# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.41598 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.012 0.011 0.339 0.010 0.052 0.318 0.003 0.001 0.018 0.064 0.057 0.061 0.054 2 A 0.005 0.003 0.141 0.005 0.092 0.574 0.001 0.001 0.017 0.026 0.068 0.010 0.055 3 R 0.008 0.003 0.092 0.017 0.091 0.589 0.002 0.002 0.021 0.042 0.086 0.025 0.021 4 T 0.025 0.005 0.086 0.007 0.097 0.493 0.007 0.005 0.037 0.042 0.072 0.065 0.059 5 I 0.055 0.007 0.117 0.006 0.036 0.396 0.019 0.016 0.082 0.026 0.073 0.038 0.130 6 I 0.132 0.038 0.124 0.033 0.022 0.198 0.029 0.024 0.045 0.041 0.044 0.188 0.083 7 K 0.036 0.011 0.354 0.014 0.030 0.157 0.007 0.004 0.036 0.053 0.059 0.076 0.165 8 W 0.015 0.006 0.312 0.015 0.128 0.172 0.002 0.002 0.014 0.066 0.113 0.034 0.120 9 Q 0.008 0.004 0.169 0.027 0.139 0.140 0.001 0.001 0.014 0.114 0.312 0.051 0.021 10 D 0.015 0.012 0.207 0.004 0.122 0.081 0.002 0.001 0.016 0.158 0.246 0.029 0.106 11 L 0.016 0.049 0.522 0.006 0.035 0.031 0.002 0.002 0.015 0.133 0.041 0.087 0.059 12 E 0.007 0.019 0.699 0.004 0.019 0.014 0.003 0.001 0.016 0.073 0.041 0.034 0.069 13 V 0.005 0.007 0.268 0.031 0.064 0.020 0.002 0.002 0.028 0.143 0.354 0.021 0.056 14 G 0.005 0.003 0.257 0.071 0.021 0.003 0.002 0.001 0.034 0.263 0.293 0.026 0.022 15 Q 0.019 0.004 0.358 0.026 0.010 0.001 0.010 0.014 0.164 0.226 0.023 0.073 0.072 16 V 0.089 0.005 0.064 0.012 0.001 0.001 0.099 0.137 0.395 0.017 0.002 0.046 0.133 17 V 0.151 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.249 0.390 0.130 0.001 0.001 0.048 0.018 18 M 0.094 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.185 0.660 0.039 0.001 0.001 0.006 0.010 19 L 0.099 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.194 0.507 0.148 0.001 0.001 0.019 0.013 20 N 0.103 0.003 0.082 0.008 0.003 0.001 0.137 0.147 0.366 0.010 0.008 0.042 0.088 21 Y 0.025 0.021 0.433 0.014 0.009 0.005 0.015 0.020 0.121 0.171 0.051 0.046 0.070 22 N 0.001 0.008 0.699 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.011 0.208 0.035 0.011 0.011 23 P 0.001 0.009 0.132 0.002 0.209 0.028 0.001 0.001 0.003 0.222 0.380 0.004 0.010 24 D 0.001 0.016 0.130 0.002 0.108 0.035 0.001 0.001 0.002 0.318 0.376 0.005 0.007 25 N 0.001 0.026 0.482 0.001 0.038 0.022 0.001 0.001 0.002 0.354 0.038 0.027 0.008 26 P 0.001 0.026 0.354 0.003 0.110 0.105 0.001 0.001 0.006 0.155 0.193 0.004 0.044 27 K 0.002 0.020 0.151 0.011 0.147 0.136 0.001 0.001 0.005 0.121 0.368 0.028 0.011 28 E 0.011 0.019 0.160 0.011 0.283 0.072 0.002 0.001 0.010 0.117 0.191 0.017 0.108 29 R 0.019 0.018 0.346 0.031 0.038 0.030 0.003 0.001 0.028 0.175 0.214 0.058 0.038 30 G 0.031 0.015 0.391 0.030 0.009 0.018 0.007 0.003 0.023 0.161 0.198 0.047 0.066 31 F 0.154 0.019 0.244 0.018 0.008 0.021 0.024 0.004 0.027 0.070 0.034 0.144 0.234 32 W 0.370 0.021 0.036 0.015 0.006 0.013 0.025 0.007 0.019 0.016 0.009 0.128 0.336 33 Y 0.358 0.014 0.042 0.052 0.004 0.017 0.024 0.009 0.016 0.017 0.013 0.272 0.162 34 D 0.134 0.005 0.211 0.027 0.008 0.035 0.014 0.006 0.038 0.028 0.014 0.113 0.367 35 A 0.129 0.005 0.089 0.066 0.043 0.278 0.011 0.005 0.021 0.033 0.056 0.079 0.185 36 E 0.246 0.006 0.025 0.046 0.042 0.257 0.008 0.001 0.010 0.020 0.046 0.171 0.123 37 I 0.262 0.006 0.028 0.005 0.039 0.219 0.011 0.002 0.008 0.014 0.023 0.093 0.290 38 S 0.200 0.011 0.070 0.040 0.025 0.265 