# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.71788 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.059 0.301 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.071 0.166 0.081 0.296 2 A 0.170 0.336 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.097 0.066 0.059 0.256 3 R 0.035 0.222 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.113 0.058 0.079 0.480 4 T 0.040 0.212 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.350 0.065 0.064 0.250 5 I 0.054 0.178 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.084 0.086 0.354 6 I 0.049 0.117 0.023 0.002 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.325 0.078 0.081 0.311 7 K 0.190 0.198 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.071 0.057 0.322 8 W 0.335 0.099 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.076 0.066 0.370 9 Q 0.093 0.037 0.007 0.002 0.006 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.048 0.097 0.511 10 D 0.018 0.010 0.006 0.001 0.022 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.030 0.095 0.709 11 L 0.061 0.009 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.058 0.120 0.558 12 E 0.425 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.098 0.060 0.297 13 V 0.041 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.039 0.128 0.704 14 G 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.285 0.026 0.137 0.539 15 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.691 0.054 0.048 0.177 16 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.773 0.097 0.016 0.085 17 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.016 0.007 0.003 0.809 0.058 0.009 0.062 18 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.005 0.003 0.890 0.041 0.006 0.034 19 L 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.707 0.044 0.034 0.195 20 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.550 0.044 0.076 0.281 21 Y 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.309 0.022 0.166 0.497 22 N 0.548 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.113 0.064 0.229 23 P 0.025 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.053 0.163 0.694 24 D 0.012 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.018 0.128 0.788 25 N 0.271 0.095 0.007 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.128 0.077 0.389 26 P 0.241 0.045 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.148 0.116 0.404 27 K 0.298 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.038 0.094 0.517 28 E 0.037 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 0.017 0.118 0.780 29 R 0.015 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.034 0.159 0.621 30 G 0.013 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.208 0.088 0.111 0.505 31 F 0.029 0.078 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.010 0.002 0.002 0.006 0.004 0.003 0.374 0.093 0.060 0.322 32 W 0.018 0.093 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.003 0.390 0.074 0.070 0.330 33 Y 0.017 0.196 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.008 0.003 0.420 0.063 0.052 0.224 34 D 0.049 0.137 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.271 0.373 0.038 0.121 35 A 0.012 0.190 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.274 0.161 0.090 0.262 36 E 0.063 0.207 0.012 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.293 0.098 0.066 0.251 37 I 0.158 0.145 0.008 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.101 0.056 0.280 38 S 0.115 0.100 0.011 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.109 0.097 0.395 39 R 0.091 0.042 0.013 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.183 0.088 0.454 40 K 0.090 0.029 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.125 0.131 0.542 41 R 0.092 0.023 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.100 0.123 0.592 42 E 0.026 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.057 0.102 0.708 43 T 0.098 0.144 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.083 0.101 0.528 44 R 0.040 0.149 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.077 0.111 0.561 45 T 0.164 0.363 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.080 0.055 0.295 46 A 0.206 0.240 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.080 0.069 0.351 47 R 0.031 0.179 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.143 0.081 0.127 0.423 48 E 0.013 0.049 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.440 0.096 0.088 0.291 49 L 0.016 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.569 0.086 0.064 0.206 50 Y 0.024 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.610 0.100 0.050 0.176 51 A 0.009 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.571 0.075 0.054 0.260 52 N 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.708 0.069 0.038 0.158 53 V 0.008 0.004 0.002 0.001 0.010 0.027 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.577 0.065 0.057 0.217 54 V 0.010 0.002 0.002 0.001 0.019 0.011 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.573 0.044 0.069 0.244 55 L 0.093 0.006 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.274 0.091 0.105 0.412 56 G 0.136 0.017 0.002 0.001 0.002 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.088 0.137 0.529 57 D 0.038 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.039 0.128 0.741 58 D 0.094 0.027 0.003 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.115 0.156 0.532 59 S 0.109 0.023 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.077 0.145 0.562 60 L 0.237 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.046 0.080 0.138 0.449 61 N 0.057 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.013 0.003 0.013 0.009 0.003 0.002 0.083 0.064 0.161 0.558 62 D 0.046 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.003 0.004 0.004 0.004 0.003 0.226 0.091 0.106 0.468 63 C 0.013 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.015 0.002 0.003 0.002 0.005 0.004 0.172 0.039 0.170 0.538 64 R 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.807 0.027 0.023 0.098 65 I 0.010 0.036 0.002 0.001 0.005 0.003 0.007 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.013 0.007 0.012 0.005 0.335 0.051 0.065 0.438 66 I 0.004 0.018 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.771 0.018 0.032 0.134 67 F 0.194 0.212 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.182 0.036 0.200 68 V 0.265 0.243 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.064 0.057 0.210 69 D 0.028 0.117 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.038 0.082 0.602 70 E 0.072 0.103 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.387 0.089 0.059 0.281 71 V 0.075 0.037 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.248 0.104 0.091 0.418 72 F 0.042 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.439 0.079 0.067 0.333 73 K 0.047 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.373 0.063 0.058 0.428 74 I 0.017 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.294 0.045 0.088 0.540 75 E 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.018 0.099 0.740 76 R 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.020 0.109 0.787 77 P 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.027 0.113 0.781