# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.41598 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.038 0.144 0.025 0.056 0.125 0.098 0.129 0.385 2 A 0.053 0.149 0.028 0.079 0.139 0.084 0.093 0.375 3 R 0.028 0.114 0.056 0.114 0.189 0.066 0.100 0.331 4 T 0.018 0.044 0.074 0.182 0.285 0.049 0.087 0.260 5 I 0.025 0.027 0.082 0.144 0.216 0.071 0.065 0.370 6 I 0.045 0.022 0.123 0.196 0.182 0.076 0.038 0.318 7 K 0.113 0.060 0.038 0.037 0.069 0.066 0.117 0.501 8 W 0.222 0.029 0.019 0.018 0.027 0.095 0.068 0.522 9 Q 0.065 0.033 0.038 0.075 0.056 0.101 0.068 0.565 10 D 0.043 0.017 0.030 0.017 0.055 0.102 0.081 0.655 11 L 0.104 0.010 0.025 0.056 0.051 0.145 0.047 0.562 12 E 0.103 0.021 0.037 0.060 0.093 0.121 0.075 0.489 13 V 0.020 0.012 0.021 0.020 0.061 0.136 0.054 0.677 14 G 0.010 0.013 0.091 0.064 0.176 0.139 0.047 0.460 15 Q 0.002 0.009 0.263 0.132 0.312 0.049 0.072 0.161 16 V 0.002 0.004 0.491 0.091 0.139 0.028 0.094 0.152 17 V 0.005 0.005 0.382 0.239 0.217 0.026 0.050 0.077 18 M 0.017 0.002 0.434 0.109 0.243 0.023 0.073 0.099 19 L 0.012 0.003 0.249 0.206 0.160 0.053 0.061 0.256 20 N 0.004 0.002 0.162 0.158 0.265 0.134 0.028 0.248 21 Y 0.003 0.002 0.115 0.076 0.092 0.155 0.020 0.536 22 N 0.669 0.028 0.006 0.005 0.004 0.017 0.224 0.046 23 P 0.075 0.028 0.015 0.014 0.022 0.137 0.073 0.637 24 D 0.004 0.005 0.004 0.008 0.012 0.104 0.010 0.853 25 N 0.219 0.037 0.010 0.017 0.026 0.077 0.243 0.370 26 P 0.160 0.018 0.013 0.024 0.020 0.117 0.161 0.487 27 K 0.188 0.009 0.008 0.030 0.026 0.076 0.045 0.619 28 E 0.102 0.012 0.014 0.015 0.026 0.123 0.040 0.667 29 R 0.025 0.011 0.039 0.033 0.098 0.157 0.039 0.598 30 G 0.010 0.012 0.044 0.108 0.281 0.078 0.043 0.424 31 F 0.005 0.019 0.062 0.288 0.354 0.041 0.049 0.183 32 W 0.008 0.038 0.087 0.247 0.278 0.046 0.067 0.228 33 Y 0.009 0.110 0.052 0.269 0.318 0.031 0.071 0.141 34 D 0.012 0.070 0.036 0.137 0.336 0.021 0.265 0.123 35 A 0.009 0.115 0.043 0.285 0.338 0.024 0.080 0.107 36 E 0.016 0.155 0.058 0.267 0.300 0.026 0.063 0.115 37 I 0.043 0.185 0.056 0.165 0.171 0.036 0.083 0.262 38 S 0.060 0.227 0.026 0.102 0.227 0.040 0.047 0.271 39 R 0.060 0.037 0.041 0.086 0.117 0.065 0.188 0.406 40 K 0.110 0.042 0.019 0.049 0.052 0.074 0.166 0.488 41 R 0.116 0.026 0.011 0.025 0.023 0.083 0.085 0.630 42 E 0.013 0.027 0.015 0.014 0.026 0.073 0.029 0.803 43 T 0.087 0.084 0.009 0.020 0.031 0.080 0.061 0.628 44 R 0.056 0.085 0.018 0.035 0.037 0.088 0.056 0.625 45 T 0.042 0.150 0.021 0.044 0.080 0.080 0.085 0.499 46 A 0.028 0.136 0.037 0.037 0.099 0.081 0.055 0.526 47 R 0.020 0.111 0.073 0.163 0.211 0.064 0.067 0.292 48 E 0.013 0.035 0.109 0.121 0.241 0.047 0.169 0.265 49 L 0.009 0.033 0.110 0.213 0.310 0.041 0.088 0.196 50 Y 0.013 0.031 0.160 0.207 0.266 0.042 0.080 0.200 51 A 0.012 0.019 0.130 0.255 0.324 0.037 0.043 0.181 52 N 0.021 0.010 0.190 0.162 0.249 0.051 0.088 0.230 53 V 0.027 0.005 0.151 0.176 0.220 0.066 0.054 0.301 54 V 0.052 0.006 0.087 0.072 0.120 0.103 0.048 0.511 55 L 0.080 0.009 0.040 0.030 0.039 0.122 0.072 0.608 56 G 0.090 0.033 0.016 0.012 0.024 0.097 0.081 0.646 57 D 0.128 0.021 0.012 0.016 0.021 0.120 0.058 0.626 58 D 0.030 0.016 0.029 0.071 0.065 0.110 0.047 0.631 59 S 0.137 0.019 0.021 0.024 0.049 0.108 0.105 0.536 60 L 0.168 0.009 0.017 0.020 0.025 0.134 0.072 0.556 61 N 0.029 0.017 0.044 0.052 0.080 0.151 0.048 0.578 62 D 0.012 0.017 0.032 0.018 0.072 0.106 0.061 0.682 63 C 0.006 0.020 0.119 0.174 0.189 0.100 0.068 0.324 64 R 0.005 0.026 0.288 0.151 0.226 0.039 0.094 0.171 65 I 0.008 0.018 0.226 0.184 0.200 0.043 0.082 0.238 66 I 0.011 0.018 0.315 0.224 0.219 0.035 0.035 0.142 67 F 0.053 0.062 0.172 0.110 0.184 0.062 0.099 0.258 68 V 0.058 0.046 0.077 0.075 0.141 0.095 0.152 0.357 69 D 0.036 0.044 0.065 0.083 0.117 0.130 0.089 0.437 70 E 0.010 0.022 0.088 0.158 0.390 0.062 0.074 0.197 71 V 0.021 0.019 0.070 0.127 0.234 0.069 0.090 0.370 72 F 0.009 0.007 0.069 0.367 0.386 0.025 0.025 0.112 73 K 0.021 0.005 0.065 0.149 0.244 0.048 0.100 0.368 74 I 0.029 0.002 0.050 0.259 0.236 0.079 0.032 0.313 75 E 0.023 0.002 0.068 0.096 0.171 0.082 0.027 0.531 76 R 0.046 0.002 0.030 0.062 0.093 0.096 0.061 0.608 77 P 0.032 0.003 0.029 0.024 0.032 0.115 0.045 0.720