# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.71788 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.015 0.002 0.001 0.010 0.016 0.023 0.066 0.001 0.001 0.002 0.864 2 A 0.015 0.003 0.001 0.015 0.013 0.036 0.066 0.001 0.001 0.001 0.850 3 R 0.064 0.014 0.001 0.077 0.081 0.134 0.153 0.001 0.001 0.009 0.467 4 T 0.048 0.024 0.001 0.070 0.092 0.076 0.145 0.001 0.001 0.004 0.539 5 I 0.057 0.076 0.002 0.159 0.111 0.206 0.035 0.001 0.001 0.003 0.349 6 I 0.032 0.066 0.002 0.195 0.224 0.289 0.042 0.001 0.001 0.006 0.143 7 K 0.024 0.074 0.002 0.053 0.123 0.139 0.123 0.004 0.001 0.003 0.455 8 W 0.070 0.091 0.003 0.066 0.077 0.182 0.025 0.003 0.001 0.003 0.481 9 Q 0.026 0.060 0.003 0.048 0.139 0.166 0.219 0.003 0.001 0.005 0.331 10 D 0.118 0.029 0.007 0.027 0.029 0.043 0.144 0.004 0.001 0.009 0.590 11 L 0.263 0.094 0.009 0.089 0.117 0.174 0.049 0.002 0.001 0.009 0.195 12 E 0.050 0.073 0.007 0.059 0.168 0.093 0.253 0.003 0.001 0.006 0.286 13 V 0.024 0.022 0.002 0.033 0.067 0.096 0.050 0.004 0.001 0.003 0.698 14 G 0.068 0.013 0.003 0.091 0.148 0.423 0.046 0.004 0.001 0.010 0.193 15 Q 0.255 0.005 0.016 0.165 0.128 0.112 0.089 0.003 0.001 0.007 0.220 16 V 0.012 0.003 0.004 0.228 0.182 0.187 0.054 0.001 0.001 0.002 0.327 17 V 0.002 0.001 0.001 0.378 0.214 0.355 0.008 0.001 0.001 0.001 0.040 18 M 0.002 0.001 0.001 0.389 0.183 0.352 0.010 0.001 0.001 0.002 0.060 19 L 0.006 0.001 0.001 0.299 0.226 0.359 0.011 0.001 0.001 0.002 0.096 20 N 0.007 0.003 0.001 0.136 0.267 0.397 0.039 0.001 0.001 0.002 0.148 21 Y 0.014 0.004 0.002 0.092 0.158 0.266 0.102 0.001 0.001 0.008 0.352 22 N 0.014 0.002 0.001 0.037 0.068 0.082 0.431 0.001 0.001 0.005 0.359 23 P 0.016 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.026 0.001 0.001 0.008 0.933 24 D 0.011 0.002 0.002 0.008 0.002 0.005 0.717 0.001 0.001 0.016 0.236 25 N 0.335 0.006 0.001 0.007 0.005 0.009 0.383 0.001 0.001 0.049 0.204 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.994 27 K 0.012 0.005 0.003 0.013 0.018 0.037 0.470 0.001 0.001 0.008 0.433 28 E 0.467 0.018 0.001 0.013 0.009 0.009 0.242 0.001 0.001 0.013 0.227 29 R 0.300 0.208 0.002 0.019 0.043 0.060 0.060 0.006 0.001 0.009 0.293 30 G 0.196 0.093 0.017 0.098 0.063 0.070 0.030 0.011 0.001 0.053 0.371 31 F 0.111 0.021 0.072 0.090 0.144 0.101 0.115 0.004 0.001 0.004 0.336 32 W 0.058 0.006 0.002 0.045 0.159 0.282 0.079 0.001 0.001 0.002 0.365 33 Y 0.020 0.013 0.002 0.085 0.232 0.385 0.069 0.001 0.001 0.002 0.193 34 D 0.015 0.017 0.001 0.158 0.155 0.258 0.083 0.001 0.001 0.004 0.309 35 A 0.019 0.021 0.002 0.102 0.190 0.279 0.081 0.001 0.001 0.007 0.297 36 E 0.016 0.035 0.002 0.068 0.164 0.222 0.267 0.001 0.001 0.010 0.216 37 I 0.054 0.119 0.003 0.067 0.173 0.270 0.076 0.001 0.001 0.007 0.231 38 S 0.034 0.242 0.003 0.038 0.206 0.293 0.043 