# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.71788 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.137 0.091 0.049 0.028 0.173 0.028 0.036 0.174 0.071 0.147 0.066 2 A 0.178 0.115 0.030 0.011 0.257 0.016 0.026 0.186 0.084 0.053 0.046 3 R 0.159 0.143 0.030 0.012 0.260 0.032 0.045 0.166 0.076 0.038 0.038 4 T 0.138 0.149 0.032 0.009 0.399 0.017 0.052 0.111 0.039 0.029 0.023 5 I 0.332 0.076 0.010 0.006 0.342 0.007 0.018 0.079 0.030 0.025 0.074 6 I 0.138 0.258 0.060 0.013 0.377 0.023 0.023 0.036 0.017 0.022 0.033 7 K 0.178 0.274 0.075 0.012 0.316 0.012 0.018 0.030 0.009 0.020 0.055 8 W 0.177 0.114 0.031 0.023 0.163 0.016 0.021 0.137 0.146 0.073 0.098 9 Q 0.026 0.117 0.069 0.048 0.078 0.119 0.140 0.214 0.126 0.047 0.017 10 D 0.152 0.064 0.017 0.009 0.195 0.008 0.022 0.108 0.077 0.286 0.063 11 L 0.212 0.168 0.044 0.010 0.308 0.015 0.015 0.079 0.068 0.046 0.034 12 E 0.138 0.133 0.235 0.026 0.227 0.058 0.044 0.068 0.022 0.023 0.025 13 V 0.062 0.203 0.046 0.027 0.086 0.032 0.168 0.185 0.150 0.025 0.015 14 G 0.045 0.031 0.035 0.073 0.040 0.051 0.038 0.072 0.051 0.438 0.127 15 Q 0.087 0.334 0.034 0.007 0.400 0.009 0.046 0.025 0.014 0.027 0.018 16 V 0.343 0.033 0.002 0.001 0.591 0.002 0.004 0.004 0.002 0.002 0.017 17 V 0.158 0.134 0.010 0.004 0.648 0.007 0.010 0.007 0.003 0.003 0.018 18 M 0.358 0.031 0.002 0.001 0.588 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 19 L 0.219 0.125 0.017 0.010 0.456 0.013 0.009 0.012 0.008 0.020 0.111 20 N 0.321 0.090 0.023 0.014 0.277 0.012 0.028 0.020 0.012 0.063 0.139 21 Y 0.061 0.273 0.172 0.039 0.184 0.034 0.037 0.025 0.034 0.112 0.029 22 N 0.102 0.316 0.136 0.004 0.413 0.002 0.001 0.006 0.004 0.005 0.010 23 P 0.016 0.026 0.005 0.002 0.024 0.008 0.035 0.471 0.387 0.016 0.008 24 D 0.013 0.032 0.023 0.013 0.026 0.022 0.108 0.470 0.187 0.095 0.011 25 N 0.065 0.129 0.058 0.010 0.102 0.006 0.015 0.344 0.101 0.126 0.043 26 P 0.046 0.045 0.013 0.006 0.066 0.013 0.030 0.523 0.164 0.070 0.023 27 K 0.022 0.097 0.047 0.009 0.043 0.022 0.066 0.486 0.159 0.039 0.009 28 E 0.059 0.030 0.031 0.016 0.062 0.031 0.097 0.324 0.098 0.188 0.065 29 R 0.030 0.428 0.157 0.050 0.098 0.028 0.070 0.063 0.028 0.034 0.013 30 G 0.057 0.045 0.045 0.094 0.042 0.038 0.024 0.064 0.043 0.332 0.215 31 F 0.070 0.321 0.095 0.019 0.264 0.011 0.021 0.074 0.038 0.054 0.032 32 W 0.290 0.124 0.019 0.005 0.414 0.010 0.012 0.050 0.019 0.020 0.037 33 Y 0.111 0.258 0.078 0.022 0.276 0.043 0.023 0.082 0.029 0.035 0.042 34 D 0.264 0.124 0.041 0.006 0.381 0.005 0.007 0.083 0.028 0.019 0.042 35 A 0.044 0.083 0.025 0.005 0.092 0.013 0.018 0.451 0.230 0.028 0.012 36 E 0.071 0.080 0.015 0.004 0.199 0.007 0.035 0.478 0.075 0.025 0.014 37 I 0.130 0.048 0.007 0.004 0.122 0.006 0.020 0.475 0.107 0.038 0.042 38 S 0.034 0.074 0.033 0.012 0.078 0.026 0.048 