0.008 0.004 0.019 0.019 0.039 0.139 0.161 39 R 0.131 0.008 0.060 0.012 0.041 0.334 0.005 0.001 0.007 0.017 0.052 0.149 0.183 40 K 0.066 0.006 0.087 0.011 0.052 0.395 0.002 0.001 0.006 0.029 0.097 0.041 0.207 41 R 0.040 0.010 0.147 0.013 0.051 0.269 0.001 0.001 0.004 0.086 0.128 0.179 0.072 42 E 0.015 0.011 0.232 0.004 0.066 0.190 0.001 0.001 0.004 0.097 0.235 0.028 0.116 43 T 0.006 0.012 0.424 0.005 0.047 0.103 0.001 0.001 0.004 0.159 0.169 0.037 0.034 44 R 0.004 0.011 0.434 0.007 0.059 0.101 0.001 0.001 0.005 0.174 0.142 0.020 0.042 45 T 0.007 0.010 0.348 0.010 0.076 0.105 0.001 0.001 0.008 0.173 0.172 0.037 0.052 46 A 0.016 0.013 0.397 0.017 0.079 0.066 0.004 0.002 0.025 0.124 0.109 0.042 0.106 47 R 0.053 0.011 0.309 0.038 0.043 0.035 0.012 0.006 0.059 0.129 0.055 0.123 0.127 48 E 0.122 0.008 0.178 0.040 0.018 0.017 0.036 0.027 0.140 0.061 0.024 0.114 0.216 49 L 0.230 0.004 0.084 0.044 0.006 0.007 0.080 0.068 0.163 0.024 0.009 0.136 0.144 50 Y 0.264 0.002 0.034 0.041 0.002 0.004 0.110 0.125 0.209 0.009 0.004 0.101 0.095 51 A 0.320 0.001 0.018 0.014 0.002 0.003 0.176 0.185 0.125 0.004 0.002 0.053 0.096 52 N 0.253 0.003 0.021 0.025 0.002 0.003 0.163 0.212 0.179 0.004 0.003 0.084 0.049 53 V 0.169 0.007 0.061 0.014 0.005 0.007 0.128 0.147 0.248 0.013 0.015 0.056 0.131 54 V 0.068 0.028 0.302 0.025 0.010 0.009 0.032 0.034 0.174 0.078 0.058 0.090 0.090 55 L 0.007 0.017 0.523 0.007 0.019 0.009 0.004 0.003 0.038 0.188 0.099 0.029 0.057 56 G 0.002 0.010 0.287 0.011 0.053 0.015 0.001 0.001 0.007 0.250 0.333 0.012 0.019 57 D 0.001 0.011 0.214 0.009 0.080 0.025 0.001 0.001 0.002 0.279 0.363 0.007 0.008 58 D 0.002 0.023 0.243 0.002 0.121 0.052 0.001 0.001 0.003 0.318 0.199 0.020 0.016 59 S 0.006 0.065 0.322 0.004 0.162 0.069 0.002 0.001 0.008 0.125 0.170 0.010 0.056 60 L 0.009 0.032 0.417 0.009 0.105 0.086 0.002 0.002 0.011 0.164 0.073 0.051 0.038 61 N 0.008 0.008 0.140 0.085 0.088 0.079 0.003 0.001 0.009 0.171 0.347 0.021 0.039 62 D 0.010 0.006 0.124 0.021 0.056 0.058 0.002 0.001 0.013 0.127 0.521 0.031 0.029 63 C 0.036 0.010 0.476 0.015 0.037 0.066 0.008 0.006 0.058 0.084 0.045 0.043 0.116 64 R 0.076 0.019 0.157 0.022 0.015 0.068 0.023 0.023 0.152 0.064 0.026 0.262 0.093 65 I 0.101 0.014 0.083 0.010 0.009 0.078 0.070 0.062 0.189 0.017 0.018 0.031 0.320 66 I 0.122 0.023 0.103 0.055 0.005 0.076 0.058 0.058 0.078 0.028 0.011 0.319 0.065 67 F 0.069 0.008 0.214 0.014 0.023 0.137 0.022 0.021 0.107 0.025 0.033 0.051 0.276 68 V 0.024 0.003 0.142 0.029 0.047 0.463 0.004 0.006 0.038 0.047 0.096 0.030 0.071 69 D 0.028 0.003 0.072 0.041 0.114 0.524 0.003 0.002 0.011 0.067 0.068 0.028 0.038 70 E 0.051 0.003 0.045 0.010 0.086 0.544 0.005 0.002 0.012 0.032 0.062 0.084 0.063 71 V 0.110 0.005 0.041 0.011 0.043 0.353 0.012 0.005 0.030 0.013 0.053 0.037 0.288 72 F 0.240 0.009 0.047 0.039 0.020 0.197 0.013 0.005 0.019 0.017 0.029 0.294 0.071 73 K 0.130 0.005 0.108 0.014 0.025 0.184 0.012 0.004 0.030 0.025 0.055 0.094 0.313 74 I 0.101 0.007 0.183 0.009 0.024 0.127 0.015 0.004 0.030 0.051 0.090 0.110 0.248 75 E 0.061 0.021 0.299 0.022 0.017 0.075 0.011 0.002 0.028 0.126 0.158 0.103 0.077 76 R 0.005 0.014 0.578 0.002 0.008 0.016 0.002 0.001 0.011 0.210 0.061 0.041 0.051 77 P 0.001 0.006 0.860 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.006 0.061 0.034 0.004 0.012