# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.71788 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.155 0.215 0.170 0.121 0.161 0.045 0.070 0.021 0.027 0.014 0.001 2 A 0.220 0.250 0.333 0.077 0.044 0.036 0.013 0.001 0.021 0.002 0.002 3 R 0.238 0.273 0.312 0.060 0.055 0.031 0.009 0.002 0.015 0.002 0.002 4 T 0.117 0.520 0.190 0.038 0.081 0.028 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 5 I 0.074 0.535 0.239 0.033 0.036 0.047 0.006 0.001 0.029 0.001 0.001 6 I 0.033 0.644 0.228 0.022 0.028 0.023 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 7 K 0.048 0.517 0.259 0.016 0.086 0.039 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 8 W 0.355 0.179 0.308 0.041 0.049 0.041 0.005 0.002 0.014 0.003 0.003 9 Q 0.431 0.132 0.117 0.163 0.060 0.029 0.038 0.010 0.015 0.005 0.001 10 D 0.227 0.163 0.141 0.199 0.050 0.056 0.112 0.015 0.032 0.004 0.001 11 L 0.164 0.403 0.290 0.058 0.036 0.016 0.013 0.002 0.018 0.001 0.001 12 E 0.118 0.426 0.266 0.057 0.048 0.049 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 13 V 0.071 0.346 0.328 0.145 0.047 0.024 0.015 0.001 0.022 0.001 0.001 14 G 0.016 0.016 0.038 0.011 0.193 0.006 0.082 0.449 0.003 0.186 0.001 15 Q 0.026 0.496 0.296 0.037 0.095 0.019 0.011 0.001 0.017 0.001 0.001 16 V 0.008 0.754 0.187 0.004 0.026 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 17 V 0.007 0.871 0.071 0.002 0.030 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 18 M 0.009 0.786 0.121 0.005 0.036 0.026 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 L 0.020 0.795 0.082 0.009 0.055 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 20 N 0.052 0.288 0.264 0.057 0.093 0.113 0.048 0.006 0.073 0.004 0.002 21 Y 0.086 0.495 0.168 0.117 0.062 0.028 0.013 0.005 0.024 0.003 0.001 22 N 0.011 0.194 0.369 0.040 0.056 0.084 0.024 0.001 0.217 0.003 0.001 23 P 0.820 0.008 0.120 0.022 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 24 D 0.421 0.034 0.035 0.454 0.008 0.017 0.015 0.005 0.007 0.001 0.001 25 N 0.030 0.104 0.136 0.018 0.026 0.020 0.015 0.001 0.648 0.001 0.001 26 P 0.606 0.001 0.344 0.013 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 27 K 0.763 0.028 0.088 0.096 0.006 0.005 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 28 E 0.520 0.071 0.091 0.233 0.016 0.024 0.024 0.005 0.014 0.002 0.001 29 R 0.131 0.083 0.148 0.471 0.024 0.011 0.114 0.002 0.013 0.002 0.001 30 G 0.024 0.014 0.041 0.014 0.138 0.005 0.067 0.460 0.003 0.234 0.001 31 F 0.056 0.481 0.304 0.033 0.067 0.033 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 32 W 0.143 0.418 0.261 0.034 0.063 0.061 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 33 Y 0.249 0.409 0.185 0.061 0.047 0.031 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 34 D 0.373 0.135 0.191 0.096 0.043 0.072 0.029 0.002 0.056 0.002 0.003 35 A 0.588 0.135 0.111 0.047 0.075 0.015 0.014 0.005 0.007 0.002 0.001 36 E 0.476 0.281 0.140 0.031 0.028 0.028 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 37 I 0.342 0.281 0.199 0.038 0.011 0.080 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 38 S 0.513 0.140 0.117 0.126 0.033 0.042 