# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.41598 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.036 0.491 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.279 0.029 0.110 2 A 0.070 0.670 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.041 0.039 0.123 3 R 0.025 0.235 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.133 0.055 0.401 4 T 0.041 0.268 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.063 0.071 0.313 5 I 0.049 0.132 0.038 0.002 0.005 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.070 0.093 0.431 6 I 0.067 0.064 0.074 0.001 0.010 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.073 0.086 0.403 7 K 0.354 0.072 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.044 0.045 0.399 8 W 0.360 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.040 0.062 0.482 9 Q 0.028 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.039 0.100 0.671 10 D 0.010 0.004 0.003 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.032 0.072 0.731 11 L 0.024 0.001 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.177 0.068 0.116 0.579 12 E 0.261 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.172 0.140 0.077 0.326 13 V 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.089 0.055 0.165 0.672 14 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.309 0.032 0.119 0.534 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.829 0.033 0.033 0.085 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.514 0.110 0.048 0.307 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.929 0.039 0.003 0.015 18 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.006 0.002 0.663 0.153 0.016 0.137 19 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.875 0.034 0.017 0.063 20 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.016 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.334 0.053 0.096 0.469 21 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.593 0.036 0.097 0.261 22 N 0.417 0.006 0.001 0.001 0.004 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.159 0.113 0.230 23 P 0.038 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.047 0.199 0.660 24 D 0.010 0.008 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.014 0.143 0.788 25 N 0.243 0.021 0.005 0.001 0.024 0.014 0.003 0.003 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.109 0.119 0.414 26 P 0.118 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.082 0.110 0.648 27 K 0.184 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.023 0.070 0.679 28 E 0.062 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.021 0.054 0.085 0.750 29 R 0.021 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.133 0.048 0.151 0.612 30 G 0.021 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.008 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.195 0.080 0.094 0.525 31 F 0.034 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.016 0.003 0.013 0.008 0.006 0.004 0.431 0.085 0.070 0.262 32 W 0.009 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.011 0.008 0.005 0.455 0.057 0.072 0.326 33 Y 0.006 0.073 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.008 0.004 0.596 0.063 0.049 0.183 34 D 0.038 0.193 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.286 0.206 0.066 0.187 35 A 0.016 0.172 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.414 0.080 0.072 0.234 36 E 0.047 0.237 0.007 0.001 0.003 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.344 0.076 0.046 0.224 37 I 0.072 0.159 0.019 0.002 0.006 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.316 0.093 0.062 0.255 38 S 0.142 0.116 0.009 0.002 0.004 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.065 0.074 0.400 39 R 0.121 0.047 0.010 0.002 0.011 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.199 0.060 0.446 40 K 0.048 0.040 0.012 0.001 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.126 0.096 0.624 41 R 0.194 0.019 0.007 0.001 0.010 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.075 0.067 0.572 42 E 0.049 0.021 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.052 0.065 0.780 43 T 0.170 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.037 0.064 0.653 44 R 0.111 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.063 0.060 0.674 45 T 0.169 0.148 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.078 0.094 0.063 0.415 46 A 0.049 0.109 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.007 0.002 0.005 0.003 0.002 0.002 0.062 0.113 0.078 0.547 47 R 0.023 0.104 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.003 0.009 0.008 0.006 0.003 0.382 0.085 0.075 0.280 48 E 0.010 0.044 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.009 0.015 0.016 0.010 0.441 0.156 0.058 0.218 49 L 0.006 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.004 0.724 0.067 0.032 0.122 50 Y 0.005 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.787 0.047 0.019 0.109 51 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.870 0.018 0.013 0.083 52 N 0.006 0.005 0.003 0.001 0.006 0.013 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.811 0.031 0.016 0.089 53 V 0.012 0.005 0.009 0.001 0.056 0.022 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.542 0.053 0.051 0.224 54 V 0.051 0.006 0.006 0.001 0.015 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.347 0.046 0.081 0.432 55 L 0.260 0.006 0.002 0.001 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.043 0.073 0.541 56 G 0.082 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.063 0.115 0.682 57 D 0.102 0.014 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.068 0.092 0.680 58 D 0.038 0.013 0.004 0.001 0.013 0.004 0.001 0.002 0.060 0.023 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.079 0.101 0.610 59 S 0.065 0.013 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.012 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.052 0.071 0.100 0.634 60 L 0.300 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.017 0.007 0.002 0.001 0.032 0.077 0.080 0.455 61 N 0.064 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.007 0.004 0.002 0.072 0.034 0.122 0.660 62 D 0.012 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.004 0.003 0.004 0.006 0.004 0.331 0.038 0.085 0.494 63 C 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.405 0.064 0.079 0.412 64 R 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.813 0.055 0.020 0.076 65 I 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.002 0.482 0.034 0.040 0.410 66 I 0.006 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.845 0.022 0.012 0.075 67 F 0.055 0.222 0.007 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.283 0.193 0.041 0.187 68 V 0.069 0.296 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.096 0.052 0.212 69 D 0.069 0.254 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.102 0.075 0.334 70 E 0.057 0.226 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.078 0.069 0.312 71 V 0.072 0.231 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.075 0.068 0.317 72 F 0.059 0.055 0.010 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.402 0.080 0.055 0.318 73 K 0.108 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.289 0.080 0.059 0.430 74 I 0.038 0.003 0.005 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.064 0.089 0.580 75 E 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.015 0.107 0.722 76 R 0.056 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.019 0.091 0.745 77 P 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.013 0.180 0.747