# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.41598 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.043 0.076 0.016 0.021 0.034 0.096 0.007 0.706 2 A 0.073 0.217 0.040 0.054 0.128 0.078 0.008 0.402 3 R 0.050 0.303 0.061 0.115 0.150 0.060 0.009 0.252 4 T 0.078 0.357 0.031 0.084 0.095 0.047 0.019 0.290 5 I 0.076 0.328 0.061 0.089 0.194 0.016 0.012 0.225 6 I 0.040 0.227 0.079 0.238 0.221 0.033 0.011 0.152 7 K 0.023 0.104 0.057 0.129 0.147 0.112 0.017 0.410 8 W 0.055 0.096 0.123 0.101 0.267 0.042 0.015 0.301 9 Q 0.021 0.051 0.027 0.039 0.043 0.257 0.017 0.545 10 D 0.242 0.027 0.031 0.021 0.037 0.104 0.082 0.455 11 L 0.338 0.123 0.080 0.046 0.057 0.072 0.022 0.263 12 E 0.073 0.033 0.057 0.084 0.095 0.272 0.013 0.373 13 V 0.034 0.019 0.055 0.055 0.118 0.076 0.008 0.635 14 G 0.059 0.012 0.159 0.129 0.201 0.120 0.011 0.308 15 Q 0.109 0.008 0.129 0.120 0.089 0.114 0.016 0.417 16 V 0.023 0.008 0.443 0.086 0.128 0.063 0.005 0.245 17 V 0.008 0.002 0.620 0.131 0.125 0.030 0.001 0.083 18 M 0.002 0.001 0.635 0.092 0.158 0.023 0.001 0.086 19 L 0.001 0.001 0.626 0.137 0.178 0.015 0.001 0.042 20 N 0.002 0.002 0.367 0.114 0.269 0.031 0.002 0.212 21 Y 0.011 0.002 0.241 0.099 0.203 0.130 0.006 0.308 22 N 0.007 0.002 0.033 0.060 0.057 0.513 0.003 0.324 23 P 0.002 0.001 0.004 0.003 0.009 0.012 0.001 0.969 24 D 0.009 0.002 0.001 0.003 0.005 0.792 0.007 0.180 25 N 0.856 0.001 0.001 0.003 0.003 0.054 0.027 0.056 26 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.990 27 K 0.008 0.011 0.004 0.023 0.039 0.586 0.002 0.327 28 E 0.400 0.023 0.010 0.024 0.039 0.111 0.023 0.370 29 R 0.268 0.096 0.023 0.057 0.122 0.083 0.018 0.334 30 G 0.160 0.022 0.073 0.133 0.192 0.073 0.015 0.332 31 F 0.041 0.006 0.125 0.284 0.237 0.071 0.010 0.226 32 W 0.007 0.002 0.116 0.235 0.281 0.028 0.002 0.329 33 Y 0.002 0.001 0.099 0.373 0.444 0.015 0.001 0.065 34 D 0.004 0.003 0.135 0.165 0.302 0.073 0.002 0.316 35 A 0.006 0.004 0.116 0.202 0.436 0.026 0.002 0.208 36 E 0.008 0.005 0.101 0.247 0.379 0.087 0.004 0.168 37 I 0.020 0.012 0.061 0.223 0.314 0.063 0.006 0.301 38 S 0.010 0.027 0.047 0.273 0.488 0.034 0.003 0.118 39 R 0.019 0.069 0.018 0.111 0.196 0.098 0.007 0.482 40 K 0.055 0.095 0.036 0.102 0.261 0.110 0.016 0.324 41 R 0.077 0.107 0.020 0.076 0.134 0.092 0.023 0.470 42 E 0.098 0.076 0.015 0.050 0.067 0.157 0.027 0.511 43 T 0.107 0.077 0.021 0.040 0.070 0.116 0.029 0.540 44 R 0.107 0.075 0.047 0.064 0.118 0.080 0.015 0.493 45 T 0.015 0.016 0.010 0.033 0.030 0.136 0.006 0.754 46 A 0.045 0.022 0.027 0.054 0.094 0.069 0.010 0.678 47 R 0.067 0.056 0.045 0.139 0.203 0.105 0.010 0.376 48 E 0.062 0.038 0.083 0.144 0.172 0.121 0.011 0.369 49 L 0.023 0.028 0.120 0.274 0.356 0.026 0.005 0.167 50 Y 0.010 0.009 0.127 0.294 0.437 0.024 0.003 0.097 51 A 0.007 0.009 0.113 0.347 0.345 0.021 0.003 0.154 52 N 0.004 0.005 0.199 0.256 0.451 0.012 0.002 0.071 53 V 0.008 0.008 0.144 0.279 0.369 0.024 0.004 0.164 54 V 0.005 0.006 0.209 0.191 0.404 0.037 0.003 0.143 55 L 0.015 0.009 0.109 0.150 0.276 0.079 0.007 0.355 56 G 0.020 0.007 0.045 0.043 0.101 0.120 0.010 0.654 57 D 0.049 0.007 0.033 0.028 0.071 0.138 0.015 0.659 58 D 0.104 0.008 0.017 0.014 0.018 0.199 0.015 0.623 59 S 0.148 0.012 0.016 0.024 0.028 0.294 0.020 0.459 60 L 0.180 0.038 0.062 0.049 0.091 0.182 0.010 0.388 61 N 0.035 0.017 0.016 0.035 0.035 0.316 0.009 0.537 62 D 0.186 0.019 0.018 0.015 0.029 0.139 0.020 0.573 63 C 0.241 0.084 0.064 0.050 0.074 0.098 0.017 0.372 64 R 0.087 0.019 0.150 0.133 0.128 0.244 0.010 0.229 65 I 0.014 0.018 0.111 0.165 0.224 0.075 0.005 0.388 66 I 0.007 0.005 0.188 0.301 0.415 0.014 0.002 0.067 67 F 0.015 0.038 0.077 0.116 0.134 0.089 0.005 0.526 68 V 0.009 0.024 0.323 0.128 0.347 0.036 0.003 0.131 69 D 0.007 0.039 0.058 0.101 0.166 0.079 0.006 0.545 70 E 0.082 0.041 0.051 0.061 0.100 0.154 0.024 0.487 71 V 0.126 0.133 0.071 0.067 0.116 0.106 0.019 0.361 72 F 0.051 0.196 0.125 0.137 0.200 0.080 0.010 0.201 73 K 0.071 0.159 0.060 0.111 0.160 0.076 0.016 0.347 74 I 0.089 0.125 0.106 0.114 0.216 0.026 0.013 0.311 75 E 0.050 0.095 0.075 0.099 0.184 0.053 0.019 0.425 76 R 0.048 0.027 0.063 0.064 0.081 0.075 0.008 0.634 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999