# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.71788 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.031 0.110 0.005 0.050 0.031 0.072 0.119 0.005 0.001 0.161 0.414 2 A 0.042 0.115 0.004 0.060 0.062 0.093 0.108 0.010 0.001 0.071 0.433 3 R 0.020 0.092 0.003 0.090 0.073 0.116 0.085 0.004 0.001 0.082 0.433 4 T 0.018 0.083 0.003 0.164 0.110 0.231 0.055 0.003 0.001 0.075 0.257 5 I 0.038 0.065 0.003 0.151 0.101 0.167 0.073 0.004 0.001 0.062 0.335 6 I 0.021 0.037 0.021 0.167 0.169 0.148 0.059 0.005 0.007 0.054 0.312 7 K 0.194 0.094 0.004 0.073 0.065 0.101 0.058 0.015 0.002 0.039 0.356 8 W 0.260 0.045 0.004 0.025 0.024 0.036 0.075 0.017 0.002 0.062 0.452 9 Q 0.050 0.017 0.003 0.048 0.049 0.066 0.111 0.003 0.001 0.050 0.602 10 D 0.043 0.007 0.002 0.018 0.016 0.050 0.098 0.002 0.002 0.069 0.693 11 L 0.042 0.004 0.002 0.029 0.061 0.043 0.129 0.002 0.001 0.040 0.648 12 E 0.239 0.005 0.002 0.045 0.028 0.041 0.084 0.003 0.001 0.069 0.482 13 V 0.017 0.002 0.001 0.026 0.012 0.030 0.138 0.001 0.001 0.033 0.740 14 G 0.004 0.003 0.001 0.092 0.025 0.081 0.144 0.001 0.001 0.049 0.601 15 Q 0.002 0.003 0.001 0.256 0.163 0.236 0.055 0.001 0.001 0.090 0.192 16 V 0.001 0.002 0.001 0.398 0.149 0.201 0.028 0.001 0.001 0.077 0.143 17 V 0.002 0.002 0.001 0.487 0.190 0.156 0.014 0.001 0.001 0.054 0.094 18 M 0.003 0.001 0.001 0.430 0.180 0.230 0.017 0.001 0.001 0.054 0.084 19 L 0.008 0.001 0.001 0.374 0.149 0.190 0.037 0.001 0.001 0.064 0.175 20 N 0.012 0.002 0.002 0.186 0.106 0.196 0.103 0.002 0.001 0.073 0.316 21 Y 0.016 0.003 0.001 0.100 0.044 0.086 0.131 0.003 0.001 0.034 0.582 22 N 0.419 0.005 0.001 0.019 0.016 0.026 0.090 0.007 0.001 0.125 0.293 23 P 0.009 0.003 0.001 0.012 0.011 0.017 0.153 0.001 0.001 0.039 0.754 24 D 0.013 0.010 0.001 0.010 0.008 0.018 0.116 0.002 0.001 0.023 0.798 25 N 0.218 0.025 0.003 0.012 0.062 0.031 0.112 0.011 0.002 0.089 0.435 26 P 0.207 0.016 0.004 0.012 0.012 0.019 0.121 0.007 0.003 0.068 0.532 27 K 0.139 0.012 0.001 0.015 0.020 0.048 0.096 0.003 0.001 0.042 0.622 28 E 0.059 0.009 0.001 0.018 0.020 0.038 0.128 0.002 0.001 0.039 0.686 29 R 0.008 0.014 0.001 0.029 0.050 0.089 0.139 0.001 0.001 0.034 0.634 30 G 0.010 0.031 0.001 0.035 0.100 0.177 0.089 0.002 0.001 0.049 0.507 31 F 0.007 0.032 0.001 0.054 0.282 0.295 0.054 0.001 0.001 0.031 0.242 32 W 0.011 0.093 0.002 0.064 0.176 0.186 0.054 0.002 0.001 0.061 0.350 33 Y 0.020 0.295 0.003 0.037 0.176 0.161 0.034 0.006 0.001 0.054 0.214 34 D 0.039 0.213 0.002 0.017 0.060 0.092 0.038 0.006 0.001 0.385 0.147 35 A 0.021 0.334 0.006 0.019 0.082 0.094 0.047 0.004 0.001 0.226 0.166 36 E 0.082 0.392 0.009 0.015 0.074 0.065 0.042 0.013 0.002 0.086 0.221 37 I 0.075 0.310 0.020 0.025 0.055 0.086 0.051 0.021 0.006 0.073 0.277 38 S 0.130 0.230 0.014 0.027 0.053 0.055 0.066 0.014 