# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.41598 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.108 0.091 0.020 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.026 0.196 0.457 2 A 0.090 0.142 0.014 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.014 0.102 0.446 3 R 0.076 0.198 0.010 0.002 0.016 0.011 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.369 0.013 0.046 0.235 4 T 0.078 0.202 0.006 0.001 0.003 0.008 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.291 0.011 0.062 0.319 5 I 0.052 0.234 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.461 0.014 0.028 0.187 6 I 0.048 0.185 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.554 0.014 0.033 0.133 7 K 0.048 0.137 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.354 0.018 0.066 0.349 8 W 0.045 0.089 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.336 0.016 0.024 0.446 9 Q 0.052 0.064 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.010 0.008 0.002 0.180 0.018 0.215 0.427 10 D 0.249 0.031 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.060 0.056 0.084 0.484 11 L 0.355 0.117 0.024 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.012 0.003 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.160 0.038 0.040 0.210 12 E 0.042 0.040 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.257 0.010 0.199 0.417 13 V 0.027 0.027 0.012 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.008 0.095 0.654 14 G 0.065 0.013 0.006 0.005 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.373 0.016 0.109 0.402 15 Q 0.113 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.406 0.010 0.250 0.197 16 V 0.030 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.674 0.003 0.040 0.235 17 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.001 0.017 0.055 18 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.864 0.001 0.016 0.077 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.872 0.001 0.013 0.090 20 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.032 0.017 0.044 0.023 0.644 0.001 0.035 0.192 21 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.580 0.001 0.118 0.288 22 N 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.006 0.043 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.163 0.002 0.317 0.418 23 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.041 0.907 24 D 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.679 0.282 25 N 0.402 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.052 0.260 0.266 26 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 27 K 0.008 0.014 0.007 0.001 0.024 0.008 0.006 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.593 0.304 28 E 0.285 0.020 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.062 0.566 29 R 0.237 0.202 0.003 0.002 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.023 0.030 0.450 30 G 0.370 0.031 0.030 0.002 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.077 0.054 0.276 31 F 0.087 0.012 0.070 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.009 0.126 0.469 32 W 0.015 0.009 0.020 0.004 0.010 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.573 0.006 0.037 0.314 33 Y 0.024 0.012 0.003 0.003 0.012 0.018 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.643 0.004 0.065 0.187 34 D 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.651 0.003 0.048 0.263 35 A 0.019 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.655 0.005 0.049 0.233 36 E 0.022 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.002 0.568 0.004 0.186 0.174 37 I 0.047 0.067 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.002 0.473 0.007 0.075 0.307 38 S 0.031 0.172 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.010 0.008 0.008 0.003 0.538 0.010 0.045 0.157 39 R 0.067 0.145 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.002 0.003 0.006 0.009 0.004 0.202 0.025 0.053 0.463 40 K 0.114 0.156 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.009 0.003 0.010 0.014 0.004 0.002 0.098 0.030 0.055 0.485 41 R 0.094 0.121 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.004 0.003 0.009 0.007 0.010 0.001 0.099 0.049 0.094 0.480 42 E 0.156 0.094 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.037 0.034 0.137 0.513 43 T 0.106 0.129 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.049 0.026 0.099 0.542 44 R 0.079 0.114 0.009 0.004 0.003 0.004 0.003 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.029 0.084 0.582 45 T 0.039 0.042 0.010 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.015 0.118 0.735 46 A 0.041 0.018 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.012 0.049 0.819 47 R 0.068 0.031 0.007 0.002 0.009 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.219 0.015 0.105 0.521 48 E 0.082 0.012 0.011 0.001 0.008 0.007 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.294 0.012 0.115 0.436 49 L 0.026 0.011 0.003 0.001 0.005 0.007 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.673 0.004 0.042 0.214 50 Y 0.008 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.836 0.002 0.026 0.107 51 A 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.848 0.001 0.022 0.109 52 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.003 0.904 0.001 0.016 0.058 53 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.013 0.010 0.007 0.788 0.002 0.026 0.131 54 V 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.797 0.002 0.035 0.144 55 L 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.009 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.465 0.004 0.128 0.332 56 G 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.005 0.137 0.672 57 D 0.029 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.093 0.009 0.217 0.634 58 D 0.242 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.023 0.030 0.169 0.510 59 S 0.136 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.371 0.412 60 L 0.162 0.059 0.028 0.005 0.029 0.007 0.005 0.003 0.021 0.020 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.117 0.020 0.133 0.385 61 N 0.066 0.061 0.006 0.002 0.003 0.015 0.006 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.007 0.304 0.447 62 D 0.069 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.010 0.100 0.743 63 C 0.373 0.075 0.017 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.040 0.052 0.357 64 R 0.159 0.023 0.010 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.582 0.013 0.115 0.085 65 I 0.031 0.053 0.016 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.373 0.003 0.110 0.400 66 I 0.011 0.033 0.002 0.002 0.010 0.014 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.829 0.003 0.012 0.062 67 F 0.017 0.082 0.004 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.392 0.006 0.089 0.391 68 V 0.012 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.715 0.006 0.035 0.175 69 D 0.013 0.054 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.007 0.129 0.573 70 E 0.097 0.072 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.011 0.320 0.391 71 V 0.137 0.319 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.013 0.049 0.329 72 F 0.100 0.447 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.285 0.012 0.036 0.108 73 K 0.123 0.349 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.020 0.046 0.240 74 I 0.116 0.245 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.266 0.020 0.020 0.299 75 E 0.070 0.241 0.017 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.218 0.030 0.061 0.345 76 R 0.076 0.085 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.185 0.021 0.076 0.514 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998