# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.71788 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.006 0.020 0.593 0.013 0.013 0.099 0.001 0.001 0.016 0.124 0.024 0.055 0.035 2 A 0.008 0.012 0.410 0.014 0.035 0.231 0.002 0.001 0.024 0.062 0.071 0.021 0.108 3 R 0.027 0.009 0.182 0.046 0.143 0.301 0.006 0.004 0.022 0.053 0.081 0.055 0.072 4 T 0.082 0.006 0.085 0.023 0.113 0.304 0.017 0.008 0.047 0.043 0.044 0.113 0.115 5 I 0.139 0.011 0.088 0.025 0.077 0.209 0.025 0.014 0.056 0.024 0.048 0.051 0.232 6 I 0.117 0.017 0.141 0.040 0.036 0.144 0.028 0.011 0.089 0.045 0.043 0.188 0.100 7 K 0.040 0.018 0.325 0.019 0.029 0.103 0.008 0.005 0.042 0.088 0.073 0.058 0.191 8 W 0.018 0.009 0.348 0.018 0.090 0.231 0.003 0.001 0.015 0.096 0.067 0.038 0.066 9 Q 0.009 0.005 0.141 0.025 0.166 0.239 0.002 0.001 0.011 0.085 0.245 0.050 0.021 10 D 0.008 0.015 0.120 0.004 0.198 0.245 0.002 0.001 0.010 0.063 0.239 0.011 0.084 11 L 0.010 0.036 0.419 0.010 0.089 0.153 0.002 0.002 0.021 0.099 0.049 0.061 0.050 12 E 0.010 0.017 0.496 0.013 0.037 0.054 0.002 0.001 0.024 0.112 0.068 0.069 0.098 13 V 0.005 0.009 0.197 0.041 0.074 0.045 0.002 0.001 0.016 0.103 0.426 0.011 0.070 14 G 0.006 0.003 0.142 0.094 0.019 0.011 0.002 0.002 0.019 0.311 0.346 0.036 0.011 15 Q 0.075 0.007 0.283 0.041 0.008 0.012 0.017 0.015 0.108 0.151 0.022 0.086 0.174 16 V 0.191 0.002 0.022 0.009 0.001 0.004 0.152 0.167 0.221 0.007 0.002 0.054 0.167 17 V 0.202 0.001 0.004 0.021 0.001 0.003 0.215 0.423 0.071 0.002 0.001 0.033 0.024 18 M 0.269 0.001 0.005 0.013 0.001 0.003 0.177 0.323 0.127 0.001 0.001 0.038 0.040 19 L 0.362 0.002 0.021 0.042 0.004 0.003 0.146 0.124 0.139 0.007 0.005 0.059 0.087 20 N 0.151 0.012 0.148 0.019 0.007 0.003 0.053 0.041 0.250 0.049 0.027 0.136 0.104 21 Y 0.042 0.040 0.405 0.007 0.007 0.002 0.014 0.010 0.104 0.148 0.031 0.033 0.157 22 N 0.004 0.010 0.767 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.022 0.117 0.014 0.033 0.022 23 P 0.001 0.010 0.210 0.003 0.086 0.015 0.001 0.001 0.005 0.195 0.451 0.004 0.020 24 D 0.001 0.013 0.143 0.002 0.041 0.006 0.001 0.001 0.001 0.296 0.487 0.007 0.002 25 N 0.001 0.022 0.506 0.001 0.027 0.005 0.001 0.001 0.002 0.355 0.063 0.008 0.009 26 P 0.002 0.053 0.471 0.002 0.083 0.031 0.001 0.001 0.002 0.136 0.183 0.004 0.031 27 K 0.002 0.037 0.238 0.008 0.116 0.033 0.001 0.001 0.002 0.147 0.383 0.021 0.012 28 E 0.006 0.019 0.207 0.018 0.128 0.040 0.001 0.001 0.003 0.185 0.331 0.016 0.045 29 R 0.012 0.015 0.173 0.027 0.062 0.028 0.002 0.001 0.003 0.194 0.387 0.046 0.051 30 G 0.044 0.013 0.287 0.015 0.015 0.015 0.005 0.002 0.007 0.210 0.122 0.090 0.175 31 F 0.117 0.011 0.138 0.012 0.003 0.007 0.007 0.002 0.009 0.038 0.009 0.477 0.170 32 W 0.276 0.007 0.033 0.007 0.003 0.009 0.036 0.005 0.016 0.006 0.006 0.065 0.531 33 Y 0.278 0.006 0.057 0.181 0.006 0.025 0.025 0.004 0.013 0.018 0.011 0.314 0.062 34 D 0.225 0.003 0.080 0.040 0.006 0.025 0.016 0.002 0.011 0.017 0.020 0.079 0.477 35 A 0.324 0.002 0.065 0.024 0.009 0.030 0.016 0.002 0.008 0.015 0.015 0.250 0.239 36 E 0.418 0.003 0.029 0.018 0.011 0.042 0.021 0.002 0.008 0.006 0.009 0.250 0.183 37 I 0.352 0.005 0.037 0.013 0.021 0.070 0.015 0.002 0.012 0.009 0.011 0.120 0.334 38 S 0.196 0.008 0.079 0.103 0.032 0.171 0.014 0.002 0.011 0.030 