# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.71788 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.030 0.111 0.014 0.025 0.041 0.080 0.153 0.546 2 A 0.048 0.181 0.015 0.030 0.064 0.106 0.092 0.464 3 R 0.032 0.119 0.036 0.088 0.151 0.085 0.100 0.389 4 T 0.028 0.171 0.066 0.093 0.161 0.060 0.090 0.330 5 I 0.026 0.090 0.090 0.096 0.138 0.084 0.093 0.383 6 I 0.020 0.044 0.176 0.179 0.117 0.071 0.108 0.284 7 K 0.091 0.140 0.047 0.052 0.068 0.071 0.110 0.421 8 W 0.185 0.125 0.046 0.025 0.031 0.070 0.093 0.426 9 Q 0.058 0.104 0.025 0.068 0.074 0.080 0.066 0.525 10 D 0.016 0.031 0.036 0.027 0.071 0.086 0.109 0.623 11 L 0.050 0.028 0.050 0.078 0.080 0.144 0.143 0.427 12 E 0.325 0.042 0.031 0.054 0.054 0.069 0.118 0.306 13 V 0.034 0.032 0.019 0.019 0.048 0.110 0.043 0.694 14 G 0.004 0.012 0.093 0.041 0.188 0.135 0.047 0.480 15 Q 0.008 0.009 0.155 0.229 0.305 0.058 0.113 0.123 16 V 0.005 0.007 0.216 0.208 0.207 0.045 0.138 0.176 17 V 0.005 0.004 0.363 0.209 0.286 0.020 0.050 0.062 18 M 0.006 0.003 0.318 0.192 0.321 0.025 0.053 0.081 19 L 0.019 0.004 0.286 0.179 0.219 0.055 0.072 0.166 20 N 0.019 0.005 0.179 0.158 0.233 0.082 0.066 0.259 21 Y 0.029 0.004 0.040 0.038 0.069 0.121 0.031 0.666 22 N 0.356 0.017 0.028 0.027 0.034 0.129 0.090 0.318 23 P 0.040 0.010 0.011 0.013 0.018 0.181 0.028 0.699 24 D 0.031 0.007 0.005 0.005 0.010 0.082 0.012 0.848 25 N 0.291 0.044 0.009 0.018 0.021 0.108 0.105 0.403 26 P 0.110 0.028 0.014 0.015 0.024 0.139 0.062 0.608 27 K 0.213 0.023 0.015 0.022 0.043 0.096 0.055 0.534 28 E 0.041 0.010 0.013 0.022 0.037 0.106 0.038 0.734 29 R 0.015 0.012 0.051 0.057 0.228 0.149 0.041 0.449 30 G 0.009 0.014 0.066 0.087 0.279 0.072 0.043 0.430 31 F 0.009 0.022 0.105 0.325 0.327 0.045 0.021 0.147 32 W 0.005 0.034 0.139 0.186 0.324 0.036 0.032 0.245 33 Y 0.021 0.102 0.076 0.259 0.276 0.039 0.055 0.171 34 D 0.065 0.137 0.089 0.120 0.128 0.041 0.260 0.159 35 A 0.016 0.202 0.069 0.148 0.160 0.049 0.137 0.219 36 E 0.054 0.320 0.062 0.080 0.167 0.042 0.056 0.220 37 I 0.104 0.181 0.062 0.140 0.120 0.055 0.100 0.239 38 S 0.080 0.145 0.032 0.072 0.098 0.060 0.064 0.449 39 R 0.078 0.057 0.016 0.042 0.063 0.060 0.208 0.477 40 K 0.082 0.056 0.011 0.027 0.033 0.118 0.117 0.556 41 R 0.050 0.025 0.011 0.036 0.044 0.088 0.139 0.606 42 E 0.022 0.048 0.007 0.017 0.027 0.091 0.054 0.735 43 T 0.081 0.147 0.013 0.022 0.041 0.090 0.065 0.540 44 R 0.043 0.129 0.018 0.043 0.034 0.115 0.042 0.575 45 T 0.071 0.375 0.012 0.017 0.028 0.053 0.097 0.347 46 A 0.082 0.432 0.025 0.024 0.028 0.060 0.121 0.228 47 R 0.031 0.237 0.038 0.063 0.125 0.063 0.189 0.254 48 E 0.018 0.055 0.072 0.059 0.109 0.084 0.320 0.283 49 L 0.014 0.081 0.099 0.161 0.206 0.095 0.153 0.191 50 Y 0.013 0.035 0.148 0.077 0.218 0.087 0.091 0.331 51 A 0.010 0.014 0.156 0.212 0.232 0.081 0.105 0.190 52 N 0.010 0.008 0.294 0.138 0.211 0.061 0.136 0.142 53 V 0.023 0.009 0.239 0.131 0.201 0.077 0.086 0.234 54 V 0.024 0.007 0.321 0.117 0.163 0.079 0.064 0.223 55 L 0.023 0.007 0.180 0.074 0.117 0.121 0.097 0.381 56 G 0.061 0.022 0.063 0.046 0.081 0.136 0.121 0.469 57 D 0.105 0.018 0.023 0.019 0.034 0.149 0.108 0.543 58 D 0.034 0.017 0.040 0.029 0.035 0.189 0.099 0.557 59 S 0.103 0.036 0.020 0.014 0.030 0.121 0.070 0.606 60 L 0.253 0.033 0.024 0.014 0.020 0.119 0.078 0.460 61 N 0.093 0.072 0.025 0.032 0.074 0.112 0.052 0.540 62 D 0.021 0.047 0.028 0.023 0.109 0.086 0.055 0.630 63 C 0.007 0.038 0.081 0.181 0.264 0.076 0.057 0.297 64 R 0.012 0.051 0.107 0.256 0.325 0.040 0.076 0.134 65 I 0.012 0.060 0.118 0.199 0.205 0.045 0.074 0.288 66 I 0.006 0.050 0.217 0.281 0.271 0.035 0.048 0.092 67 F 0.032 0.142 0.125 0.141 0.221 0.036 0.122 0.181 68 V 0.115 0.227 0.069 0.120 0.139 0.042 0.135 0.153 69 D 0.121 0.140 0.044 0.097 0.111 0.053 0.073 0.362 70 E 0.069 0.091 0.030 0.069 0.126 0.080 0.050 0.486 71 V 0.018 0.021 0.057 0.076 0.211 0.091 0.077 0.449 72 F 0.034 0.009 0.041 0.197 0.283 0.070 0.060 0.306 73 K 0.068 0.004 0.024 0.221 0.211 0.056 0.050 0.366 74 I 0.010 0.001 0.019 0.084 0.145 0.093 0.026 0.621 75 E 0.020 0.001 0.023 0.075 0.165 0.107 0.026 0.583 76 R 0.050 0.002 0.014 0.065 0.072 0.102 0.033 0.662 77 P 0.030 0.004 0.011 0.026 0.034 0.078 0.023 0.794