0.004 0.094 0.314 39 R 0.097 0.053 0.007 0.014 0.020 0.031 0.084 0.006 0.002 0.236 0.450 40 K 0.036 0.088 0.007 0.022 0.016 0.024 0.129 0.008 0.002 0.110 0.560 41 R 0.106 0.027 0.005 0.010 0.015 0.019 0.116 0.005 0.001 0.257 0.439 42 E 0.022 0.046 0.003 0.010 0.014 0.021 0.116 0.003 0.001 0.067 0.697 43 T 0.072 0.133 0.002 0.011 0.015 0.023 0.081 0.009 0.001 0.031 0.622 44 R 0.073 0.151 0.008 0.024 0.041 0.049 0.100 0.006 0.002 0.053 0.493 45 T 0.046 0.232 0.006 0.017 0.047 0.064 0.072 0.009 0.001 0.050 0.455 46 A 0.093 0.118 0.004 0.021 0.032 0.055 0.097 0.010 0.001 0.055 0.514 47 R 0.022 0.078 0.007 0.052 0.167 0.223 0.085 0.003 0.001 0.083 0.278 48 E 0.014 0.022 0.004 0.077 0.089 0.283 0.093 0.002 0.001 0.120 0.294 49 L 0.008 0.013 0.004 0.118 0.207 0.276 0.057 0.004 0.001 0.097 0.216 50 Y 0.010 0.008 0.002 0.128 0.175 0.255 0.038 0.003 0.001 0.120 0.259 51 A 0.008 0.005 0.002 0.119 0.301 0.247 0.035 0.001 0.001 0.067 0.215 52 N 0.004 0.004 0.001 0.253 0.155 0.295 0.035 0.001 0.001 0.063 0.189 53 V 0.007 0.003 0.001 0.255 0.194 0.246 0.036 0.001 0.001 0.059 0.196 54 V 0.013 0.003 0.001 0.281 0.223 0.255 0.039 0.001 0.001 0.049 0.135 55 L 0.022 0.005 0.001 0.166 0.099 0.147 0.087 0.003 0.001 0.067 0.403 56 G 0.046 0.013 0.001 0.115 0.047 0.100 0.131 0.008 0.001 0.062 0.475 57 D 0.062 0.013 0.001 0.023 0.019 0.036 0.137 0.004 0.001 0.098 0.606 58 D 0.030 0.010 0.005 0.032 0.026 0.042 0.151 0.003 0.003 0.078 0.622 59 S 0.171 0.020 0.002 0.023 0.024 0.040 0.099 0.008 0.002 0.052 0.560 60 L 0.373 0.010 0.002 0.012 0.010 0.014 0.090 0.006 0.001 0.047 0.434 61 N 0.039 0.012 0.001 0.025 0.015 0.045 0.141 0.002 0.001 0.029 0.691 62 D 0.011 0.013 0.001 0.038 0.026 0.108 0.106 0.002 0.001 0.036 0.659 63 C 0.011 0.014 0.002 0.051 0.186 0.153 0.097 0.001 0.001 0.062 0.423 64 R 0.014 0.022 0.001 0.125 0.144 0.191 0.062 0.002 0.001 0.063 0.375 65 I 0.013 0.023 0.001 0.099 0.190 0.206 0.052 0.001 0.001 0.035 0.379 66 I 0.006 0.041 0.003 0.202 0.222 0.255 0.035 0.001 0.001 0.032 0.201 67 F 0.065 0.234 0.003 0.064 0.103 0.133 0.042 0.007 0.001 0.065 0.282 68 V 0.125 0.244 0.005 0.044 0.095 0.097 0.057 0.022 0.002 0.070 0.239 69 D 0.061 0.140 0.010 0.033 0.090 0.088 0.081 0.006 0.004 0.069 0.418 70 E 0.104 0.124 0.005 0.049 0.060 0.224 0.076 0.008 0.001 0.078 0.271 71 V 0.083 0.061 0.004 0.038 0.067 0.132 0.091 0.011 0.002 0.069 0.443 72 F 0.024 0.021 0.006 0.115 0.161 0.286 0.054 0.003 0.002 0.047 0.281 73 K 0.035 0.008 0.002 0.043 0.096 0.187 0.060 0.002 0.001 0.067 0.500 74 I 0.015 0.003 0.002 0.056 0.120 0.125 0.099 0.002 0.001 0.057 0.520 75 E 0.015 0.005 0.002 0.092 0.076 0.128 0.103 0.002 0.001 0.041 0.537 76 R 0.052 0.009 0.001 0.025 0.025 0.050 0.093 0.003 0.001 0.045 0.697 77 P 0.062 0.010 0.001 0.021 0.024 0.025 0.108 0.004 0.001 0.041 0.704