# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.41598 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.146 0.124 0.036 0.011 0.208 0.015 0.026 0.166 0.052 0.133 0.082 2 A 0.237 0.091 0.011 0.003 0.263 0.006 0.025 0.167 0.085 0.039 0.072 3 R 0.122 0.090 0.023 0.020 0.227 0.062 0.097 0.227 0.070 0.027 0.036 4 T 0.172 0.182 0.027 0.005 0.362 0.010 0.019 0.131 0.036 0.034 0.022 5 I 0.278 0.074 0.008 0.002 0.435 0.004 0.018 0.092 0.025 0.031 0.033 6 I 0.142 0.255 0.063 0.011 0.350 0.019 0.030 0.063 0.017 0.019 0.029 7 K 0.135 0.236 0.071 0.019 0.231 0.018 0.028 0.088 0.033 0.055 0.087 8 W 0.123 0.085 0.032 0.015 0.141 0.017 0.048 0.238 0.187 0.057 0.057 9 Q 0.016 0.043 0.036 0.052 0.031 0.106 0.148 0.286 0.188 0.073 0.021 10 D 0.137 0.135 0.047 0.008 0.229 0.007 0.027 0.132 0.050 0.178 0.050 11 L 0.219 0.178 0.042 0.004 0.397 0.008 0.019 0.059 0.031 0.018 0.023 12 E 0.177 0.112 0.071 0.038 0.224 0.049 0.047 0.090 0.037 0.059 0.094 13 V 0.101 0.210 0.058 0.079 0.142 0.062 0.120 0.074 0.050 0.052 0.051 14 G 0.029 0.026 0.050 0.278 0.031 0.125 0.063 0.027 0.021 0.276 0.075 15 Q 0.099 0.369 0.114 0.015 0.303 0.006 0.012 0.013 0.013 0.032 0.024 16 V 0.345 0.046 0.002 0.001 0.590 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.005 17 V 0.220 0.076 0.006 0.002 0.664 0.004 0.005 0.004 0.002 0.002 0.014 18 M 0.411 0.036 0.004 0.002 0.457 0.003 0.003 0.005 0.003 0.009 0.068 19 L 0.220 0.103 0.022 0.017 0.403 0.022 0.021 0.025 0.017 0.042 0.109 20 N 0.347 0.049 0.019 0.007 0.372 0.007 0.013 0.024 0.011 0.071 0.079 21 Y 0.060 0.241 0.078 0.069 0.163 0.067 0.059 0.071 0.060 0.103 0.030 22 N 0.213 0.130 0.054 0.006 0.526 0.004 0.005 0.018 0.012 0.018 0.014 23 P 0.031 0.030 0.009 0.003 0.045 0.007 0.024 0.329 0.481 0.021 0.021 24 D 0.037 0.054 0.028 0.015 0.057 0.042 0.248 0.246 0.082 0.164 0.028 25 N 0.126 0.305 0.085 0.006 0.285 0.005 0.005 0.044 0.020 0.087 0.031 26 P 0.054 0.103 0.046 0.009 0.119 0.011 0.019 0.354 0.210 0.049 0.025 27 K 0.027 0.023 0.025 0.009 0.032 0.012 0.063 0.473 0.282 0.041 0.012 28 E 0.055 0.046 0.033 0.011 0.062 0.020 0.089 0.377 0.120 0.158 0.029 29 R 0.038 0.392 0.128 0.041 0.089 0.048 0.071 0.079 0.034 0.053 0.027 30 G 0.063 0.058 0.053 0.089 0.058 0.038 0.016 0.043 0.036 0.370 0.176 31 F 0.111 0.302 0.057 0.006 0.424 0.004 0.007 0.029 0.014 0.027 0.018 32 W 0.329 0.062 0.012 0.006 0.432 0.009 0.019 0.043 0.016 0.029 0.043 33 Y 0.082 0.313 0.101 0.037 0.251 0.046 0.042 0.043 0.021 0.033 0.031 34 D 0.303 0.081 0.016 0.004 0.528 0.003 0.003 0.022 0.007 0.009 0.023 35 A 0.113 0.148 0.027 0.004 0.276 0.009 0.021 0.230 0.136 0.015 0.022 36 E 0.153 0.169 0.011 0.002 0.270 0.007 0.024 0.225 0.034 0.058 0.048 37 I 0.266 0.057 0.004 0.001 0.172 0.004 0.013 0.259 0.121 0.038 0.064 38 S 0.023 0.036 0.009 0.012 0.046 0.042 0.088 