0.012 0.001 0.016 0.001 0.001 39 R 0.390 0.137 0.089 0.191 0.077 0.043 0.047 0.008 0.015 0.002 0.001 40 K 0.397 0.206 0.200 0.101 0.021 0.030 0.018 0.002 0.023 0.001 0.001 41 R 0.390 0.133 0.201 0.105 0.047 0.059 0.037 0.005 0.022 0.003 0.001 42 E 0.383 0.112 0.195 0.164 0.029 0.063 0.024 0.005 0.023 0.003 0.001 43 T 0.397 0.142 0.159 0.186 0.038 0.030 0.025 0.002 0.017 0.003 0.001 44 R 0.369 0.095 0.117 0.180 0.098 0.048 0.043 0.026 0.013 0.011 0.001 45 T 0.245 0.297 0.230 0.083 0.068 0.033 0.009 0.001 0.029 0.004 0.001 46 A 0.694 0.046 0.154 0.042 0.016 0.027 0.008 0.001 0.006 0.002 0.004 47 R 0.690 0.083 0.089 0.065 0.024 0.016 0.020 0.003 0.009 0.001 0.001 48 E 0.362 0.251 0.159 0.097 0.059 0.033 0.016 0.002 0.021 0.001 0.001 49 L 0.200 0.384 0.280 0.067 0.016 0.035 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 50 Y 0.109 0.644 0.106 0.045 0.043 0.028 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 51 A 0.016 0.695 0.026 0.012 0.241 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 52 N 0.039 0.592 0.211 0.015 0.064 0.052 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 53 V 0.024 0.750 0.150 0.007 0.023 0.020 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 54 V 0.057 0.526 0.269 0.019 0.031 0.057 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 55 L 0.068 0.396 0.273 0.080 0.076 0.065 0.009 0.001 0.032 0.001 0.001 56 G 0.102 0.039 0.119 0.031 0.213 0.021 0.052 0.140 0.011 0.273 0.001 57 D 0.363 0.076 0.159 0.253 0.047 0.034 0.037 0.007 0.017 0.007 0.002 58 D 0.193 0.089 0.121 0.351 0.038 0.038 0.118 0.022 0.020 0.009 0.001 59 S 0.306 0.195 0.141 0.186 0.059 0.039 0.039 0.014 0.014 0.007 0.001 60 L 0.422 0.151 0.215 0.142 0.026 0.019 0.007 0.002 0.013 0.002 0.002 61 N 0.300 0.088 0.115 0.249 0.066 0.027 0.102 0.021 0.015 0.015 0.001 62 D 0.130 0.091 0.110 0.303 0.036 0.032 0.238 0.029 0.025 0.005 0.001 63 C 0.108 0.409 0.262 0.098 0.068 0.014 0.022 0.006 0.012 0.002 0.001 64 R 0.067 0.606 0.194 0.032 0.049 0.031 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 65 I 0.022 0.654 0.266 0.010 0.014 0.017 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 66 I 0.056 0.678 0.124 0.011 0.086 0.030 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 67 F 0.098 0.412 0.223 0.024 0.067 0.125 0.007 0.001 0.042 0.001 0.001 68 V 0.431 0.270 0.182 0.031 0.024 0.029 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 69 D 0.571 0.070 0.146 0.071 0.058 0.031 0.030 0.007 0.012 0.002 0.001 70 E 0.462 0.212 0.115 0.083 0.056 0.033 0.022 0.004 0.009 0.001 0.001 71 V 0.364 0.318 0.198 0.049 0.014 0.031 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 72 F 0.182 0.413 0.140 0.083 0.102 0.034 0.020 0.001 0.024 0.001 0.001 73 K 0.075 0.594 0.149 0.057 0.053 0.033 0.012 0.001 0.025 0.001 0.001 74 I 0.040 0.661 0.206 0.021 0.019 0.031 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 75 E 0.073 0.488 0.260 0.041 0.045 0.061 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 76 R 0.014 0.229 0.415 0.003 0.059 0.029 0.004 0.001 0.243 0.002 0.001 77 P 0.208 0.005 0.708 0.015 0.002 0.020 0.003 0.001 0.003 0.001 0.034