0.539 0.104 0.034 0.018 39 R 0.054 0.108 0.037 0.007 0.112 0.009 0.037 0.471 0.104 0.042 0.018 40 K 0.044 0.107 0.034 0.010 0.090 0.019 0.066 0.403 0.137 0.063 0.026 41 R 0.063 0.112 0.060 0.017 0.104 0.021 0.057 0.321 0.119 0.084 0.042 42 E 0.062 0.091 0.035 0.012 0.095 0.016 0.050 0.344 0.128 0.120 0.046 43 T 0.094 0.157 0.044 0.014 0.150 0.016 0.036 0.281 0.096 0.071 0.040 44 R 0.074 0.099 0.059 0.023 0.115 0.041 0.055 0.256 0.125 0.111 0.042 45 T 0.095 0.189 0.082 0.017 0.179 0.018 0.045 0.221 0.065 0.060 0.029 46 A 0.146 0.060 0.017 0.012 0.129 0.019 0.031 0.289 0.160 0.080 0.059 47 R 0.044 0.094 0.039 0.016 0.101 0.045 0.090 0.377 0.116 0.058 0.021 48 E 0.235 0.092 0.013 0.004 0.352 0.007 0.027 0.140 0.044 0.051 0.035 49 L 0.256 0.084 0.011 0.004 0.473 0.010 0.014 0.079 0.021 0.016 0.031 50 Y 0.302 0.064 0.009 0.007 0.332 0.022 0.053 0.108 0.028 0.020 0.053 51 A 0.239 0.128 0.024 0.005 0.476 0.009 0.012 0.044 0.017 0.013 0.033 52 N 0.189 0.106 0.010 0.005 0.565 0.008 0.033 0.033 0.012 0.014 0.026 53 V 0.337 0.083 0.012 0.003 0.466 0.003 0.006 0.016 0.011 0.010 0.053 54 V 0.234 0.114 0.038 0.020 0.304 0.042 0.092 0.040 0.013 0.027 0.077 55 L 0.102 0.229 0.112 0.115 0.146 0.054 0.084 0.031 0.020 0.053 0.053 56 G 0.032 0.095 0.161 0.419 0.041 0.068 0.021 0.020 0.020 0.086 0.037 57 D 0.043 0.090 0.066 0.080 0.098 0.038 0.044 0.118 0.180 0.189 0.054 58 D 0.057 0.101 0.097 0.025 0.083 0.043 0.067 0.160 0.164 0.166 0.037 59 S 0.124 0.124 0.060 0.017 0.116 0.018 0.057 0.144 0.074 0.197 0.068 60 L 0.136 0.148 0.073 0.081 0.167 0.044 0.035 0.067 0.082 0.097 0.069 61 N 0.020 0.046 0.071 0.282 0.027 0.205 0.107 0.107 0.077 0.042 0.015 62 D 0.094 0.036 0.022 0.043 0.066 0.014 0.032 0.068 0.059 0.428 0.138 63 C 0.161 0.245 0.045 0.006 0.427 0.007 0.010 0.030 0.017 0.026 0.027 64 R 0.172 0.146 0.013 0.004 0.544 0.014 0.027 0.037 0.012 0.011 0.019 65 I 0.460 0.061 0.006 0.002 0.392 0.003 0.003 0.011 0.005 0.005 0.051 66 I 0.161 0.178 0.051 0.016 0.396 0.054 0.042 0.038 0.009 0.016 0.039 67 F 0.375 0.119 0.030 0.008 0.343 0.004 0.006 0.024 0.007 0.021 0.062 68 V 0.148 0.075 0.014 0.025 0.208 0.028 0.019 0.207 0.159 0.056 0.059 69 D 0.053 0.049 0.029 0.045 0.069 0.115 0.147 0.285 0.134 0.056 0.018 70 E 0.092 0.090 0.036 0.019 0.242 0.019 0.063 0.197 0.082 0.134 0.026 71 V 0.475 0.040 0.005 0.004 0.281 0.004 0.010 0.061 0.032 0.020 0.067 72 F 0.110 0.218 0.045 0.009 0.392 0.036 0.049 0.068 0.033 0.017 0.024 73 K 0.271 0.091 0.010 0.002 0.553 0.004 0.010 0.013 0.007 0.009 0.029 74 I 0.292 0.112 0.017 0.010 0.325 0.011 0.017 0.033 0.021 0.034 0.128 75 E 0.147 0.151 0.069 0.036 0.297 0.056 0.089 0.032 0.015 0.052 0.055 76 R 0.122 0.288 0.187 0.048 0.213 0.019 0.016 0.023 0.019 0.030 0.035 77 P 0.131 0.233 0.112 0.055 0.225 0.032 0.026 0.048 0.039 0.047 0.051