0.602 0.099 0.028 0.013 39 R 0.096 0.055 0.019 0.007 0.114 0.009 0.034 0.467 0.086 0.093 0.019 40 K 0.045 0.084 0.030 0.007 0.095 0.011 0.041 0.393 0.163 0.104 0.026 41 R 0.055 0.097 0.046 0.019 0.091 0.021 0.049 0.372 0.145 0.070 0.034 42 E 0.074 0.063 0.031 0.012 0.080 0.017 0.059 0.284 0.116 0.214 0.048 43 T 0.079 0.248 0.105 0.017 0.167 0.013 0.026 0.161 0.065 0.084 0.035 44 R 0.098 0.072 0.034 0.020 0.117 0.029 0.050 0.332 0.122 0.081 0.045 45 T 0.066 0.136 0.071 0.027 0.127 0.029 0.046 0.245 0.112 0.105 0.036 46 A 0.263 0.064 0.014 0.006 0.235 0.009 0.029 0.171 0.074 0.076 0.062 47 R 0.123 0.167 0.041 0.010 0.309 0.027 0.054 0.143 0.057 0.036 0.034 48 E 0.344 0.071 0.009 0.005 0.419 0.008 0.018 0.038 0.011 0.027 0.051 49 L 0.294 0.117 0.011 0.002 0.475 0.005 0.018 0.022 0.012 0.007 0.036 50 Y 0.292 0.072 0.011 0.008 0.451 0.026 0.032 0.023 0.007 0.015 0.062 51 A 0.296 0.094 0.009 0.002 0.545 0.004 0.005 0.010 0.005 0.006 0.025 52 N 0.251 0.064 0.008 0.002 0.599 0.005 0.009 0.012 0.005 0.009 0.037 53 V 0.265 0.120 0.023 0.006 0.440 0.008 0.009 0.020 0.008 0.026 0.075 54 V 0.172 0.171 0.067 0.036 0.267 0.031 0.035 0.035 0.015 0.063 0.108 55 L 0.077 0.180 0.175 0.140 0.112 0.058 0.055 0.067 0.030 0.066 0.039 56 G 0.043 0.119 0.158 0.165 0.070 0.068 0.056 0.102 0.083 0.103 0.032 57 D 0.048 0.125 0.092 0.055 0.083 0.034 0.054 0.158 0.204 0.114 0.033 58 D 0.039 0.106 0.081 0.043 0.067 0.037 0.077 0.184 0.194 0.131 0.041 59 S 0.115 0.087 0.053 0.013 0.121 0.016 0.058 0.140 0.106 0.219 0.072 60 L 0.116 0.119 0.072 0.051 0.142 0.039 0.044 0.171 0.103 0.085 0.058 61 N 0.029 0.061 0.066 0.121 0.045 0.163 0.153 0.172 0.084 0.083 0.024 62 D 0.094 0.101 0.070 0.038 0.131 0.015 0.022 0.093 0.043 0.285 0.107 63 C 0.242 0.123 0.015 0.002 0.535 0.004 0.012 0.027 0.017 0.007 0.017 64 R 0.224 0.112 0.010 0.003 0.543 0.013 0.014 0.030 0.009 0.012 0.030 65 I 0.366 0.065 0.005 0.001 0.497 0.003 0.004 0.019 0.006 0.005 0.030 66 I 0.210 0.114 0.018 0.005 0.547 0.016 0.019 0.032 0.007 0.009 0.023 67 F 0.213 0.225 0.027 0.004 0.357 0.005 0.007 0.046 0.014 0.038 0.066 68 V 0.209 0.054 0.008 0.007 0.181 0.012 0.035 0.204 0.145 0.047 0.098 69 D 0.026 0.045 0.036 0.074 0.050 0.137 0.148 0.282 0.155 0.034 0.014 70 E 0.129 0.168 0.029 0.004 0.215 0.006 0.026 0.199 0.044 0.150 0.031 71 V 0.316 0.074 0.008 0.002 0.294 0.006 0.038 0.089 0.102 0.025 0.046 72 F 0.112 0.157 0.030 0.014 0.320 0.055 0.079 0.125 0.059 0.019 0.030 73 K 0.278 0.073 0.011 0.003 0.438 0.007 0.017 0.061 0.023 0.042 0.048 74 I 0.189 0.124 0.044 0.006 0.410 0.010 0.031 0.033 0.024 0.059 0.071 75 E 0.130 0.241 0.136 0.029 0.281 0.020 0.025 0.016 0.012 0.048 0.063 76 R 0.074 0.397 0.219 0.028 0.181 0.011 0.013 0.016 0.015 0.026 0.020 77 P 0.051 0.364 0.206 0.025 0.159 0.013 0.031 0.051 0.060 0.025 0.016