0.073 0.158 0.123 39 R 0.101 0.011 0.137 0.016 0.040 0.141 0.005 0.001 0.008 0.056 0.105 0.107 0.271 40 K 0.050 0.011 0.266 0.018 0.036 0.140 0.003 0.001 0.006 0.064 0.083 0.108 0.214 41 R 0.029 0.011 0.253 0.021 0.058 0.141 0.002 0.001 0.006 0.087 0.142 0.139 0.112 42 E 0.011 0.015 0.294 0.009 0.048 0.197 0.002 0.001 0.008 0.120 0.164 0.051 0.082 43 T 0.009 0.020 0.357 0.014 0.045 0.176 0.001 0.001 0.007 0.106 0.135 0.036 0.093 44 R 0.007 0.021 0.444 0.008 0.020 0.137 0.001 0.001 0.013 0.135 0.055 0.098 0.061 45 T 0.007 0.019 0.493 0.010 0.020 0.104 0.002 0.001 0.010 0.083 0.059 0.033 0.159 46 A 0.012 0.011 0.286 0.022 0.058 0.331 0.002 0.001 0.011 0.076 0.052 0.054 0.083 47 R 0.020 0.006 0.160 0.061 0.064 0.286 0.003 0.001 0.012 0.092 0.098 0.108 0.089 48 E 0.082 0.006 0.107 0.027 0.056 0.161 0.009 0.004 0.021 0.033 0.059 0.060 0.376 49 L 0.196 0.004 0.099 0.087 0.016 0.071 0.016 0.007 0.044 0.033 0.019 0.230 0.178 50 Y 0.394 0.003 0.064 0.076 0.007 0.038 0.041 0.008 0.034 0.019 0.017 0.080 0.219 51 A 0.513 0.001 0.022 0.045 0.004 0.023 0.062 0.027 0.041 0.010 0.008 0.141 0.103 52 N 0.616 0.001 0.013 0.026 0.002 0.015 0.081 0.054 0.024 0.005 0.003 0.054 0.104 53 V 0.567 0.001 0.007 0.004 0.001 0.008 0.146 0.065 0.054 0.002 0.001 0.081 0.064 54 V 0.467 0.003 0.025 0.027 0.002 0.014 0.120 0.092 0.085 0.006 0.007 0.066 0.086 55 L 0.210 0.015 0.168 0.022 0.008 0.018 0.038 0.032 0.099 0.064 0.041 0.142 0.145 56 G 0.015 0.008 0.397 0.011 0.005 0.008 0.004 0.003 0.053 0.270 0.119 0.045 0.063 57 D 0.005 0.011 0.345 0.006 0.045 0.019 0.001 0.001 0.009 0.280 0.210 0.013 0.055 58 D 0.003 0.015 0.214 0.006 0.106 0.024 0.001 0.001 0.007 0.276 0.299 0.033 0.016 59 S 0.006 0.038 0.358 0.004 0.151 0.036 0.001 0.002 0.006 0.180 0.137 0.018 0.064 60 L 0.007 0.034 0.403 0.012 0.152 0.053 0.002 0.002 0.009 0.157 0.110 0.021 0.038 61 N 0.005 0.016 0.239 0.036 0.103 0.063 0.002 0.001 0.005 0.210 0.285 0.022 0.014 62 D 0.007 0.017 0.227 0.025 0.095 0.059 0.003 0.001 0.010 0.148 0.345 0.017 0.047 63 C 0.027 0.014 0.434 0.032 0.030 0.037 0.006 0.005 0.033 0.149 0.062 0.060 0.109 64 R 0.070 0.011 0.221 0.030 0.008 0.026 0.021 0.011 0.076 0.079 0.015 0.319 0.114 65 I 0.158 0.007 0.034 0.009 0.006 0.025 0.074 0.046 0.113 0.011 0.007 0.031 0.478 66 I 0.256 0.007 0.031 0.169 0.007 0.034 0.054 0.060 0.049 0.023 0.008 0.254 0.048 67 F 0.204 0.003 0.038 0.011 0.005 0.040 0.056 0.035 0.077 0.016 0.010 0.047 0.459 68 V 0.214 0.004 0.122 0.089 0.020 0.101 0.029 0.018 0.038 0.027 0.026 0.133 0.179 69 D 0.261 0.002 0.091 0.099 0.043 0.138 0.020 0.006 0.018 0.030 0.049 0.114 0.128 70 E 0.245 0.003 0.058 0.037 0.044 0.173 0.013 0.003 0.015 0.030 0.040 0.196 0.142 71 V 0.430 0.003 0.031 0.029 0.027 0.114 0.014 0.002 0.007 0.009 0.021 0.041 0.271 72 F 0.448 0.002 0.035 0.035 0.009 0.045 0.012 0.001 0.008 0.011 0.011 0.315 0.069 73 K 0.367 0.004 0.041 0.016 0.008 0.041 0.012 0.001 0.006 0.008 0.024 0.060 0.412 74 I 0.254 0.006 0.126 0.010 0.007 0.029 0.007 0.001 0.009 0.020 0.024 0.361 0.147 75 E 0.124 0.011 0.220 0.015 0.010 0.027 0.011 0.001 0.018 0.050 0.049 0.117 0.345 76 R 0.020 0.014 0.458 0.004 0.004 0.008 0.002 0.001 0.012 0.122 0.032 0.226 0.097 77 P 0.005 0.013 0.664 0.007 0.006 0.008 0.001 0.001 0.009 0.120 0.073 0.021 0.074