# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.41598 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.210 0.184 0.191 0.180 0.154 0.068 0.013 2 A 0.143 0.143 0.132 0.189 0.206 0.152 0.035 3 R 0.150 0.213 0.288 0.219 0.089 0.036 0.004 4 T 0.141 0.288 0.279 0.206 0.061 0.024 0.002 5 I 0.047 0.096 0.190 0.295 0.255 0.109 0.008 6 I 0.043 0.057 0.095 0.228 0.348 0.207 0.021 7 K 0.109 0.365 0.261 0.164 0.074 0.025 0.001 8 W 0.057 0.134 0.247 0.341 0.166 0.053 0.003 9 Q 0.235 0.360 0.234 0.125 0.038 0.008 0.001 10 D 0.173 0.309 0.250 0.177 0.069 0.021 0.001 11 L 0.069 0.058 0.134 0.299 0.327 0.105 0.009 12 E 0.317 0.437 0.161 0.058 0.021 0.005 0.001 13 V 0.174 0.234 0.206 0.216 0.118 0.047 0.005 14 G 0.152 0.241 0.231 0.201 0.125 0.045 0.005 15 Q 0.098 0.187 0.211 0.243 0.171 0.079 0.012 16 V 0.031 0.060 0.111 0.182 0.306 0.241 0.068 17 V 0.019 0.026 0.040 0.089 0.184 0.399 0.242 18 M 0.010 0.012 0.023 0.051 0.099 0.334 0.470 19 L 0.010 0.017 0.028 0.054 0.135 0.353 0.402 20 N 0.020 0.040 0.064 0.102 0.207 0.313 0.253 21 Y 0.026 0.046 0.070 0.133 0.220 0.346 0.158 22 N 0.089 0.168 0.195 0.211 0.193 0.120 0.024 23 P 0.158 0.165 0.181 0.221 0.177 0.089 0.010 24 D 0.408 0.346 0.133 0.067 0.034 0.011 0.001 25 N 0.384 0.288 0.167 0.108 0.039 0.014 0.001 26 P 0.371 0.188 0.187 0.151 0.081 0.021 0.002 27 K 0.617 0.262 0.078 0.031 0.010 0.003 0.001 28 E 0.482 0.279 0.123 0.073 0.032 0.009 0.001 29 R 0.147 0.221 0.245 0.230 0.105 0.047 0.005 30 G 0.097 0.125 0.151 0.200 0.230 0.166 0.030 31 F 0.034 0.063 0.108 0.176 0.237 0.283 0.100 32 W 0.026 0.040 0.080 0.145 0.232 0.299 0.178 33 Y 0.011 0.026 0.048 0.086 0.205 0.389 0.236 34 D 0.020 0.057 0.102 0.172 0.239 0.262 0.147 35 A 0.009 0.020 0.041 0.100 0.229 0.428 0.173 36 E 0.034 0.149 0.208 0.263 0.220 0.109 0.016 37 I 0.010 0.028 0.060 0.146 0.356 0.364 0.035 38 S 0.060 0.199 0.293 0.251 0.156 0.039 0.001 39 R 0.222 0.327 0.248 0.148 0.044 0.010 0.001 40 K 0.218 0.220 0.272 0.206 0.074 0.011 0.001 41 R 0.500 0.269 0.140 0.069 0.019 0.003 0.001 42 E 0.703 0.231 0.046 0.015 0.004 0.001 0.001 43 T 0.663 0.249 0.062 0.022 0.004 0.001 0.001 44 R 0.458 0.248 0.179 0.088 0.023 0.003 0.001 45 T 0.569 0.281 0.104 0.035 0.010 0.002 0.001 46 A 0.418 0.331 0.150 0.069 0.026 0.006 0.001 47 R 0.106 0.174 0.249 0.264 0.158 0.045 0.003 48 E 0.073 0.220 0.276 0.238 0.130 0.058 0.006 49 L 0.018 0.040 0.077 0.167 0.312 0.326 0.059 50 Y 0.019 0.082 0.181 0.305 0.236 0.151 0.025 51 A 0.009 0.019 0.030 0.071 0.226 0.501 0.145 52 N 0.018 0.063 0.133 0.227 0.266 0.232 0.060 53 V 0.013 0.030 0.053 0.112 0.260 0.427 0.105 54 V 0.042 0.140 0.261 0.295 0.181 0.074 0.008 55 L 0.107 0.189 0.246 0.256 0.151 0.049 0.003 56 G 0.313 0.317 0.182 0.112 0.059 0.016 0.001 57 D 0.575 0.284 0.091 0.037 0.011 0.002 0.001 58 D 0.552 0.301 0.097 0.039 0.009 0.002 0.001 59 S 0.258 0.342 0.240 0.122 0.031 0.007 0.001 60 L 0.091 0.092 0.208 0.318 0.222 0.065 0.003 61 N 0.394 0.404 0.130 0.049 0.018 0.004 0.001 62 D 0.270 0.355 0.199 0.119 0.042 0.013 0.001 63 C 0.052 0.073 0.129 0.258 0.316 0.154 0.018 64 R 0.064 0.230 0.263 0.247 0.131 0.060 0.005 65 I 0.043 0.072 0.150 0.239 0.266 0.197 0.032 66 I 0.069 0.158 0.225 0.257 0.197 0.083 0.011 67 F 0.040 0.065 0.114 0.197 0.271 0.256 0.055 68 V 0.069 0.124 0.187 0.246 0.213 0.135 0.025 69 D 0.350 0.361 0.159 0.078 0.036 0.013 0.002 70 E 0.094 0.186 0.205 0.254 0.166 0.082 0.013 71 V 0.054 0.079 0.117 0.191 0.285 0.241 0.034 72 F 0.050 0.088 0.175 0.298 0.259 0.121 0.008 73 K 0.290 0.415 0.195 0.066 0.026 0.007 0.001 74 I 0.074 0.081 0.168 0.355 0.226 0.091 0.005 75 E 0.451 0.286 0.142 0.076 0.036 0.008 0.001 76 R 0.678 0.226 0.063 0.026 0.006 0.001 0.001 77 P 0.857 0.122 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001