.121 0.179 0.001 44 R 0.008 0.007 0.077 0.054 0.147 0.003 0.041 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 0.176 0.090 0.098 0.234 0.001 45 T 0.010 0.011 0.088 0.117 0.168 0.004 0.085 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.012 0.168 0.052 0.077 0.134 0.001 46 A 0.019 0.026 0.060 0.079 0.208 0.006 0.164 0.048 0.002 0.001 0.004 0.003 0.007 0.004 0.042 0.018 0.121 0.059 0.067 0.061 0.002 47 R 0.048 0.043 0.169 0.176 0.111 0.004 0.070 0.059 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.007 0.074 0.021 0.041 0.044 0.052 0.061 0.004 48 E 0.088 0.113 0.053 0.075 0.342 0.004 0.041 0.034 0.002 0.001 0.009 0.009 0.018 0.022 0.045 0.045 0.028 0.026 0.020 0.017 0.008 49 L 0.141 0.213 0.097 0.105 0.094 0.003 0.021 0.032 0.002 0.001 0.012 0.011 0.033 0.037 0.105 0.033 0.010 0.007 0.012 0.009 0.024 50 Y 0.147 0.256 0.036 0.070 0.152 0.002 0.008 0.019 0.003 0.001 0.020 0.018 0.052 0.064 0.060 0.040 0.006 0.004 0.006 0.003 0.034 51 A 0.249 0.258 0.030 0.052 0.066 0.001 0.005 0.010 0.004 0.001 0.021 0.019 0.047 0.115 0.058 0.026 0.003 0.002 0.003 0.002 0.026 52 N 0.199 0.207 0.028 0.049 0.094 0.002 0.006 0.009 0.004 0.002 0.022 0.022 0.061 0.152 0.067 0.034 0.003 0.005 0.004 0.002 0.027 53 V 0.173 0.217 0.038 0.061 0.112 0.003 0.008 0.006 0.004 0.001 0.023 0.022 0.057 0.091 0.075 0.053 0.007 0.010 0.012 0.006 0.022 54 V 0.118 0.127 0.074 0.066 0.115 0.003 0.017 0.005 0.009 0.002 0.021 0.021 0.056 0.087 0.117 0.046 0.021 0.027 0.031 0.027 0.011 55 L 0.060 0.047 0.075 0.062 0.171 0.003 0.032 0.004 0.005 0.001 0.008 0.010 0.018 0.031 0.087 0.045 0.061 0.034 0.069 0.174 0.004 56 G 0.014 0.015 0.040 0.050 0.134 0.002 0.049 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.054 0.031 0.174 0.055 0.096 0.268 0.002 57 D 0.006 0.008 0.037 0.031 0.090 0.004 0.114 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.037 0.021 0.363 0.055 0.064 0.149 0.001 58 D 0.007 0.006 0.090 0.042 0.059 0.015 0.208 0.034 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.035 0.009 0.252 0.049 0.055 0.129 0.001 59 S 0.010 0.013 0.050 0.041 0.228 0.010 0.271 0.026 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.014 0.011 0.091 0.071 0.073 0.079 0.001 60 L 0.024 0.022 0.097 0.096 0.116 0.004 0.057 0.025 0.005 0.003 0.003 0.003 0.006 0.002 0.037 0.012 0.118 0.080 0.180 0.107 0.003 61 N 0.021 0.014 0.108 0.117 0.120 0.005 0.118 0.018 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.002 0.033 0.008 0.236 0.012 0.033 0.138 0.002 62 D 0.019 0.039 0.042 0.056 0.111 0.006 0.478 0.008 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.006 0.022 0.018 0.035 0.081 0.024 0.031 0.004 63 C 0.058 0.065 0.069 0.033 0.206 0.002 0.088 0.012 0.001 0.001 0.018 0.012 0.026 0.027 0.075 0.102 0.042 0.050 0.061 0.043 0.010 64 R 0.046 0.072 0.428 0.100 0.046 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.010 0.008 0.027 0.019 0.153 0.022 0.006 0.010 0.011 0.012 0.014 65 I 0.088 0.110 0.020 0.018 0.421 0.001 0.007 0.006 0.002 0.001 0.020 0.025 0.047 0.053 0.015 0.127 0.005 0.003 0.008 0.003 0.021 66 I 0.079 0.126 0.111 0.096 0.027 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.015 0.020 0.063 0.088 0.339 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.013 67 F 0.153 0.144 0.012 0.035 0.395 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.011 0.019 0.028 0.039 0.010 0.099 0.004 0.005 0.011 0.011 0.011 68 V 0.115 0.128 0.069 0.133 0.079 0.001 0.004 0.017 0.002 0.001 0.005 0.007 0.017 0.036 0.317 0.019 0.019 0.006 0.009 0.011 0.004 69 D 0.147 0.192 0.050 0.109 0.187 0.005 0.053 0.048 0.001 0.002 0.006 0.006 0.013 0.009 0.047 0.021 0.061 0.008 0.012 0.021 0.002 70 E 0.132 0.170 0.072 0.101 0.112 0.009 0.148 0.076 0.001 0.003 0.003 0.003 0.007 0.005 0.058 0.008 0.033 0.028 0.015 0.014 0.003 71 V 0.088 0.160 0.055 0.124 0.208 0.006 0.089 0.084 0.002 0.004 0.006 0.005 0.011 0.006 0.020 0.020 0.037 0.037 0.018 0.013 0.007 72 F 0.157 0.188 0.130 0.093 0.161 0.004 0.031 0.062 0.003 0.004 0.005 0.005 0.014 0.007 0.057 0.010 0.019 0.014 0.013 0.015 0.008 73 K 0.203 0.192 0.056 0.123 0.214 0.004 0.020 0.039 0.004 0.002 0.007 0.006 0.021 0.010 0.027 0.013 0.012 0.010 0.011 0.011 0.015 74 I 0.121 0.160 0.064 0.162 0.222 0.004 0.020 0.020 0.004 0.004 0.011 0.006 0.025 0.016 0.052 0.026 0.024 0.025 0.019 0.008 0.008 75 E 0.074 0.115 0.147 0.135 0.121 0.003 0.051 0.009 0.006 0.003 0.012 0.011 0.031 0.022 0.100 0.018 0.029 0.033 0.037 0.034 0.008 76 R 0.069 0.046 0.073 0.076 0.219 0.001 0.019 0.004 0.003 0.001 0.005 0.006 0.012 0.014 0.026 0.040 0.023 0.057 0.085 0.218 0.004 77 P 0.015 0.012 0.025 0.062 0.195 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.037 0.029 0.152 0.055 0.122 0.271 0.002