# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.71788 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.043 0.017 0.017 0.024 0.032 0.117 0.009 0.741 2 A 0.100 0.048 0.044 0.046 0.090 0.142 0.010 0.522 3 R 0.092 0.076 0.070 0.121 0.151 0.148 0.012 0.331 4 T 0.076 0.095 0.117 0.218 0.200 0.077 0.012 0.204 5 I 0.039 0.087 0.088 0.101 0.201 0.034 0.006 0.445 6 I 0.021 0.065 0.175 0.292 0.323 0.032 0.006 0.085 7 K 0.028 0.087 0.059 0.179 0.252 0.080 0.013 0.302 8 W 0.056 0.078 0.107 0.072 0.340 0.034 0.009 0.305 9 Q 0.043 0.059 0.027 0.070 0.118 0.198 0.015 0.469 10 D 0.133 0.036 0.008 0.017 0.023 0.067 0.031 0.684 11 L 0.432 0.084 0.056 0.048 0.063 0.057 0.035 0.225 12 E 0.153 0.058 0.041 0.093 0.094 0.230 0.037 0.293 13 V 0.041 0.027 0.063 0.058 0.080 0.049 0.016 0.665 14 G 0.044 0.040 0.131 0.193 0.180 0.104 0.019 0.291 15 Q 0.069 0.009 0.248 0.129 0.148 0.103 0.013 0.280 16 V 0.007 0.005 0.349 0.147 0.163 0.035 0.003 0.291 17 V 0.004 0.003 0.467 0.219 0.245 0.017 0.002 0.043 18 M 0.004 0.004 0.511 0.188 0.194 0.013 0.001 0.086 19 L 0.002 0.003 0.504 0.162 0.252 0.015 0.001 0.061 20 N 0.005 0.009 0.338 0.188 0.264 0.036 0.004 0.157 21 Y 0.025 0.008 0.365 0.093 0.221 0.067 0.011 0.210 22 N 0.029 0.003 0.033 0.055 0.097 0.346 0.007 0.430 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 24 D 0.010 0.003 0.005 0.008 0.023 0.540 0.007 0.405 25 N 0.384 0.006 0.003 0.006 0.006 0.331 0.015 0.249 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 27 K 0.014 0.009 0.012 0.038 0.104 0.385 0.005 0.433 28 E 0.283 0.023 0.017 0.019 0.025 0.203 0.018 0.411 29 R 0.138 0.116 0.020 0.058 0.084 0.070 0.016 0.496 30 G 0.215 0.054 0.069 0.175 0.129 0.051 0.040 0.267 31 F 0.203 0.009 0.171 0.109 0.138 0.095 0.018 0.256 32 W 0.016 0.003 0.045 0.159 0.196 0.040 0.003 0.538 33 Y 0.015 0.003 0.048 0.246 0.512 0.055 0.002 0.120 34 D 0.006 0.005 0.036 0.274 0.341 0.043 0.002 0.294 35 A 0.008 0.007 0.047 0.237 0.452 0.037 0.002 0.211 36 E 0.018 0.010 0.019 0.217 0.414 0.199 0.003 0.120 37 I 0.075 0.030 0.025 0.158 0.400 0.116 0.006 0.189 38 S 0.021 0.230 0.026 0.282 0.295 0.041 0.003 0.101 39 R 0.037 0.204 0.022 0.169 0.235 0.040 0.017 0.276 40 K 0.103 0.162 0.035 0.070 0.183 0.087 0.023 0.337 41 R 0.132 0.211 0.017 0.063 0.104 0.092 0.024 0.358 42 E 0.100 0.191 0.019 0.030 0.037 0.111 0.030 0.482 43 T 0.108 0.191 0.021 0.024 0.030 0.079 0.030 0.518 44 R 0.131 0.134 0.030 0.023 0.029 0.084 0.020 0.548 45 T 0.042 0.073 0.014 0.015 0.024 0.311 0.012 0.510 46 A 0.085 0.102 0.015 0.014 0.037 0.105 0.010 0.632 47 R 0.058 0.239 0.018 0.028 0.035 0.199 0.011 0.413 48 E 0.085 0.169 0.017 0.024 0.034 0.241 0.017 0.413 49 L 0.097 0.543 0.033 0.068 0.082 0.040 0.009 0.128 50 Y 0.054 0.351 0.059 0.128 0.225 0.050 0.015 0.117 51 A 0.045 0.205 0.104 0.177 0.252 0.040 0.015 0.162 52 N 0.051 0.139 0.148 0.230 0.248 0.026 0.020 0.138 53 V 0.043 0.077 0.228 0.215 0.236 0.026 0.020 0.154 54 V 0.027 0.041 0.431 0.161 0.191 0.032 0.016 0.101 55 L 0.023 0.025 0.365 0.167 0.178 0.041 0.011 0.190 56 G 0.034 0.015 0.225 0.092 0.188 0.077 0.017 0.352 57 D 0.021 0.005 0.088 0.020 0.046 0.070 0.007 0.743 58 D 0.018 0.004 0.028 0.015 0.021 0.085 0.007 0.822 59 S 0.065 0.003 0.013 0.010 0.021 0.169 0.010 0.708 60 L 0.119 0.016 0.065 0.038 0.074 0.189 0.012 0.488 61 N 0.043 0.016 0.030 0.039 0.057 0.380 0.011 0.423 62 D 0.158 0.018 0.023 0.020 0.032 0.173 0.022 0.554 63 C 0.369 0.027 0.069 0.042 0.053 0.161 0.019 0.260 64 R 0.075 0.017 0.222 0.211 0.194 0.139 0.014 0.129 65 I 0.007 0.012 0.098 0.106 0.174 0.031 0.003 0.568 66 I 0.006 0.007 0.235 0.255 0.370 0.028 0.003 0.097 67 F 0.008 0.016 0.080 0.196 0.207 0.057 0.003 0.432 68 V 0.009 0.013 0.218 0.148 0.410 0.039 0.004 0.159 69 D 0.009 0.024 0.070 0.152 0.174 0.118 0.005 0.448 70 E 0.071 0.030 0.045 0.071 0.161 0.185 0.019 0.418 71 V 0.193 0.067 0.059 0.122 0.222 0.149 0.014 0.174 72 F 0.054 0.086 0.084 0.383 0.249 0.038 0.016 0.090 73 K 0.029 0.044 0.065 0.235 0.237 0.029 0.012 0.349 74 I 0.022 0.034 0.116 0.198 0.401 0.028 0.008 0.193 75 E 0.019 0.055 0.055 0.209 0.383 0.049 0.012 0.217 76 R 0.025 0.015 0.042 0.117 0.148 0.046 0.010 0.597 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998