0.001 0.001 0.004 0.137 39 R 0.041 0.215 0.004 0.020 0.141 0.205 0.064 0.005 0.001 0.004 0.301 40 K 0.097 0.254 0.007 0.018 0.083 0.173 0.049 0.008 0.001 0.002 0.309 41 R 0.103 0.182 0.006 0.014 0.067 0.098 0.075 0.010 0.001 0.008 0.437 42 E 0.090 0.102 0.015 0.009 0.018 0.029 0.096 0.012 0.001 0.003 0.626 43 T 0.179 0.152 0.012 0.014 0.021 0.060 0.083 0.010 0.001 0.003 0.465 44 R 0.136 0.104 0.014 0.019 0.018 0.023 0.038 0.006 0.001 0.011 0.632 45 T 0.026 0.043 0.018 0.008 0.007 0.011 0.253 0.003 0.001 0.002 0.630 46 A 0.142 0.104 0.005 0.032 0.016 0.044 0.077 0.002 0.001 0.005 0.574 47 R 0.039 0.311 0.002 0.015 0.023 0.037 0.112 0.002 0.001 0.004 0.455 48 E 0.107 0.275 0.005 0.012 0.018 0.021 0.239 0.003 0.001 0.004 0.316 49 L 0.143 0.643 0.004 0.013 0.028 0.032 0.019 0.006 0.001 0.001 0.110 50 Y 0.062 0.555 0.011 0.026 0.091 0.100 0.028 0.005 0.001 0.002 0.119 51 A 0.042 0.418 0.011 0.040 0.181 0.134 0.019 0.007 0.001 0.001 0.146 52 N 0.083 0.281 0.005 0.079 0.154 0.210 0.025 0.016 0.001 0.002 0.145 53 V 0.077 0.195 0.009 0.131 0.200 0.142 0.022 0.015 0.001 0.001 0.208 54 V 0.027 0.093 0.013 0.291 0.158 0.198 0.037 0.006 0.001 0.003 0.174 55 L 0.040 0.052 0.012 0.320 0.131 0.202 0.037 0.006 0.001 0.006 0.194 56 G 0.039 0.024 0.009 0.152 0.036 0.083 0.071 0.010 0.001 0.006 0.571 57 D 0.055 0.008 0.009 0.074 0.016 0.036 0.096 0.003 0.001 0.003 0.700 58 D 0.014 0.002 0.002 0.021 0.009 0.012 0.141 0.001 0.001 0.004 0.792 59 S 0.064 0.003 0.004 0.024 0.009 0.017 0.263 0.001 0.001 0.008 0.609 60 L 0.202 0.032 0.005 0.078 0.031 0.064 0.171 0.001 0.001 0.014 0.402 61 N 0.045 0.051 0.002 0.039 0.054 0.070 0.240 0.002 0.001 0.023 0.474 62 D 0.143 0.039 0.004 0.028 0.020 0.037 0.226 0.003 0.001 0.015 0.486 63 C 0.364 0.077 0.016 0.039 0.049 0.079 0.138 0.003 0.001 0.010 0.225 64 R 0.106 0.053 0.010 0.110 0.221 0.207 0.167 0.002 0.001 0.010 0.113 65 I 0.018 0.059 0.017 0.087 0.115 0.151 0.045 0.002 0.001 0.002 0.504 66 I 0.016 0.028 0.001 0.229 0.249 0.400 0.019 0.001 0.001 0.002 0.055 67 F 0.011 0.077 0.003 0.095 0.196 0.197 0.087 0.002 0.001 0.001 0.330 68 V 0.009 0.060 0.001 0.238 0.140 0.453 0.013 0.001 0.001 0.002 0.084 69 D 0.016 0.072 0.002 0.080 0.114 0.201 0.102 0.002 0.001 0.006 0.405 70 E 0.077 0.104 0.004 0.079 0.116 0.121 0.106 0.004 0.001 0.010 0.380 71 V 0.117 0.213 0.010 0.048 0.104 0.173 0.076 0.004 0.001 0.006 0.248 72 F 0.082 0.172 0.010 0.065 0.282 0.224 0.030 0.003 0.001 0.006 0.125 73 K 0.058 0.085 0.005 0.044 0.239 0.296 0.021 0.004 0.001 0.003 0.244 74 I 0.065 0.063 0.006 0.048 0.203 0.321 0.017 0.005 0.001 0.001 0.271 75 E 0.024 0.027 0.003 0.042 0.191 0.328 0.045 0.003 0.001 0.002 0.335 76 R 0.009 0.006 0.003 0.018 0.104 0.105 0.049 0.002 0.001 0.001 0.705 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.983